genome.fa.s1224.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1224
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  474570

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 353 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
196287--196311	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
196267--196330	32	2.0	33	96	3	121	34	12	18	34	1.89
196267--196349	19	4.6	19	80	18	106	33	12	18	36	1.87
196392--196416	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
196425--196553	52	2.5	52	92	0	222	34	18	17	28	1.94
201813--202611	165	4.8	165	78	9	580	30	10	9	50	1.67
202227--202613	167	2.3	165	82	7	444	30	10	9	49	1.68
201857--202611	333	2.3	331	78	9	716	31	10	8	49	1.67
203081--203122	10	4.3	10	84	3	59	88	0	11	0	0.53
203085--203139	11	5.1	11	78	10	51	78	0	18	3	0.90
203081--203123	16	2.6	17	89	10	63	86	0	13	0	0.58
204518--204565	25	1.9	25	100	0	96	35	16	12	35	1.87
204577--204854	143	1.9	143	86	2	389	23	18	22	35	1.95
211070--211096	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
211080--211136	19	2.9	19	84	2	78	31	17	17	33	1.93
211168--211232	33	2.0	33	90	6	105	36	13	15	33	1.87
219813--219867	16	3.2	16	85	15	58	3	20	0	76	0.94
225356--225411	22	2.5	22	91	0	85	37	3	37	21	1.71
225936--226002	20	3.7	20	74	25	85	26	14	14	43	1.85
225955--226014	13	5.1	13	73	22	69	28	15	15	41	1.86
225936--226033	33	3.0	33	94	4	164	27	15	15	41	1.87
225998--226054	19	2.9	19	86	2	78	31	14	17	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
228362--228428	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
228382--228406	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
228471--228495	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
232072--232097	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
232052--232115	33	2.0	32	90	3	101	26	14	20	39	1.90
232157--232207	21	2.5	21	81	9	61	27	15	17	39	1.90
234195--234239	20	2.1	22	88	8	67	4	28	48	17	1.66
234508--234546	20	2.0	19	85	5	51	35	0	25	38	1.56
234681--234717	13	2.8	13	95	0	65	32	18	16	32	1.93
234901--234926	8	3.2	8	100	0	52	61	23	0	15	1.33
240833--240884	20	2.7	20	90	3	79	26	13	21	38	1.90
240926--240977	21	2.5	21	81	9	63	26	17	17	38	1.92
240987--241027	20	2.0	20	90	0	64	26	12	21	39	1.89
241295--241372	31	2.6	30	79	4	102	21	16	12	48	1.80
241455--241562	30	3.6	30	69	14	87	25	22	12	40	1.88
241289--242254	121	8.0	121	81	4	927	23	22	11	42	1.86
241289--242254	60	16.0	60	71	11	408	23	22	11	42	1.86
241939--242034	30	3.2	30	75	11	106	26	17	12	43	1.84
242092--242201	30	3.7	30	68	7	80	24	22	10	42	1.84
243330--243801	167	2.8	167	79	5	488	29	9	9	51	1.66
243731--243792	22	2.7	23	71	24	60	40	8	0	51	1.31
250490--250618	52	2.5	52	96	0	231	30	17	17	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
250490--250638	52	2.9	51	89	4	219	31	17	17	33	1.93
250627--250651	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
250713--250737	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
250692--250757	32	2.0	33	94	2	116	36	16	12	34	1.86
251521--251647	67	1.9	68	86	1	184	38	12	25	23	1.90
251597--251751	53	2.9	53	80	6	168	36	15	22	25	1.93
251600--251751	55	2.8	55	83	4	184	35	15	23	25	1.94
251840--252185	29	11.7	28	77	10	176	24	16	29	29	1.96
251855--252180	56	5.5	55	69	15	159	25	16	29	28	1.97
252008--252179	29	5.9	29	84	4	204	24	17	30	27	1.97
252015--252185	86	2.0	86	88	2	254	22	17	31	28	1.97
253606--253650	11	3.9	11	88	5	63	0	0	13	86	0.57
253606--253654	25	2.0	24	92	4	80	0	0	14	85	0.59
253604--253654	18	2.9	17	85	8	66	0	0	13	86	0.58
267572--267622	19	2.6	21	87	12	81	35	19	11	33	1.88
267572--267625	20	2.8	18	89	10	81	38	18	11	31	1.86
268374--268500	67	1.9	68	86	1	184	38	12	25	23	1.90
268490--268604	53	2.1	53	87	3	158	38	14	21	25	1.92
268453--268604	55	2.8	55	82	2	164	35	15	23	25	1.94
268562--268646	43	2.0	43	90	0	134	29	20	23	27	1.99
268693--268805	28	4.0	28	91	2	172	18	17	28	35	1.94
270090--270418	79	4.2	80	77	11	243	35	13	25	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
270126--270479	79	4.5	78	80	7	281	35	13	25	25	1.92
270126--270427	158	1.9	158	85	4	412	34	13	25	26	1.93
270549--270714	80	2.1	79	83	1	215	35	14	25	24	1.93
270362--270720	187	1.9	187	80	5	422	36	13	23	26	1.92
270549--270765	79	2.7	79	78	6	233	35	12	25	26	1.92
273096--273210	50	2.3	50	92	3	187	39	16	17	26	1.91
273338--273424	41	2.3	38	84	9	106	47	11	20	20	1.81
273321--274017	45	16.3	42	72	14	427	42	12	24	20	1.87
273412--274017	89	7.0	88	73	12	323	42	12	24	20	1.87
273363--273990	168	3.7	167	77	10	504	42	12	24	20	1.86
274001--276557	62	41.4	62	81	4	2664	30	19	24	25	1.98
274001--276548	185	13.8	185	81	5	2617	30	19	24	25	1.98
274002--276557	247	10.3	248	81	4	2695	30	19	24	25	1.98
277803--277852	20	2.5	19	84	9	64	12	0	4	84	0.76
282600--282794	78	2.5	78	85	0	264	32	11	27	28	1.92
282600--282890	80	3.7	80	80	5	261	34	11	25	28	1.91
282725--282969	80	3.1	79	75	4	208	34	12	25	27	1.92
287785--287829	21	2.1	21	95	0	81	40	17	28	13	1.88
291274--291303	13	2.3	13	94	0	51	30	10	16	43	1.81
293234--293275	21	2.0	21	90	0	66	38	0	26	35	1.57
293907--293960	19	2.8	20	88	2	83	29	16	14	38	1.89
296699--296862	66	2.5	65	72	16	149	14	22	15	46	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
297394--297650	66	3.9	65	75	6	169	16	21	15	47	1.83
297927--298062	66	2.1	66	81	2	157	15	22	14	47	1.82
298102--298363	66	4.0	65	78	3	238	17	25	13	42	1.86
298102--298422	132	2.4	133	80	3	344	17	25	14	42	1.87
298175--298491	66	4.8	66	78	5	264	17	23	14	45	1.85
298175--298528	132	2.7	131	79	4	327	17	23	13	44	1.85
300070--300297	65	3.5	65	82	3	226	19	22	13	44	1.85
300792--301447	66	10.0	64	74	9	347	16	20	15	47	1.82
301301--301458	64	2.5	65	80	4	178	18	22	12	46	1.83
301562--301740	64	2.8	65	82	3	182	18	20	14	46	1.84
301589--301753	66	2.5	65	84	1	188	18	24	12	44	1.85
303143--303208	28	2.4	28	100	0	132	30	24	24	21	1.99
303169--303366	76	2.6	78	83	4	231	31	17	26	24	1.97
303261--303474	108	2.0	107	84	0	275	30	15	28	26	1.96
303347--303818	79	6.0	79	88	4	650	33	13	25	27	1.93
306209--306234	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
306221--306262	21	2.0	21	100	0	84	28	19	9	42	1.82
306287--306368	19	4.6	19	75	17	95	37	18	12	31	1.87
306306--306370	32	2.0	32	93	0	112	35	18	12	33	1.88
307033--307304	42	6.2	44	77	11	215	41	12	26	20	1.87
307065--307304	89	2.7	89	85	3	326	39	12	26	21	1.89
307340--307473	55	2.4	55	87	0	196	21	22	29	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
307285--307682	209	1.9	211	86	4	572	24	21	28	25	1.99
307496--307799	116	2.7	109	80	11	326	23	20	27	27	1.99
307494--308045	171	3.3	165	80	11	648	24	20	28	26	1.99
307494--307799	55	5.4	55	79	11	289	23	20	28	27	1.99
307397--308045	326	2.0	323	87	5	932	24	19	29	26	1.99
307664--307961	155	1.9	155	92	0	497	25	19	29	25	1.99
307819--308068	55	4.4	55	87	4	331	23	20	28	27	1.99
307557--308173	265	2.3	266	86	6	835	24	19	29	26	1.99
309140--309184	21	2.2	20	88	11	65	0	4	13	82	0.82
318190--318464	66	4.2	66	78	4	216	17	23	14	44	1.86

Tables:   1   2   3