genome.fa.s131.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold131
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  442253

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26--186	46	3.4	49	75	13	156	40	0	6	52	1.33
716--766	13	3.4	14	80	20	50	43	0	0	56	0.99
833--873	2	20.0	2	90	5	64	46	0	2	51	1.14
1087--1210	48	2.5	47	81	15	126	38	1	4	55	1.28
8208--8587	154	2.4	154	81	2	402	38	20	18	23	1.93
10642--11088	165	2.7	165	84	3	528	48	9	11	29	1.71
10711--11088	165	2.3	165	87	2	546	50	9	11	28	1.70
10947--11230	152	1.9	152	85	2	392	50	11	9	28	1.70
12402--12916	85	6.1	85	79	5	423	34	13	31	20	1.91
12387--12879	170	2.9	171	80	4	473	34	13	31	20	1.91
12566--12762	43	4.6	41	68	13	121	32	11	32	23	1.90
12456--12916	255	1.8	255	79	4	545	33	13	31	21	1.91
13095--13415	95	3.4	95	87	0	428	39	17	18	24	1.92
13044--13415	190	2.0	189	83	3	480	38	18	19	23	1.93
13044--13415	47	7.9	47	77	6	306	38	18	19	23	1.93
13094--13504	47	8.7	47	76	8	295	38	16	19	24	1.92
13042--13460	190	2.2	187	81	3	473	38	17	20	23	1.93
19395--19427	17	1.9	17	88	11	50	9	21	0	69	1.15
19747--19784	15	2.4	16	84	16	53	5	13	0	81	0.85
19725--19786	17	3.7	17	70	8	56	8	14	1	75	1.10
19747--19800	16	3.4	15	78	12	54	3	9	3	83	0.89
25620--25685	33	2.0	33	87	0	96	39	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26571--26742	49	3.4	51	80	5	181	31	17	25	25	1.97
26603--27174	49	12.5	49	74	14	202	29	17	25	27	1.98
26656--27360	88	7.9	90	81	9	538	29	18	25	26	1.98
26606--26962	136	2.6	136	88	2	509	29	17	25	27	1.98
26655--27358	224	3.1	222	90	2	1059	29	18	25	26	1.98
26967--27358	48	8.6	48	75	12	353	30	18	25	26	1.98
26793--27137	175	2.0	169	80	11	383	29	18	24	27	1.98
27104--27358	135	1.9	137	86	4	370	29	18	26	25	1.98
27369--27782	33	12.8	33	76	11	385	35	12	30	20	1.90
27451--27782	127	2.6	127	90	1	508	36	12	30	20	1.90
27656--27713	27	2.2	26	78	6	62	36	13	29	20	1.91
27421--27803	94	4.0	96	81	10	364	36	13	30	20	1.91
27690--27782	34	2.8	33	83	4	123	35	12	30	21	1.91
27716--28079	61	6.0	58	81	7	159	32	14	28	23	1.94
27595--27803	95	2.2	92	86	3	292	33	13	31	21	1.93
27784--28142	93	3.9	93	80	6	408	32	15	28	23	1.95
27796--28147	30	11.5	30	78	8	336	32	14	29	23	1.94
28802--28851	27	1.9	25	88	8	73	38	4	24	34	1.74
29438--29471	14	2.3	15	90	5	52	0	0	14	85	0.60
40782--40835	20	2.7	20	88	2	72	29	14	14	40	1.86
41441--41891	52	8.8	50	75	6	244	32	16	24	26	1.96
41473--41891	102	4.1	102	81	1	430	32	15	24	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41990--42077	34	2.6	34	92	0	158	28	28	18	25	1.98
42142--43023	49	18.1	49	80	9	923	23	25	18	32	1.97
42208--43019	101	8.3	101	87	6	1116	23	25	18	32	1.97
42234--43016	293	2.7	292	90	3	1177	23	25	18	32	1.97
43876--43996	13	7.9	13	71	28	80	34	13	18	33	1.89
43856--44020	32	5.1	32	96	0	294	34	12	18	35	1.88
44058--44082	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
44091--44219	52	2.5	52	93	0	222	34	16	18	30	1.93
47313--47561	33	7.7	32	73	10	159	27	20	26	26	1.99
47407--47566	31	4.9	33	78	9	159	32	19	24	23	1.97
47403--47568	63	2.6	63	83	6	192	33	18	24	22	1.97
48255--48282	14	2.0	14	100	0	56	28	7	35	28	1.84
49298--49376	24	3.3	23	72	16	63	13	6	2	77	1.07
69222--69272	27	2.0	27	85	11	72	25	35	15	23	1.94
73989--74034	7	6.1	8	85	10	62	89	10	0	0	0.50
73990--74034	15	3.1	15	87	12	67	88	11	0	0	0.50
73987--74032	1	46.0	1	82	0	56	91	8	0	0	0.43
73988--74034	11	4.1	11	89	8	67	89	10	0	0	0.49
74281--74330	15	3.4	15	73	15	59	84	6	10	0	0.79
74280--74313	17	2.0	17	88	0	50	82	8	8	0	0.85
74281--74341	29	2.1	29	87	6	88	80	4	14	0	0.87
75277--75765	32	15.6	32	78	11	414	21	30	16	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75347--75710	62	5.9	61	85	5	380	22	29	17	30	1.96
75375--75668	156	1.9	154	90	2	464	24	28	16	30	1.96
75277--75765	94	5.2	94	78	10	400	21	30	16	31	1.95
75282--75765	62	7.7	62	81	7	371	22	30	16	30	1.95
75856--75984	32	4.0	33	89	4	217	28	34	18	18	1.95
76051--76118	21	3.2	20	66	25	50	27	26	16	29	1.97
76030--76486	43	10.1	43	82	11	556	25	24	18	31	1.97
75979--76539	92	6.1	92	93	1	917	25	25	17	32	1.97
75979--76539	275	2.0	279	91	2	923	25	25	17	32	1.97
76440--76593	52	2.9	53	81	4	193	25	23	14	36	1.93
76543--76669	67	1.9	68	86	1	184	24	23	11	40	1.88
76610--76765	53	3.0	52	77	3	152	26	22	14	37	1.92
77442--77539	32	3.0	32	92	1	160	35	13	16	34	1.87
77580--77604	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
77593--77737	52	2.8	51	85	4	200	34	16	17	31	1.92
86539--86563	12	2.1	12	100	0	50	36	16	16	32	1.90
86520--86583	32	2.0	32	87	0	92	40	15	12	31	1.85
87412--87442	4	7.8	4	92	0	53	70	3	0	25	1.02
91423--91465	21	2.0	21	82	8	52	76	0	4	18	0.95
94235--94284	19	2.6	19	93	0	82	32	14	18	36	1.90
101517--101643	51	2.5	52	89	1	184	28	18	17	36	1.93
101945--102002	13	4.0	13	76	23	62	36	13	17	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101926--102026	32	3.1	32	95	1	175	35	11	17	34	1.87
101924--102021	19	5.8	18	70	28	81	34	12	17	35	1.87
102064--102088	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
109084--109118	16	2.2	16	90	10	54	85	14	0	0	0.59
109080--109127	11	4.2	11	81	7	60	83	14	2	0	0.74
110272--110309	16	2.3	17	86	4	51	44	23	5	26	1.74
110468--110722	31	7.6	34	76	16	196	20	32	13	33	1.91
110468--110538	34	2.2	32	90	7	108	22	32	14	30	1.93
110470--110709	101	2.4	100	90	4	367	20	32	13	33	1.91
110567--110696	67	2.0	66	83	5	167	20	33	13	32	1.91
110529--110707	37	5.2	35	77	14	176	19	32	12	34	1.90
110732--110940	32	6.5	32	87	4	280	29	33	17	19	1.95
110732--110940	65	3.3	65	87	5	309	29	33	17	19	1.95
110933--111355	49	8.9	48	80	11	462	26	25	16	31	1.96
110928--111301	92	4.1	92	88	6	508	25	25	16	31	1.97
111022--111353	141	2.3	143	91	2	542	25	25	16	31	1.96
111255--111408	52	2.9	54	82	3	195	25	24	15	35	1.94
112218--112274	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
112198--112298	32	3.1	32	97	1	184	34	11	17	35	1.87
112196--112293	19	5.8	18	71	28	90	33	12	17	36	1.87
112198--112326	65	2.0	65	82	8	156	37	13	16	32	1.88
113265--113295	10	3.1	10	90	0	53	41	6	29	22	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113319--113455	53	2.6	53	92	1	229	28	16	17	37	1.92
113443--113496	20	2.7	20	80	8	65	29	12	16	40	1.86
116937--116961	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
117004--117053	19	2.6	19	96	0	91	38	18	12	32	1.87
117042--117066	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
117023--117086	32	2.0	33	93	3	112	34	17	12	35	1.87
117919--117943	12	2.1	12	100	0	50	16	36	16	32	1.90
118211--118396	102	1.8	101	85	5	259	32	11	12	43	1.79
118210--118394	50	3.7	50	80	7	196	32	11	12	43	1.78
129933--129965	11	2.8	12	86	4	50	0	21	0	78	0.75

Tables:   1   2   3