genome.fa.s1688.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1688
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  613586

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8441--8522	28	2.9	28	82	7	96	25	15	34	24	1.95
8504--8674	52	3.3	50	80	6	189	33	10	24	31	1.89
8505--8838	51	6.4	51	71	11	212	31	11	25	31	1.91
8658--8732	27	2.7	28	87	6	100	21	20	34	24	1.96
8447--8838	211	1.9	211	88	3	592	30	11	27	29	1.92
11198--11223	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
11261--11332	19	4.2	17	74	25	80	38	12	11	37	1.79
11285--11309	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
11266--11328	32	2.0	32	93	0	108	36	14	12	36	1.84
11591--11625	18	1.9	18	88	0	52	45	11	17	25	1.81
11876--11922	21	2.2	22	78	17	55	53	17	0	29	1.44
12277--12362	42	2.0	42	97	0	163	39	12	8	39	1.73
13464--13515	21	2.4	21	81	12	61	17	23	1	57	1.49
18219--18313	36	2.9	31	80	16	104	30	24	12	32	1.92
19667--19718	19	2.7	20	84	6	70	44	13	13	28	1.82
22209--22267	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
22548--22573	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
22528--22591	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
27008--27045	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
27157--27202	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
29612--29637	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
29594--29657	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39269--39389	52	2.3	52	95	0	215	28	18	17	35	1.93
39269--39409	52	2.7	51	89	4	203	30	17	17	34	1.94
39398--39422	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
39464--39533	33	2.1	33	86	0	95	38	14	12	34	1.84
43242--43267	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
47174--47460	31	9.3	31	71	6	197	26	28	26	18	1.98
47178--47473	62	4.8	61	82	4	324	26	27	26	18	1.98
47467--47694	59	3.8	60	82	7	268	28	22	17	31	1.97
47467--47690	122	1.9	118	83	5	288	29	23	17	29	1.97
48561--48618	20	2.9	20	89	0	80	39	12	13	34	1.82
48671--48721	20	2.6	20	81	9	61	43	17	11	27	1.84
50321--50351	9	3.4	9	95	0	53	38	0	35	25	1.56
54894--54932	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
56841--56922	41	2.0	41	100	0	164	41	0	24	34	1.55
57587--57650	33	2.0	33	87	9	96	35	17	14	32	1.89
61453--61573	52	2.3	52	92	0	206	28	16	18	36	1.92
61453--61593	52	2.7	52	84	4	178	29	16	19	34	1.93
61582--61606	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
61671--61695	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
66530--66582	27	2.0	27	85	3	72	37	15	13	33	1.86
66684--66764	22	3.7	22	71	19	71	38	8	8	44	1.66
66684--66766	21	3.9	21	70	14	62	38	8	8	44	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66718--66791	21	3.4	21	66	20	53	44	10	2	41	1.53
66695--66791	44	2.2	44	94	3	169	42	10	5	42	1.61
67364--67492	43	3.0	41	86	8	177	27	24	2	46	1.64
67621--67690	36	1.9	37	85	2	97	52	14	12	20	1.73
77629--77700	20	3.7	19	83	9	83	36	15	15	33	1.89
86296--86343	13	4.2	13	70	29	54	37	18	12	31	1.88
86296--86364	33	2.1	33	86	5	95	36	18	11	33	1.87
87913--87959	13	4.0	13	71	25	50	36	14	12	36	1.85
88011--88066	19	2.9	19	78	2	58	35	16	16	32	1.90
88051--88077	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
88580--88625	22	2.1	21	92	4	74	30	28	2	39	1.69
96667--96718	20	2.5	21	87	9	72	34	17	11	36	1.86
96750--96802	19	2.7	20	91	2	81	35	18	15	30	1.92
96813--96840	13	2.2	13	100	0	56	42	14	14	28	1.84
97369--97402	3	11.3	3	93	0	59	29	32	0	38	1.58
100877--100901	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
102969--103009	15	2.7	15	84	3	55	17	19	17	46	1.85
104809--104853	22	2.1	21	84	8	56	26	17	4	51	1.65
107055--107112	19	3.0	19	75	12	55	25	6	22	44	1.77
108848--108872	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
112011--112397	52	7.4	51	71	10	226	33	11	26	29	1.91
111925--112339	211	2.0	212	92	2	701	33	12	26	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112223--112398	52	3.4	50	88	7	228	33	10	26	29	1.90
112246--112398	52	2.9	52	92	0	252	35	10	25	28	1.89
114761--114786	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
114930--114971	21	2.0	21	90	0	66	35	14	14	35	1.86
116380--116415	16	2.2	17	90	5	56	58	5	0	36	1.22
117404--117448	20	2.2	20	100	0	90	40	0	22	37	1.54
118622--118674	20	2.6	20	93	3	88	32	18	11	37	1.87
119322--119532	31	6.8	31	67	4	102	23	21	25	29	1.99
119249--119382	68	2.0	68	81	0	160	20	23	26	30	1.98
119322--119532	93	2.3	93	94	0	368	23	21	25	29	1.99
119524--119813	37	8.2	37	72	11	194	21	21	25	31	1.98
119493--119852	105	3.4	105	81	3	402	21	22	24	31	1.98
119645--119784	68	2.1	68	82	5	167	22	20	24	32	1.98
119793--119909	31	3.8	31	71	6	103	12	23	33	30	1.92
119920--120036	34	3.4	33	74	15	103	43	11	23	20	1.85
119936--120031	34	2.8	34	87	0	138	38	14	21	25	1.91
120072--120196	43	2.9	42	81	7	144	41	11	24	22	1.86
120155--120231	35	2.2	35	83	2	91	37	10	27	24	1.88
120015--120264	122	2.1	121	84	5	317	40	12	26	20	1.88
125536--125574	21	2.0	21	85	10	55	41	2	10	46	1.51
127878--127925	24	2.0	25	87	4	71	58	8	27	6	1.51
129337--129378	19	2.4	17	88	8	57	76	0	0	23	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
129343--129378	12	2.8	13	91	8	56	75	0	0	25	0.81
131925--132023	44	2.2	43	81	10	110	70	3	15	11	1.27
133109--133168	26	2.3	26	97	0	111	21	18	11	48	1.80
135651--135675	11	2.3	11	100	0	50	84	0	8	8	0.79
137409--137578	89	1.9	89	90	2	270	28	29	14	28	1.95
137431--137615	89	2.1	89	84	4	239	27	29	14	28	1.95
138556--138581	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
138536--138599	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
139530--139764	127	1.8	128	87	2	348	23	27	17	31	1.97
139396--139897	85	5.9	85	77	7	349	22	28	16	31	1.96
139396--139892	170	2.9	166	73	9	428	23	28	16	31	1.96
139380--139868	128	3.8	127	78	6	339	23	29	16	30	1.96
139396--139868	43	11.1	42	74	9	235	23	28	17	30	1.97
139885--139916	15	2.1	15	100	0	64	25	28	6	40	1.79
140023--140160	43	3.2	42	77	9	136	20	21	18	40	1.91
139898--140308	85	4.8	86	77	4	255	22	26	17	34	1.95
139930--140326	42	9.3	43	71	8	204	21	25	17	34	1.96
140429--140472	16	2.7	15	86	13	61	75	0	0	25	0.81
147541--147566	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
147580--147638	18	3.2	18	67	9	55	37	10	15	37	1.81
147560--147638	38	2.1	38	100	0	158	39	10	16	34	1.82
147553--147623	20	3.7	20	73	7	83	40	11	16	30	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
147797--147828	8	4.0	8	100	0	64	62	25	0	12	1.30
149669--149698	15	2.0	15	93	0	51	13	13	16	56	1.67
151504--151555	22	2.5	20	81	9	59	23	9	3	63	1.41
153771--153838	33	2.1	33	88	2	102	30	14	16	38	1.89
156277--156301	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
156254--156321	33	2.1	33	91	2	111	33	14	16	35	1.89
156375--156424	20	2.5	20	86	0	64	38	16	16	30	1.90
156976--157126	75	2.0	75	100	0	302	32	27	3	35	1.76
163054--163185	65	2.0	65	88	2	194	39	21	12	26	1.89
170130--170304	28	6.2	28	79	5	181	29	33	17	19	1.94

Tables:   1   2   3   4