genome.fa.s1611.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1611
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  379729

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 290 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78--132	17	3.1	17	73	16	58	38	18	12	30	1.88
162--212	20	2.6	20	90	3	77	37	13	19	29	1.90
2767--2929	81	2.0	82	89	1	247	29	31	12	26	1.92
3274--3478	48	4.2	48	72	5	189	23	20	15	41	1.89
3279--3478	96	2.1	97	80	2	215	23	20	15	41	1.89
3488--3729	85	2.8	86	82	3	288	21	24	15	38	1.92
3497--3729	44	5.4	44	70	12	149	20	24	16	39	1.92
3479--3750	88	3.1	87	81	4	298	20	25	15	39	1.91
3618--3776	44	3.6	44	74	5	133	19	24	18	37	1.94
3618--3792	88	2.0	88	79	2	190	20	24	18	36	1.95
3915--4102	83	2.3	83	81	5	218	17	35	17	30	1.92
3914--4240	42	7.9	41	75	10	200	17	32	17	33	1.93
6140--6445	79	3.9	78	80	4	303	36	12	23	27	1.91
9165--9195	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
11405--11450	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
13840--13865	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
13822--13885	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
16184--16223	20	2.0	21	90	5	64	37	15	20	27	1.92
16204--16297	30	3.5	30	66	27	91	41	15	17	25	1.89
16183--16318	50	2.7	50	87	0	191	41	14	17	26	1.88
18699--19148	163	2.8	161	84	4	598	41	12	9	37	1.75
23454--23521	27	2.6	27	80	2	75	30	16	26	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25194--25219	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
27437--27481	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
29285--29315	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
31395--31420	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
33948--33973	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
35760--35874	51	2.3	50	83	4	151	43	14	16	25	1.86
41885--41929	21	2.1	21	87	0	63	44	11	0	44	1.39
57982--58013	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
62139--62165	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
70590--70616	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
71212--71278	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
71232--71256	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
71319--71343	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
71352--71479	52	2.5	52	94	3	224	33	17	17	30	1.94
75161--75403	49	4.9	49	85	2	306	32	18	25	23	1.97
75108--75411	98	3.1	98	84	3	351	32	18	25	23	1.97
75420--76003	28	20.4	28	84	6	706	19	16	32	31	1.95
75420--76009	87	6.8	86	89	4	843	20	16	32	31	1.95
75420--76009	173	3.4	173	91	3	863	20	16	32	31	1.95
77458--77568	1	111.0	1	70	0	60	0	4	10	83	0.82
77448--77549	29	3.4	30	77	18	90	0	4	11	83	0.80
77460--77568	33	3.3	32	83	12	123	0	4	11	83	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77445--77570	51	2.5	50	82	13	152	0	4	12	81	0.88
77447--77553	5	22.6	5	79	11	68	0	4	12	83	0.80
77446--77553	37	2.9	37	78	13	116	0	4	12	83	0.79
77479--77568	46	2.0	46	86	8	130	1	5	10	83	0.86
91432--91560	52	2.5	52	90	0	222	28	18	17	34	1.94
91569--91595	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
91665--91689	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
93069--93102	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
99728--100103	166	2.3	163	81	6	424	31	10	9	48	1.70
100585--100622	13	2.9	13	88	7	51	81	0	18	0	0.69
102175--102942	155	5.0	154	82	3	837	24	16	19	39	1.91
102175--102942	309	2.5	307	83	4	949	24	16	19	39	1.91
104829--104899	36	1.9	37	83	8	92	26	15	9	47	1.76
107647--107714	18	3.8	17	75	11	57	35	0	1	63	1.04
107707--107763	20	2.8	19	84	7	60	36	0	3	59	1.14
107710--107774	24	2.8	25	73	17	59	41	0	3	55	1.15
107821--107870	19	2.6	19	80	0	64	38	0	0	62	0.96
108857--108891	2	17.5	2	100	0	70	51	0	48	0	1.00
111560--111662	51	2.0	51	94	0	179	39	9	20	30	1.84
111631--111825	97	2.0	96	93	1	336	33	9	20	35	1.86
112166--112204	15	2.6	15	83	0	51	61	2	33	2	1.23
114054--114110	23	2.5	23	91	0	87	26	3	10	59	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120156--120196	21	2.0	21	95	0	73	34	14	17	34	1.90
125823--125861	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
126062--126114	24	2.2	25	86	6	74	28	11	0	60	1.31
126825--126869	17	2.5	19	75	13	51	48	4	4	42	1.43
129802--129956	84	1.9	83	89	4	240	47	8	1	42	1.45
137838--137901	33	1.9	33	90	0	101	31	14	15	39	1.87
139857--139898	20	2.2	20	86	4	59	42	0	0	57	0.99
139860--139912	28	1.9	27	92	3	88	37	0	0	62	0.96
141080--141118	19	2.1	19	100	0	78	20	0	5	74	1.01
141925--142004	20	3.9	20	78	12	81	35	15	11	38	1.83
142721--143523	398	2.0	399	95	1	1441	25	16	13	44	1.84
147490--147551	20	3.0	22	76	13	76	33	14	12	38	1.84
147490--147547	21	2.8	21	82	12	75	34	13	13	37	1.85
147490--147569	41	1.9	43	84	5	110	32	13	13	40	1.84
150046--150070	13	1.9	13	100	0	50	32	12	16	40	1.84
155355--155461	30	3.5	29	70	9	79	27	17	15	39	1.90
155352--155481	63	2.1	63	86	0	179	27	16	14	41	1.87
157941--157998	28	2.0	30	90	10	93	25	31	15	27	1.96
157812--158053	79	3.1	79	85	1	333	28	24	14	32	1.94
160676--160711	9	4.0	9	100	0	72	22	0	11	66	1.22
162996--163021	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
163680--164027	52	6.8	52	70	8	144	32	15	25	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
163784--164095	101	3.1	98	79	5	338	29	16	28	26	1.96
163679--164095	49	8.3	49	73	8	275	31	15	26	26	1.96
164367--164433	33	2.1	32	82	2	80	34	19	14	31	1.92
164493--164555	19	3.6	19	76	24	84	39	19	15	25	1.91
164511--164568	13	4.0	13	76	23	62	39	17	15	27	1.90
164493--164621	33	4.0	33	93	3	185	39	19	13	27	1.90
164555--164622	20	3.8	20	70	25	78	39	19	11	29	1.87
165362--165666	49	6.3	49	74	11	268	32	17	25	24	1.97
165362--165586	92	2.4	92	83	5	263	31	17	26	25	1.97
165640--165693	27	2.0	27	81	0	63	29	14	29	25	1.95
165536--165789	125	2.0	125	83	3	312	33	14	26	25	1.95
165667--166445	49	16.0	49	80	7	827	31	15	26	26	1.96
165663--166443	98	8.0	98	83	6	946	31	15	26	25	1.96
165667--166445	340	2.3	332	82	7	924	31	15	26	26	1.96
165663--166443	389	2.0	389	93	1	1325	31	15	26	25	1.96
166647--166731	37	2.3	37	97	0	161	43	16	15	24	1.86
179383--179414	9	3.6	9	91	0	55	21	0	12	65	1.25
186780--186914	52	2.6	50	80	7	148	35	14	23	25	1.94
186847--186993	78	1.9	79	94	1	260	31	15	25	26	1.96
186925--187044	51	2.4	51	94	0	204	33	14	24	28	1.94
186793--187123	130	2.5	130	89	1	495	34	14	24	26	1.94
186976--187518	79	6.9	79	92	0	870	32	14	25	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187371--187699	130	2.5	130	91	0	541	32	13	25	27	1.94
187453--187569	51	2.3	51	93	0	198	33	12	23	29	1.92
187501--187648	79	1.9	79	94	0	260	30	15	27	27	1.96
187580--187750	51	3.4	51	95	0	297	32	13	25	28	1.94
187453--187829	181	2.1	181	95	0	673	33	12	24	28	1.93
187682--187873	79	2.4	79	89	0	294	32	14	25	27	1.94
189029--189211	35	5.4	35	88	5	286	18	30	6	44	1.74
189029--189217	66	2.8	66	92	4	308	17	29	5	46	1.72
189988--190080	41	2.3	41	81	1	107	38	15	25	20	1.91
190065--190295	61	3.8	60	89	4	333	29	19	25	25	1.99

Tables:   1   2   3