genome.fa.s1688.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1688
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  613586

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
170300--170393	31	2.9	32	82	7	120	34	28	12	24	1.92
170130--170400	28	9.2	29	75	9	126	31	31	15	21	1.94
170409--170810	52	7.8	52	78	1	349	24	24	15	35	1.94
170439--170810	103	3.6	103	78	5	340	23	24	15	36	1.94
170403--170823	155	2.7	155	80	5	458	23	25	14	36	1.93
173175--173332	70	2.3	70	82	4	176	29	21	11	37	1.88
174675--174746	21	3.5	21	86	7	85	37	9	19	33	1.85
174675--174728	20	2.7	20	91	8	83	38	11	18	31	1.86
174790--174923	52	2.7	48	82	11	146	29	14	12	44	1.82
174887--174933	20	2.3	20	88	0	76	29	17	10	42	1.82
178396--178690	89	3.3	88	79	5	272	29	24	15	30	1.95
178427--178724	92	3.3	91	76	10	236	30	25	12	31	1.92
178845--178939	30	3.2	29	74	11	86	25	18	11	44	1.84
178985--179611	44	14.3	42	71	9	304	22	23	15	38	1.92
179099--179611	88	5.9	85	74	10	356	23	23	15	37	1.93
179102--179657	132	4.2	132	78	4	464	23	23	15	37	1.93
179591--179730	44	3.2	42	74	12	129	25	19	17	38	1.92
181135--181551	165	2.6	161	82	5	448	34	11	6	47	1.66
183231--183259	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
184842--184891	24	2.1	24	100	0	100	20	20	8	52	1.71
193028--193072	15	3.2	14	90	9	74	80	20	0	0	0.72
193321--193353	14	2.3	15	89	5	50	84	6	9	0	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
194347--194427	30	2.6	31	86	7	110	23	28	14	33	1.94
195552--195670	51	2.3	51	85	0	166	29	14	28	27	1.95
195364--195697	131	2.6	130	74	8	313	33	13	25	27	1.93
195655--195726	28	2.6	27	83	16	94	26	19	30	23	1.98
195679--196011	79	4.3	78	81	8	331	31	13	27	27	1.94
195602--195803	107	1.9	107	85	0	278	30	14	28	26	1.95
195714--196011	158	1.9	155	84	3	391	31	13	26	28	1.94
195953--196074	51	2.4	48	81	10	145	36	13	25	24	1.93
198344--198399	20	2.8	21	86	8	80	39	12	17	30	1.87
198380--198409	13	2.3	13	100	0	60	40	16	13	30	1.87
198361--198430	33	2.1	33	89	5	106	38	14	17	30	1.89
199063--199164	41	2.5	40	83	10	118	46	10	25	17	1.81
199176--199283	42	2.5	43	81	11	125	43	9	25	22	1.82
199191--199328	45	3.1	45	79	13	137	44	9	25	20	1.81
199324--200109	61	13.5	60	84	8	903	28	19	25	25	1.99
199330--200109	116	6.8	116	84	8	947	28	20	25	26	1.99
199535--199620	27	3.1	27	63	3	73	27	20	24	26	1.99
200041--200276	94	2.5	94	93	1	393	25	18	30	26	1.98
201292--201367	21	3.8	20	78	16	86	1	3	10	84	0.82
201292--201367	31	2.5	30	81	10	93	1	3	10	84	0.82
201292--201357	10	6.4	10	83	13	80	1	3	10	84	0.79
213716--214049	130	2.6	128	77	7	332	34	12	25	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
214005--214080	28	2.7	30	92	8	124	25	17	32	25	1.96
213954--214156	107	1.9	107	85	0	280	29	13	28	28	1.94
214033--214365	79	4.3	79	83	4	381	31	14	26	27	1.94
216662--216728	33	2.0	33	91	0	107	40	19	16	23	1.91
216753--216827	20	3.8	20	92	0	123	45	12	16	26	1.82
217124--217677	30	17.9	30	81	6	554	25	28	14	30	1.95
217124--217664	125	4.4	123	83	6	621	25	29	14	30	1.95
217124--217677	156	3.6	153	84	5	675	25	28	14	30	1.95
217652--217765	59	1.9	60	90	1	185	21	30	14	34	1.92
217652--217901	33	7.8	32	74	10	217	18	30	13	37	1.89
217896--218602	48	15.2	43	72	14	398	25	24	17	32	1.97
217898--218416	191	2.8	189	87	3	701	25	24	17	32	1.97
218142--218416	91	3.0	91	91	0	433	24	24	19	32	1.98
218374--218544	86	2.0	87	84	1	227	25	23	20	30	1.98
218460--218595	49	2.8	49	84	1	175	26	25	16	31	1.97
224830--224868	18	2.3	18	86	8	55	76	0	7	15	0.99
225770--226103	88	3.8	85	78	6	316	26	19	13	41	1.88
225773--226103	177	1.9	172	81	9	402	26	19	12	41	1.88
226358--226666	89	3.4	89	83	5	372	28	26	15	29	1.96
226358--226709	92	3.9	92	80	5	258	29	27	14	28	1.95
227085--227278	88	2.2	88	83	0	244	22	24	13	39	1.91
227361--227690	44	7.5	44	68	6	148	20	23	16	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
227360--227616	88	2.9	88	78	5	234	20	24	17	38	1.93
227290--227565	132	2.1	132	81	0	318	22	22	14	39	1.91
227306--227608	132	2.3	132	79	1	302	21	24	15	38	1.92
228945--229527	165	3.5	163	79	7	442	31	12	7	48	1.69
229100--229524	167	2.6	166	82	3	489	32	13	6	47	1.69
230025--230058	16	2.2	15	89	5	50	70	2	14	11	1.27
230164--230225	11	5.6	11	76	12	65	79	0	19	1	0.82
230166--230207	13	3.2	13	93	6	68	85	0	14	0	0.59
230163--230225	21	2.9	23	77	15	71	79	0	19	1	0.82
230892--230924	12	2.6	13	90	9	59	42	15	9	33	1.78
236323--236395	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
236341--236416	21	3.7	21	78	3	91	40	11	17	30	1.85
236323--236416	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
240541--240571	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
242586--242664	20	3.7	21	75	15	72	26	13	15	44	1.84
242651--242689	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
245141--245213	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
245159--245234	21	3.7	21	78	3	91	40	11	17	30	1.85
245141--245234	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
249237--250383	312	3.7	307	79	5	1025	24	17	20	38	1.93
249240--250385	155	7.4	155	75	8	756	23	17	20	38	1.93
252921--253043	52	2.4	52	88	0	183	27	18	19	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
252921--253063	52	2.8	52	84	2	162	29	18	19	32	1.95
253052--253076	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
253063--253121	21	2.8	21	97	0	109	35	10	15	38	1.81
254084--255254	49	23.8	49	83	7	1371	31	17	25	25	1.97
254432--254499	21	3.2	21	62	25	52	27	19	26	26	1.99
254721--254746	13	2.0	13	100	0	52	23	23	30	23	1.99
254674--254791	62	1.9	62	94	0	209	28	19	27	24	1.99
254623--254829	111	1.9	111	95	0	378	29	17	27	25	1.98
254162--255254	190	5.6	189	87	6	1433	31	17	24	25	1.97
255287--255511	32	6.9	32	84	4	236	36	14	28	20	1.91
255341--255519	99	1.8	98	90	1	286	36	13	28	20	1.91
258464--258514	20	2.6	20	90	3	77	29	13	17	39	1.88
258569--258618	20	2.5	20	86	0	64	38	16	16	30	1.90
260863--260903	22	2.0	21	86	13	59	41	4	21	31	1.74
261037--261070	13	2.6	13	95	0	59	35	14	17	32	1.91
267204--267228	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
267181--267248	33	2.1	33	91	2	111	33	14	16	35	1.89
267302--267351	20	2.5	20	86	0	64	38	16	16	30	1.90
272820--272940	52	2.3	52	89	0	188	28	16	19	35	1.94
272817--272962	52	2.8	52	80	8	163	29	16	19	34	1.93
272951--272975	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
275709--275759	16	3.3	15	79	17	59	58	7	17	15	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
280830--280955	50	2.5	51	88	7	177	44	10	18	26	1.82
282616--282666	24	2.1	25	85	3	68	41	1	47	9	1.48
288817--290119	665	2.0	665	99	0	2588	26	25	13	34	1.93
291041--291159	42	2.8	42	90	0	184	9	45	2	42	1.49
291056--291126	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
291900--291944	24	1.9	24	90	4	74	4	13	4	77	1.07
297179--297294	42	2.8	42	82	0	124	47	1	39	11	1.49
297189--297263	12	6.8	11	73	15	50	40	1	45	13	1.52
307203--307267	18	3.3	18	69	29	51	15	33	0	50	1.44
307188--307291	42	2.5	42	87	6	140	16	35	0	48	1.47

Tables:   1   2   3   4