genome.fa.s1749.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1749
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  365996

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 256 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
250--378	52	2.5	52	98	0	249	27	18	17	36	1.93
387--411	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
314--497	86	2.2	84	82	8	212	31	14	17	36	1.90
454--551	19	5.8	18	68	28	72	38	16	10	34	1.82
451--549	32	3.1	32	91	1	153	37	17	10	35	1.83
1627--1698	20	3.6	20	74	12	58	36	9	16	37	1.82
1741--1787	20	2.3	21	88	3	69	38	17	8	36	1.80
4256--4322	20	3.6	20	76	19	81	32	13	11	41	1.81
4256--4324	35	2.0	35	94	0	120	33	13	11	42	1.80
10360--10432	20	3.7	20	81	7	76	36	15	10	36	1.82
11893--12245	157	2.3	155	80	3	386	39	18	15	27	1.90
13440--13478	17	2.3	17	95	0	69	15	28	17	38	1.91
16489--16548	20	3.0	21	79	18	65	51	0	1	46	1.10
18656--18720	31	2.1	31	100	0	130	50	6	0	43	1.27
19805--19870	33	2.0	33	90	3	105	60	0	3	36	1.12
19805--19892	8	10.1	8	74	19	70	60	0	2	37	1.10
19798--19894	26	4.0	23	78	21	85	60	0	2	37	1.08
19805--19894	28	3.4	26	78	14	96	60	0	2	37	1.09
19801--19891	10	9.9	10	76	18	60	60	0	2	37	1.09
20106--20138	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
20180--20228	11	4.4	11	82	5	53	63	0	2	34	1.06
20147--20226	5	13.0	6	69	23	51	61	0	1	37	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21234--21299	14	4.5	14	73	16	53	33	1	1	63	1.13
21368--21418	20	2.5	20	81	9	68	52	0	1	45	1.12
22289--22329	16	2.6	17	81	14	52	29	4	4	60	1.38
22425--22458	16	2.1	16	89	10	52	26	14	14	44	1.84
22709--22832	37	3.1	37	63	24	90	31	9	15	43	1.79
22707--22870	82	2.0	82	100	0	328	30	9	15	43	1.79
24642--24692	22	2.3	22	96	0	93	37	3	17	41	1.68
24771--24822	21	2.5	22	76	17	58	44	5	1	48	1.38
26462--26581	64	1.9	64	98	0	231	44	7	5	42	1.56
26809--26851	20	2.1	21	87	8	63	58	4	0	37	1.19
26872--26931	18	3.3	19	77	9	54	71	6	1	20	1.17
27371--27512	70	2.0	70	94	0	248	57	9	4	28	1.50
28115--28151	18	2.0	19	89	5	58	16	5	18	59	1.55
30362--30387	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
32612--32656	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
34460--34490	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
36553--36591	13	3.0	13	92	0	60	33	17	12	35	1.88
36714--36756	20	2.2	19	84	16	52	30	20	4	44	1.72
38379--38404	12	2.2	12	100	0	52	42	0	7	50	1.31
38509--38568	21	3.2	21	67	30	62	36	1	18	43	1.60
38530--38556	14	1.9	14	100	0	54	33	0	7	59	1.25
39184--39209	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41610--41687	20	3.8	20	76	6	75	37	12	11	38	1.80
50805--50902	36	3.0	34	78	11	107	29	26	13	30	1.94
51358--51388	14	2.2	14	94	0	53	45	12	19	22	1.84
51372--51461	32	2.8	32	93	0	153	41	11	23	24	1.87
51489--51513	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
51943--51982	20	2.0	20	100	0	80	25	25	15	35	1.94
53306--53398	35	2.7	33	80	11	91	20	9	4	65	1.39
57136--57213	20	3.9	20	74	12	88	39	12	16	30	1.86
58118--58210	32	2.8	33	77	3	107	25	19	26	27	1.99
58146--58635	28	17.1	28	86	6	576	22	16	30	30	1.96
58147--58635	113	4.3	113	86	5	619	22	16	30	30	1.96
67667--67736	20	3.5	19	80	5	59	28	14	17	40	1.88
67769--67835	33	2.0	32	86	11	91	37	13	16	32	1.88
73947--74011	20	3.6	20	73	26	81	30	15	12	41	1.84
73966--74027	13	5.2	13	70	21	64	29	14	14	41	1.85
73947--74024	33	2.4	33	100	0	156	30	15	12	41	1.85
75199--75237	20	2.0	19	95	5	69	35	23	10	30	1.88
76963--76993	15	2.1	15	93	0	53	38	0	38	22	1.54
81527--81551	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
81681--81724	22	2.2	20	88	12	63	36	22	0	40	1.54
83926--83951	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
86440--86464	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88542--88572	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
90376--90420	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
92638--92663	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
94876--94934	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
95184--95235	19	2.6	20	87	6	79	28	11	13	46	1.78
97774--97798	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
101149--101179	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
104908--104966	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
105247--105272	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
105226--105324	34	3.0	34	94	2	175	28	12	14	45	1.80
105281--105306	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
106870--106908	18	2.1	19	90	4	62	56	0	30	12	1.37
107492--107544	19	2.7	20	85	2	72	24	15	18	41	1.89
108604--108887	153	1.9	153	90	3	464	31	11	26	30	1.91
108553--108890	51	6.6	51	86	3	405	31	11	26	30	1.91
111228--111269	20	2.0	21	95	4	77	33	14	21	30	1.93
111261--111302	21	2.0	21	90	0	66	26	21	9	42	1.83
111327--111476	19	8.8	18	66	27	87	32	17	14	35	1.90
111319--111452	32	4.2	32	98	0	250	32	18	14	33	1.92
111422--111483	19	3.2	19	76	13	63	29	14	14	41	1.85
112056--112155	42	2.4	42	78	8	107	43	11	28	18	1.83
112248--113161	55	16.3	55	84	5	1048	23	20	28	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112985--113069	28	3.1	27	63	11	64	29	21	25	23	1.99
113183--113327	60	2.4	59	87	3	200	25	20	28	26	1.99
114300--114354	24	2.3	24	90	3	85	0	3	9	87	0.66
126753--127088	153	2.2	153	81	5	392	33	11	25	30	1.90
126753--127090	51	6.6	51	81	5	326	33	10	25	30	1.90
126808--127090	102	2.8	103	83	5	369	34	10	23	31	1.88
129446--129486	21	2.0	21	95	0	73	26	21	9	41	1.84
129511--129596	19	4.7	19	71	20	67	34	16	13	34	1.88
129503--129575	32	2.3	32	95	0	128	35	17	13	32	1.89
129530--129554	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
129542--129603	19	3.2	19	76	13	63	29	14	14	41	1.85
129886--129916	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
129870--129936	33	2.0	32	88	11	100	35	13	17	32	1.89
137254--137278	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
137234--137300	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
138104--138129	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
138189--138261	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
138168--138261	41	2.3	41	96	0	170	30	18	12	38	1.88
138168--138243	21	3.7	21	78	3	91	30	17	11	40	1.85
138882--138947	34	1.9	34	100	0	132	45	24	3	27	1.68
140738--140788	13	3.9	13	97	0	93	33	15	19	31	1.93
140775--140853	20	3.7	20	75	18	70	45	15	13	25	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
142869--142899	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
146962--146987	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
147047--147119	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
147026--147119	41	2.3	41	96	0	170	30	18	12	38	1.88
147026--147101	21	3.7	21	78	3	91	30	17	11	40	1.85
147414--147562	52	2.9	51	85	4	208	34	18	16	30	1.93
152944--152978	12	2.9	12	87	12	54	80	20	0	0	0.72
154075--154131	22	2.5	23	85	2	80	36	7	22	33	1.81
155728--155790	24	2.7	23	81	11	74	44	1	0	53	1.10
162475--162975	166	3.0	166	87	3	715	26	11	7	54	1.63

Tables:   1   2   3