genome.fa.s1749.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1749
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  365996

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 256 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
163629--163674	21	2.1	23	84	11	62	80	2	15	2	0.91
163627--163664	19	2.0	19	85	10	51	78	2	18	0	0.86
165092--165738	155	4.2	155	78	5	641	23	18	20	37	1.94
166986--167140	77	2.0	77	87	2	222	38	11	8	41	1.72
168425--168886	166	2.8	166	80	7	515	51	6	10	31	1.62
172040--172092	26	2.0	26	92	0	88	22	16	18	41	1.90
172085--172115	2	15.5	2	100	0	62	0	48	0	51	1.00
175151--175237	40	2.1	41	91	2	140	47	4	1	47	1.30
181067--181098	13	2.5	13	94	0	55	40	12	15	31	1.85
184105--184316	97	2.2	97	84	4	293	27	25	13	32	1.94
188990--189050	22	2.8	22	77	7	61	70	8	9	11	1.34
190331--190457	55	2.3	56	86	4	168	26	30	12	29	1.93
190454--191293	32	26.7	32	90	2	1109	30	29	19	19	1.97
190319--190728	28	13.9	28	81	9	225	29	29	16	24	1.97
191295--191610	28	10.9	28	77	10	269	30	28	16	25	1.97
191295--191610	58	5.4	58	80	10	285	30	28	16	25	1.97
190304--191208	32	29.5	28	84	7	227	30	29	18	21	1.97
191294--191610	86	3.6	83	79	9	314	30	28	16	25	1.97
191534--191631	33	3.0	35	68	20	102	27	27	16	28	1.97
191505--191631	63	2.0	63	92	0	209	26	27	17	28	1.98
191474--191647	29	5.7	31	70	14	96	28	28	16	27	1.97
192828--192873	9	5.3	9	79	10	51	78	0	19	2	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
192821--192873	17	3.1	17	83	0	61	77	0	20	1	0.87
194541--194757	97	2.2	97	90	0	335	29	28	12	29	1.93
195954--195993	13	3.1	13	96	0	71	40	12	15	32	1.84
197863--197889	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
197873--197931	19	3.1	19	82	2	73	37	13	15	33	1.86
197877--197931	20	2.8	19	83	2	65	36	12	16	34	1.87
197959--198023	33	2.0	33	85	11	89	35	15	16	32	1.91
204069--204108	13	3.1	13	88	0	62	35	15	15	35	1.88
206590--206663	19	3.8	19	94	1	121	31	14	16	37	1.89
206693--206757	33	2.0	32	88	11	96	38	15	15	30	1.88
206793--206830	20	2.0	20	89	5	60	31	15	18	34	1.92
212088--212161	20	3.7	20	96	0	139	37	18	9	33	1.84
212184--212239	19	2.9	19	86	2	76	35	17	17	28	1.93
212224--212249	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
214571--214610	21	2.0	21	90	5	64	47	0	20	32	1.50
220928--220992	33	2.0	33	87	6	96	33	16	13	35	1.89
221022--221077	19	2.9	19	89	2	76	35	19	16	28	1.93
222204--222296	20	4.7	19	78	11	82	35	15	16	33	1.89
222204--222296	39	2.3	41	82	12	106	35	15	16	33	1.89
223093--223117	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
223108--223155	19	2.5	19	86	0	69	33	12	14	39	1.84
229364--229411	20	2.3	21	85	3	62	54	2	0	43	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
231336--231391	21	2.6	22	83	5	71	66	3	1	28	1.19
232943--232993	20	2.6	20	87	3	68	39	19	13	27	1.90
239290--239330	22	2.0	20	86	13	57	31	21	4	41	1.74
241547--241603	20	2.8	20	83	0	69	38	14	15	31	1.87
241589--241617	13	2.2	13	100	0	58	31	17	13	37	1.89
241605--241657	20	2.6	21	84	3	72	39	15	16	28	1.89
241709--241733	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
241689--241756	33	2.1	33	88	2	102	35	17	14	32	1.91
243850--244145	165	1.8	163	83	2	396	31	16	15	35	1.91
244835--244870	2	18.0	2	94	0	63	50	2	0	47	1.15
245871--245947	32	2.3	32	84	4	91	28	5	15	50	1.65
248497--248550	25	2.1	26	83	10	67	42	0	1	55	1.10
248515--248559	20	2.4	19	89	10	74	40	0	0	60	0.97
248506--248556	25	2.0	25	81	7	59	45	0	0	54	0.99
248647--248683	18	2.1	18	89	0	56	48	0	2	48	1.15
249776--249814	16	2.4	17	86	4	53	5	15	35	43	1.69
249825--249882	16	3.6	16	80	0	62	8	25	32	32	1.86
250131--250189	25	2.3	25	80	8	66	40	5	0	54	1.23
250158--250198	20	2.2	20	86	8	59	39	2	0	58	1.11
250764--250801	16	2.2	18	86	13	53	21	7	0	71	1.11
251018--251078	23	2.6	22	80	12	68	49	1	0	49	1.10
251494--251533	20	2.0	20	85	9	55	42	2	12	42	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
251915--251957	22	2.0	22	90	9	70	32	0	0	67	0.91
251917--251957	21	1.9	22	90	5	66	31	0	0	68	0.90
252905--252945	16	2.5	17	80	11	50	39	7	0	53	1.29
252984--253028	16	2.7	17	79	3	56	33	0	0	66	0.92
253336--253360	1	25.0	1	100	0	50	0	0	0	100	0.00
253631--253679	24	2.0	24	96	0	89	26	10	16	46	1.78
253848--253885	19	2.1	19	90	5	60	28	0	2	68	1.03
253973--254012	20	2.0	20	85	0	53	27	0	0	72	0.85
254114--254153	6	6.7	6	91	0	62	12	20	0	67	1.22
254772--254805	13	2.6	13	95	0	59	32	2	0	64	1.08
254987--255011	10	2.5	10	100	0	50	88	0	12	0	0.53
256285--256323	20	2.1	19	85	9	53	23	10	10	56	1.63
265459--265521	23	2.9	22	83	6	74	80	9	4	4	0.99
266741--267340	28	20.4	28	87	3	572	30	31	16	21	1.95
266741--267340	57	10.2	57	85	5	584	30	31	16	21	1.95
266741--267234	32	16.6	32	89	5	407	30	31	16	20	1.95
266910--267314	94	4.5	94	81	6	394	31	30	17	21	1.96
267837--267866	9	3.3	9	95	0	51	83	0	16	0	0.65
268202--268368	83	2.0	83	91	2	273	35	11	20	31	1.89
268321--268397	20	3.8	20	81	6	93	31	12	14	41	1.83
271611--271670	28	2.1	28	84	0	75	45	0	1	53	1.10
272701--272945	57	4.3	58	78	8	259	46	13	13	26	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
272871--272953	29	2.8	30	70	22	77	49	12	8	30	1.69
273290--273344	19	2.8	19	83	5	65	41	12	14	30	1.83
273287--273343	21	2.8	21	78	5	73	40	12	14	33	1.83
273370--273445	20	3.7	20	81	10	82	31	18	9	40	1.82
281638--281722	29	2.9	29	79	6	82	22	35	16	25	1.95
281714--281929	27	6.9	33	73	14	133	23	32	10	32	1.89
281782--281935	68	2.3	64	82	8	184	24	32	9	33	1.88
285215--285252	15	2.6	15	87	4	51	7	5	0	86	0.69
286973--287098	57	2.2	56	82	9	141	25	20	14	39	1.90
287008--287138	57	2.3	56	83	6	149	21	18	16	43	1.88
287174--287215	21	2.0	21	81	9	50	38	7	14	40	1.73
288803--288857	21	2.7	21	83	8	69	45	16	10	27	1.80
296514--296556	8	5.2	8	77	5	50	11	13	4	69	1.33
296474--296556	17	5.1	16	70	13	71	14	14	3	67	1.36
300283--300328	19	2.4	19	96	0	83	15	6	32	45	1.71
300476--300521	20	2.3	20	84	0	56	43	15	8	32	1.77
301445--302281	28	29.5	28	85	4	1045	23	17	29	28	1.97
301445--302281	57	14.7	57	86	4	1135	23	17	29	28	1.97
303506--303575	10	6.7	10	76	19	54	2	5	8	82	0.91
303505--303577	22	3.4	21	76	10	67	2	5	8	83	0.88
303498--303576	10	7.5	10	72	16	52	2	5	8	83	0.88
306109--306134	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
306834--306876	21	2.0	21	82	8	52	25	30	4	39	1.76
308688--308726	13	3.0	13	96	0	69	38	12	15	33	1.85
310806--310836	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
312640--312684	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
314880--314905	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
314861--314923	32	2.0	32	87	6	92	28	15	15	39	1.89
316293--316317	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
316275--316340	33	2.0	33	90	0	105	37	16	16	28	1.91
318604--318644	22	2.0	21	86	13	59	41	4	21	31	1.74
318649--318693	20	2.2	20	100	0	90	48	4	17	28	1.66

Tables:   1   2   3