genome.fa.s1348.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1348
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  233253

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 273 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106793--107045	97	2.6	98	80	9	268	53	4	1	39	1.33
107146--107202	19	2.9	19	84	2	69	43	1	14	40	1.55
107647--107756	22	5.0	22	86	0	139	41	1	2	53	1.25
107687--107754	16	4.5	16	70	20	65	39	0	2	57	1.14
107683--107737	6	9.8	6	75	25	50	41	0	1	56	1.10
107678--107773	44	2.2	44	82	0	120	41	3	3	52	1.33
112916--112955	20	2.0	21	90	5	64	37	10	12	40	1.77
113382--113477	32	3.3	27	79	16	77	56	0	1	42	1.06
113397--113485	16	5.2	16	68	24	58	56	0	0	43	0.99
113402--113460	18	3.5	18	71	17	63	55	0	0	44	0.99
113412--113462	14	3.4	14	75	19	57	52	0	0	47	1.00
113393--113485	32	2.7	33	85	9	125	55	0	0	44	0.99
113868--113921	18	2.9	18	86	5	72	38	0	1	59	1.08
114648--114676	14	2.0	15	93	6	51	37	0	0	62	0.96
114649--114717	33	2.1	32	84	12	88	44	0	0	55	0.99
115902--116024	16	7.6	16	76	10	90	58	1	0	39	1.08
115902--116024	32	3.8	33	78	6	108	58	1	0	39	1.08
115924--116016	48	2.0	46	85	12	127	59	2	0	38	1.10
115997--116039	8	5.6	8	89	10	72	51	0	0	48	1.00
117541--117639	49	2.0	49	94	0	171	31	14	17	37	1.89
122161--122198	20	1.9	20	89	10	60	57	0	0	42	0.98
122230--122267	20	2.0	20	84	5	51	60	5	0	34	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123080--123104	13	1.9	13	100	0	50	44	0	0	56	0.99
125205--125261	23	2.6	22	83	8	73	52	1	1	43	1.21
125271--125311	21	1.9	22	85	5	57	41	0	7	51	1.30
125715--125754	20	2.0	20	86	13	57	35	0	0	65	0.93
125750--125785	19	1.9	20	88	11	58	52	0	0	47	1.00
126014--126062	2	24.5	2	80	0	53	48	0	4	46	1.20
126014--126062	22	2.2	22	88	0	71	48	0	4	46	1.20
126652--126719	34	1.9	36	82	14	88	50	0	0	50	1.00
126990--127056	25	2.7	25	75	9	73	44	0	0	55	0.99
127145--127271	8	14.9	8	70	24	50	38	0	0	59	1.08
127158--127274	11	10.3	11	73	21	50	39	0	0	59	1.03
127151--127278	17	7.2	19	70	17	71	38	0	0	60	1.08
127207--127282	5	15.4	5	75	17	70	34	1	0	64	1.02
127198--127277	18	4.2	18	72	22	65	37	1	0	61	1.04
127205--127282	23	3.4	22	80	16	88	34	1	0	64	1.02
127744--127787	18	2.4	18	82	17	56	65	0	0	34	0.93
127752--127795	11	4.1	11	80	16	56	61	0	2	36	1.09
128040--128132	17	5.4	17	75	18	77	63	0	1	35	1.02
128043--128181	34	4.0	33	75	16	106	61	0	2	36	1.08
128028--128184	16	9.5	16	71	15	99	61	0	1	36	1.07
128061--128182	25	5.1	24	75	18	96	61	0	1	36	1.06
128330--128402	19	3.9	18	75	10	58	49	0	2	47	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
128325--128424	39	2.7	38	82	10	111	47	0	4	49	1.20
128428--128465	13	2.9	13	84	7	51	68	0	2	28	1.03
128632--128672	17	2.4	17	84	8	57	51	0	2	46	1.14
129760--129856	15	6.3	15	80	12	99	59	2	0	38	1.09
129764--129856	31	2.9	31	81	9	107	60	2	0	37	1.09
135661--135766	30	3.5	31	74	15	89	41	6	0	51	1.28
136304--136370	25	2.8	24	77	16	77	62	1	0	35	1.04
136272--136346	32	2.3	34	80	11	86	64	2	1	32	1.16
136310--136372	23	2.7	24	81	16	78	61	1	0	36	1.05
144773--144836	11	6.0	11	74	7	60	60	1	1	35	1.15
146444--146505	23	2.7	23	80	14	74	58	0	0	41	0.98
146444--146494	22	2.3	23	86	10	70	60	0	0	39	0.97
146447--146500	22	2.5	22	77	17	58	59	0	0	40	0.98
147248--147289	21	2.0	21	86	13	61	38	0	2	59	1.10
147718--147748	16	1.9	16	93	0	53	41	3	0	54	1.16
149713--149784	22	2.7	27	72	26	73	55	1	0	43	1.08
150197--150239	13	3.3	13	80	6	52	46	2	2	48	1.27
150475--150500	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
153938--153974	6	6.2	6	90	9	58	51	0	0	48	1.00
154051--154099	21	2.4	21	80	12	66	59	0	0	40	0.98
154047--154098	22	2.3	22	87	9	70	57	0	0	42	0.98
154058--154098	21	1.9	22	95	5	75	58	0	0	41	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
154155--154194	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
154267--154302	2	18.5	2	88	5	56	50	2	0	47	1.15
154417--154467	21	2.5	21	75	15	61	43	0	0	56	0.99
155547--155619	28	2.6	29	76	10	80	49	0	1	49	1.09
160779--161031	127	2.0	128	92	1	427	41	12	5	41	1.66
161277--161335	25	2.3	26	80	13	61	40	0	3	55	1.16
162769--162795	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
164232--164267	17	2.1	17	89	0	54	36	30	11	22	1.89
166351--166387	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
167044--167083	21	2.0	21	85	5	55	47	0	0	52	1.00
167233--167284	16	3.3	15	84	7	68	63	1	1	32	1.16
167392--167490	15	6.5	15	77	13	103	57	0	0	42	0.98
167374--167473	31	3.2	31	86	8	116	55	2	0	43	1.11
167391--167490	31	3.3	31	82	13	118	58	0	0	42	0.98
167746--167770	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
167830--167855	3	8.7	3	100	0	52	0	30	0	69	0.89
168704--168734	16	1.9	16	93	0	53	48	19	12	19	1.81
168870--168921	22	2.4	22	100	0	104	11	3	38	46	1.59
180079--180182	52	2.0	52	100	0	208	23	26	3	46	1.69
182700--182805	2	53.0	2	82	0	95	37	0	12	50	1.40
182700--182799	22	4.5	22	85	0	128	38	0	12	50	1.40
182701--182805	20	5.2	20	84	8	124	37	0	12	50	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
184225--184267	21	2.0	21	100	0	86	44	27	9	18	1.80
187529--187578	26	2.0	25	92	7	84	26	0	20	54	1.45
188124--188157	2	17.0	2	93	0	59	47	0	0	52	1.00
188300--188348	21	2.2	21	85	10	62	30	2	0	67	1.02
188416--188454	16	2.4	17	83	12	55	61	5	2	30	1.31
188869--188917	20	2.6	19	87	6	64	69	6	0	24	1.11
189198--189236	16	2.4	16	87	8	53	51	2	7	38	1.44
189194--189276	22	3.6	22	68	17	62	46	3	6	43	1.45
189315--189361	15	2.9	17	81	18	73	51	0	0	48	1.00
189561--189601	19	2.2	20	87	12	61	43	0	0	56	0.99
190556--190587	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
190873--190914	18	2.3	18	87	0	57	61	0	0	38	0.96
193234--193294	15	4.1	15	70	16	54	55	9	0	34	1.33
194020--194076	28	2.1	27	83	3	69	52	1	0	45	1.11
194018--194077	27	2.2	27	79	5	68	55	1	0	43	1.10
194358--194396	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
194552--194610	22	2.6	23	74	15	59	38	1	0	59	1.08
194557--194594	13	3.0	13	84	3	51	36	0	0	63	0.95
203712--204408	28	23.9	28	78	9	283	30	29	16	23	1.96
203819--204378	28	18.9	32	81	8	358	31	29	16	22	1.96
203889--204126	62	3.8	64	82	7	274	34	29	15	20	1.93
203873--204363	94	5.5	92	80	8	310	31	29	16	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
203742--204408	115	5.7	114	78	9	578	30	29	16	23	1.96
203742--204408	143	4.6	143	78	10	589	30	29	16	23	1.96
203742--204408	56	11.4	56	79	9	559	30	29	16	23	1.96
204396--204445	25	2.0	25	92	0	82	28	24	24	24	2.00
204568--204647	27	3.1	27	62	29	66	22	33	15	28	1.94
204563--204690	49	2.6	49	96	0	229	24	30	14	30	1.95
205324--205400	20	3.8	20	79	6	102	32	15	12	38	1.86
210364--210440	20	3.8	20	79	6	84	41	10	14	33	1.80
214307--214348	21	2.0	21	81	9	50	50	0	9	40	1.35
214820--214859	21	2.0	20	85	5	53	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3