genome.fa.s1636.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1636
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  229876

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2744--2826	44	1.9	43	80	7	96	30	21	26	21	1.99
2841--2930	32	2.7	35	84	5	123	17	17	28	35	1.93
2963--3032	34	2.0	34	86	2	95	37	12	31	18	1.89
4542--4571	11	2.6	11	94	5	51	6	0	6	86	0.70
4542--4576	12	3.0	12	87	8	54	8	0	5	85	0.73
7773--7824	20	2.7	20	87	3	70	26	11	21	40	1.87
7906--7930	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
16565--16595	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
16545--16611	33	2.0	33	88	11	102	32	17	13	35	1.89
16640--16696	19	2.9	19	89	5	78	35	17	15	31	1.92
16662--16726	33	2.0	32	87	3	94	41	16	15	26	1.88
17243--17344	42	2.5	41	84	4	118	28	30	1	39	1.68
25348--25400	20	2.7	20	88	11	74	30	18	13	37	1.89
27566--27633	17	4.1	17	73	5	68	32	1	32	33	1.67
28151--28230	33	2.4	33	91	0	133	30	17	16	36	1.92
28205--28229	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
34632--34657	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
36873--36917	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
38720--38750	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
43411--43436	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
44365--44431	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
44889--44914	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44869--44932	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
45609--45654	21	2.2	21	84	7	58	26	30	4	39	1.75
46026--46087	30	2.0	31	90	3	99	35	30	4	29	1.78
46884--46908	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
48432--48596	84	2.0	84	81	9	194	24	18	3	52	1.61
50122--50188	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
50646--50671	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
51611--51667	28	2.0	28	100	0	114	24	17	10	47	1.79
56540--56607	19	3.9	18	74	21	74	35	10	13	41	1.78
56542--56602	32	1.9	32	93	0	104	34	9	14	40	1.79
56647--56672	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
56627--56693	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
59211--59432	52	4.3	50	76	8	183	30	24	11	33	1.90
59044--59432	54	7.4	51	71	12	250	29	25	12	32	1.92
59417--59493	28	2.8	28	83	0	91	23	31	19	25	1.98
59044--59542	265	1.9	265	89	3	781	28	26	13	32	1.93
59448--59602	79	2.0	80	82	8	192	28	26	14	30	1.95
71472--71529	1	58.0	1	75	0	53	87	6	5	0	0.65
71471--71520	8	6.0	8	86	6	64	86	10	4	0	0.71
71471--71529	25	2.3	25	82	8	66	86	8	5	0	0.70
71472--71529	21	2.8	19	82	14	71	87	6	5	0	0.65
72499--73683	55	20.3	59	83	7	1356	25	29	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72521--73683	238	5.0	234	85	6	1444	25	29	20	24	1.99
73466--73611	28	5.2	29	63	21	96	28	31	18	21	1.97
73450--73534	26	3.2	26	64	15	64	30	35	18	15	1.92
74460--74527	19	3.9	19	72	21	67	35	8	16	39	1.79
74462--74524	32	2.0	32	90	0	99	34	9	17	38	1.82
74567--74592	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
74547--74613	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
76031--76055	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
76011--76077	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
76118--76142	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
76151--76279	52	2.5	52	93	0	222	34	17	17	30	1.94
90105--90166	1	62.0	1	80	0	70	90	8	1	0	0.52
90105--90163	16	3.9	16	86	6	79	89	8	1	0	0.54
90107--90164	21	2.7	21	91	2	98	89	8	1	0	0.55
91618--91725	30	3.5	30	75	15	112	17	33	15	33	1.92
91691--91804	36	3.2	36	78	12	112	20	30	12	36	1.89
91618--91756	64	2.2	63	84	3	170	17	33	15	33	1.91
91691--91789	36	2.9	36	82	7	116	19	31	13	36	1.90
91667--91810	36	4.3	33	71	16	91	20	33	13	32	1.91
91799--91986	31	5.9	31	83	5	225	29	35	18	17	1.93
91800--91985	32	5.9	30	84	7	219	30	34	18	16	1.93
91800--91992	63	3.0	63	89	5	291	30	34	17	17	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92911--92968	20	3.0	20	84	2	73	29	10	13	46	1.77
97463--97535	27	2.7	27	86	2	92	21	34	23	20	1.97
97557--97741	54	3.5	53	77	11	184	29	25	11	34	1.91
97354--97718	54	6.9	53	71	13	200	28	25	13	32	1.93
97731--97800	28	2.5	28	85	0	86	22	34	17	25	1.96
97351--97851	265	1.9	265	90	2	801	28	26	13	31	1.94
97755--97909	79	2.0	80	85	6	217	27	27	14	30	1.95
99668--99974	154	2.0	154	86	3	431	38	17	16	27	1.91
99670--100072	154	2.6	154	83	3	409	38	17	16	26	1.91
101350--101395	21	2.2	21	88	0	65	0	21	0	78	0.76
101362--101396	10	3.4	10	88	7	52	0	17	0	82	0.66
101499--101544	20	2.3	20	85	7	58	8	4	2	84	0.83
101499--101544	9	4.6	10	82	15	51	8	4	2	84	0.83
103330--103753	85	5.1	84	74	11	327	45	13	21	19	1.84
103832--104189	47	7.6	47	76	11	270	41	16	21	20	1.90
103919--104153	48	4.9	47	78	8	208	40	15	21	21	1.90
103873--104143	143	1.9	140	83	8	352	40	15	22	21	1.90
103865--104189	95	3.5	93	78	7	302	40	16	21	20	1.91
105858--106629	166	4.6	165	81	5	806	26	12	10	51	1.71
105856--106635	333	2.3	330	82	5	894	26	12	10	51	1.71
108075--108111	17	2.2	18	90	9	60	75	0	0	24	0.80
108756--109688	157	6.1	152	74	10	627	24	17	19	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109143--109700	297	1.9	297	80	3	665	23	17	20	38	1.93
109398--109694	155	1.9	152	82	5	355	23	16	21	38	1.93
111717--111789	20	3.5	20	77	20	87	24	26	9	39	1.86
111717--111789	10	7.1	10	73	11	67	24	26	9	39	1.86
111735--111811	22	3.6	22	80	7	104	25	25	11	36	1.90
111717--111815	42	2.4	42	96	0	180	25	26	11	37	1.89
111868--111910	22	2.0	22	85	0	59	34	20	11	32	1.89
111951--111995	20	2.2	20	84	7	65	37	8	17	35	1.81
112351--112417	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
113117--113160	20	2.2	20	83	0	52	40	6	18	34	1.77
118366--118484	20	5.9	20	67	7	71	42	17	12	26	1.85
118989--119036	23	2.1	23	88	3	71	31	35	4	29	1.76
120900--121314	78	5.2	78	78	9	381	25	23	14	36	1.93
121057--121220	87	1.9	87	90	0	265	25	25	14	35	1.94
120978--121298	165	1.9	165	85	5	443	25	23	14	36	1.93
121255--121375	61	2.0	61	86	1	172	27	23	10	38	1.88
121176--121453	139	2.0	139	86	4	391	27	24	11	36	1.90
121315--121749	79	5.5	79	76	10	363	28	21	11	38	1.89
121315--121580	78	3.4	77	84	6	304	29	21	10	37	1.88
121315--121758	157	2.8	156	77	6	425	28	20	12	38	1.89
122715--123130	154	2.7	155	80	6	457	38	18	16	26	1.91
123576--123606	15	2.0	16	93	6	55	19	0	3	77	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
132251--132276	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
132233--132296	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
134488--134537	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
136330--136359	15	2.0	15	93	0	51	50	13	23	13	1.77
138583--138628	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
140985--141036	25	2.1	25	85	7	70	40	17	13	28	1.87
143447--143499	20	2.7	20	85	2	63	35	13	16	33	1.88
143470--143534	32	2.0	33	87	3	96	41	12	15	30	1.84
144218--144258	14	3.1	14	82	6	50	2	19	0	78	0.87
144745--145213	167	2.8	165	77	7	459	47	11	12	29	1.75

Tables:   1   2