genome.fa.s111.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold111
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1194829

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
163--288	53	2.4	52	81	11	166	33	8	24	33	1.86
2657--2682	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2773--2830	21	2.7	22	81	7	75	32	15	15	36	1.89
4947--5016	33	2.2	32	80	10	81	31	27	11	30	1.91
9424--9473	18	2.6	20	81	12	68	32	18	6	44	1.74
9439--9474	18	2.0	18	100	0	72	33	22	5	38	1.77
16696--16863	32	5.5	31	81	10	138	23	18	29	28	1.98
16696--16844	32	4.8	31	79	10	144	22	18	29	28	1.98
16752--17310	28	19.7	28	80	7	479	23	17	30	27	1.97
16720--17310	83	6.9	83	82	6	616	23	17	30	28	1.97
26817--26858	13	3.2	13	93	0	75	30	14	16	38	1.89
26793--26874	26	3.7	23	79	17	84	32	19	13	34	1.91
26904--26958	19	2.8	20	84	13	78	34	16	16	32	1.91
26944--26970	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
28524--28601	14	5.9	12	72	22	59	1	3	10	84	0.80
28533--28608	19	4.3	18	71	15	59	1	5	9	84	0.83
28524--28594	9	7.7	9	77	16	65	1	4	9	84	0.81
35323--35379	13	3.9	13	72	24	51	35	12	17	35	1.87
35303--35398	32	3.0	32	95	1	174	34	11	18	35	1.87
35303--35417	19	6.6	19	74	23	119	33	11	18	36	1.86
35460--35484	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
35493--35621	52	2.5	52	94	0	231	37	17	16	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43896--44064	33	5.3	33	71	8	161	22	27	15	33	1.95
43929--44031	30	3.3	30	73	7	116	21	31	18	29	1.97
44074--44740	34	20.3	33	75	14	485	19	33	13	32	1.91
43872--44715	63	13.0	63	76	12	407	20	32	14	32	1.92
44201--44255	27	2.0	27	85	0	74	25	32	12	29	1.93
44167--44343	61	2.7	63	85	7	214	23	32	10	33	1.89
44074--44680	95	6.2	97	75	11	348	19	34	14	32	1.92
44255--44680	31	13.0	31	78	10	266	18	34	15	31	1.92
44074--44736	131	5.0	131	84	6	788	19	33	14	32	1.91
44757--45022	33	8.2	33	87	7	384	28	34	17	19	1.95
44760--45029	65	4.2	66	92	3	435	28	34	17	19	1.95
44755--45022	97	2.7	97	91	6	418	28	34	17	19	1.95
45017--45662	92	7.0	92	89	3	814	25	25	17	31	1.97
45022--45710	233	2.9	231	86	6	894	25	25	17	31	1.97
45620--45773	52	2.9	54	83	3	204	24	22	15	37	1.93
45723--45849	67	1.9	68	86	1	184	23	25	12	38	1.90
45802--45993	55	3.6	52	79	4	161	26	25	15	32	1.95
46643--46726	19	4.7	19	81	18	108	33	11	17	36	1.87
46683--46707	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
46664--46731	32	2.1	32	97	0	127	33	11	17	36	1.86
46760--46917	52	3.0	52	85	1	210	37	17	13	30	1.89
56984--57037	20	2.7	21	83	13	69	0	18	35	46	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57725--57765	21	2.0	21	85	0	55	24	0	4	70	1.06
57767--57820	27	1.9	27	85	7	72	20	1	11	66	1.32
57783--57823	19	2.2	19	86	4	57	14	2	9	73	1.19
60331--60356	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
60410--60482	20	3.6	20	79	17	96	32	19	13	34	1.91
60399--60482	41	2.1	39	95	4	150	32	19	11	36	1.88
62934--62971	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
62960--63036	20	3.6	20	74	19	66	44	15	14	25	1.84
66885--66929	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
69144--69169	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
69208--69282	20	3.7	20	78	8	89	30	17	12	40	1.86
69208--69300	41	2.3	40	96	1	168	31	18	12	37	1.88
69228--69300	20	3.6	20	79	17	96	32	19	13	34	1.91
71520--71635	51	2.3	51	86	5	155	31	10	28	30	1.90
71574--71711	69	2.0	69	90	2	215	31	13	24	30	1.94
73367--74073	61	11.6	61	84	4	863	28	18	27	25	1.98
82846--82970	20	5.7	20	68	18	70	44	11	12	31	1.78
83498--83622	51	2.4	51	82	1	160	29	21	10	38	1.87
85563--85605	9	4.8	9	77	11	52	65	0	0	34	0.93
85563--85620	27	2.4	25	83	16	70	62	0	0	37	0.96
90062--90168	51	2.1	51	92	0	178	45	9	18	26	1.79
90735--90805	20	3.6	19	77	7	70	39	16	14	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90775--90911	53	2.6	53	96	1	247	37	18	17	27	1.93
91050--91088	13	3.0	13	88	0	60	30	17	17	33	1.94
93101--93238	52	2.7	52	90	0	204	43	11	14	30	1.81
93295--93339	20	2.2	20	92	0	72	33	17	6	42	1.76
95675--95725	25	2.0	25	84	7	66	45	1	3	49	1.32
96732--96778	21	2.3	21	96	3	87	44	4	19	31	1.70
96762--96794	12	2.6	13	85	4	50	48	0	6	45	1.27
96987--97029	23	2.0	22	86	9	61	69	0	0	30	0.88
97343--97392	21	2.4	21	77	12	57	28	8	16	48	1.74
99137--99170	18	1.9	17	88	5	50	61	5	5	26	1.42
100469--100519	19	2.6	21	73	20	56	41	0	0	58	0.98
100461--100509	17	2.9	16	77	14	53	44	0	0	55	0.99
100512--100564	23	2.4	22	75	15	54	26	9	0	64	1.24
101125--101320	100	2.0	100	87	4	288	37	6	11	44	1.66
101523--101551	1	29.0	1	100	0	58	0	100	0	0	0.00
113838--113895	22	2.6	22	86	0	71	37	5	8	48	1.56
113932--113978	21	2.3	21	85	3	60	23	10	36	29	1.89
113982--114091	22	5.1	22	73	8	84	37	7	10	45	1.65
114261--114329	21	3.3	20	84	9	86	26	7	28	37	1.83
119518--119896	163	2.3	163	82	3	420	29	10	8	50	1.68
119647--120000	167	2.1	163	82	4	406	30	11	8	49	1.68
120195--120226	14	2.2	15	94	5	57	31	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120196--120247	14	3.8	14	80	7	54	32	3	0	63	1.12
120538--120582	20	2.3	19	82	14	56	80	0	15	4	0.87
121749--121778	11	2.7	11	89	0	51	70	0	3	26	1.03
122007--122455	154	2.9	153	81	6	487	24	16	19	38	1.92
127333--127375	19	2.1	21	87	8	63	44	16	4	34	1.68
129118--129166	21	2.4	21	83	10	57	48	0	20	30	1.50
129276--129300	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
129380--129432	20	2.7	19	75	21	56	54	18	1	24	1.54
133807--133837	3	10.3	3	92	0	53	29	35	0	35	1.58
135525--135579	19	2.8	20	80	5	76	38	16	14	30	1.89
135565--135591	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
137121--137147	14	1.9	14	100	0	54	33	14	14	37	1.88
137103--137167	34	1.9	33	87	9	96	29	16	15	38	1.90
137131--137189	19	3.1	19	83	13	84	35	13	15	35	1.87
143216--143277	31	2.1	29	87	6	88	19	1	25	53	1.54
143496--143542	22	2.2	22	85	14	64	31	21	0	46	1.51
145219--145257	21	1.9	21	94	5	71	46	0	23	30	1.53
145857--145896	13	3.1	13	100	0	80	30	15	15	40	1.87
145880--145938	19	3.1	19	90	2	91	35	15	15	33	1.89
145987--146012	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
148783--149594	153	5.2	153	74	10	528	37	20	18	23	1.94
151353--151415	28	2.3	27	80	5	72	4	20	12	61	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
151606--151663	15	3.7	14	82	15	62	1	18	15	63	1.39
153400--153563	86	1.9	86	86	5	233	44	12	23	19	1.85
153431--153568	42	3.2	42	63	15	102	44	14	22	18	1.86
153565--153879	159	2.0	157	81	2	371	44	11	24	20	1.84
153962--154174	43	5.0	43	70	12	170	32	13	30	23	1.93
153880--154202	170	1.9	168	83	3	416	34	14	29	21	1.93
153880--154202	84	3.8	84	83	2	398	34	14	29	21	1.93
154227--154340	43	2.7	43	80	10	110	39	16	27	16	1.90
154421--154531	43	2.6	43	86	0	159	33	13	27	25	1.93
154521--154699	42	4.4	42	71	11	129	32	19	28	18	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6