genome.fa.s157.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold157
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  491920

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 336 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5467--5516	21	2.4	22	83	9	61	32	20	0	48	1.50
9288--9371	13	5.5	13	71	28	60	36	16	13	33	1.87
9296--9409	19	6.7	18	77	22	122	36	17	12	33	1.87
9288--9390	32	3.2	32	98	0	197	36	17	12	33	1.88
9626--9655	15	2.0	15	100	0	60	46	6	13	33	1.69
11459--11484	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
11469--11524	19	2.8	20	84	10	71	28	16	17	37	1.91
11469--11522	20	2.8	20	86	8	67	29	16	16	37	1.91
13286--13610	150	2.1	149	79	7	341	40	16	12	29	1.86
13748--14098	166	2.1	167	85	3	467	42	13	10	32	1.79
15859--15956	47	2.1	47	98	0	187	31	19	9	39	1.83
17453--17849	156	2.6	157	82	3	482	40	18	16	24	1.90
17459--17875	155	2.7	155	81	4	484	40	18	16	24	1.90
19537--19576	13	3.2	12	83	13	53	0	15	0	85	0.61
19537--19587	12	4.1	13	85	7	61	0	19	0	80	0.71
19537--19587	23	2.2	25	86	13	74	0	19	0	80	0.71
19542--19587	13	3.5	14	82	8	53	0	21	0	78	0.76
20082--20614	167	3.2	168	85	2	680	46	10	12	30	1.76
20082--20783	334	2.1	334	79	6	742	47	10	11	29	1.75
20562--21019	162	2.8	162	80	9	486	51	8	8	31	1.62
23935--23997	33	1.9	33	83	0	81	34	14	12	38	1.84
24027--24077	20	2.6	20	90	3	77	35	11	17	35	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26558--26596	13	3.1	13	77	7	53	41	12	12	33	1.82
32783--32813	16	1.9	16	100	0	62	32	19	12	35	1.90
32843--32893	20	2.6	20	90	3	77	35	15	17	31	1.92
35433--35485	21	2.6	21	82	8	56	20	15	1	62	1.42
36164--36204	10	4.0	10	81	6	55	78	0	21	0	0.76
36169--36212	21	2.2	20	91	4	70	77	0	20	2	0.88
36169--36212	20	2.1	21	88	12	65	77	0	20	2	0.88
43366--43433	27	2.5	27	97	0	127	25	36	14	23	1.93
49606--49900	30	9.9	29	77	7	252	24	31	15	27	1.96
49596--49986	60	6.5	60	78	6	294	24	31	14	28	1.95
49757--50373	32	19.9	30	75	13	316	24	29	13	33	1.93
49605--49947	91	3.8	90	77	5	235	24	31	14	28	1.95
49798--49966	61	2.8	61	81	12	179	24	30	13	31	1.93
49963--50419	64	7.2	64	73	12	209	23	28	12	35	1.92
49817--50366	33	17.7	32	76	10	242	24	28	13	33	1.93
50194--50277	27	3.0	28	84	5	89	25	30	13	30	1.93
49816--50372	61	9.0	61	72	15	224	24	28	13	33	1.93
50421--50690	31	8.9	31	75	14	240	30	30	18	21	1.96
50421--50690	64	4.5	62	74	13	231	30	30	18	21	1.96
50499--50664	85	2.0	83	85	4	226	30	30	18	21	1.96
50669--50894	68	3.3	68	90	1	319	26	26	16	30	1.96
50791--51162	112	3.3	111	84	4	446	21	25	14	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54880--54940	28	2.2	28	78	0	68	32	18	27	21	1.96
54968--55312	51	6.6	51	72	10	216	33	13	25	28	1.93
55132--55204	27	2.7	27	85	6	85	19	21	35	23	1.96
57640--57706	34	2.0	33	85	2	89	46	11	14	26	1.80
57730--57802	32	2.3	32	90	0	119	35	13	12	38	1.83
57738--57800	19	3.7	18	72	24	64	36	14	12	36	1.84
57770--57818	19	2.5	19	86	6	62	32	14	14	38	1.86
58148--58201	19	2.8	20	80	2	65	29	16	12	40	1.86
62365--62469	55	1.9	54	92	3	176	45	13	2	38	1.58
63332--63374	22	2.0	21	86	4	59	51	0	11	37	1.39
65946--65989	2	22.0	2	85	0	61	47	0	52	0	1.00
66209--66251	22	1.9	23	85	4	61	25	6	20	46	1.76
66245--66297	25	2.1	25	82	6	63	52	0	3	43	1.19
67422--67459	20	1.9	20	84	10	51	52	5	0	42	1.24
76210--76247	14	2.7	15	84	15	55	26	0	0	73	0.83
76769--78382	805	2.0	805	99	0	3192	41	13	16	29	1.86
79152--79306	65	2.4	65	78	2	193	25	20	18	35	1.95
79152--79352	67	3.0	66	76	4	190	25	19	19	35	1.95
81725--81773	20	2.4	20	86	3	62	40	14	16	28	1.87
81867--81919	20	2.6	21	84	3	72	30	18	13	37	1.89
84356--84766	80	5.2	80	74	6	309	28	27	12	31	1.93
84356--84766	158	2.6	156	81	5	430	28	27	12	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85931--85986	19	2.9	19	83	2	76	37	14	17	30	1.90
87545--87569	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
87639--87692	20	2.7	20	85	8	74	35	14	18	31	1.91
91159--91217	17	3.4	16	79	9	55	77	0	1	20	0.85
91165--91217	22	2.4	23	84	6	74	77	0	0	22	0.77
91324--91386	19	3.7	18	72	24	64	33	14	15	36	1.88
91322--91399	32	2.4	32	85	4	113	34	15	15	34	1.89
91411--91468	21	2.8	21	100	0	116	43	8	20	27	1.81
93833--94659	262	3.1	261	93	4	1334	28	26	12	31	1.93
93837--94460	51	12.0	52	72	14	340	28	26	12	32	1.92
94414--94546	69	1.9	69	84	3	178	28	25	13	32	1.94
94565--94798	79	2.9	79	79	4	274	26	26	14	32	1.95
94485--94689	107	1.9	107	80	5	234	26	28	15	29	1.96
101117--101182	20	3.4	19	81	12	71	33	15	13	37	1.86
101229--101258	13	2.3	13	100	0	60	43	16	13	26	1.85
102385--102503	57	2.1	58	98	1	231	45	17	6	30	1.74
108629--108654	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
108638--108696	19	3.1	19	85	4	82	35	13	16	33	1.88
108640--108694	20	2.8	20	88	2	76	32	12	18	36	1.88
108724--108788	33	2.0	33	90	6	105	36	13	15	33	1.87
108840--108866	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
108895--108948	20	2.7	20	88	5	74	31	11	18	38	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110444--110487	22	2.0	22	100	0	88	36	22	13	27	1.92
113175--113257	39	2.1	39	97	0	157	27	15	19	37	1.92
115529--115613	20	4.6	20	79	19	112	30	14	11	43	1.81
115568--115627	13	5.1	13	69	22	60	30	15	13	41	1.85
115548--115626	33	2.4	33	97	0	149	30	13	12	43	1.82
115754--115793	20	2.0	20	85	14	55	32	22	0	45	1.53
116951--117015	21	3.6	19	73	26	70	44	15	12	27	1.82
116969--116994	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
116951--117015	34	2.0	33	93	6	114	44	15	12	27	1.82
121054--121084	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
125836--125984	52	2.9	51	89	4	235	30	17	18	32	1.94
125973--125997	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
126061--126085	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
127001--127271	49	5.7	49	85	6	335	29	18	26	25	1.98
127276--127447	33	5.5	33	87	8	195	19	18	31	29	1.96
127276--127578	58	5.0	61	73	12	207	23	16	31	28	1.96
127276--127636	30	11.9	30	78	12	217	24	16	30	28	1.96
129029--129125	1	97.0	1	72	0	68	0	0	14	85	0.60
129029--129124	9	10.4	10	78	15	84	0	0	14	85	0.60
129029--129125	19	5.2	19	84	10	130	0	0	14	85	0.60
129032--129125	24	3.9	24	83	10	120	0	0	14	85	0.61
129029--129125	35	2.6	37	77	8	99	0	0	14	85	0.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
251294--251375	28	2.9	28	80	7	96	26	17	31	24	1.97
251358--251528	51	3.3	51	79	4	198	32	11	26	29	1.92
251511--251586	27	2.8	28	88	6	102	21	21	34	23	1.97
254051--254076	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
254030--254096	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
254116--254183	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
254138--254162	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
254119--254181	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
254241--254294	21	2.6	21	93	0	90	37	22	7	33	1.82
254297--254323	14	1.9	14	100	0	54	14	3	0	81	0.82

Tables:   1   2   3