genome.fa.s1355.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1355
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  343905

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 298 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
153601--153655	29	2.0	27	82	10	67	45	1	7	45	1.41
154130--154165	19	1.9	18	88	5	54	44	0	13	41	1.44
154241--154283	19	2.1	21	87	8	63	60	2	2	34	1.22
154065--154284	112	2.0	112	86	1	307	42	7	9	40	1.65
157266--157322	21	2.7	22	89	8	91	33	15	17	33	1.92
160343--160858	59	8.8	59	71	11	257	26	11	15	46	1.80
160398--160607	115	1.8	116	84	5	291	25	12	16	46	1.81
160347--160666	116	2.8	115	77	6	331	25	12	15	45	1.82
162399--162451	20	2.7	20	94	2	90	20	13	11	54	1.69
162359--162509	78	1.9	78	82	5	189	23	12	16	47	1.81
162351--162519	78	2.2	77	77	11	173	23	11	17	48	1.79
162418--162659	58	4.2	57	74	2	214	25	9	16	49	1.75
162293--162567	136	2.0	135	89	0	415	23	12	16	47	1.80
162517--162655	57	2.4	58	80	1	163	25	8	14	51	1.71
164594--164623	13	2.4	12	94	5	51	70	0	0	30	0.88
164973--165029	25	2.3	24	79	8	60	43	3	8	43	1.52
166460--166606	79	1.9	79	81	8	183	35	14	23	26	1.93
166510--166713	107	1.9	107	81	4	250	33	14	25	26	1.94
166645--166764	51	2.4	51	84	0	159	30	12	25	30	1.93
166700--166922	79	2.8	79	78	4	243	31	14	25	28	1.95
166858--166988	51	2.6	51	86	0	181	33	12	24	29	1.93
172242--172266	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
172222--172286	33	2.0	33	87	0	94	33	12	13	40	1.82
172329--172356	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
179220--179289	28	2.5	28	88	0	95	24	18	34	22	1.96
179144--179339	107	1.8	107	81	6	245	33	14	25	27	1.94
179329--179550	79	2.8	78	82	6	286	29	13	27	29	1.94
179487--179616	51	2.6	51	88	3	183	33	12	24	30	1.92
182042--182093	21	2.6	21	81	6	63	32	15	13	38	1.86
184195--184462	87	3.2	86	84	6	318	23	42	10	23	1.85
197256--197301	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
197467--197505	3	13.0	3	94	0	69	64	0	2	33	1.08
197616--197656	22	1.9	21	85	5	55	51	0	0	48	1.00
199261--199344	17	5.1	17	69	11	57	39	4	4	51	1.44
200013--200058	20	2.2	21	88	3	67	43	4	15	36	1.66
201132--201176	20	2.3	19	85	11	56	26	22	11	40	1.87
206145--206274	52	2.5	51	91	3	199	31	16	19	33	1.94
206145--206294	52	2.9	50	83	12	171	32	16	19	32	1.93
206283--206307	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
206347--206416	33	2.1	33	89	0	104	40	14	11	34	1.82
206372--206396	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
207114--207138	11	2.3	11	100	0	50	40	28	0	32	1.57
207324--207400	16	4.9	15	71	21	52	20	14	22	42	1.88
207292--207409	47	2.5	48	78	1	130	21	14	22	42	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
207893--208186	155	1.9	155	81	4	360	26	14	18	41	1.88
207893--208233	155	2.2	153	80	4	355	26	14	17	41	1.88
208142--208536	152	2.6	152	82	6	404	25	13	19	41	1.89
208311--208593	152	1.9	151	83	7	376	28	12	18	39	1.87
208689--208724	17	2.1	18	89	5	56	52	2	0	44	1.15
210651--210682	15	2.1	15	94	0	55	84	3	12	0	0.74
213684--213737	20	2.7	20	85	0	72	31	11	12	44	1.78
213780--213804	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
213813--213942	51	2.5	51	92	1	206	34	18	16	30	1.93
222021--222046	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
224263--224307	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
226111--226141	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
228154--228233	20	3.8	20	75	15	79	26	15	15	43	1.85
228219--228257	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
228380--228426	21	2.3	21	79	20	55	34	19	4	42	1.70
228382--228424	20	2.2	19	84	16	52	32	18	4	44	1.71
230802--230827	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
237713--237773	1	61.0	1	80	0	68	90	9	0	0	0.46
237714--237773	17	3.5	17	88	2	93	90	10	0	0	0.47
239207--239669	28	15.7	28	77	9	282	31	27	16	25	1.96
239213--239415	90	2.3	88	84	5	259	30	26	17	25	1.98
239212--239380	57	2.8	61	81	9	163	33	26	16	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
239212--239645	119	3.6	119	72	10	305	30	26	16	25	1.97
239513--239702	28	6.7	29	90	6	135	37	28	16	16	1.91
239812--239947	43	3.1	43	85	5	182	26	23	17	32	1.97
239722--239947	92	2.4	90	84	7	276	26	24	17	31	1.97
240867--241160	155	1.9	155	82	2	367	26	13	18	41	1.88
241116--241510	152	2.6	152	82	6	404	25	13	19	40	1.89
241285--241567	152	1.9	151	83	7	367	28	13	18	39	1.88
241663--241698	17	2.1	18	89	5	56	52	2	0	44	1.15
243627--243658	15	2.1	15	94	0	55	84	3	12	0	0.74
244676--244740	27	2.4	27	100	0	130	13	9	46	30	1.75
246680--246746	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
246700--246724	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
246787--246811	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
246800--246950	52	2.9	52	89	2	232	32	19	16	31	1.94
251420--251722	87	3.2	95	84	9	268	31	20	24	23	1.98
251464--251871	48	8.6	48	77	10	387	30	19	26	24	1.98
251612--251689	39	2.0	39	89	0	120	25	21	23	29	1.99
251565--251737	87	2.0	86	95	1	310	28	20	24	26	1.99
251744--251885	43	3.2	43	79	11	167	29	17	27	25	1.97
251695--251885	92	2.1	94	89	2	296	29	17	28	25	1.97
251881--253620	34	54.9	33	71	12	903	36	12	29	21	1.90
251968--252242	33	8.3	33	78	6	108	40	12	28	19	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
252003--253494	61	23.5	67	72	13	677	36	12	29	21	1.90
251936--253494	95	16.4	98	73	13	340	36	12	29	21	1.90
251927--252183	132	1.9	133	88	0	381	38	12	30	17	1.87
252218--252363	27	5.0	27	76	16	123	32	13	30	22	1.93
252398--252455	27	2.1	27	87	0	80	34	12	27	25	1.91
252144--252474	94	3.5	94	79	6	366	38	12	27	21	1.89
252558--253617	95	11.3	95	75	11	561	35	12	29	21	1.91
252718--252775	27	2.1	27	93	0	98	37	13	27	20	1.91
252498--253617	281	4.0	280	76	12	1046	35	12	29	21	1.91
252016--253452	414	3.5	409	83	6	1551	36	12	29	21	1.90
252907--252959	27	2.0	26	88	3	79	32	13	33	20	1.91
252968--253064	27	3.4	27	80	8	86	34	15	27	22	1.94
253020--253083	27	2.4	27	97	0	119	34	14	23	28	1.93
252718--253363	308	2.1	307	87	0	941	34	13	30	21	1.91
253120--253363	27	8.1	28	71	17	129	34	13	30	21	1.92
253118--253388	91	2.9	91	82	6	258	34	12	31	21	1.91
253530--253959	61	7.1	60	81	7	451	31	15	30	23	1.95
253530--253959	30	14.2	30	83	6	451	31	15	30	23	1.95
255228--255277	25	2.0	25	88	4	73	0	6	8	86	0.72
266438--266512	37	2.0	37	97	0	141	30	12	32	25	1.92
269527--269615	12	7.2	12	76	17	76	78	16	3	1	0.94
269526--269606	16	5.2	16	72	24	75	77	18	3	0	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
269527--269595	11	6.0	11	75	20	61	79	17	2	0	0.85
269526--269613	22	4.0	21	75	18	81	77	18	3	1	0.97
283625--284050	99	4.4	96	74	10	242	32	17	25	24	1.97
283716--284050	48	7.0	47	80	7	318	32	17	25	25	1.97
283911--284001	43	2.1	43	85	0	119	29	18	26	25	1.98
284047--285753	34	53.8	33	75	13	1132	36	13	30	20	1.90
284047--285606	61	24.4	66	74	13	906	36	12	30	20	1.90
284414--284467	27	2.0	27	85	0	72	31	12	31	24	1.93
284187--284447	103	2.6	103	85	4	264	36	13	32	18	1.89
284474--284566	31	3.0	30	71	11	87	36	13	29	20	1.91

Tables:   1   2   3