genome.fa.s1750.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1750
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  172274

Tables:   1   2   

This is table  2  of  2  ( 213 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109625--125708	95	167.4	95	70	12	3001	31	21	19	28	1.97
110803--111111	127	2.4	127	80	8	317	30	20	19	30	1.97
111231--128155	32	527.7	32	71	8	7010	31	21	19	28	1.97
111269--119172	158	49.3	156	70	13	900	31	21	18	27	1.97
111759--111891	71	1.9	71	82	3	169	33	22	20	24	1.97
111664--111984	165	1.9	166	82	8	404	32	22	18	27	1.97
111830--125695	63	217.0	63	69	9	4054	31	21	18	28	1.97
112453--113517	31	33.5	31	71	10	141	31	21	18	28	1.97
113592--113799	103	2.0	103	81	7	244	32	23	17	26	1.96
113695--128175	95	151.6	94	70	10	4199	31	21	19	28	1.97
114903--115041	71	2.0	71	85	0	188	35	23	17	23	1.95
115988--116194	102	2.0	103	85	4	285	33	22	20	23	1.97
118249--118439	102	1.9	103	82	7	246	33	19	17	29	1.95
118724--118858	70	1.9	71	83	8	177	32	24	18	24	1.97
117406--119810	158	15.1	158	69	13	406	31	21	18	28	1.97
123649--123762	39	2.9	39	93	1	192	37	27	16	18	1.92
123725--128060	127	34.3	127	69	13	453	30	20	19	28	1.97
124370--128108	127	29.6	125	69	11	741	30	20	19	28	1.97
125735--128236	63	39.4	63	69	10	772	30	20	20	28	1.98
126949--127024	40	1.9	40	83	0	98	38	23	15	22	1.93
126789--127215	229	1.9	230	83	5	569	31	21	19	27	1.97
127446--128221	127	6.0	126	75	8	496	30	21	19	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131309--131429	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
131309--131449	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
131438--131462	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
132243--132369	67	1.9	68	80	4	150	38	13	24	23	1.91
132319--132659	49	6.9	52	83	6	261	32	17	24	24	1.97
132426--132701	43	6.0	43	80	12	291	29	18	26	25	1.98
132382--132701	49	6.7	49	83	8	387	30	18	25	25	1.98
132701--132871	33	5.2	33	92	3	267	21	17	33	26	1.96
132854--133296	35	12.7	36	85	9	607	34	10	34	20	1.86
132821--133296	105	4.6	105	93	2	793	33	10	34	20	1.88
132821--133296	208	2.3	210	93	3	802	33	10	34	20	1.88
133398--134236	32	26.2	32	71	8	400	31	20	18	29	1.96
133399--136339	63	45.9	64	69	10	748	31	21	18	28	1.97
133398--134144	95	7.8	97	72	12	411	31	21	18	28	1.96
133975--134177	95	2.1	95	81	5	232	32	22	16	29	1.95
133400--154250	127	163.9	128	68	13	582	31	21	19	27	1.97
133997--134225	95	2.4	96	79	5	241	31	20	17	29	1.96
134633--155776	32	662.1	32	68	10	3750	31	21	19	27	1.97
134633--134898	31	8.4	31	71	16	147	33	21	16	28	1.95
134823--134924	31	3.2	31	81	13	102	30	26	13	29	1.94
135207--135267	31	2.0	31	93	6	106	36	22	24	16	1.94
135454--135854	221	1.8	220	81	5	495	30	19	20	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
135464--136042	253	2.3	251	79	6	578	30	20	19	29	1.97
135458--136359	94	9.5	94	73	7	459	30	21	19	28	1.98
136397--155068	63	295.0	62	68	11	3778	31	21	19	27	1.97
136397--156494	127	158.6	124	68	12	1383	30	21	19	27	1.98
135815--137396	709	2.2	708	83	3	1921	30	22	19	28	1.98
137174--156776	95	205.3	95	68	12	2853	31	21	19	27	1.97
141538--141570	15	2.2	15	100	0	66	39	33	12	15	1.84
141565--141670	31	3.4	31	74	11	99	33	22	17	26	1.96
142464--142895	159	2.7	158	78	9	405	31	20	19	28	1.97
145132--145653	159	3.3	158	77	5	387	29	22	19	28	1.98
145365--145674	158	2.0	158	80	5	349	30	22	20	26	1.98
145619--145682	31	2.1	31	82	8	78	28	26	18	26	1.98
145795--146041	62	3.9	63	78	3	230	32	22	15	29	1.95
146223--146460	94	2.5	93	75	6	230	32	21	21	25	1.97
147259--147713	159	2.9	158	77	5	402	28	22	18	30	1.97
148520--148693	94	1.8	93	82	4	224	30	21	21	26	1.98
150135--150280	79	1.8	79	83	2	195	30	20	19	29	1.97
150225--156776	32	207.4	30	69	12	1692	30	21	19	27	1.98
150974--151153	94	1.9	94	85	2	245	32	18	21	27	1.97
151135--151223	31	3.1	27	90	9	92	35	22	25	15	1.94
152357--152676	125	2.5	124	80	7	310	28	20	20	30	1.98
152511--152682	94	1.8	94	86	2	247	30	22	20	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
153427--153768	125	2.7	125	76	7	327	30	23	18	26	1.98
153701--153833	71	1.9	71	84	3	178	32	22	20	24	1.98
154719--154798	40	2.0	40	82	4	99	37	22	16	23	1.93
155733--155912	89	2.1	80	82	12	202	28	19	22	28	1.98
155839--155892	27	2.0	27	85	0	72	33	18	18	29	1.95
155782--155954	89	1.9	89	83	0	220	27	19	21	31	1.97
155779--156084	120	2.5	120	81	3	308	27	21	21	29	1.99
156097--156777	63	10.6	62	70	10	262	31	22	18	27	1.98
160228--161499	32	40.1	32	72	7	718	30	22	18	27	1.97
160615--160691	40	1.9	40	86	5	111	35	19	18	27	1.95
160654--164477	127	30.7	126	72	9	1436	30	22	19	27	1.98
160654--164488	95	41.0	94	71	11	763	30	22	19	27	1.98
161502--163811	32	73.3	31	72	9	832	30	22	19	27	1.97
161524--161814	125	2.4	119	81	3	312	29	19	21	29	1.98
161603--161864	125	2.1	124	81	2	292	29	19	20	29	1.97
161894--163819	32	60.4	32	74	5	1187	31	22	18	27	1.97
161894--163819	63	30.2	64	73	6	1185	31	22	18	27	1.97
162899--162977	40	2.0	40	85	5	106	32	24	18	24	1.97
163822--164684	31	27.8	30	70	12	392	29	20	21	28	1.98
163822--164684	62	13.9	62	73	7	526	29	20	21	28	1.98
164207--164447	125	1.9	124	83	2	313	29	21	22	26	1.99
163822--164571	93	8.1	94	76	7	442	29	20	21	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
164425--164635	64	3.3	63	75	6	165	31	19	18	30	1.96
167795--167848	2	27.0	2	96	0	99	48	0	1	50	1.11
169147--169177	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
169858--169893	18	1.9	19	88	5	56	2	0	8	88	0.59
171653--171695	20	2.2	20	83	8	52	27	0	2	69	1.00

Tables:   1   2

The End!