genome.fa.s111.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold111
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1194829

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
154464--154693	120	1.9	120	85	0	316	32	16	28	21	1.96
154826--155250	43	9.9	43	82	1	460	36	18	28	16	1.93
154826--155243	128	3.3	128	84	3	520	36	17	28	17	1.93
155467--155577	48	2.3	48	90	3	170	36	15	27	21	1.93
156377--156666	89	3.3	87	81	4	316	45	13	20	21	1.85
156424--156668	44	5.6	43	72	13	167	45	14	20	20	1.85
156422--156666	88	2.8	88	83	6	300	45	13	20	20	1.84
157011--157049	20	1.9	20	89	5	60	38	23	15	23	1.92
157039--157107	19	3.6	19	96	2	120	28	15	15	39	1.89
157165--157218	21	2.6	21	85	2	74	29	14	18	37	1.91
160353--160407	20	2.7	20	82	2	65	34	12	16	36	1.87
161295--161591	112	2.6	110	78	8	294	37	16	16	29	1.92
162365--162491	20	5.8	20	69	20	85	30	16	11	41	1.83
163803--164100	112	2.6	111	78	11	293	35	16	17	29	1.92
164916--164990	20	3.8	20	81	13	91	30	16	14	38	1.88
164870--165039	91	1.9	90	85	3	234	27	18	13	40	1.88
179502--180110	28	21.4	28	80	7	532	30	28	17	23	1.97
181159--181215	20	2.8	20	94	0	105	29	15	10	43	1.80
187786--187836	23	2.2	23	83	13	61	25	1	13	58	1.46
188576--188968	155	2.5	154	81	3	477	39	21	18	21	1.92
189326--189382	13	3.9	13	74	24	51	36	15	15	31	1.90
189304--189381	32	2.4	32	91	0	120	35	16	16	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
189284--189368	19	4.7	19	70	19	65	37	15	16	30	1.90
189398--189452	20	2.8	20	88	5	76	32	14	12	40	1.84
193016--193102	36	2.6	35	76	16	103	32	25	13	28	1.94
193567--193638	24	3.0	24	93	0	108	43	6	22	27	1.79
193567--193631	14	5.2	14	66	27	56	43	6	21	29	1.77
195597--195675	23	3.4	23	80	1	86	3	21	18	55	1.58
196805--196835	16	1.9	16	93	0	53	80	6	0	12	0.89
201840--201865	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
204209--204255	21	2.3	21	76	23	55	42	4	19	34	1.70
204376--204414	13	3.0	13	88	0	60	33	15	17	33	1.92
204400--204478	20	3.7	20	78	15	77	44	15	15	25	1.85
206495--206525	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
208329--208373	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
210009--210035	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
212955--213010	6	9.5	6	78	18	55	25	1	1	71	1.05
213629--213968	156	2.2	155	83	5	402	30	13	17	38	1.89
215635--215779	50	2.9	51	87	5	213	28	16	9	44	1.79
220625--220662	20	1.9	20	94	0	67	42	5	18	34	1.73
226030--226070	21	2.0	21	90	0	64	34	9	26	29	1.88
226105--226157	20	2.7	20	91	5	81	39	11	18	30	1.86
226105--226177	20	3.6	21	85	5	78	39	12	17	30	1.87
226213--226352	52	2.7	52	87	2	192	30	16	11	41	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
228674--228703	10	3.0	10	100	0	60	50	10	0	40	1.36
228704--228939	97	2.4	97	86	4	316	26	23	15	35	1.94
239255--239681	165	2.6	164	87	3	590	29	10	7	51	1.63
240182--240219	15	2.6	15	91	4	60	68	0	31	0	0.90
240190--240225	13	2.9	13	92	8	58	72	0	27	0	0.85
240196--240247	22	2.4	21	78	15	52	71	0	21	7	1.11
241153--241455	162	1.9	162	86	2	430	33	9	13	42	1.78
245293--245402	51	2.2	51	86	3	150	32	11	24	30	1.91
245335--245729	79	5.0	79	79	1	391	34	12	23	28	1.92
245233--245482	130	1.9	129	82	2	313	34	13	24	28	1.93
245335--245733	158	2.5	157	82	6	477	34	12	24	28	1.92
247093--247195	50	2.1	50	84	0	134	41	16	16	25	1.89
247752--247867	43	2.8	42	81	12	132	40	16	24	18	1.91
247909--248142	62	3.8	61	82	6	278	28	20	26	24	1.99
247920--248142	124	1.8	121	89	4	349	27	20	27	24	1.99
248324--248487	50	3.3	50	88	0	238	42	16	15	25	1.87
252733--252787	20	2.7	21	85	5	76	34	12	21	30	1.91
255269--255319	26	2.0	26	88	7	77	23	31	17	27	1.97
266448--266536	46	1.9	46	88	8	137	35	15	16	31	1.91
267621--267646	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
269857--269901	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
271705--271735	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
273851--273897	21	2.3	20	78	10	51	34	19	2	44	1.62
279503--279591	46	1.9	46	88	8	137	35	15	16	31	1.91
280676--280701	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
282358--282502	71	2.0	72	97	1	274	24	21	16	37	1.93
289119--289159	11	3.9	10	84	12	55	85	9	2	2	0.78
289119--289163	16	2.9	15	87	9	56	84	8	2	4	0.84
290413--290594	40	4.5	40	85	10	244	17	28	13	40	1.88
290395--290594	81	2.5	81	91	1	321	18	28	13	40	1.88
290574--290712	44	3.2	43	74	12	133	20	24	6	48	1.72
290455--290741	86	3.4	85	82	6	302	19	24	11	44	1.84
290934--291012	32	2.5	31	81	4	95	27	32	25	13	1.94
291785--291837	20	2.6	21	84	3	63	37	15	16	30	1.90
291885--291940	20	2.7	21	86	10	80	28	14	12	44	1.81
293542--293660	52	2.3	52	85	7	170	35	11	21	31	1.90
293651--293716	28	2.4	29	82	10	84	30	22	25	21	1.99
293753--293826	28	2.6	28	87	8	107	24	21	32	21	1.98
293595--293907	110	2.9	109	82	7	386	32	15	25	27	1.95
293781--293988	81	2.6	81	93	3	348	30	16	26	26	1.97
293679--294029	190	1.8	191	90	3	564	33	15	25	26	1.95
293943--294018	28	2.8	28	86	11	104	26	22	31	19	1.98
294003--294171	51	3.3	51	78	6	173	31	14	24	28	1.95
295938--295979	18	2.3	18	95	0	75	28	9	40	21	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
296474--296532	20	2.9	21	87	7	86	40	11	16	30	1.85
296513--296540	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
305549--305590	22	1.9	22	85	0	57	28	19	19	33	1.96
308308--308357	9	5.4	9	79	11	57	84	10	2	4	0.84
308315--308347	17	1.9	17	93	0	57	84	9	3	3	0.82
309570--309998	89	4.8	89	84	0	502	20	23	16	38	1.92
309569--309986	44	9.4	44	76	3	338	20	23	16	38	1.92
309569--309951	177	2.2	178	87	1	545	20	24	16	38	1.93
309570--310026	177	2.6	177	80	5	537	20	23	16	39	1.92
310150--310270	42	2.8	43	74	10	122	23	33	9	32	1.88
310125--310270	43	3.4	42	72	9	116	23	32	10	33	1.88
310125--310314	85	2.2	86	81	0	211	22	32	10	34	1.88
310559--310757	43	4.6	43	75	9	199	17	25	16	40	1.90
310559--310758	86	2.3	85	79	7	233	17	26	16	40	1.90
311834--312510	330	2.0	333	84	3	873	29	10	7	51	1.64
311845--312584	165	4.5	163	81	5	745	30	10	8	51	1.65
313928--314398	167	2.9	162	85	5	667	36	11	12	40	1.79
314210--314235	5	5.2	5	100	0	52	57	0	0	42	0.98
317222--317262	15	2.5	15	88	11	55	19	2	2	75	1.03
319641--320046	147	2.8	141	82	7	471	43	8	10	37	1.70
319887--319917	15	2.1	15	100	0	62	25	0	0	74	0.82
321287--321850	164	3.4	163	82	5	602	49	8	10	31	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
323913--324694	35	22.3	35	82	2	665	19	22	15	42	1.88
325795--326294	166	3.0	164	82	6	494	29	9	9	50	1.67
325936--326361	165	2.6	166	84	7	526	29	9	9	51	1.65
328667--328707	21	2.0	20	85	4	55	51	14	12	21	1.75
329611--329744	51	2.6	51	89	1	198	41	12	16	29	1.85
331811--332367	166	3.4	165	84	5	653	49	8	9	32	1.66
332216--332501	144	2.0	142	86	5	398	48	9	12	29	1.72
332049--332667	308	2.0	311	86	5	862	49	9	11	30	1.69
332360--332864	165	3.1	164	82	6	569	49	9	9	31	1.68
338929--338971	19	2.3	19	84	8	52	41	0	6	51	1.29

Tables:   1   2   3   4   5   6