genome.fa.s130.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold130
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  730134

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2927--2982	19	2.9	19	89	2	76	35	14	19	30	1.91
10705--11367	28	23.3	28	83	5	758	23	17	30	28	1.97
10705--11367	86	7.8	85	85	5	773	23	17	30	28	1.97
14743--15130	207	1.9	208	86	2	566	37	12	19	30	1.89
19665--19712	22	2.2	23	85	10	66	12	22	6	58	1.57
23079--23139	20	3.0	20	92	0	104	59	3	0	37	1.14
23941--24206	78	3.5	77	75	4	241	36	16	13	33	1.88
24390--24530	56	2.5	55	83	8	169	44	15	12	27	1.82
24480--24694	110	2.0	110	93	0	367	42	12	14	29	1.83
24674--24766	27	3.4	26	71	19	73	49	15	13	21	1.79
25350--25413	9	7.0	9	75	10	67	3	15	0	81	0.82
25374--25413	16	2.6	16	88	4	55	5	15	0	80	0.88
26806--26871	35	1.9	35	87	3	98	34	22	10	31	1.88
27411--27468	13	3.9	13	73	26	53	37	17	15	29	1.90
27393--27489	33	3.0	32	89	4	140	39	16	15	28	1.89
27568--27610	22	2.0	22	86	8	63	41	4	9	44	1.57
35606--35671	35	1.9	34	90	3	105	28	24	13	33	1.93
37192--37217	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
37172--37235	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
38165--38388	37	6.2	36	71	12	147	37	9	15	37	1.79
39408--39480	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
39426--39501	21	3.7	21	78	3	91	40	11	17	30	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39408--39501	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
39540--39565	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
44925--44992	1	68.0	1	82	0	73	0	2	7	89	0.57
44925--44992	26	2.7	24	86	8	91	0	2	7	89	0.57
44926--44992	25	2.7	24	86	6	89	0	2	7	89	0.57
53959--53989	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
55999--56077	20	3.7	21	75	15	72	26	13	15	44	1.84
56064--56102	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
58543--58615	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
58561--58636	21	3.7	21	78	3	91	40	11	17	30	1.85
58543--58636	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
58675--58700	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
59532--59583	25	2.1	25	85	7	70	55	5	7	30	1.52
60649--60764	56	2.1	57	98	1	225	35	10	25	28	1.89
61580--61604	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
61654--61707	20	2.7	19	83	11	65	29	12	18	38	1.88
67944--67993	21	2.4	22	83	9	61	32	20	0	48	1.50
72343--72438	48	2.0	48	85	4	131	35	26	12	26	1.92
74305--74542	119	2.0	122	82	8	299	43	15	10	29	1.81
75193--75266	34	2.1	35	82	2	87	55	8	16	20	1.66
76482--76520	20	2.0	20	89	0	60	35	10	17	35	1.84
78215--78280	33	2.0	33	88	5	98	42	15	15	27	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81316--81353	3	12.7	3	94	0	58	39	0	34	26	1.57
81775--81816	15	2.7	16	82	14	52	54	2	14	28	1.52
86521--86855	133	2.5	131	87	3	451	33	13	25	27	1.93
86777--86894	51	2.3	50	85	4	155	31	12	26	29	1.93
86987--87059	28	2.6	28	82	10	87	24	21	31	21	1.98
99031--99086	1	56.0	1	78	0	58	89	8	1	0	0.56
99031--99075	12	3.8	12	94	2	74	91	8	0	0	0.43
99031--99086	18	3.2	17	92	5	85	89	8	1	0	0.56
100182--100411	60	3.9	60	81	8	251	28	29	17	24	1.98
100239--100628	215	1.8	214	84	4	543	25	28	20	26	1.99
100454--100809	61	5.9	61	84	5	438	24	26	22	26	2.00
100088--100683	270	2.2	266	81	8	657	25	28	19	26	1.99
100458--100808	122	2.9	122	90	1	553	24	26	22	26	2.00
101361--101527	51	3.3	51	71	6	176	26	27	13	31	1.94
101409--101578	51	3.3	51	72	4	146	29	25	12	31	1.93
101295--101541	102	2.4	102	95	0	440	27	26	12	34	1.92
101566--101639	28	2.7	27	87	8	96	21	32	21	24	1.98
101515--101794	108	2.6	108	76	3	298	27	25	15	32	1.95
102791--103196	132	3.1	129	85	5	516	33	14	25	26	1.94
103050--103165	51	2.3	51	90	0	178	29	12	26	31	1.93
105763--105819	20	2.8	20	89	5	80	40	12	17	29	1.86
105791--105854	33	1.9	33	93	0	110	40	14	17	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
105795--105869	20	4.1	19	69	25	63	41	14	16	28	1.87
105908--105933	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
109811--110405	32	18.6	32	83	6	618	22	18	30	28	1.98
109808--110405	64	9.3	64	88	3	785	22	18	30	28	1.98
110845--110902	27	2.1	27	90	0	89	37	12	27	22	1.89
110593--110992	127	3.2	125	73	8	344	35	13	30	21	1.91
110650--111073	32	13.2	32	71	13	178	35	11	31	21	1.89
111066--111124	30	2.0	29	93	3	100	32	16	28	22	1.96
116486--116511	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
118864--118910	21	2.3	21	76	23	55	42	4	19	34	1.70
119031--119069	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
119055--119133	20	3.7	20	78	15	77	44	15	15	25	1.85
121148--121178	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
122983--123027	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
125245--125270	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
127169--127234	27	2.4	27	92	0	105	24	18	28	28	1.98
130788--130812	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
133530--133569	20	1.9	22	85	10	57	52	0	22	25	1.47
138679--138713	3	11.7	3	93	0	61	28	34	0	37	1.58
138677--138715	9	4.3	9	93	0	60	25	33	0	41	1.56
139527--139600	20	3.7	20	92	3	114	37	18	12	31	1.88
140554--140579	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140534--140597	33	2.0	32	87	3	92	28	14	18	39	1.90
140679--140703	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
142696--142740	20	2.1	21	84	8	56	6	26	46	20	1.75
151181--151254	34	2.1	35	82	7	89	56	10	14	17	1.66
154196--154239	21	2.1	21	86	0	61	38	9	27	25	1.86
158168--158223	29	1.9	29	86	13	80	17	14	0	67	1.22
158207--158270	9	7.3	9	80	13	55	1	17	0	81	0.77
158182--158272	8	11.2	8	76	11	60	6	15	0	78	0.95
158219--158272	10	5.4	10	86	6	74	0	14	0	85	0.61
158219--158270	22	2.4	21	79	17	61	0	15	0	84	0.62
158216--158271	5	11.4	5	78	17	64	0	16	0	83	0.64
158216--158272	9	5.9	9	86	11	69	0	15	0	84	0.63
158206--158271	21	3.2	21	79	14	75	1	16	0	81	0.76
158224--158273	6	8.7	6	77	16	52	0	16	0	84	0.63
158206--158282	28	2.6	31	76	19	83	2	19	0	77	0.88
161731--161782	24	2.2	25	86	6	72	42	0	0	57	0.98
163313--164163	155	5.5	157	72	9	546	42	16	14	26	1.87
163253--164222	311	3.1	308	81	4	1002	42	16	14	26	1.87
165483--165520	20	1.9	20	84	10	51	15	21	13	50	1.78
165811--165870	27	2.1	29	82	11	72	68	1	1	28	1.09
167096--167576	64	7.5	64	72	4	252	40	14	23	20	1.90
167117--167576	191	2.4	191	78	4	444	40	15	23	20	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
167584--167807	40	5.6	40	78	10	217	46	14	20	18	1.84
167804--167835	16	2.0	16	93	0	55	53	6	18	21	1.67
167998--168113	40	2.9	39	80	8	101	50	13	17	18	1.77
168059--168189	40	3.3	40	80	7	142	48	14	17	19	1.81
168440--168573	66	2.0	66	82	5	164	49	14	19	17	1.80
168521--168667	39	3.7	40	86	5	190	51	19	17	12	1.76
168521--168671	79	1.9	81	83	8	202	50	18	17	13	1.77
168521--168792	40	6.8	40	76	4	217	47	16	19	16	1.82
168521--168828	80	3.8	79	72	7	235	47	15	20	16	1.83
171010--171245	96	2.4	97	83	3	287	33	13	25	27	1.94

Tables:   1   2   3   4   5