genome.fa.s1396.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1396
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  309291

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 299 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123324--123384	26	2.3	26	83	5	70	52	1	4	40	1.33
125510--125553	3	14.7	3	100	0	88	31	0	0	68	0.90
127406--127443	6	6.7	6	85	11	53	0	15	0	84	0.63
128552--128606	2	27.5	2	96	0	56	49	10	0	40	1.38
130140--130194	21	2.5	22	85	5	67	18	7	10	63	1.49
130986--131039	28	2.0	28	92	3	92	46	0	0	53	1.00
130940--131027	13	6.8	13	70	17	67	47	0	2	50	1.13
134630--134693	25	2.8	24	84	11	80	62	0	0	37	0.95
134639--134704	25	2.7	25	83	6	64	62	0	0	37	0.96
136759--136839	16	5.0	17	68	19	57	51	2	0	45	1.14
136998--137033	6	6.0	6	100	0	72	0	16	33	50	1.46
139030--139073	20	2.2	20	83	0	52	38	6	2	52	1.41
140736--140761	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
141085--141117	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
144462--144506	22	2.1	22	87	4	65	51	0	2	46	1.13
144685--144713	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
151669--151722	14	3.5	15	78	9	56	61	0	0	38	0.96
152302--152334	14	2.4	14	94	0	57	36	0	0	63	0.95
152582--152614	17	1.9	17	93	0	57	39	0	3	57	1.14
153024--153105	37	2.2	39	84	8	107	53	0	1	45	1.08
153042--153095	27	2.0	27	85	7	74	55	0	0	44	0.99
156944--156975	7	4.7	7	96	3	57	0	40	15	43	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
156944--156983	13	3.0	13	89	7	62	2	40	15	42	1.60
163088--163131	20	2.3	18	80	7	52	75	2	0	22	0.92
164298--164343	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
168189--168214	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
168589--168692	52	2.0	52	98	0	199	27	5	16	50	1.68
169049--169132	37	2.3	37	87	4	116	39	13	10	36	1.79
170867--170908	22	1.9	22	90	0	66	40	0	2	57	1.12
171048--171127	30	2.7	30	79	11	101	45	5	1	48	1.32
171316--171382	34	2.0	34	82	5	82	67	2	1	28	1.14
171583--171679	50	1.9	50	84	12	128	51	1	2	45	1.19
173054--173105	9	5.6	9	75	8	50	55	0	3	40	1.18
173424--173461	12	3.1	13	85	11	53	60	0	0	39	0.97
173432--173461	13	2.2	14	94	5	53	66	0	0	33	0.92
173956--173981	6	4.3	6	100	0	52	46	19	15	19	1.85
174845--174874	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
175027--175095	16	4.2	16	71	14	52	56	0	0	43	0.99
175703--175735	16	1.9	18	88	11	52	48	3	0	48	1.17
175959--175983	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
176181--176210	14	2.1	14	93	0	51	56	0	0	43	0.99
177124--177159	16	2.1	16	90	10	54	33	0	5	61	1.19
177377--177441	21	3.0	22	80	10	71	46	0	0	53	1.00
177426--177488	22	2.7	23	75	20	69	57	0	0	42	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
177440--177509	20	3.6	21	75	17	62	61	0	0	38	0.96
177440--177542	37	2.7	37	77	14	88	59	1	1	36	1.20
178666--179091	210	2.0	212	87	3	610	39	10	7	42	1.68
179207--179247	21	1.9	22	90	5	66	41	0	2	56	1.13
179456--179516	15	3.8	16	75	12	63	55	1	0	42	1.09
179822--179866	21	2.2	21	88	4	65	44	0	0	55	0.99
180425--180465	19	2.2	19	86	0	55	24	4	14	56	1.58
180796--180830	15	2.3	15	95	0	61	48	0	17	34	1.47
181825--181867	23	2.0	22	86	9	61	55	0	6	37	1.27
182400--182430	2	15.0	2	93	6	53	48	3	0	48	1.17
182479--182508	13	2.3	13	94	0	51	53	6	3	36	1.44
183070--183117	24	2.0	24	100	0	96	29	16	29	25	1.97
188065--188106	22	2.0	22	86	13	63	54	0	2	42	1.13
189275--189318	2	22.5	2	95	4	81	50	0	0	50	1.00
192574--192623	26	2.0	26	88	4	75	16	2	14	68	1.31
192782--193077	150	2.0	151	95	0	540	41	4	7	46	1.52
192990--193046	23	2.7	20	82	17	78	49	0	0	50	1.00
192990--193053	21	2.9	22	80	17	78	48	0	0	51	1.00
193770--193821	15	3.9	14	72	27	51	50	0	0	50	1.00
194154--194197	16	2.6	17	82	7	54	59	2	2	36	1.23
194395--194429	15	2.3	15	90	5	52	77	0	0	22	0.78
194749--194797	22	2.2	22	82	7	55	46	2	0	51	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
194839--194878	15	2.6	16	84	11	57	50	0	0	50	1.00
194839--194922	35	2.4	35	79	15	86	48	0	0	51	1.00
195408--195441	14	2.3	15	90	5	52	2	5	8	82	0.93
196629--196653	3	8.3	3	100	0	50	0	0	36	64	0.94
197261--197285	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
198935--199000	33	2.0	33	93	0	114	33	15	12	39	1.84
200032--200098	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
200052--200076	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
200139--200163	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
200172--200300	52	2.5	52	94	0	222	36	17	17	29	1.92
208481--208679	30	6.7	29	82	11	192	26	29	18	26	1.98
208508--208555	24	2.0	24	100	0	96	29	33	16	20	1.95
208481--208679	55	3.3	60	79	10	198	26	29	18	26	1.98
208659--208823	34	4.8	33	86	10	215	20	33	12	33	1.90
208657--208823	70	2.4	71	92	4	286	20	33	12	33	1.90
208567--208830	30	8.0	34	84	7	244	20	31	14	33	1.93
208864--209397	49	11.0	49	77	7	534	25	24	17	32	1.96
208864--209342	98	5.0	94	86	6	644	25	24	17	32	1.97
208956--209327	92	3.9	92	85	5	512	25	25	17	31	1.97
208859--209397	190	2.8	190	88	3	747	25	25	17	32	1.96
209242--209362	52	2.3	55	81	4	149	24	23	14	36	1.93
209344--209470	67	1.9	68	86	1	184	24	25	11	38	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
210165--210231	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
210185--210209	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
210272--210296	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
210305--210433	52	2.5	52	94	0	222	36	17	17	29	1.92
214671--214723	12	4.4	12	79	9	63	32	11	0	56	1.35
215004--215043	2	20.0	2	89	0	62	47	2	2	47	1.29
217234--217300	31	2.2	31	84	10	84	64	0	1	34	1.03
217214--217300	36	2.7	32	79	12	88	65	2	1	31	1.12
218635--218675	4	10.8	4	84	10	50	0	14	0	85	0.60
218634--218677	11	3.8	11	90	6	61	0	15	0	84	0.63
218634--218676	15	2.9	15	89	10	70	0	13	0	86	0.58
219618--219658	21	1.9	22	85	14	59	56	0	2	41	1.13
220024--220089	32	2.1	34	83	13	88	37	1	1	59	1.16
225286--225328	18	2.2	20	88	8	63	46	0	2	51	1.13
225351--225396	23	2.0	23	83	8	58	32	0	0	67	0.91
225579--225616	18	2.1	18	85	9	51	60	2	0	36	1.11
225905--225960	24	2.5	24	83	13	66	46	1	0	51	1.11
226646--226689	21	2.1	21	100	0	88	63	0	0	36	0.95
227585--227630	8	5.5	8	80	10	56	19	0	0	80	0.71
228257--228292	15	2.5	14	90	4	54	47	2	0	50	1.15
232639--232704	23	3.0	21	76	17	62	39	0	3	57	1.14
232661--232714	24	2.2	25	81	15	69	37	0	3	59	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
233407--233447	17	2.5	17	84	11	50	63	0	0	36	0.95
238684--238724	17	2.5	17	84	11	50	63	0	0	36	0.95
239422--239451	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
239493--239564	9	7.9	9	75	16	60	27	0	1	70	0.95
239521--239560	13	3.0	14	76	23	50	27	0	0	72	0.85
239497--239560	27	2.4	26	84	7	76	28	0	1	70	0.97
240067--240127	33	1.9	33	86	6	90	62	0	1	36	1.05
241207--241244	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
243061--243103	20	2.2	20	87	8	61	53	0	0	46	1.00
245094--245158	25	2.6	25	69	9	60	33	0	7	58	1.27

Tables:   1   2   3