genome.fa.s161.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold161
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  434478

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96794--96949	62	2.4	65	78	12	167	32	21	16	28	1.95
103378--103416	12	3.3	12	85	7	53	69	0	0	30	0.89
103634--103694	21	3.0	21	80	2	61	55	3	0	40	1.16
103634--103676	20	2.1	20	86	4	59	58	0	0	41	0.98
104072--104109	19	1.9	19	89	5	58	57	0	0	42	0.98
105160--105193	18	1.9	18	88	5	52	52	0	0	47	1.00
105160--105203	22	2.0	22	82	8	54	52	0	2	45	1.13
105162--105220	17	3.3	18	76	11	68	47	0	3	49	1.18
105244--105278	17	2.1	17	94	0	61	68	0	0	31	0.90
105242--105295	24	2.3	23	84	6	72	62	0	0	37	0.95
105320--105353	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
105516--105589	32	2.3	33	80	4	96	43	1	1	54	1.17
106730--106777	17	2.7	17	80	6	51	47	10	0	41	1.37
109701--109739	21	1.9	21	89	5	62	15	0	12	71	1.14
109755--109795	22	1.9	21	85	5	55	39	0	0	60	0.96
109956--109984	11	2.6	11	100	0	58	27	0	0	72	0.85
109926--109972	19	2.5	18	86	6	58	40	0	2	57	1.11
110124--110149	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
111475--111503	6	4.8	6	100	0	58	34	0	65	0	0.93
111508--111553	21	2.2	21	88	0	65	32	19	23	23	1.97
112262--112287	11	2.4	11	100	0	52	50	0	7	42	1.31
112364--112443	41	2.0	41	82	9	101	56	1	0	42	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112363--112454	41	2.2	41	79	11	100	58	1	0	40	1.05
113007--113054	20	2.4	20	79	6	53	47	0	0	52	1.00
113402--113557	16	9.6	16	71	16	106	43	0	3	52	1.22
113403--113565	29	5.6	29	71	18	106	42	0	3	53	1.21
113509--113562	10	5.6	10	75	14	51	44	0	1	53	1.11
113961--114089	48	2.8	45	73	11	125	40	0	0	58	1.03
113997--114093	30	3.8	25	74	19	83	39	0	1	59	1.04
114012--114059	15	3.1	17	74	22	59	37	0	0	62	0.95
114002--114100	31	3.3	31	83	5	114	37	0	1	61	1.03
114058--114101	6	7.5	6	80	14	56	36	0	0	63	0.95
114025--114135	53	2.1	52	82	11	129	34	0	1	63	1.05
114059--114092	11	3.1	11	91	0	59	38	0	0	61	0.96
114085--114128	18	2.4	18	80	0	52	29	0	4	65	1.12
114547--114590	23	1.9	23	86	9	63	40	0	4	54	1.21
114552--114597	22	2.1	22	84	8	58	43	0	6	50	1.28
114746--114779	14	2.5	13	90	4	50	55	0	0	44	0.99
115611--115647	14	2.6	15	91	8	60	59	0	0	40	0.97
115603--115673	14	4.9	15	71	20	53	60	1	0	38	1.06
115651--115709	18	3.2	20	76	16	72	59	0	0	40	0.97
115652--115772	49	2.5	49	83	9	144	60	0	0	39	0.97
115748--115787	19	2.2	18	86	4	53	62	2	0	35	1.09
115974--116034	26	2.2	27	83	13	72	34	0	1	63	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117030--117063	14	2.3	15	85	5	52	38	5	0	55	1.24
117942--117987	24	1.9	24	86	8	67	45	26	8	19	1.79
117992--118072	28	2.9	28	96	0	144	50	19	8	20	1.74
122569--122614	24	1.9	24	91	8	76	45	28	8	17	1.78
122619--122701	28	3.0	28	96	0	148	49	19	10	20	1.78
122799--122826	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
123067--123141	11	6.5	11	71	18	55	34	1	0	64	1.02
123082--123141	23	2.5	24	92	7	97	31	0	0	68	0.90
123658--123704	20	2.4	20	92	3	78	27	0	27	44	1.55
127425--127455	2	15.5	2	93	0	53	48	0	0	51	1.00
127671--127697	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
128810--128849	3	13.3	3	83	0	53	2	27	30	40	1.70
129543--129928	203	1.9	203	98	0	745	30	18	19	31	1.96
133000--133024	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
133326--133368	22	2.0	22	90	9	70	48	0	0	51	1.00
133352--133394	19	2.1	21	87	8	63	39	0	0	60	0.97
134799--134846	21	2.4	19	86	10	60	45	2	2	50	1.25
134831--134878	5	9.2	5	86	8	69	62	0	0	37	0.95
135282--135336	23	2.2	24	78	9	58	56	1	0	41	1.10
135485--135514	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
141291--141478	97	1.9	97	85	0	259	29	20	10	39	1.85
141297--141503	97	2.1	98	82	4	249	28	23	9	38	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
141299--141532	97	2.4	97	80	5	242	28	23	10	37	1.88
144657--144782	39	3.2	39	76	6	130	52	16	6	24	1.67
147127--147628	79	6.4	77	80	8	453	36	11	23	28	1.89
147127--147629	157	3.2	156	82	6	584	36	11	23	28	1.89
153268--153335	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
153270--153332	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
153289--153313	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
155667--156050	52	7.3	52	70	13	209	29	25	12	32	1.93
155803--155858	28	1.9	29	89	7	87	21	32	19	26	1.97
155776--155858	27	2.9	28	82	12	91	21	32	20	25	1.98
156034--156110	28	2.8	28	87	0	100	23	33	19	23	1.97
155985--156189	107	1.9	107	82	5	252	26	28	15	29	1.96
156065--156265	78	2.6	79	84	4	237	24	29	16	29	1.97
168666--168695	12	2.6	11	94	5	51	83	3	13	0	0.77
169693--170541	55	15.0	55	85	7	987	27	27	20	24	1.99
169751--169833	27	3.0	27	60	16	62	28	30	19	21	1.98
169723--170541	226	3.6	228	90	2	1160	27	27	20	24	1.99
171076--171143	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
171078--171140	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
171097--171121	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
171183--171208	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
171163--171229	33	2.0	33	88	0	98	26	14	16	41	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
173572--173702	51	2.5	53	82	8	169	32	25	9	32	1.89
173689--173789	28	3.6	28	92	6	154	21	33	22	21	1.97
173772--173917	52	2.8	52	81	1	168	28	23	13	34	1.93
173772--173900	51	2.5	51	83	1	159	27	24	14	34	1.94
174073--174140	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
174075--174137	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
174094--174118	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
174180--174205	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
176684--176758	27	2.7	27	88	10	100	22	34	21	21	1.97
176742--176887	52	2.8	52	77	1	150	28	23	13	34	1.92
176575--176887	51	6.0	51	68	13	161	29	25	12	32	1.93
177043--177110	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
177045--177107	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
177064--177088	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
177150--177175	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
177130--177196	33	2.0	33	88	0	98	26	14	16	41	1.87
179693--179838	52	2.8	52	81	1	168	28	23	13	34	1.93
179528--179838	51	6.0	51	69	13	177	28	25	13	32	1.93
179994--180061	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
179996--180058	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
180015--180039	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
180101--180126	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
180081--180147	33	2.0	33	88	0	98	26	14	16	41	1.87
242528--242593	27	2.4	27	89	0	96	27	9	18	45	1.79
242682--242724	13	3.3	13	83	0	59	20	39	6	32	1.80
247111--247201	24	3.6	25	80	12	91	29	7	14	48	1.71
248288--248349	30	2.1	31	85	11	87	50	3	1	45	1.27
259202--259247	24	1.9	24	82	8	58	54	0	0	45	0.99
262187--262224	20	1.9	20	88	0	58	60	5	2	31	1.33
262863--262896	18	1.9	18	88	5	52	52	0	0	47	1.00
263387--263436	19	2.6	19	78	9	57	52	2	2	44	1.24
263973--264016	20	2.2	21	88	8	65	13	11	2	72	1.21

Tables:   1   2   3   4