genome.fa.s1555.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1555
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  351839

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 248 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110133--111398	680	1.9	680	86	3	1812	31	18	13	35	1.91
110813--111468	158	4.1	157	66	14	394	31	18	14	35	1.91
110720--111875	474	2.4	476	88	0	1715	30	18	14	36	1.91
111440--112307	432	2.0	430	84	3	1136	31	18	14	36	1.90
111870--113221	474	2.8	467	85	3	1668	31	18	14	35	1.91
116381--116425	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
118228--118258	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
120272--120325	20	2.7	20	94	0	90	22	14	14	48	1.81
120311--120349	13	3.0	13	92	0	60	33	17	12	35	1.88
120470--120516	21	2.3	21	79	20	55	34	19	4	42	1.70
120472--120514	20	2.2	19	84	16	52	32	18	4	44	1.71
123642--125418	475	3.7	475	88	1	2426	31	19	13	35	1.91
124527--126316	898	2.0	894	86	1	2496	31	18	14	35	1.91
126181--126549	205	1.8	205	89	1	578	30	17	13	38	1.88
125669--127027	680	2.0	680	84	4	1783	31	18	14	36	1.90
126491--127157	158	4.2	158	65	14	350	31	19	13	35	1.91
126349--127504	474	2.4	476	87	2	1689	30	18	14	36	1.91
127070--127936	432	2.0	429	84	4	1113	31	17	14	35	1.90
127502--128854	475	2.8	470	85	3	1685	30	18	14	36	1.91
130512--130883	205	1.8	205	88	2	577	30	18	12	39	1.87
130037--131358	680	1.9	681	84	2	1782	30	18	13	37	1.90
130773--131417	158	4.1	158	66	15	396	31	18	14	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
130825--131488	158	4.2	158	65	14	362	31	19	13	35	1.91
130680--131761	474	2.3	476	88	0	1632	30	18	14	36	1.91
131812--133169	475	2.8	469	84	4	1666	31	18	14	36	1.91
133168--135015	475	3.9	476	87	2	2428	30	19	14	35	1.92
135030--136582	476	3.3	472	84	4	1847	30	18	14	36	1.91
136625--139233	475	5.5	474	87	1	3308	30	18	13	36	1.90
136623--149625	951	13.7	946	82	5	10871	30	18	14	36	1.91
137920--139075	158	7.3	156	68	12	432	31	18	13	36	1.90
139228--148275	476	18.9	475	82	5	9704	30	18	14	35	1.91
139229--149625	951	10.9	950	84	4	12152	30	18	14	35	1.91
142621--142689	33	2.1	33	100	0	138	33	23	18	24	1.97
145025--145093	33	2.1	33	100	0	138	33	23	18	24	1.97
147292--147928	158	4.0	158	65	14	376	32	19	13	35	1.91
148270--149625	475	2.8	470	84	4	1641	30	18	14	36	1.91
149628--151471	475	3.9	476	88	0	2444	30	19	14	35	1.91
152686--155262	158	16.3	158	65	13	527	30	18	14	36	1.91
151498--155668	948	4.4	947	85	3	5073	30	18	14	36	1.90
151498--155668	475	8.8	475	86	2	4963	30	18	14	36	1.90
152260--155263	158	19.0	160	64	14	441	30	18	14	36	1.91
155667--161448	476	12.1	474	82	5	6321	30	18	14	36	1.91
159032--159100	33	2.1	33	100	0	138	33	23	18	24	1.97
164497--164695	52	3.8	52	93	1	319	29	17	18	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
164751--164817	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
164773--164797	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
165620--165839	52	4.4	51	75	13	204	35	15	24	24	1.94
165735--165824	43	2.1	43	93	0	153	31	17	24	26	1.97
165826--166146	30	11.0	30	81	9	321	23	17	28	31	1.96
165831--166150	59	5.5	58	85	6	393	22	17	28	31	1.96
167587--167691	5	21.0	5	79	13	85	0	0	17	80	0.81
167607--167690	1	84.0	1	68	0	51	0	1	14	84	0.68
167585--167690	10	10.1	10	77	12	106	0	0	16	82	0.78
167585--167691	30	3.5	30	78	15	121	0	0	16	81	0.80
167584--167690	42	2.6	42	84	13	136	0	1	15	81	0.83
171117--250147	475	165.4	475	80	7	51061	30	18	14	36	1.91
171111--183273	952	12.9	951	86	3	13862	30	18	14	35	1.91
179222--180378	159	7.3	154	70	13	627	31	18	13	36	1.90
180458--183273	476	5.9	475	86	2	3568	31	18	14	36	1.91
180459--183273	951	3.0	946	86	2	3804	30	18	14	36	1.91
189749--198277	159	54.0	156	64	14	777	30	18	15	36	1.91
193585--194851	631	2.0	621	91	2	2081	30	18	15	35	1.92
194681--195959	631	2.0	629	87	2	1854	29	17	15	36	1.92
195279--198277	474	6.3	474	80	6	3326	30	18	14	36	1.91
195310--198277	947	3.1	948	87	3	3951	30	18	15	36	1.91
198534--224843	949	27.6	948	88	2	36194	30	18	15	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
202476--224473	158	139.1	156	63	13	852	29	18	15	36	1.91
224636--225078	235	1.9	235	93	0	760	27	15	15	41	1.87
226060--252267	158	165.5	156	65	14	5140	30	18	14	36	1.91
249847--250477	329	1.9	330	86	3	905	32	18	14	34	1.91
252350--253956	476	3.4	474	84	2	1978	30	18	15	36	1.91
254205--254271	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
254796--254874	21	3.8	22	82	14	105	39	10	24	26	1.87
254862--254892	10	3.1	10	90	0	53	41	6	29	22	1.78
254916--255052	53	2.6	53	92	1	238	27	16	18	37	1.92
255022--255092	20	3.5	20	77	11	74	29	14	16	39	1.88
255180--257067	476	4.0	476	86	3	2408	31	17	14	36	1.90
263831--263873	22	2.0	22	100	0	86	37	4	32	25	1.77
263832--263878	22	2.2	22	92	3	78	38	4	31	25	1.75
264304--269499	477	10.9	476	83	4	6206	30	19	14	35	1.92
269324--269816	159	3.1	156	68	16	363	31	17	15	36	1.91
269175--269816	313	2.0	313	83	5	814	30	17	15	36	1.91
269463--278750	477	19.7	477	84	4	10864	30	19	14	35	1.91
276319--278002	159	10.6	154	65	14	423	30	19	13	36	1.90
277389--278025	158	4.0	156	65	14	343	31	19	13	35	1.90
287824--287849	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
287806--287869	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
293460--293498	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
293621--293663	20	2.2	19	84	16	52	30	20	4	44	1.72
295954--296010	21	2.8	21	81	2	71	36	12	19	31	1.89
296891--296924	17	1.9	18	88	5	52	38	2	35	23	1.70
298548--298623	12	6.9	11	81	15	79	39	0	47	13	1.42
298568--298628	9	7.1	9	74	10	65	42	0	44	13	1.43
298538--298656	42	2.8	42	93	0	193	42	0	45	10	1.45
298550--298637	12	7.9	12	77	15	59	42	0	44	13	1.44
306820--306854	12	2.9	12	84	16	54	40	0	48	11	1.39
306778--306863	24	3.8	24	70	17	76	41	1	43	13	1.52
306823--306868	12	3.9	12	81	13	51	43	0	43	13	1.43
306778--306891	42	2.7	42	90	1	165	42	1	44	11	1.50
313114--314304	461	2.5	458	84	6	1509	31	18	14	35	1.92
314584--315744	158	7.3	157	67	13	441	31	17	13	37	1.89
314453--317360	477	6.2	472	86	5	3649	30	18	14	37	1.90
316325--317137	159	5.1	159	69	15	409	30	17	14	37	1.90
317555--317999	237	1.9	236	89	2	687	28	17	14	39	1.90
318072--318750	318	2.2	312	85	3	898	29	18	14	37	1.90
318389--319496	472	2.3	472	85	2	1466	29	18	15	37	1.91
324490--324550	9	7.1	9	78	10	65	13	40	0	45	1.43
324462--324580	42	2.8	43	85	7	147	11	42	0	46	1.40
324490--324580	33	2.7	33	80	6	85	12	40	0	47	1.41
327164--327231	34	2.0	34	100	0	136	32	14	11	41	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
327199--332301	476	10.7	478	86	3	6714	31	18	14	35	1.91
327210--332155	159	31.2	157	66	16	1444	31	18	14	35	1.91
331896--332707	407	2.0	405	82	4	994	30	18	13	37	1.90
332301--334175	476	3.9	474	84	2	2269	31	18	13	36	1.90
333833--334809	316	3.1	315	87	2	1293	30	19	13	36	1.90
336601--336626	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
336581--336644	32	2.0	33	87	3	94	29	14	15	40	1.86
338106--338148	20	2.1	20	82	4	50	9	27	46	16	1.77
338422--338468	21	2.3	20	75	10	51	40	4	23	31	1.74
338581--338619	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91

Tables:   1   2   3