genome.fa.s1555.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1555
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  351839

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 248 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
270--318	20	2.3	21	82	6	64	22	18	4	55	1.60
2535--2560	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2599--2674	21	3.7	21	76	3	91	28	17	13	40	1.87
2622--2692	20	3.5	20	80	3	97	30	19	14	35	1.91
2599--2692	41	2.3	41	96	0	170	29	18	13	38	1.89
3021--4204	474	2.5	470	84	3	1563	37	14	17	30	1.89
4510--4535	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
11586--11634	6	8.5	6	87	12	68	87	10	0	2	0.62
11586--11634	11	4.5	11	85	12	57	87	10	0	2	0.62
12901--13454	31	17.9	30	77	10	490	24	29	14	31	1.95
17244--17620	49	7.6	49	83	4	409	31	18	25	24	1.98
17244--17624	101	3.9	98	83	4	410	31	18	25	24	1.98
17340--17620	150	1.9	146	87	2	409	30	19	25	24	1.98
18379--18404	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
18359--18422	33	2.0	32	87	9	94	28	14	17	40	1.88
18477--18542	33	2.0	33	90	0	105	36	16	16	30	1.91
20978--21016	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
27317--27341	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
27299--27364	33	2.0	33	93	0	114	36	18	16	28	1.93
27653--28244	87	6.8	87	87	2	787	28	18	26	26	1.98
27723--28246	48	11.9	48	66	17	240	28	18	26	26	1.98
27653--28244	261	2.3	261	90	0	923	28	18	26	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28275--28867	33	18.8	32	75	14	495	34	13	32	20	1.91
28314--28677	27	12.0	27	74	17	197	34	13	30	20	1.92
28275--28928	60	10.3	65	76	11	485	34	13	32	19	1.91
28402--28928	93	5.5	94	75	14	338	34	13	32	19	1.90
28807--28875	34	2.0	35	94	2	122	33	13	33	20	1.91
28935--29008	27	2.7	27	82	0	103	32	12	32	22	1.91
29015--29740	31	23.6	31	80	4	740	32	17	28	21	1.96
29015--29740	92	7.9	91	89	2	988	32	17	28	21	1.96
29015--29740	61	11.8	62	80	4	740	32	17	28	21	1.96
29739--29864	30	4.1	30	81	8	144	33	15	28	23	1.94
29739--29856	31	3.7	33	85	6	147	31	16	27	24	1.96
31125--31167	15	2.8	15	76	16	52	0	9	6	83	0.80
33808--33850	7	5.9	7	83	8	50	2	0	11	86	0.67
33808--33850	23	1.9	23	90	4	70	2	0	11	86	0.67
33806--33850	16	2.9	16	86	3	65	2	0	11	86	0.65
33808--33856	22	2.2	22	85	7	64	4	2	10	83	0.85
33806--33850	15	2.9	15	83	6	63	2	0	11	86	0.65
41190--41477	30	9.9	30	77	8	281	31	31	16	20	1.95
41184--41492	57	5.3	58	84	6	385	32	31	15	20	1.94
41355--41528	28	6.0	28	77	12	106	33	28	17	20	1.95
41545--41716	49	3.6	49	78	9	203	26	27	19	27	1.99
41545--41672	43	2.8	43	81	7	121	25	28	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41544--41716	92	1.9	92	93	0	301	26	27	19	27	1.99
42459--42515	21	2.8	21	84	12	82	31	14	14	40	1.85
42502--42630	52	2.5	52	87	0	195	37	16	17	28	1.91
56435--56488	12	4.5	12	76	6	56	87	7	5	0	0.68
56420--56509	35	2.6	35	84	10	105	82	13	3	1	0.86
56435--56509	35	2.1	35	88	9	109	84	12	4	0	0.76
56449--56503	6	9.3	6	84	9	53	83	14	1	0	0.73
56418--56509	29	3.2	29	83	9	100	82	13	3	1	0.84
56431--56509	14	5.7	13	80	15	79	83	12	3	0	0.77
56417--56497	21	3.9	19	77	19	74	83	11	3	1	0.82
56431--56506	9	8.7	9	76	13	52	82	13	3	0	0.79
57952--58240	30	9.9	30	78	8	292	31	31	15	21	1.94
57948--58280	86	3.8	86	80	8	354	33	31	15	20	1.93
57946--58254	57	5.3	58	84	8	387	32	31	15	20	1.94
57946--58280	29	11.6	27	76	12	156	32	31	15	20	1.93
58302--58576	49	5.8	48	75	8	249	26	25	18	29	1.98
58289--58586	98	3.1	98	83	8	362	25	25	18	30	1.98
59335--59361	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
59370--59498	52	2.5	52	89	0	204	37	15	17	30	1.90
63414--63465	13	3.5	13	73	26	50	34	19	13	32	1.90
63422--63484	19	3.6	19	76	24	84	34	19	12	33	1.89
63414--63484	32	2.2	32	100	0	142	35	19	12	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63753--63983	65	3.6	65	77	10	217	22	30	14	32	1.94
63835--64003	31	5.4	31	80	7	189	24	31	14	28	1.95
63875--64399	34	16.5	34	73	17	214	20	31	13	34	1.91
63802--63981	96	1.9	97	86	2	263	24	29	15	31	1.95
63773--64038	126	2.1	129	85	4	360	23	31	13	31	1.93
64008--64208	95	2.1	94	82	9	239	20	30	11	36	1.89
64047--64333	61	4.5	61	81	11	303	20	30	12	36	1.90
64115--64174	27	2.2	26	85	11	77	21	31	13	33	1.92
64176--64228	27	2.0	27	92	7	90	24	28	15	32	1.95
64047--64395	34	10.8	31	75	17	229	19	31	13	35	1.90
64141--64396	65	3.9	66	80	9	201	19	32	13	34	1.90
64205--64396	33	5.7	35	79	12	113	19	32	13	34	1.91
64396--65494	49	23.8	49	73	12	735	26	25	18	30	1.98
64544--65350	87	9.0	87	84	5	878	26	25	18	28	1.98
64856--65105	39	5.9	39	70	17	167	28	26	18	27	1.98
69690--73205	475	7.4	476	87	1	4561	31	17	14	36	1.90
69826--74904	159	32.1	156	66	13	1222	31	17	14	36	1.91
73067--73371	166	1.8	166	88	1	468	31	19	15	34	1.93
72567--73845	640	2.0	639	92	0	2112	31	17	15	36	1.91
73206--74937	474	3.7	473	86	1	2419	30	17	15	36	1.91
75233--75305	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
75251--75326	21	3.7	21	78	3	91	40	11	17	30	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75233--75326	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
75365--75390	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
77607--77651	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
79455--79485	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
81500--81577	20	3.6	21	74	15	70	26	14	15	43	1.85
84014--84086	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
84032--84107	21	3.7	21	78	3	91	40	11	17	30	1.85
84014--84107	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
84146--84171	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
84922--87606	474	5.7	473	85	2	3589	31	17	14	36	1.90
84927--87606	949	2.8	946	86	2	3626	31	17	14	36	1.90
90711--91554	422	2.0	420	89	1	1280	30	19	13	36	1.91
91419--91790	205	1.8	205	88	1	575	30	17	12	39	1.87
91680--92335	158	4.1	157	66	14	385	31	18	14	35	1.91
91587--92742	474	2.4	476	88	0	1715	30	18	14	36	1.91
92307--93174	432	2.0	430	84	3	1136	31	18	14	36	1.90
92740--94089	475	2.8	471	82	5	1642	31	18	14	35	1.91
94109--96917	474	5.9	476	86	2	3403	31	17	14	36	1.90
95379--96917	158	9.7	160	66	12	437	31	17	14	36	1.90
94109--101180	949	7.4	945	74	11	4286	30	18	14	36	1.91
98383--101180	475	5.9	475	92	1	4175	30	19	14	35	1.91
98383--101180	951	2.9	948	91	1	4239	30	19	14	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100285--102079	899	2.0	894	86	2	2539	30	18	14	36	1.91
101944--102315	205	1.8	205	91	1	611	30	17	12	40	1.86
101468--102790	680	1.9	682	85	3	1824	30	18	13	37	1.90
102205--102860	158	4.1	157	66	14	394	31	18	14	35	1.91
102115--103267	474	2.4	475	88	0	1698	30	18	14	36	1.91
102832--103699	432	2.0	430	84	3	1127	31	18	14	36	1.90
103262--104618	474	2.8	469	84	3	1594	31	18	14	35	1.91
105014--109002	159	25.2	158	64	13	1160	30	19	14	35	1.92
104617--109788	475	10.9	475	95	0	8563	30	19	14	36	1.91
110552--110923	205	1.8	205	89	1	584	30	17	12	39	1.86

Tables:   1   2   3