genome.fa.s1079.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1079
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  410574

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 339 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
156363--156574	117	1.8	117	85	4	302	18	25	14	41	1.89
156363--156625	117	2.2	117	80	4	280	19	25	15	38	1.92
156711--157483	37	19.8	37	67	13	230	19	25	16	39	1.91
156787--156880	44	2.2	43	84	9	120	19	24	11	44	1.84
156783--157011	117	1.9	118	85	4	320	20	27	13	38	1.90
156905--156999	44	2.1	45	81	11	115	14	26	11	47	1.78
156986--157071	42	2.0	44	84	4	113	16	24	15	44	1.86
157068--157156	38	2.3	38	84	5	115	17	24	12	44	1.83
156952--157475	116	4.5	113	79	7	437	19	24	16	39	1.91
156872--157307	81	5.5	78	72	11	275	19	25	15	40	1.90
157224--157313	41	2.2	40	82	4	99	18	20	12	48	1.79
157174--157436	36	6.9	36	70	10	139	18	26	17	37	1.93
158453--159161	79	9.1	79	74	9	429	35	10	24	28	1.89
158567--158665	52	1.9	52	89	2	155	36	7	24	32	1.82
158642--158688	23	2.0	23	87	0	67	44	2	21	31	1.64
158664--159111	237	1.9	237	84	1	612	35	11	24	28	1.90
158664--159161	237	2.1	237	83	2	608	35	10	24	28	1.89
160688--160760	20	3.6	20	77	3	92	36	13	17	31	1.89
160706--160781	21	3.7	21	76	3	91	42	11	15	30	1.83
160688--160781	41	2.3	41	98	0	179	39	12	17	30	1.87
160820--160845	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
166933--167011	20	3.7	21	75	15	72	26	13	15	44	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
166998--167036	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
169475--169547	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
169475--169567	41	2.3	40	96	1	168	37	12	18	31	1.88
169494--169567	20	3.7	19	74	15	69	39	12	17	31	1.86
169606--169631	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
172120--172620	61	8.3	61	81	5	513	28	18	26	26	1.98
172105--172627	121	4.3	121	81	6	549	29	17	26	25	1.98
173599--173651	21	2.5	21	78	6	63	3	9	3	83	0.90
173622--173666	21	2.2	20	84	11	56	2	2	8	86	0.73
175184--175248	33	2.0	32	87	3	94	30	16	15	36	1.90
175218--175269	19	2.7	20	84	3	70	34	15	19	30	1.93
176828--176865	19	2.0	19	100	0	76	47	15	21	15	1.82
177590--177650	7	8.4	8	84	14	55	72	0	0	27	0.85
178131--178158	14	2.0	14	100	0	56	28	14	14	42	1.84
178101--178190	45	2.0	45	91	2	146	26	16	11	45	1.81
194202--194251	21	2.4	22	83	9	61	32	20	0	48	1.50
196000--196044	20	2.1	22	88	8	67	33	4	20	42	1.72
196630--196684	19	2.8	19	88	2	74	30	16	18	34	1.93
196713--196765	20	2.7	20	88	5	72	35	15	15	33	1.88
204121--204173	13	4.0	14	80	9	67	79	0	20	0	0.74
204121--204173	12	4.2	12	81	13	61	79	0	20	0	0.74
204121--204173	26	2.0	27	88	3	81	79	0	20	0	0.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
204862--204924	28	2.3	26	81	13	65	42	3	14	39	1.61
205810--206074	134	2.0	134	89	3	408	24	16	22	36	1.94
205655--206499	291	2.8	297	83	6	949	22	17	21	37	1.94
205944--206498	157	3.5	157	86	1	736	22	16	21	38	1.93
210310--210615	166	1.9	163	83	6	393	32	9	8	49	1.66
211223--211268	18	2.6	18	86	6	58	78	0	21	0	0.76
212864--213286	156	2.7	156	82	2	449	24	17	19	38	1.93
213640--213691	27	1.9	27	84	7	70	48	5	5	40	1.51
221510--221534	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
222535--223244	49	14.7	49	85	4	928	29	17	26	25	1.97
222535--223244	98	7.4	98	90	3	1054	29	17	26	25	1.97
223280--224195	33	28.7	34	76	15	261	32	14	31	21	1.93
223352--223431	27	2.9	27	84	1	106	27	17	33	21	1.96
223265--223754	123	3.9	125	76	13	454	32	13	33	21	1.92
223372--223978	95	6.3	95	77	13	450	32	13	33	20	1.92
223562--223681	29	4.1	29	84	6	136	32	15	31	20	1.93
223475--223698	122	1.8	122	82	10	287	32	14	31	20	1.93
223265--223978	218	3.2	220	80	9	775	32	13	33	21	1.92
223590--223983	200	2.0	197	86	5	544	31	13	34	20	1.91
223921--224383	62	7.4	60	89	6	592	29	17	30	23	1.97
223921--224383	125	3.7	123	88	5	668	29	17	30	23	1.97
223893--224383	187	2.6	184	89	5	725	29	16	30	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
225330--225368	15	2.7	14	84	7	51	2	0	12	84	0.72
232550--232674	52	2.4	52	95	0	223	28	17	18	36	1.94
232683--232707	13	1.9	13	100	0	50	44	16	8	32	1.76
232771--232795	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
242834--242887	20	2.7	20	88	11	76	35	18	14	31	1.91
242916--242969	19	2.8	20	91	2	83	37	18	14	29	1.91
244313--244607	79	3.7	77	79	5	268	35	11	23	29	1.90
246887--246986	41	2.4	41	85	3	121	34	13	13	40	1.82
246887--246986	21	4.9	21	85	3	123	34	13	13	40	1.82
247011--247084	21	3.6	20	81	3	67	31	16	12	40	1.85
248488--248548	13	5.2	13	72	22	62	27	14	19	37	1.91
248488--248566	33	2.4	33	95	0	140	27	16	16	39	1.90
251277--251303	13	2.1	13	100	0	54	22	14	48	14	1.81
252292--252326	8	4.4	8	92	0	52	82	0	8	8	0.83
252494--252692	64	3.1	64	76	1	191	42	15	13	28	1.85
253956--254027	20	3.7	19	83	7	74	29	16	13	40	1.87
256021--256079	21	2.8	21	97	0	109	37	11	18	32	1.87
258857--258933	31	2.4	32	89	2	111	33	9	14	42	1.77
258860--258946	31	2.8	31	82	5	77	35	9	13	41	1.77
258924--258996	20	3.6	20	77	3	74	38	15	10	35	1.82
261916--261940	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
261928--261980	20	2.6	21	82	8	65	37	15	16	30	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
262041--262066	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
262021--262088	33	2.1	32	91	2	109	35	19	13	32	1.90
268000--268025	8	3.2	8	100	0	52	15	0	23	61	1.33
268671--268715	20	2.1	21	84	8	56	17	46	28	6	1.73
270103--270193	37	2.5	39	82	12	120	35	1	29	34	1.65
270743--270767	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
270756--270807	21	2.5	21	81	9	63	38	15	17	28	1.90
270857--270882	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
271750--272011	131	2.0	131	99	0	515	40	12	15	31	1.84
282751--282869	51	2.3	51	85	0	166	32	13	25	28	1.93
282597--282896	130	2.3	130	79	10	303	34	14	24	27	1.94
282853--282936	27	2.9	29	79	12	102	28	16	30	23	1.96
282911--283026	51	2.3	51	83	0	142	31	13	25	29	1.94
282962--283111	79	1.9	79	88	0	228	32	16	24	26	1.96
282882--283134	130	1.9	128	79	7	278	35	14	23	26	1.93
285551--285602	21	2.6	21	90	6	81	30	15	11	42	1.82
286444--287041	61	10.3	58	85	7	688	24	21	27	26	1.99
286566--287041	55	8.3	55	88	5	596	23	21	28	26	1.99
286441--287019	116	4.9	117	86	7	732	25	20	27	25	1.99
286955--287138	94	2.0	94	89	6	284	24	19	32	23	1.98
288094--288184	1	91.0	1	71	0	65	0	3	10	85	0.70
288094--288184	28	3.4	27	78	18	100	0	3	10	85	0.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
288094--288184	35	2.5	36	87	10	125	0	3	10	85	0.70
291738--291792	19	2.9	19	97	0	101	34	10	14	40	1.81
294197--294351	54	2.9	53	87	7	217	30	23	10	35	1.89
294360--294431	28	2.6	28	86	0	90	22	33	19	25	1.97
294385--294590	80	2.6	79	80	2	216	22	30	17	29	1.97
304781--304900	51	2.4	51	84	5	154	34	15	23	27	1.94
304603--304928	130	2.5	127	78	9	336	34	14	24	26	1.93
304883--304959	28	2.8	28	82	4	84	25	20	31	22	1.98
304945--305058	51	2.2	51	84	0	147	30	12	26	30	1.92
304753--305089	158	2.1	158	79	5	360	32	15	26	26	1.95

Tables:   1   2   3