genome.fa.s1348.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1348
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  233253

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 273 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
327--394	33	2.1	32	86	2	91	44	11	14	29	1.81
411--465	19	2.9	19	97	0	101	40	14	10	34	1.81
1211--2009	55	14.0	57	84	9	872	26	19	26	27	1.99
1211--2009	226	3.5	225	85	7	1077	26	19	26	27	1.99
8141--8312	79	2.2	79	82	3	204	30	16	27	25	1.97
8264--8335	28	2.6	28	88	0	99	23	19	34	22	1.96
8324--8447	53	2.3	52	84	5	151	33	10	23	33	1.89
10802--10827	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
10781--10847	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
10867--10921	19	2.9	19	97	0	101	40	14	10	34	1.81
10976--11054	21	3.8	21	98	0	149	37	20	10	31	1.86
12493--12541	20	2.5	20	75	0	53	44	0	0	55	0.99
14290--14360	26	2.7	26	86	0	97	36	2	8	52	1.47
16522--16549	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
21230--21274	18	2.5	18	96	0	81	53	11	13	22	1.71
23581--23621	14	2.9	14	85	10	57	82	17	0	0	0.66
23587--23621	16	2.2	16	94	0	61	85	14	0	0	0.59
24871--25015	31	4.8	29	78	10	121	24	30	17	27	1.97
24995--25281	136	2.2	130	83	7	364	21	29	12	35	1.91
24987--25306	136	2.4	136	82	6	363	21	30	11	36	1.89
24901--25377	34	14.7	33	75	12	321	22	29	12	34	1.92
24987--25357	136	2.8	135	80	7	359	21	29	11	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25257--25458	29	6.8	28	76	14	158	24	32	12	30	1.93
25257--25463	56	3.5	56	83	9	234	24	31	12	31	1.92
25532--26597	49	21.9	49	77	12	823	24	25	17	32	1.97
25532--26373	179	4.4	179	76	13	565	24	25	18	31	1.97
25676--26071	136	2.9	137	88	3	574	24	25	19	30	1.98
25897--25975	39	2.0	39	92	0	131	27	25	21	25	1.99
25860--26023	88	1.9	87	92	1	274	24	26	20	28	1.99
26082--26583	101	4.9	101	89	1	707	23	25	16	33	1.96
25814--26635	202	4.1	202	83	6	904	23	26	17	32	1.96
26516--26890	176	2.1	176	96	0	696	23	26	16	33	1.95
27442--27525	19	4.6	19	76	21	81	35	11	19	33	1.88
27484--27508	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
27465--27534	32	2.2	32	94	0	122	34	11	18	35	1.87
27557--27612	20	2.8	20	88	0	76	35	14	14	35	1.86
38987--39069	41	2.0	41	97	0	157	33	20	18	27	1.96
39084--39108	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
41513--41553	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
41896--42015	64	1.9	64	87	0	177	30	5	9	54	1.56
42052--42100	24	2.0	24	84	7	64	57	2	8	32	1.40
42999--43041	18	2.4	18	88	7	61	48	2	0	48	1.14
49033--49077	19	2.4	19	81	7	56	48	0	2	48	1.13
51695--51761	20	3.3	20	73	8	64	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51622--51761	40	3.6	39	72	14	110	56	0	2	41	1.11
51829--51924	47	2.2	45	77	18	105	48	5	0	45	1.24
52778--52813	2	18.0	2	94	0	63	47	0	0	52	1.00
53262--53300	19	2.1	19	85	0	51	43	5	0	51	1.24
53840--53906	2	33.5	2	96	0	125	47	0	1	50	1.10
53887--54083	98	2.0	98	100	0	394	34	9	15	41	1.78
58771--58863	32	2.7	35	83	14	122	44	0	1	54	1.07
58794--58853	18	3.6	18	68	25	58	46	0	0	53	1.00
58774--58881	32	3.6	30	77	15	100	40	0	0	58	1.04
58842--58883	11	3.9	11	85	14	61	30	0	0	69	0.89
59329--59390	30	2.1	30	96	0	115	27	24	0	48	1.51
65581--65643	17	3.9	17	78	16	80	50	3	0	46	1.17
65590--65640	15	3.3	15	72	22	52	49	3	0	47	1.20
65662--65705	21	2.1	21	82	0	52	63	2	2	31	1.19
67248--67361	54	2.1	55	79	12	128	47	1	7	42	1.43
68178--68215	12	3.1	12	88	3	58	55	0	0	44	0.99
70903--70970	22	3.0	21	80	20	75	36	0	0	63	0.95
70907--70962	9	5.5	11	85	14	68	37	0	0	62	0.95
70907--70970	20	3.0	21	77	20	69	37	0	0	62	0.95
70847--70975	45	2.8	45	76	15	120	40	0	0	59	0.97
70912--70963	25	2.0	25	88	3	77	34	0	0	65	0.93
70912--70985	25	3.2	25	80	16	63	37	0	0	62	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71294--71362	18	3.7	19	79	11	56	60	0	0	39	0.97
71275--71508	12	19.8	12	65	20	57	58	1	1	38	1.17
71274--71334	20	3.0	20	77	15	56	52	0	1	45	1.10
71280--71374	23	3.9	25	68	23	69	60	0	1	38	1.04
71412--71581	8	21.2	8	69	20	81	60	0	1	37	1.09
71410--71461	6	8.5	6	78	18	54	65	0	0	34	0.93
71401--71582	37	4.8	39	69	19	111	60	0	1	37	1.08
71410--71546	32	4.5	31	72	16	99	62	0	0	36	1.06
73053--73117	33	2.0	33	82	8	80	55	0	1	43	1.09
73384--73433	26	2.0	26	84	7	68	56	2	0	42	1.11
73396--73447	26	2.0	27	82	10	65	61	0	0	38	0.96
74489--74545	29	2.0	29	86	6	80	36	7	1	54	1.38
75063--75151	44	2.0	44	100	0	178	50	17	2	29	1.58
76889--76972	29	2.9	29	75	18	84	63	1	1	34	1.10
76902--76970	20	3.5	20	69	21	56	63	0	0	36	0.94
76903--76978	40	1.9	40	84	10	102	65	0	0	34	0.93
77285--77335	21	2.3	21	83	6	66	60	0	0	39	0.97
77365--77389	12	2.1	12	100	0	50	48	0	0	52	1.00
77406--77439	17	2.0	17	100	0	68	29	11	0	58	1.33
77505--77581	29	2.6	29	87	4	100	57	1	6	35	1.33
77497--77581	30	2.9	30	84	5	102	55	1	7	36	1.35
77512--77595	30	2.8	29	80	3	96	54	1	5	38	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79347--79419	9	7.7	9	72	17	58	61	0	0	38	0.96
79326--79401	34	2.2	33	82	11	91	59	0	0	40	0.98
79343--79419	19	4.0	19	74	14	77	62	0	0	37	0.96
79337--79435	49	2.0	50	88	5	148	61	0	0	38	0.96
79335--79428	34	2.7	36	81	8	113	62	0	0	37	0.95
79345--79423	20	4.0	20	76	14	83	62	0	0	37	0.96
79735--79778	21	2.0	22	86	4	63	56	0	0	43	0.99
79808--79832	12	2.1	12	100	0	50	48	0	0	52	1.00
79937--80013	29	2.6	29	89	2	109	58	5	1	35	1.29
79937--80034	29	3.4	28	80	7	97	56	4	3	36	1.34
81225--81272	19	2.6	17	78	15	51	31	0	2	66	1.03
81233--81272	19	2.0	20	90	4	64	32	0	0	67	0.91
83525--83585	15	3.9	15	71	14	52	36	0	1	62	1.05
84866--84910	2	24.5	2	78	17	53	44	0	2	53	1.13
84866--84908	9	4.8	9	82	8	52	44	0	2	53	1.13
84866--84910	7	6.1	8	78	17	53	44	0	2	53	1.13
94923--94964	2	21.0	2	90	0	66	52	0	2	45	1.13
97891--97917	2	13.5	2	100	0	54	0	0	48	51	1.00
100831--100882	27	1.9	27	88	0	77	50	0	0	50	1.00
101317--101356	2	20.0	2	94	0	71	47	0	2	50	1.14
104141--104669	134	3.9	135	86	2	710	44	19	11	24	1.84
104550--104784	116	2.0	117	89	2	357	44	17	10	27	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104427--105055	250	2.4	253	85	6	780	45	17	10	26	1.81
104668--105055	136	2.9	135	88	1	575	45	18	10	25	1.82
104281--105166	386	2.3	386	97	0	1639	44	18	11	25	1.82
104936--105166	116	2.0	118	88	1	349	45	16	10	27	1.81
105695--105744	25	2.1	23	88	7	73	46	0	2	52	1.12
105835--105904	14	5.0	15	72	19	62	42	0	0	57	0.99
106619--106663	24	1.9	23	86	4	63	64	0	2	33	1.06
106640--107107	52	9.4	51	75	16	322	52	3	1	41	1.29
106651--107104	103	4.5	104	73	19	299	52	3	1	41	1.30
106639--107104	51	9.2	50	74	16	333	52	3	1	42	1.30

Tables:   1   2   3