genome.fa.s1224.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1224
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  474570

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 353 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2346--2371	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2328--2391	32	2.0	33	90	3	103	39	18	14	28	1.90
7394--7419	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
7376--7439	32	2.0	33	90	3	103	39	18	14	28	1.90
10988--11106	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
11021--11096	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
11012--11097	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
11003--11073	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
13444--13469	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
13421--13487	32	2.1	33	91	2	109	28	14	14	41	1.86
14114--14204	39	2.3	41	79	9	107	34	23	5	37	1.78
16041--16074	13	2.6	13	95	0	59	29	14	20	35	1.93
19989--20037	21	2.3	23	82	13	68	24	18	4	53	1.62
19993--20037	22	2.1	21	88	8	65	24	20	4	51	1.66
21621--21646	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
21598--21664	32	2.1	33	91	2	109	28	14	14	41	1.86
28071--28111	14	2.9	14	88	3	64	73	2	0	24	0.96
28524--28562	15	2.8	13	82	14	51	33	2	2	61	1.23
28459--28886	115	3.8	113	87	5	544	39	8	8	44	1.65
37880--38258	52	7.2	52	82	3	348	33	11	24	30	1.91
37887--38317	105	4.1	104	79	5	398	32	11	24	31	1.90
38423--38547	32	3.9	31	79	7	124	26	18	26	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38397--38544	32	4.6	33	76	7	117	27	16	26	30	1.96
38421--38578	32	5.0	32	77	6	117	25	17	27	28	1.98
38582--39070	117	4.2	115	72	14	354	33	11	28	26	1.91
38530--39187	30	22.4	29	74	8	341	32	11	29	26	1.91
39134--39207	30	2.5	29	78	10	71	32	17	27	22	1.97
43010--43051	17	2.5	17	96	0	75	16	11	14	57	1.66
47729--47756	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
47711--47776	33	2.0	33	88	5	98	39	13	16	30	1.87
50952--51005	20	2.7	20	85	2	63	31	14	9	44	1.77
60634--60663	15	2.0	15	93	0	51	53	0	3	43	1.17
60743--60787	20	2.2	20	88	7	65	48	2	0	48	1.13
63367--63425	28	2.1	28	100	0	118	44	10	8	37	1.69
72667--72745	33	2.4	33	87	2	115	34	11	8	45	1.71
74767--74847	20	3.8	21	74	17	78	41	0	2	55	1.13
74779--74824	24	1.9	24	86	0	65	39	0	4	56	1.19
75116--75170	24	2.2	25	87	9	78	61	0	3	34	1.13
76664--76713	23	2.1	23	82	14	57	26	4	2	68	1.18
77317--77347	5	6.2	5	100	0	62	61	0	0	38	0.96
78983--79008	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
79198--79254	2	28.5	2	100	0	114	49	0	0	50	1.00
82928--83014	16	5.5	15	75	14	77	56	4	0	39	1.20
82928--83012	31	2.7	31	88	3	116	56	4	0	38	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87446--87484	14	2.7	14	92	4	60	43	23	0	33	1.54
89468--89507	16	2.7	15	88	11	64	75	17	7	0	1.03
89468--89507	15	2.6	16	92	7	66	75	17	7	0	1.03
91248--91880	155	4.1	155	81	5	636	39	21	15	23	1.92
93790--93826	10	3.9	9	86	13	56	8	16	0	75	1.02
94997--95029	13	2.5	13	100	0	66	39	15	15	30	1.88
95097--95161	19	3.8	18	76	23	77	41	12	16	29	1.85
95116--95176	13	5.2	13	74	25	73	39	13	16	31	1.87
95095--95192	32	3.0	32	93	1	160	40	14	15	29	1.86
94998--95304	147	2.1	148	95	1	562	35	15	18	30	1.92
95846--95887	22	1.9	22	85	0	57	21	30	4	42	1.73
103984--104039	19	2.9	19	86	2	67	35	14	16	33	1.88
104564--105007	165	2.7	165	86	3	601	51	7	11	28	1.66
104564--105083	165	3.2	163	80	10	551	52	7	11	28	1.65
108692--108716	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
108787--108885	33	3.0	32	78	7	101	39	14	15	31	1.87
108668--109000	148	2.2	148	96	0	612	36	15	15	33	1.89
108914--108969	19	2.9	19	86	2	67	35	14	16	33	1.88
109679--109742	11	5.9	11	76	12	53	20	3	4	71	1.17
109682--109741	17	3.7	17	71	10	54	20	3	5	71	1.19
118686--118748	33	1.9	32	81	12	74	34	17	11	36	1.85
118896--118952	21	2.7	21	97	0	105	33	10	19	36	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119008--119075	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
119029--119053	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
119010--119072	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
119115--119140	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
119095--119161	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
121505--121637	52	2.6	52	79	5	144	30	26	11	32	1.91
121621--121697	28	2.8	28	88	4	102	23	32	19	24	1.97
121572--121776	107	1.9	107	82	5	252	26	27	15	29	1.96
125674--125698	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
129256--129306	19	2.6	19	81	9	59	41	17	15	25	1.89
129384--129438	21	2.6	21	80	8	58	41	14	7	36	1.74
130336--130698	164	2.2	166	85	4	475	30	11	7	49	1.68
130950--131007	18	3.2	18	78	9	73	34	6	24	34	1.82
131598--131638	19	2.2	19	86	8	57	65	4	12	17	1.42
132185--132229	21	2.1	21	91	0	72	26	8	26	37	1.86
133409--134090	155	4.4	155	78	4	612	24	17	19	39	1.92
136086--136157	17	3.9	19	87	7	87	37	12	18	31	1.88
136906--136964	21	3.0	21	80	14	72	40	16	3	38	1.66
143466--143668	78	2.6	78	83	1	237	24	30	16	29	1.97
149572--149597	11	2.4	11	100	0	52	11	0	26	61	1.30
150056--150459	141	2.9	141	89	2	614	33	10	12	43	1.76
152253--152282	13	2.3	13	94	0	51	36	10	16	36	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
152232--152298	33	2.0	33	85	5	91	37	13	11	37	1.82
152327--152382	19	2.9	19	86	2	85	37	12	19	30	1.89
152367--152393	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
159440--159470	12	2.6	12	94	0	53	29	25	0	45	1.54
161146--161216	20	3.6	19	80	3	79	33	14	19	32	1.92
161145--161197	19	2.7	20	82	2	72	37	15	16	30	1.90
163089--163139	27	1.9	26	96	4	93	31	15	23	29	1.95
163650--163691	16	2.4	18	88	7	61	78	4	4	11	1.06
165084--165220	74	1.9	74	84	1	186	12	18	17	51	1.76
165164--165921	66	11.6	66	74	7	447	15	23	15	45	1.85
165200--165688	127	3.8	129	77	5	378	16	24	13	44	1.84
165309--165550	130	1.9	127	83	2	313	17	23	13	46	1.83
165462--165921	197	2.3	197	79	5	480	14	23	16	44	1.85
165923--166068	66	2.2	64	78	2	157	15	24	13	45	1.83
168869--169253	153	2.5	157	77	9	355	31	12	14	40	1.84
172003--172594	196	3.0	196	99	0	1177	24	15	22	37	1.93
178209--178284	31	2.5	31	82	4	82	46	15	9	28	1.77
178227--178288	31	2.0	31	93	0	106	43	14	11	30	1.80
178411--178435	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
179683--179714	16	2.0	16	93	0	55	37	15	6	40	1.73
181542--181600	30	2.0	30	100	0	118	18	40	13	27	1.88
182721--182771	22	2.3	22	100	0	102	37	17	13	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
186537--186586	11	4.4	11	80	16	57	62	0	28	10	1.27
186773--186831	30	2.0	30	96	0	109	20	40	11	27	1.87
189328--189380	23	2.2	23	78	21	56	35	3	1	58	1.27
189341--189399	30	2.0	30	83	6	75	35	3	1	59	1.24
190918--190972	20	2.7	20	85	5	65	34	20	9	36	1.84
190938--190975	20	1.9	20	100	0	76	36	15	5	42	1.70
191654--191679	13	2.0	13	100	0	52	53	30	7	7	1.57
192342--192427	24	3.6	24	85	6	120	40	10	24	24	1.86
192351--192424	14	5.9	13	69	23	52	39	10	24	25	1.88
192483--192534	19	2.7	19	82	8	61	40	13	13	32	1.83

Tables:   1   2   3