genome.fa.s1396.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1396
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  309291

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 299 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2750--2810	32	1.9	33	86	6	90	52	3	1	42	1.27
2767--2823	19	3.1	17	73	22	53	59	3	0	36	1.14
2798--2909	25	4.4	25	64	20	63	56	10	1	31	1.44
4369--4444	13	5.4	15	74	16	65	56	1	0	42	1.07
4361--4437	14	5.1	16	72	13	56	58	1	1	38	1.15
4667--4779	59	1.9	59	81	1	138	47	7	11	32	1.69
5397--5446	22	2.1	22	82	10	55	60	2	2	36	1.20
5410--5497	33	2.6	33	81	12	92	61	0	1	37	1.04
5410--5486	34	2.3	33	84	13	95	63	0	0	36	0.95
5955--5994	19	2.1	19	90	0	62	27	12	7	52	1.66
6766--6855	35	2.5	35	87	3	117	47	5	0	46	1.25
8644--8739	26	3.4	26	74	21	95	55	0	0	44	0.99
8668--8740	21	3.8	18	71	18	58	56	0	0	43	0.99
8659--8714	17	3.4	17	73	26	57	57	0	0	42	0.99
8661--8740	14	5.3	16	66	29	59	55	0	0	45	0.99
8997--9034	20	1.9	20	89	10	60	63	0	0	36	0.95
9665--9717	23	2.3	23	78	12	56	39	0	1	58	1.09
10167--10219	22	2.2	26	84	15	71	37	0	0	62	0.96
11966--12009	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
13772--13814	22	2.0	23	90	9	72	41	4	2	51	1.35
14032--14084	16	3.2	16	86	2	61	39	0	1	58	1.09
14669--14718	21	2.4	21	81	15	59	54	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14662--14712	20	2.6	19	72	22	52	47	0	0	52	1.00
15976--16019	21	2.1	21	87	8	63	56	2	0	40	1.11
16124--17652	514	3.0	512	91	1	2475	39	11	11	37	1.78
19152--19195	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
22366--22414	22	2.2	22	100	0	98	67	8	8	16	1.40
23334--23408	20	3.8	20	80	3	80	40	12	13	34	1.81
23331--23408	40	2.0	39	87	2	111	39	12	12	34	1.82
23604--25536	28	67.1	28	84	7	2116	21	18	32	27	1.97
25500--26319	27	30.0	27	91	1	1228	28	14	33	23	1.94
33805--33860	22	2.5	23	97	2	105	62	8	10	17	1.52
34771--34845	20	3.8	20	80	3	80	40	12	13	34	1.81
34768--34845	40	2.0	39	87	2	111	39	12	12	34	1.82
36766--36821	29	2.0	29	85	3	78	55	0	0	44	0.99
37070--37095	7	3.7	7	100	0	52	15	0	0	84	0.62
37864--37907	21	2.1	21	83	8	54	34	6	2	56	1.38
41684--41725	16	2.6	16	88	0	57	47	4	7	40	1.52
45911--45941	11	2.9	11	95	4	55	25	0	0	74	0.82
46160--46185	12	2.2	12	100	0	52	38	0	0	61	0.96
46401--46426	7	3.7	7	100	0	52	69	0	0	30	0.89
46414--46470	28	2.1	27	86	3	78	59	1	1	36	1.18
52690--52754	24	2.8	24	80	2	69	52	0	0	47	1.00
53316--53355	20	2.0	20	85	9	55	65	0	0	35	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58655--58698	22	2.0	22	95	0	79	38	13	15	31	1.87
59186--59221	17	2.1	17	89	0	54	30	5	11	52	1.59
59281--59310	15	1.9	16	93	6	53	26	0	13	60	1.34
59293--59348	16	3.5	15	77	15	51	25	1	12	60	1.42
67173--67197	13	1.9	13	100	0	50	16	16	12	56	1.68
71545--71664	15	7.9	14	71	24	75	58	0	0	41	0.98
71572--71660	30	3.0	29	84	12	103	58	0	0	41	0.98
71607--71667	22	2.8	21	78	14	70	63	0	0	36	0.94
71545--71665	16	7.9	15	76	17	99	58	0	0	41	0.98
71545--71665	31	3.9	31	74	20	112	58	0	0	41	0.98
71608--71667	28	2.1	29	87	6	86	65	0	0	35	0.93
72095--72136	21	2.1	21	86	8	61	16	4	4	73	1.17
72811--72848	16	2.3	17	86	4	51	31	5	2	60	1.33
73699--73761	19	3.5	17	73	12	56	53	1	0	44	1.10
74114--74155	22	2.1	19	86	13	57	52	2	4	40	1.35
74947--74994	3	16.0	3	100	0	96	33	0	0	66	0.92
75754--75793	21	2.0	20	90	5	62	47	0	2	50	1.14
75741--75808	32	2.1	32	81	10	77	51	0	1	47	1.09
75844--76044	83	2.5	82	76	7	185	47	8	7	35	1.63
76008--76189	87	2.1	87	82	4	224	50	9	6	33	1.60
76218--76256	3	13.0	3	94	0	69	33	2	0	64	1.08
76711--76750	21	2.0	20	85	5	53	35	2	5	57	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76757--76818	32	1.9	33	83	3	81	43	3	0	53	1.17
77128--77170	20	2.2	20	87	8	61	46	0	2	51	1.13
77258--77320	22	2.9	21	79	11	74	44	1	0	53	1.10
77268--77314	19	2.5	20	89	6	71	44	2	0	53	1.12
77743--77772	12	2.5	12	94	0	51	73	0	0	26	0.84
77718--77784	21	3.0	21	70	16	55	58	1	0	40	1.07
80905--80967	21	2.9	21	77	13	63	57	4	1	36	1.30
80929--80990	28	2.2	29	85	8	92	59	0	0	40	0.97
80929--80993	14	4.6	14	73	3	51	58	0	0	41	0.98
80928--80975	21	2.4	19	77	16	53	58	0	0	41	0.98
81219--81244	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
81261--81409	52	2.9	52	89	5	209	46	0	0	53	1.05
81417--81482	25	2.6	26	81	11	75	54	0	0	45	0.99
81630--81731	27	3.6	27	69	19	73	52	0	0	47	1.00
81983--82061	10	8.2	10	73	16	51	44	0	0	55	0.99
82013--82111	32	3.5	27	76	17	94	47	0	0	52	1.00
81980--82081	47	2.3	43	83	11	118	47	0	0	52	1.00
82032--82084	16	3.3	16	71	10	54	52	0	0	47	1.00
88728--88787	10	5.8	10	71	13	50	51	0	1	46	1.10
89090--89170	23	3.5	22	75	24	71	46	0	3	49	1.19
89092--89182	44	2.0	48	83	12	120	49	0	3	47	1.18
89287--89314	14	2.0	14	100	0	56	64	0	0	35	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90155--90188	12	2.8	12	90	0	50	50	8	0	41	1.34
91277--91322	16	2.9	16	80	3	58	63	0	0	36	0.95
91268--91347	22	4.0	18	73	26	56	61	0	0	38	0.96
91272--91351	24	3.6	24	75	12	66	63	0	0	36	0.94
91268--91353	19	4.2	19	78	20	77	60	0	0	39	0.97
96440--96481	22	1.9	22	90	9	68	66	0	0	33	0.92
96504--96553	18	2.7	19	81	12	59	46	0	2	52	1.12
96738--96902	90	1.8	89	84	7	226	43	5	9	41	1.60
101830--101913	23	3.2	28	71	19	74	36	0	0	63	0.95
102346--102444	28	3.6	27	74	19	80	59	0	1	39	1.04
102409--102447	12	3.3	12	89	3	53	69	0	0	30	0.89
102409--102444	10	3.5	10	88	3	54	69	0	0	30	0.89
102441--102469	14	2.0	15	93	6	51	51	0	0	48	1.00
103827--103868	22	1.9	22	95	0	75	16	9	9	64	1.49
106632--106712	36	2.2	38	82	12	98	46	2	0	50	1.14
110698--110768	23	3.2	21	80	13	63	54	2	0	42	1.14
110783--110851	23	2.9	23	75	12	68	43	0	0	56	0.99
110844--110895	23	2.3	22	86	3	68	50	0	1	48	1.12
110938--111001	24	2.8	22	81	9	65	45	0	1	53	1.10
110951--111014	24	2.7	23	77	17	60	50	0	3	46	1.17
111317--111373	25	2.3	25	87	3	89	38	3	8	49	1.51
111457--111545	32	2.8	32	84	0	97	47	4	3	44	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111921--111952	16	1.9	17	93	6	57	75	0	0	25	0.81
112390--112414	13	1.9	13	100	0	50	36	0	0	64	0.94
113652--113686	16	2.2	16	94	0	61	51	2	0	45	1.16
114309--114362	21	2.5	20	82	11	63	46	1	0	51	1.11
114309--114380	11	6.7	11	70	17	53	43	2	1	52	1.24
114309--114380	32	2.2	32	82	4	83	43	2	1	52	1.24
117986--118027	20	2.2	19	91	4	66	66	0	0	33	0.92
117986--118022	11	3.5	11	89	10	60	67	0	0	32	0.91
118374--118403	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
122589--122627	20	2.0	20	90	10	62	15	20	0	64	1.30

Tables:   1   2   3