genome.fa.s1611.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1611
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  379729

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 290 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
190336--190747	55	7.4	55	86	5	533	25	21	26	26	2.00
190336--190754	114	3.7	110	85	5	538	25	21	26	26	1.99
190336--191153	169	5.0	168	75	15	739	26	20	27	25	1.99
190768--190936	60	2.8	59	86	7	241	24	20	27	26	1.99
190567--191155	214	2.8	215	93	4	983	26	20	28	24	1.99
190982--191150	60	2.8	59	87	7	250	24	20	28	26	1.99
195132--195314	35	5.4	35	86	5	277	19	30	5	44	1.73
195132--195320	66	2.8	66	91	4	299	18	29	5	46	1.71
196173--197510	62	21.6	62	85	1	1628	24	24	18	31	1.98
197715--198737	62	16.6	62	83	2	1193	24	24	19	31	1.98
197715--199969	186	12.2	185	76	9	1781	23	24	19	32	1.97
198943--199969	62	16.6	62	84	2	1195	23	25	19	32	1.98
199931--200128	85	2.4	83	80	9	228	18	24	15	40	1.90
199938--200120	42	4.4	41	78	9	185	19	24	16	39	1.91
200307--201265	43	22.9	42	75	10	535	21	25	12	40	1.88
200689--201063	175	2.2	173	81	8	435	24	25	11	38	1.89
200307--201265	84	11.5	84	74	12	475	21	25	12	40	1.88
201069--201253	42	4.4	42	76	4	178	18	27	11	42	1.84
204186--204623	79	5.6	77	82	6	468	28	21	13	35	1.92
204186--204632	157	2.8	155	84	4	565	28	21	13	36	1.92
204186--204647	236	2.0	236	84	0	602	28	21	14	35	1.93
204198--204700	236	2.1	236	82	2	580	28	22	14	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
205869--205946	20	3.8	20	80	10	79	28	14	16	41	1.87
205992--206057	33	2.0	33	91	5	107	36	12	15	36	1.84
211064--211412	165	2.1	165	80	8	381	33	11	7	47	1.67
210956--211261	154	2.0	152	78	9	318	32	10	6	50	1.63
211283--211549	135	2.0	133	84	7	344	29	12	8	49	1.71
213630--213903	150	1.8	150	94	0	485	27	23	16	32	1.96
213630--213950	150	2.1	150	89	1	484	26	21	17	34	1.96
222616--222833	80	2.7	78	81	8	278	36	12	25	25	1.91
222711--223041	129	2.6	128	80	6	346	36	9	26	26	1.88
222897--223012	51	2.3	50	83	7	135	37	6	26	28	1.82
226102--226238	53	2.6	53	94	1	238	27	17	17	37	1.92
226226--226279	20	2.7	20	80	8	65	29	14	16	38	1.89
237795--237819	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
239951--240006	19	2.9	19	82	12	69	37	14	17	30	1.90
239991--240017	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
242016--242058	20	2.0	22	82	8	54	13	25	37	23	1.92
242334--242383	21	2.4	21	83	9	59	48	0	20	32	1.50
242341--242383	21	2.0	22	86	4	61	51	0	20	27	1.48
247293--247320	12	2.3	12	100	0	56	60	0	21	17	1.36
247889--247913	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
247963--248018	19	2.8	20	83	5	78	33	16	17	32	1.92
249070--249108	21	1.9	21	94	5	71	43	12	23	20	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
250689--251328	79	8.1	77	78	8	511	33	12	25	28	1.92
250681--251328	159	4.1	157	83	4	692	33	12	25	28	1.92
254299--254484	31	5.9	31	80	8	182	23	30	16	30	1.96
254299--254484	64	3.0	63	79	9	159	23	30	16	30	1.96
254448--254584	34	4.0	34	82	3	168	20	29	10	38	1.87
254448--254648	68	2.9	68	83	7	235	21	29	11	36	1.89
254685--255173	49	10.0	49	79	7	467	22	25	18	33	1.97
254685--255072	150	2.7	146	88	4	532	22	24	18	33	1.97
256681--257029	79	4.4	79	88	4	476	33	14	25	27	1.94
256964--257075	51	2.2	51	83	3	136	33	10	26	29	1.90
256885--257156	130	2.1	130	82	7	320	33	12	25	29	1.93
257012--257376	78	4.6	77	72	11	292	34	12	23	29	1.91
256826--257219	209	1.9	209	80	7	469	34	12	24	28	1.92
256727--257316	288	2.1	287	81	5	692	33	13	24	28	1.93
258800--258945	70	2.1	70	98	0	283	42	14	27	15	1.86
263251--263323	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
263269--263344	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
263251--263344	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
263383--263408	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
267471--267501	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
269517--269594	20	3.6	21	73	15	70	25	12	16	44	1.83
269581--269619	13	3.0	13	92	0	60	33	17	12	35	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
271413--271478	34	1.9	34	100	0	132	24	3	24	48	1.65
272099--272171	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
272117--272192	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
272099--272192	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
272231--272256	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
275735--275855	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
275735--275875	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
275864--275888	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
275929--275998	33	2.1	33	89	0	104	40	14	11	34	1.82
275954--275978	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
276865--277578	49	14.7	49	83	5	900	30	17	26	25	1.97
276865--277578	92	7.4	97	89	3	898	30	17	26	25	1.97
277578--277647	33	2.1	35	94	5	126	20	17	37	25	1.94
277652--277839	35	5.4	34	85	12	231	35	12	32	19	1.89
277652--277839	72	2.7	72	89	4	285	35	12	32	19	1.89
277632--278099	37	12.9	36	75	15	369	34	11	33	19	1.89
277761--277934	87	2.0	89	91	2	289	33	13	32	20	1.91
277850--278083	69	3.4	70	92	3	368	34	11	33	20	1.89
277848--278107	104	2.5	105	88	7	381	35	11	33	20	1.89
278110--278318	28	6.6	33	73	13	163	33	14	30	22	1.94
278108--278291	62	3.0	61	90	4	280	33	13	30	22	1.93
278235--278352	30	3.8	31	84	4	121	31	16	28	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
278171--278353	95	1.9	95	80	10	214	32	15	29	22	1.94
293490--293569	32	2.5	33	80	9	105	43	16	11	28	1.82
293630--293681	20	2.5	20	75	3	50	34	13	9	42	1.77
294455--294508	20	2.8	20	82	2	65	27	12	20	38	1.89
294553--294583	13	2.4	13	100	0	62	32	16	12	38	1.86
296192--296222	3	10.3	3	92	0	53	35	0	35	29	1.58
303253--303308	19	2.9	19	89	2	76	32	16	16	35	1.90
310800--310834	14	2.6	14	95	4	63	40	0	17	42	1.49
317993--318029	2	18.5	2	94	0	65	51	2	0	45	1.15
317989--318030	10	4.4	10	85	11	61	50	7	0	42	1.30
325578--325623	22	2.1	21	84	11	58	47	4	0	47	1.21
326779--326810	1	32.0	1	100	0	64	100	0	0	0	0.00
330990--331031	19	2.1	19	86	8	57	59	2	0	38	1.10
331386--331410	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
331368--331432	33	2.0	33	87	0	94	35	12	12	40	1.80
331476--331500	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
331509--331629	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
338867--338897	1	31.0	1	93	0	53	96	0	3	0	0.21
339839--340498	61	10.3	63	74	16	440	20	34	13	31	1.91
339865--340361	125	3.9	125	84	8	551	21	36	13	28	1.92
339987--340065	27	2.9	27	98	0	149	24	40	17	17	1.91
339830--340498	34	20.9	33	78	14	456	20	34	13	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
340014--340332	98	3.3	96	81	13	368	20	35	13	29	1.92
340014--340466	97	4.7	97	81	10	395	20	34	13	32	1.91
340038--340335	63	4.6	63	83	10	341	20	35	13	31	1.90
340335--340388	27	2.0	27	92	0	90	22	37	14	25	1.93
340364--340498	35	3.9	34	81	9	146	18	30	12	38	1.88
340363--340505	36	4.1	34	80	7	144	17	32	11	38	1.86
340369--340518	71	2.1	70	82	6	178	20	33	12	34	1.89
340503--340572	33	2.1	35	94	5	126	25	37	17	20	1.94
340572--342222	49	33.9	49	83	3	2017	24	26	17	30	1.97
340567--342155	98	16.4	98	94	1	2305	24	27	17	30	1.97

Tables:   1   2   3