genome.fa.s130.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold130
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  730134

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
171031--171245	97	2.2	96	83	4	272	34	13	24	27	1.92
173934--174084	44	3.5	41	69	21	94	47	14	17	21	1.83
173866--174171	88	3.5	88	83	2	319	44	15	18	22	1.87
175160--175209	20	2.4	21	87	9	68	2	14	2	82	0.86
175179--175218	21	1.9	21	84	0	53	5	12	5	77	1.09
175521--175565	15	2.9	16	75	21	51	2	11	8	77	1.07
175973--176047	19	3.8	19	82	10	80	29	17	18	34	1.94
176091--176121	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
176075--176141	33	2.0	32	88	11	100	35	13	17	32	1.89
182269--182296	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
184743--184769	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
184855--184885	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
184839--184905	33	2.0	32	88	11	100	35	13	17	32	1.89
184945--184970	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
188815--188888	20	3.7	20	81	3	103	35	13	20	31	1.91
188833--188908	21	3.7	21	82	3	109	40	11	18	28	1.86
188815--188908	41	2.3	41	100	0	188	38	12	19	29	1.89
188947--188972	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
191173--191217	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
193021--193051	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
195066--195145	20	3.8	20	75	15	79	26	15	15	43	1.85
195131--195169	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
197619--197692	20	3.7	20	81	3	103	35	13	20	31	1.91
197637--197712	21	3.7	21	82	3	109	40	11	18	28	1.86
197619--197712	41	2.3	41	100	0	188	38	12	19	29	1.89
197751--197776	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
198951--199019	34	2.0	34	85	0	93	40	20	14	24	1.90
200725--200778	20	2.7	20	88	0	81	42	12	14	29	1.83
200810--200877	33	2.1	32	91	2	109	36	16	13	33	1.87
207463--207514	20	2.4	21	87	9	70	19	50	26	3	1.65
208921--208966	23	2.0	23	83	4	58	36	2	26	34	1.69
209533--209586	20	2.7	20	88	0	81	42	12	14	29	1.83
209638--209663	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
209618--209685	33	2.1	32	94	2	118	36	17	13	32	1.89
214098--214214	61	1.9	60	81	8	139	63	5	11	19	1.47
214597--214972	155	2.3	163	81	8	417	48	17	8	25	1.75
214862--214887	6	4.3	6	100	0	52	34	15	15	34	1.89
218255--218304	20	2.4	21	83	10	66	32	0	0	68	0.90
218734--218760	9	3.0	9	100	0	54	11	0	0	88	0.50
218905--218936	16	2.0	16	93	0	55	50	3	0	46	1.17
219805--219963	80	2.0	81	95	2	286	50	3	3	42	1.36
221965--221990	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
224573--224625	14	4.0	14	78	14	67	58	1	0	39	1.09
224561--224627	25	2.6	25	90	2	98	58	1	0	40	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
231336--231384	22	2.3	20	86	6	62	67	0	2	30	1.02
231775--231800	8	3.2	8	100	0	52	76	0	0	23	0.78
232207--232259	19	2.8	18	82	5	52	64	7	0	28	1.21
232450--232501	23	2.3	22	81	12	61	61	0	1	36	1.07
232533--232561	4	7.5	4	92	7	51	0	24	0	75	0.80
232720--232746	14	1.9	14	100	0	54	77	0	0	22	0.76
232968--233006	2	19.5	2	94	0	69	53	0	46	0	1.00
239125--239178	22	2.5	22	87	0	81	37	0	11	51	1.37
240492--241116	208	3.0	208	100	0	1250	31	14	18	35	1.91
251307--251373	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
251327--251351	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
251416--251440	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
251449--251569	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
256571--256631	27	2.3	27	82	0	68	34	16	24	24	1.95
263469--263578	42	2.6	42	92	0	184	41	1	45	10	1.50
263535--263584	18	2.8	18	81	6	57	44	2	46	8	1.44
269056--269095	20	2.0	21	85	5	55	12	32	35	20	1.90
269538--269575	13	3.0	12	92	7	58	31	15	21	31	1.94
273382--273431	20	2.5	19	78	15	57	52	2	0	46	1.12
276136--276174	13	2.9	13	82	17	53	69	0	0	30	0.89
277063--277135	16	4.7	16	73	13	53	45	4	0	50	1.20
277941--277999	11	4.9	11	75	18	55	57	1	0	40	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
277946--277997	13	4.0	14	76	16	58	57	1	0	40	1.10
277934--277999	25	2.6	25	88	4	89	57	1	0	40	1.08
277941--277999	25	2.4	25	88	2	93	57	1	0	40	1.09
280323--280369	22	2.2	22	84	3	60	65	0	2	31	1.04
285559--285621	19	3.2	18	82	8	54	65	6	0	28	1.17
285801--285852	23	2.3	22	81	12	61	61	0	1	36	1.07
285883--285911	4	7.5	4	92	7	51	0	24	0	75	0.80
286069--286095	14	1.9	14	100	0	54	77	0	0	22	0.76
286317--286351	2	17.5	2	93	0	61	54	0	45	0	0.99
292471--292521	22	2.3	22	93	0	84	41	0	7	50	1.31
297741--297786	18	2.5	19	82	10	60	71	4	4	19	1.20
302953--302978	3	8.7	3	100	0	52	34	0	65	0	0.93
312771--312889	42	2.8	42	92	0	193	43	1	45	9	1.46
312846--312895	18	2.8	18	81	6	57	44	2	46	8	1.44
317033--317123	39	2.3	41	79	9	107	35	21	4	38	1.74
318363--318402	20	2.0	21	85	5	55	12	32	35	20	1.90
318845--318882	13	3.0	12	92	7	58	31	15	21	31	1.94
324344--324368	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
327233--327348	51	2.3	51	84	0	151	29	15	12	42	1.84
331904--331990	15	5.8	15	73	0	75	22	42	3	31	1.70
331899--331993	30	3.2	30	83	0	109	23	41	3	32	1.70
332479--332536	9	7.1	8	74	20	50	32	1	1	63	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
332579--332632	17	3.2	16	77	10	63	62	1	3	31	1.23
333062--333126	29	2.2	29	83	5	78	50	3	4	41	1.38
333736--333780	18	2.4	19	81	7	56	57	0	0	42	0.98
334274--334345	32	2.3	32	76	11	76	23	18	18	40	1.91
335235--335278	22	2.0	22	95	0	79	38	4	6	50	1.50
335527--335560	15	2.3	15	89	0	50	44	2	0	52	1.16
346039--346070	13	2.5	13	94	0	55	43	15	3	37	1.63
346197--346236	20	2.0	20	85	14	55	32	22	0	45	1.53
347945--347994	21	2.4	21	93	6	84	36	6	28	30	1.81
348578--348652	20	3.8	20	87	1	98	33	13	16	37	1.87
349131--349205	19	3.9	19	85	1	96	30	16	16	37	1.90
349234--349307	20	3.7	20	90	3	105	29	12	18	39	1.87
349588--349626	19	2.1	19	95	0	69	23	2	15	58	1.49
354384--354437	21	2.7	20	83	13	67	31	12	16	38	1.87
354478--354530	20	2.6	21	82	8	65	28	16	16	37	1.91
357851--357896	21	2.2	21	84	7	58	32	23	17	26	1.97
357922--358027	20	4.8	20	70	20	79	26	16	16	41	1.88
360051--360252	80	2.5	80	82	7	236	28	22	12	36	1.91
360211--360332	51	2.4	52	80	5	151	29	26	12	31	1.92
360130--360503	131	2.9	128	77	8	351	28	24	13	34	1.92
360342--360458	51	2.3	51	85	2	146	29	24	12	33	1.93
360159--360528	130	2.8	130	77	8	340	29	23	12	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
360392--360565	79	2.2	78	81	9	192	28	22	14	33	1.94
360430--360609	79	2.3	79	83	3	229	28	22	14	35	1.93
368243--368298	28	1.9	28	85	7	76	33	19	25	21	1.97
368386--368732	107	3.3	106	70	16	284	31	11	25	30	1.91
368389--368564	52	3.3	52	78	10	169	32	10	25	31	1.90
368550--368617	27	2.5	27	87	2	91	22	19	33	25	1.97
368335--368734	215	1.9	213	86	3	579	31	12	26	30	1.92
371099--371124	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
371163--371230	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
371185--371209	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90

Tables:   1   2   3   4   5