genome.fa.s157.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold157
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  491920

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 336 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
254299--254327	15	1.9	15	100	0	58	13	6	0	79	0.93
257106--257186	20	3.8	20	71	15	72	27	14	16	41	1.87
257317--257362	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
259750--259775	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
259732--259795	32	2.0	33	90	3	103	39	18	14	28	1.90
266459--266486	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
268033--268058	12	2.2	12	100	0	52	30	0	15	53	1.42
268701--268743	22	2.0	22	90	9	70	44	4	9	41	1.57
268844--268907	33	1.9	33	90	0	101	37	17	10	34	1.85
269418--269483	34	1.9	34	81	6	80	28	12	22	36	1.90
270461--270663	78	2.6	78	80	2	210	29	16	29	25	1.96
270621--270689	28	2.5	28	85	0	84	24	17	33	24	1.96
270677--271334	52	12.5	52	71	13	407	30	12	27	29	1.93
270882--270957	27	2.8	28	89	2	109	21	21	34	23	1.97
270570--271334	265	2.9	265	94	1	1313	30	12	27	29	1.93
271147--271222	27	2.8	28	89	2	109	21	21	34	23	1.97
273699--273758	13	5.0	13	71	19	58	41	11	16	30	1.84
273678--273778	34	3.0	34	92	1	168	44	11	16	26	1.83
273796--273930	19	8.2	17	71	28	114	36	14	11	37	1.83
273820--273908	13	5.9	13	72	27	70	33	15	13	37	1.87
273801--273927	32	4.0	32	97	0	236	34	15	12	37	1.86
282803--283070	61	4.4	61	79	5	233	22	26	12	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
282804--283033	30	7.6	30	68	15	107	23	25	13	38	1.91
282797--283070	121	2.3	121	88	1	397	22	26	12	38	1.90
283052--283097	23	2.0	23	100	0	92	26	26	17	30	1.97
283179--283288	30	3.7	28	70	11	85	17	25	17	40	1.91
283169--283286	61	1.9	61	86	3	166	15	27	16	39	1.89
283182--283516	120	2.8	118	78	8	325	21	23	13	41	1.88
283244--283565	60	5.4	60	71	13	166	22	23	12	41	1.88
285062--285128	20	3.7	20	74	25	85	32	11	20	34	1.90
285082--285108	13	2.1	13	100	0	54	37	14	14	33	1.88
285061--285139	33	2.4	33	100	0	158	34	12	20	32	1.90
285115--285139	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
285903--285959	13	3.9	13	72	24	51	35	12	17	35	1.87
285883--285983	32	3.1	32	94	1	175	34	10	17	36	1.85
285881--285978	19	5.8	18	69	28	81	33	11	17	37	1.85
285883--286011	65	2.0	65	80	8	147	37	13	16	33	1.87
286055--286183	52	2.5	52	85	0	186	37	17	17	28	1.92
295720--295786	33	2.0	33	82	5	82	31	19	11	37	1.88
295834--295893	13	5.1	13	73	22	69	40	15	16	28	1.89
295814--295912	33	3.0	33	89	5	148	39	14	17	29	1.88
295846--295912	20	3.7	19	74	25	74	41	14	16	26	1.87
298678--298740	28	2.2	28	86	5	83	60	7	19	12	1.56
298907--298932	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
300494--300560	28	2.4	28	84	0	80	26	19	29	23	1.98
300548--300933	52	7.4	51	72	11	217	31	13	25	28	1.94
300640--300769	51	2.5	52	82	1	163	34	14	23	26	1.94
300752--300827	27	2.8	26	88	9	100	21	22	34	22	1.97
303302--303327	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
303281--303347	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
303367--303434	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
303389--303413	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
303370--303432	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
304056--305008	55	17.3	55	90	3	1435	20	20	30	28	1.97
304130--304990	28	31.2	28	60	19	152	20	19	30	28	1.97
305991--306042	1	52.0	1	78	0	50	0	3	7	88	0.62
305992--306039	13	3.5	13	85	5	60	0	4	8	87	0.66
305991--306042	18	2.9	18	85	2	70	0	3	7	88	0.62
318430--318637	80	2.6	79	83	2	238	29	16	29	24	1.97
318589--318660	28	2.6	28	86	0	90	25	19	33	22	1.97
318648--319033	52	7.4	51	72	11	217	31	13	25	29	1.93
318740--318869	51	2.5	52	82	1	163	34	14	23	26	1.94
318538--319038	263	1.9	263	89	3	776	31	13	26	27	1.94
318852--318927	27	2.8	26	88	9	100	21	22	34	22	1.97
321464--321531	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
321486--321510	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
321467--321529	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
321569--321644	21	3.7	21	85	8	111	32	13	15	38	1.86
321569--321648	41	2.0	40	87	7	117	33	12	16	37	1.86
321824--321941	58	2.0	59	83	1	148	28	20	19	31	1.97
322208--322467	50	5.2	50	90	1	405	27	19	21	31	1.97
326137--326219	28	2.9	28	81	10	89	27	16	30	25	1.97
326202--326372	51	3.3	51	80	4	207	32	11	25	30	1.91
326357--326453	28	3.5	27	84	2	113	25	16	34	23	1.95
326443--326577	52	2.6	51	80	4	153	33	11	25	30	1.90
326137--326670	240	2.2	240	88	4	785	30	14	27	27	1.95
326654--326777	52	2.3	54	89	5	182	31	11	24	33	1.90
326385--326782	213	1.9	212	87	3	595	30	13	27	28	1.94
334092--334210	42	2.8	42	90	0	184	8	45	2	43	1.47
334125--334200	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
334116--334201	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
334107--334177	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
335865--335890	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
335844--335910	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
335930--335997	19	3.9	18	76	23	83	38	14	10	36	1.81
335935--335995	32	1.9	32	96	0	113	37	16	9	36	1.82
336794--337295	55	9.0	55	88	3	621	23	20	30	25	1.99
338307--338363	1	57.0	1	76	0	51	0	7	5	87	0.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
338289--338363	31	2.4	30	82	12	89	0	10	5	84	0.78
338307--338363	16	3.8	14	78	15	60	0	7	5	87	0.66
338290--338361	25	2.9	25	82	10	94	0	11	4	84	0.75
351978--352096	42	2.8	42	89	0	175	7	45	3	43	1.49
352011--352086	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
357423--357504	28	2.9	28	83	7	96	25	17	32	24	1.96
357487--357656	52	3.3	51	82	2	214	31	11	25	30	1.92
357639--357737	28	3.5	28	88	0	144	24	18	34	23	1.96
357727--358063	52	6.4	51	71	14	184	30	12	26	29	1.93
357721--358063	104	3.3	103	71	13	293	31	12	26	29	1.93
357423--357954	239	2.2	240	92	2	865	29	14	28	27	1.95
357879--357954	27	2.8	28	89	2	109	21	21	34	23	1.97
357667--358063	212	1.9	212	90	2	636	29	13	27	28	1.94
357942--358060	51	2.3	53	85	7	154	33	11	22	31	1.90
360431--360456	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
360410--360476	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
360496--360563	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
360518--360542	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
360499--360561	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
360599--360675	21	3.7	21	91	0	127	37	19	9	33	1.83
362545--362802	50	5.1	50	83	1	302	29	18	18	33	1.95
363018--363051	17	2.0	17	88	0	50	47	11	5	35	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
366683--366850	51	3.3	50	79	8	196	30	12	26	30	1.93
366833--366928	28	3.6	27	84	9	126	22	18	34	23	1.96
366952--367082	51	2.6	51	82	8	137	31	15	27	25	1.96
366624--367140	232	2.2	235	88	5	741	29	14	29	27	1.96
367065--367140	27	2.8	28	89	2	109	21	21	34	23	1.97
366860--367250	205	1.9	205	86	5	558	29	13	28	28	1.94
369006--369040	17	2.1	17	88	0	52	0	2	17	80	0.84
369563--369588	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
369627--369691	18	3.9	17	75	20	75	36	13	12	36	1.83
369630--369690	31	2.0	31	93	0	104	36	14	13	36	1.85

Tables:   1   2   3