genome.fa.s131.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold131
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  442253

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 340 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
129933--129989	22	2.5	23	75	16	57	3	22	0	73	0.98
130454--130991	167	3.2	164	85	4	645	48	10	11	29	1.73
131982--132123	41	3.5	41	74	6	117	18	25	15	40	1.89
132059--132446	82	4.7	82	77	4	255	18	27	15	38	1.91
132136--132255	41	2.9	41	72	4	125	17	25	15	41	1.89
132282--132446	41	4.1	40	76	9	138	19	30	12	38	1.88
132285--132614	82	4.0	83	81	5	289	20	28	10	40	1.86
132376--132614	41	5.8	41	77	2	228	20	27	10	42	1.84
132384--132610	123	1.8	123	85	5	325	20	26	10	42	1.84
133764--133816	13	4.5	13	69	26	55	35	16	13	33	1.88
133767--133831	33	2.0	33	90	6	105	33	18	13	33	1.90
134486--134538	27	2.0	27	92	3	90	33	20	7	37	1.81
134515--134558	20	2.2	20	88	8	63	31	25	4	38	1.76
135585--135609	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
146144--146206	33	1.9	33	90	6	101	36	19	11	33	1.87
146236--146308	20	3.7	20	81	7	78	41	16	12	30	1.85
147198--147275	40	2.0	40	94	0	138	38	6	6	48	1.54
147522--147576	24	2.4	21	77	14	56	43	9	0	47	1.35
149962--149986	7	3.6	7	100	0	50	12	0	12	76	1.04
151024--151049	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
155340--155604	78	3.4	75	79	9	248	37	11	22	28	1.89
155490--155716	122	1.9	120	85	6	314	34	10	25	29	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
156927--156956	9	3.3	9	100	0	60	90	0	10	0	0.47
158129--158181	20	2.6	20	78	3	61	30	15	13	41	1.85
159378--159435	13	4.1	14	79	16	59	75	0	22	1	0.89
161207--161236	13	2.3	13	94	0	51	30	16	10	43	1.81
161157--161285	62	2.1	63	88	4	190	25	14	16	43	1.86
163706--163818	51	2.2	51	92	1	183	27	23	12	36	1.91
163805--163863	28	2.0	29	87	9	84	30	27	13	28	1.94
163754--164062	78	3.9	77	75	7	239	27	25	13	33	1.93
163643--163897	129	2.0	130	85	2	352	29	25	11	34	1.91
163754--164062	157	2.0	157	81	3	363	27	25	13	33	1.93
176444--176483	12	3.4	11	83	16	53	87	12	0	0	0.54
176444--176494	14	3.4	16	78	13	63	86	11	1	0	0.66
176445--176494	11	4.9	10	78	11	57	86	12	2	0	0.67
177464--177581	29	4.2	29	71	14	111	27	27	22	22	1.99
177497--177678	61	3.1	59	83	7	221	25	29	18	26	1.98
177526--177816	156	1.9	156	87	2	433	25	28	18	27	1.98
177707--178073	61	6.1	61	82	7	385	24	26	19	29	1.99
177687--178059	122	3.2	116	82	6	439	25	26	20	27	1.99
178043--178150	45	2.6	42	81	12	134	22	30	14	32	1.94
178079--178215	42	3.2	42	82	5	123	19	27	12	40	1.88
178121--178215	42	2.3	42	87	3	129	17	27	12	42	1.86
178199--178294	35	2.8	35	85	4	115	21	25	14	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
178228--178297	35	2.0	35	94	0	122	24	24	15	35	1.94
178266--178368	41	2.5	40	77	13	102	18	29	9	42	1.82
179000--179094	29	3.5	29	71	20	105	24	17	18	38	1.92
178982--179115	51	2.7	49	89	7	207	26	17	16	39	1.91
181471--181622	51	3.0	50	80	3	178	28	24	10	36	1.89
181609--181667	28	2.1	26	82	17	66	32	28	8	30	1.87
181555--181865	79	3.9	78	77	4	243	28	25	12	33	1.93
193467--193511	12	3.7	12	80	16	56	84	15	0	0	0.62
193472--193510	20	2.0	21	90	10	64	82	17	0	0	0.68
194604--194833	55	4.2	54	78	14	231	29	29	20	21	1.98
194655--194746	47	2.0	47	100	0	184	33	27	19	19	1.96
194719--194835	61	1.9	61	94	0	207	23	31	20	23	1.98
194704--194988	156	1.8	155	88	2	437	26	28	18	26	1.98
194876--195240	61	6.1	62	82	6	369	25	24	19	30	1.98
194849--195187	116	2.9	116	82	7	407	25	26	19	28	1.99
195236--195352	45	2.7	45	85	9	145	22	29	11	36	1.89
195231--195392	42	3.7	43	79	11	143	20	27	11	40	1.87
195379--195459	35	2.3	35	82	4	101	25	22	13	38	1.91
195397--195466	35	2.0	35	91	0	113	25	20	12	41	1.88
196136--196190	20	2.8	20	94	0	101	25	12	14	47	1.80
198708--199014	79	3.9	78	75	8	270	26	24	14	35	1.93
204613--204845	97	2.3	100	81	7	258	39	13	21	25	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
206854--207239	154	2.5	152	84	5	463	40	21	14	23	1.90
209303--209770	165	2.8	163	86	3	616	50	8	11	28	1.68
209623--209662	21	1.9	22	85	10	57	57	5	10	27	1.52
209335--209834	165	3.0	162	82	8	464	50	9	11	28	1.69
210003--210041	20	1.9	21	85	15	55	56	2	10	30	1.46
210857--210952	43	2.2	42	81	7	104	42	20	20	15	1.89
210879--211085	43	4.8	42	77	7	148	36	20	28	14	1.93
211433--212058	44	14.3	45	67	13	288	41	15	23	19	1.90
211458--212083	88	7.1	88	82	2	645	40	15	24	20	1.90
211458--212081	175	3.6	176	82	3	697	40	15	24	20	1.90
212090--212453	44	8.0	46	74	12	173	42	14	22	21	1.88
212142--212419	44	6.0	49	74	14	185	42	14	22	20	1.88
212205--212419	94	2.4	90	82	5	256	44	15	20	19	1.86
212084--212441	138	2.6	137	74	13	354	43	14	21	20	1.87
213127--213308	88	2.1	88	81	6	208	49	12	16	21	1.78
215652--215747	20	4.8	20	75	0	75	42	10	13	33	1.78
215674--215749	40	1.9	40	88	0	116	38	11	14	35	1.83
215773--215846	20	3.6	20	79	3	67	32	17	12	37	1.87
216502--216816	104	3.0	105	78	4	332	36	16	23	23	1.94
216502--216816	52	6.0	52	75	2	256	36	16	23	23	1.94
216969--217202	33	7.2	33	76	8	140	29	16	26	26	1.97
216875--217329	31	14.2	31	70	9	225	28	18	26	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
216875--217329	64	7.0	64	71	10	223	28	18	26	27	1.98
226735--226851	51	2.3	51	96	0	216	43	10	19	26	1.83
226815--226891	20	3.8	20	80	10	95	38	11	16	32	1.85
227496--228481	28	34.5	28	84	3	1189	24	16	30	29	1.97
227449--228481	57	18.0	57	85	4	1163	24	17	29	28	1.97
227496--228484	85	11.5	85	85	4	1200	24	16	30	28	1.97
229700--229764	12	5.6	11	76	7	67	1	4	10	83	0.87
229703--229764	21	2.9	21	83	9	72	1	4	11	82	0.89
229723--229767	19	2.3	19	84	7	54	2	0	17	80	0.82
235417--235472	24	2.3	24	90	0	85	30	16	25	28	1.96
241560--241628	27	2.6	27	97	0	129	18	20	37	23	1.94
243790--243846	20	2.8	20	89	0	87	40	10	15	33	1.82
249036--249168	34	3.9	34	91	2	203	30	24	9	34	1.88
250474--250517	23	1.9	23	85	0	61	25	34	2	38	1.68
252363--252415	19	2.8	19	82	5	72	32	15	13	39	1.85
253549--253600	21	2.4	21	84	12	70	15	25	1	57	1.48
255192--255322	34	3.9	34	80	5	117	30	25	10	33	1.90
255761--255817	20	2.8	20	94	0	105	38	14	10	36	1.80
261073--261098	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
268668--268712	16	2.6	17	86	10	65	40	0	2	57	1.11
268679--268722	17	2.4	20	78	21	60	43	0	0	56	0.99
269763--269811	23	2.1	24	85	11	66	44	0	2	53	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
269763--269811	24	2.1	23	85	11	64	44	0	2	53	1.12
269981--270030	23	2.2	23	81	0	55	62	2	0	36	1.07
270226--270275	23	2.1	24	85	3	66	32	2	8	58	1.39
270456--270512	26	2.2	27	78	15	66	8	1	19	70	1.23
271907--271983	29	2.7	28	73	13	75	49	1	0	49	1.09
272189--272244	21	2.6	21	76	18	53	37	0	0	62	0.95
273164--273210	20	2.3	21	85	10	62	38	10	19	31	1.86
277628--277672	17	2.6	17	85	0	63	40	2	8	48	1.47
278566--278610	16	2.6	18	89	10	67	33	0	0	66	0.92
278572--278610	18	2.2	19	86	9	55	33	0	0	66	0.92

Tables:   1   2   3