genome.fa.s1448.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1448
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1297309

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 300 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4885--4945	19	3.0	21	80	9	90	34	14	18	32	1.91
29970--29994	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
29949--30015	33	2.0	34	91	2	109	34	13	16	35	1.88
30906--31915	92	11.0	92	92	0	1612	31	17	25	25	1.97
30751--31915	184	6.2	184	90	2	1724	31	17	24	25	1.97
30751--31906	276	4.1	276	92	2	1767	31	17	25	25	1.97
31729--31915	49	3.9	49	82	9	244	32	18	25	24	1.97
31924--32082	32	4.9	33	81	8	184	20	18	33	28	1.96
31924--32074	65	2.3	65	88	2	223	19	19	31	29	1.96
32010--32438	34	12.6	36	83	6	315	33	11	33	21	1.90
32084--32610	34	15.8	34	81	7	496	34	12	31	21	1.91
32084--32610	102	5.3	100	87	3	633	34	12	31	21	1.91
32084--32800	34	22.0	32	75	14	374	34	13	29	22	1.93
32435--32795	62	5.7	62	81	8	385	31	16	27	23	1.96
34002--34037	17	2.1	17	90	10	56	0	0	16	83	0.65
34000--34037	12	3.2	12	89	10	60	0	0	15	84	0.63
40935--41063	52	2.5	52	92	0	213	27	17	18	36	1.93
41148--41199	19	2.8	18	85	5	77	36	15	11	36	1.84
46445--46480	13	2.8	13	95	0	63	33	16	16	33	1.92
53740--53764	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
53720--53783	32	2.0	33	96	3	121	34	12	18	34	1.89
53719--53802	19	4.7	19	80	18	108	33	11	17	36	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53845--53869	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
53878--54006	52	2.5	52	94	0	231	35	17	17	28	1.93
57215--57286	19	3.8	19	76	5	67	83	6	9	0	0.81
57215--57285	26	2.7	26	82	2	79	84	7	8	0	0.78
61646--61686	9	4.6	9	93	0	55	92	0	7	0	0.38
61645--61677	1	33.0	1	93	0	57	96	0	3	0	0.20
62627--62741	31	3.7	31	87	4	160	26	31	17	25	1.97
62694--63048	33	10.6	34	87	7	437	19	34	13	32	1.90
62694--63048	68	5.3	67	88	6	449	19	34	13	32	1.90
63052--63221	33	5.2	33	88	6	256	28	34	17	19	1.95
63056--63221	65	2.5	67	92	2	273	28	34	18	18	1.95
63216--63868	43	13.8	49	82	11	715	24	26	18	31	1.97
63409--63823	95	4.5	86	84	9	452	24	25	18	30	1.98
63501--63877	95	4.0	94	88	4	568	24	25	18	31	1.97
63645--63712	22	3.1	22	62	26	54	23	25	20	30	1.98
63778--63915	52	2.6	52	84	3	177	24	24	15	34	1.95
63881--64007	67	1.9	68	86	1	184	23	25	12	38	1.90
64794--64818	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
64774--64840	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
64884--64908	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
64917--65041	52	2.4	52	95	0	223	36	18	17	28	1.94
71573--71598	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71637--71712	21	3.7	21	82	3	109	28	18	11	40	1.86
71657--71729	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
71637--71729	41	2.3	41	100	0	186	30	18	12	38	1.88
74181--74219	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
74205--74283	20	3.7	20	78	15	77	44	15	15	25	1.85
78132--78176	22	2.1	21	84	8	56	22	17	4	55	1.60
80389--80414	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
80453--80528	21	3.7	21	82	3	109	28	18	11	40	1.86
80473--80546	20	3.7	20	81	3	103	31	20	13	35	1.91
80453--80546	41	2.3	41	100	0	188	29	19	12	38	1.89
83142--84490	54	24.0	54	84	6	1046	25	33	16	24	1.96
83142--83844	137	5.1	135	89	3	1032	23	33	14	28	1.94
83134--85917	28	97.5	28	85	5	2536	26	32	17	23	1.96
83134--85917	59	48.7	57	84	4	2456	26	32	17	23	1.96
83798--85871	348	6.0	348	90	3	2885	27	32	18	21	1.97
87471--87525	22	2.5	22	100	0	110	18	10	9	61	1.54
87471--87532	22	2.9	21	90	4	63	20	11	9	58	1.61
90343--90434	37	2.5	37	92	3	161	27	16	13	43	1.84
90787--91539	28	26.6	27	79	9	654	30	28	18	22	1.97
90787--91484	57	12.3	56	84	6	775	30	28	17	22	1.97
90787--91539	112	6.7	113	86	5	825	30	28	18	22	1.97
91573--91801	49	4.6	49	81	4	235	26	27	14	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91573--91771	49	4.0	49	83	3	245	25	27	15	32	1.95
91627--91811	101	1.8	102	85	3	266	26	27	13	32	1.94
92458--92482	13	1.9	13	100	0	50	36	8	16	40	1.77
92508--92562	20	2.8	20	88	5	76	32	14	12	40	1.84
101717--101755	9	4.3	9	81	12	53	23	28	0	48	1.51
103134--103158	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
103208--103261	19	2.8	20	88	2	74	37	14	16	31	1.89
104040--104089	24	2.1	24	96	0	91	32	30	8	30	1.86
108458--108751	148	2.0	148	87	2	421	34	23	11	31	1.90
108857--109037	91	2.0	91	80	7	206	28	25	11	34	1.90
108924--109289	198	1.9	197	84	5	506	31	22	9	36	1.87
108865--109289	197	2.2	197	82	5	511	30	24	10	34	1.89
112229--112280	20	2.5	21	75	9	54	38	9	19	32	1.84
113695--113730	18	2.0	18	100	0	72	22	27	22	27	1.99
115004--115223	80	2.8	79	82	7	250	28	29	10	30	1.91
118935--119077	49	2.9	49	87	8	200	27	18	11	42	1.84
121207--121446	98	2.4	97	90	2	381	26	26	14	33	1.94
128403--128673	99	2.7	99	80	4	294	34	19	21	23	1.96
128306--128827	50	10.6	50	72	11	288	36	18	20	23	1.95
133495--133902	153	2.7	150	80	7	394	33	7	8	51	1.59
136959--137377	166	2.5	165	78	8	413	31	12	8	47	1.71
138706--138742	17	2.2	17	90	9	58	81	0	0	18	0.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
139357--139511	30	5.2	30	70	9	109	21	24	10	43	1.85
139334--140177	60	14.1	60	74	7	418	22	23	12	40	1.88
139349--139611	116	2.2	118	79	6	266	22	24	11	42	1.86
139870--140157	30	9.6	29	67	17	117	22	23	13	40	1.89
139742--140177	180	2.4	182	79	3	461	21	23	13	41	1.89
139693--140165	120	3.9	120	80	3	488	22	23	13	40	1.89
139848--140177	30	11.0	30	66	14	92	22	24	13	40	1.89
140372--140419	1	48.0	1	93	0	69	93	0	2	4	0.39
140369--140419	19	2.8	19	91	8	81	88	0	3	7	0.63
140424--140480	21	2.7	21	97	0	105	33	10	19	36	1.86
140536--140603	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
140557--140581	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
140538--140600	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
140643--140668	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
140623--140689	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
884554--884604	22	2.3	23	86	3	68	17	9	3	68	1.33
884538--884618	13	6.5	13	70	16	55	16	12	4	66	1.40
884585--884618	14	2.4	14	95	0	59	11	8	5	73	1.24
891284--891344	9	7.1	9	72	10	56	11	44	1	42	1.50
891289--891323	12	2.9	12	84	16	54	11	48	0	40	1.39
891256--891374	42	2.8	42	90	0	184	9	46	1	42	1.46
891280--891365	24	3.8	24	73	17	85	11	45	1	41	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
893151--893221	12	6.5	11	76	15	51	39	2	47	9	1.51
893148--893250	42	2.5	42	93	0	179	40	2	46	9	1.52
903098--903181	21	4.0	21	73	17	84	39	1	47	11	1.48
903098--903164	12	5.9	12	78	18	63	41	0	44	13	1.43
903092--903180	45	2.0	44	85	6	110	41	1	46	11	1.47
906318--906387	33	2.1	33	89	0	104	34	11	14	40	1.82
906338--906362	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
906427--906451	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
906460--906588	52	2.5	52	92	0	213	37	17	15	30	1.90
913881--913915	1	35.0	1	94	0	61	97	0	2	0	0.19

Tables:   1   2   3