genome.fa.s1079.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1079
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  410574

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 339 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6393--6417	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
6481--6505	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
6514--6641	52	2.5	52	93	3	215	34	17	17	30	1.93
12245--12281	13	2.8	13	95	0	65	29	16	18	35	1.93
14692--14734	20	2.0	22	91	8	72	46	23	13	16	1.83
18726--18845	45	2.8	44	81	6	138	35	12	28	24	1.92
18821--19454	61	10.3	62	78	9	527	29	17	26	27	1.97
18821--19454	120	5.2	120	80	8	591	29	17	26	27	1.97
18827--19420	182	3.2	181	81	7	617	29	17	26	26	1.97
20430--20489	12	4.8	12	80	8	57	3	10	3	83	0.88
20430--20489	20	2.9	19	87	9	75	3	10	3	83	0.88
20436--20467	8	3.9	8	95	4	55	0	12	0	87	0.54
22703--22822	51	2.4	51	76	5	134	30	13	27	28	1.94
22890--22962	28	2.6	28	89	6	105	26	17	31	24	1.97
22827--23040	109	2.0	110	91	2	351	34	15	24	25	1.95
23026--23145	51	2.4	51	81	4	134	27	15	30	27	1.96
25459--25559	33	3.1	33	88	0	148	41	12	16	28	1.86
25494--25559	20	3.7	19	73	26	72	42	15	15	27	1.86
25481--25541	13	5.2	13	72	22	62	37	14	16	31	1.89
26936--27300	194	1.9	194	98	0	703	37	12	12	38	1.80
32454--32765	157	2.0	157	85	1	428	27	25	13	32	1.94
32722--32793	28	2.6	28	93	0	117	27	27	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32454--32767	79	4.0	78	82	3	369	28	26	13	32	1.94
32646--32873	107	2.1	107	88	3	334	27	27	14	30	1.95
32750--33089	79	4.3	79	83	2	432	26	26	15	32	1.95
32565--32951	186	2.1	185	85	2	517	27	26	15	31	1.96
32750--33090	158	2.2	158	87	0	502	26	26	14	31	1.95
35608--35662	6	9.3	6	80	11	53	85	10	1	1	0.75
35613--35662	7	7.1	7	78	14	50	86	10	2	2	0.75
35608--35662	12	4.7	12	80	8	60	85	10	1	1	0.75
36956--37034	28	2.8	28	82	0	104	35	25	18	20	1.95
36956--37133	56	3.2	55	76	4	171	34	26	17	20	1.95
36983--37133	54	2.7	55	76	4	151	34	27	17	19	1.95
37143--37303	26	6.0	26	79	2	133	33	27	15	23	1.95
36985--37209	108	2.1	109	84	3	292	33	26	17	22	1.96
36985--37327	108	3.2	108	80	5	277	33	27	16	21	1.95
37140--37293	82	1.9	80	85	2	209	34	27	14	23	1.93
37280--37409	28	4.7	28	70	7	104	30	27	20	21	1.98
37657--37692	17	2.1	17	100	0	72	41	11	5	41	1.64
38325--38367	22	2.0	22	86	9	61	72	0	27	0	0.85
38930--39508	110	5.2	110	81	4	592	31	16	17	34	1.92
38930--39471	225	2.4	226	80	6	534	31	16	18	33	1.92
39765--39808	9	4.8	9	84	13	54	79	0	0	20	0.73
39768--39806	11	3.5	11	96	3	69	79	0	0	20	0.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39771--39808	20	1.9	19	94	5	67	81	0	0	18	0.69
41247--41272	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
41227--41290	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
43831--43867	13	2.8	13	95	0	65	37	16	16	29	1.90
45937--45967	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
49992--50043	19	2.7	20	87	6	79	28	13	15	42	1.85
51054--51107	22	2.5	22	96	0	99	46	0	12	40	1.42
51066--51113	10	4.5	11	74	25	50	54	0	12	33	1.38
51054--51114	22	2.8	22	92	2	88	50	0	13	36	1.41
53126--53179	20	2.7	20	85	8	65	31	16	11	40	1.84
54498--54522	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
54475--54542	33	2.1	33	89	8	104	32	14	16	36	1.89
54593--54649	20	2.8	20	78	0	69	36	15	14	33	1.88
54634--54659	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
54477--54782	137	2.2	137	95	2	562	32	17	15	34	1.91
58569--58625	19	2.9	19	78	2	69	29	17	19	33	1.95
64783--64839	20	2.6	23	86	10	75	38	15	17	28	1.91
64850--64886	13	2.8	13	87	0	56	37	16	8	37	1.78
66362--66445	33	2.5	33	94	0	141	29	33	9	27	1.88
67504--67559	20	2.8	20	94	0	94	35	12	17	33	1.88
67607--67631	13	1.9	13	100	0	50	32	8	16	44	1.76
67587--67656	33	2.1	33	84	5	88	31	8	18	41	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69875--69938	27	2.4	27	84	5	76	3	10	3	82	0.89
69868--69939	17	4.4	17	73	21	64	6	11	2	79	1.03
74243--74343	37	2.7	36	92	6	166	33	15	14	35	1.89
84162--84218	19	2.9	19	89	5	78	35	17	15	31	1.92
84184--84248	33	2.0	32	87	3	94	41	16	15	26	1.88
84770--84823	19	2.9	19	80	2	65	33	31	1	33	1.69
84781--84833	19	2.6	20	82	11	63	22	37	1	37	1.65
86687--86715	13	2.2	13	100	0	58	41	17	13	27	1.87
88987--89017	15	2.1	15	100	0	62	25	6	16	51	1.68
90786--90859	36	2.1	36	94	0	130	29	14	8	47	1.73
92938--92968	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
93054--93080	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
93035--93099	32	2.0	33	87	3	96	40	15	16	27	1.89
96943--97028	42	2.0	43	90	2	138	46	2	29	22	1.64
97568--97698	50	2.6	50	86	0	181	25	19	13	41	1.88
100073--100562	79	6.2	79	84	3	619	26	27	13	32	1.94
100441--100667	106	2.1	107	83	7	291	27	26	13	32	1.94
100522--100587	27	2.4	28	82	10	82	27	30	13	28	1.94
100382--100719	185	1.8	186	85	4	477	28	25	12	33	1.92
100655--100782	51	2.6	51	87	3	172	28	24	10	36	1.89
100551--100720	79	2.2	79	80	4	209	29	25	11	33	1.91
100704--100931	80	2.9	79	86	1	312	27	24	14	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100863--100980	51	2.3	51	88	2	166	29	27	11	30	1.92
100551--101026	210	2.3	210	82	5	604	28	23	12	36	1.91
106768--107400	316	2.0	316	92	0	1050	32	24	20	22	1.98
115467--115587	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
115659--115728	33	2.1	33	89	0	104	40	14	11	34	1.82
115684--115708	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
117246--117290	19	2.4	18	88	3	63	86	8	4	0	0.69
117246--117290	9	4.9	9	86	5	63	86	8	4	0	0.69
118278--118710	61	7.1	61	82	6	486	26	27	19	27	1.99
118697--118882	43	4.6	41	77	9	195	21	23	15	40	1.90
118697--118834	43	3.3	42	86	3	197	21	24	14	39	1.91
118856--119060	62	3.3	62	86	1	277	26	22	20	29	1.99
121601--121686	42	2.0	43	93	2	147	47	2	27	22	1.63
122208--122342	50	2.7	50	90	0	207	25	18	14	41	1.88
124692--124790	51	1.9	51	83	4	128	28	28	12	31	1.92
124724--125026	79	3.8	78	80	4	290	28	24	12	33	1.92
124724--125026	157	1.9	159	80	10	354	28	24	12	33	1.92
124780--125300	265	2.0	264	86	2	733	27	25	12	34	1.92
125069--125365	79	3.7	79	77	6	262	29	24	12	32	1.92
125040--125347	159	1.9	157	82	3	377	27	25	13	33	1.94
130187--130333	20	6.8	20	71	15	96	40	11	15	32	1.83
130161--130310	71	2.1	71	86	2	212	40	12	16	30	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
130256--130333	20	3.9	20	83	6	104	38	11	16	33	1.85
131181--131270	32	2.8	33	81	5	112	26	20	25	27	1.99
131224--131866	28	22.5	28	88	3	788	23	16	29	30	1.96
146974--147050	20	3.8	20	83	6	102	41	12	14	31	1.83
146926--147112	51	3.9	51	76	14	225	41	11	18	28	1.85
146926--147101	91	1.9	91	94	2	309	41	11	17	29	1.84
149711--150050	79	4.3	80	78	9	297	27	23	11	37	1.89
149702--150050	158	2.2	158	80	5	359	28	23	11	36	1.89
156398--156489	43	2.1	43	86	4	123	16	21	14	47	1.81
156486--156684	81	2.4	80	84	5	256	20	28	15	36	1.92

Tables:   1   2   3