genome.fa.s1789.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1789
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  204392

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 182 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1414--1482	34	2.1	32	86	10	95	33	14	15	36	1.89
1414--1462	13	4.2	13	70	24	54	34	16	16	32	1.91
6709--6962	31	8.2	28	71	18	109	20	35	12	30	1.91
6694--6962	100	2.9	91	80	14	294	20	35	13	31	1.91
6516--7168	34	19.8	33	78	9	513	19	34	13	33	1.90
7167--7364	32	6.1	33	91	5	305	27	37	17	16	1.92
7410--7865	43	10.1	43	81	10	500	24	26	18	30	1.98
7359--7916	92	6.0	92	92	3	872	24	26	18	30	1.98
7359--7916	181	3.0	182	90	3	868	24	26	18	30	1.98
7819--8023	52	3.9	52	81	1	221	23	24	17	35	1.95
8183--8218	10	3.6	10	88	0	54	38	38	0	22	1.54
8604--8628	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
8584--8649	32	2.0	33	88	2	98	33	12	15	39	1.84
8690--8714	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
8703--8844	52	2.7	53	88	4	200	33	17	17	30	1.94
18504--18546	22	2.0	22	100	0	86	51	20	13	13	1.76
19715--19799	30	2.8	31	83	3	109	24	25	17	31	1.97
19776--20243	34	13.9	35	85	7	487	19	34	12	33	1.90
19811--20175	195	1.9	198	87	6	546	19	35	12	32	1.90
20247--20482	33	7.2	33	87	7	329	27	35	18	18	1.94
20245--20482	67	3.6	67	89	5	360	28	35	18	18	1.94
20482--21097	49	12.7	49	85	5	810	26	26	17	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21110--21236	67	1.9	68	81	4	159	25	25	10	39	1.87
21965--22031	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
21985--22009	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
22072--22096	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
22105--22235	52	2.5	52	91	0	199	35	18	15	30	1.92
27155--27179	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
36101--36733	79	8.0	78	81	5	542	14	22	16	45	1.84
36151--36733	157	3.7	156	82	4	584	14	23	16	45	1.84
36097--36651	236	2.3	236	81	3	643	14	22	16	45	1.84
36151--36733	41	14.8	41	68	13	222	14	23	16	45	1.84
37390--37467	8	9.2	8	72	15	59	69	1	1	28	1.04
37386--37452	33	2.0	35	85	5	93	67	0	1	31	1.00
37812--37846	15	2.3	15	100	0	70	48	34	11	5	1.63
37818--37861	18	2.4	18	80	0	52	50	31	11	6	1.65
41239--41302	28	2.3	28	88	0	92	28	34	14	23	1.93
41259--41667	78	5.2	80	81	5	397	29	26	12	32	1.92
41262--41566	155	2.0	156	83	5	386	30	27	9	32	1.89
46240--46416	71	2.5	72	89	2	268	31	15	11	41	1.83
46220--46365	20	6.8	20	68	17	87	32	14	11	41	1.82
50645--51192	165	3.4	161	76	13	505	30	12	7	49	1.68
51583--51628	4	11.8	4	80	13	51	76	0	23	0	0.79
51583--51632	24	2.1	24	85	7	66	76	0	24	0	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51597--51632	12	2.9	13	88	12	58	75	0	25	0	0.81
53258--53641	153	2.5	153	79	6	375	24	16	20	38	1.93
56601--56654	21	2.6	21	100	0	108	35	9	14	40	1.78
62850--62911	13	5.2	13	75	25	73	37	14	16	32	1.89
62851--62932	34	2.4	34	100	0	164	36	12	17	34	1.87
62976--63000	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
66883--67587	166	4.3	164	77	6	575	50	7	10	31	1.65
68484--68766	43	6.6	43	76	7	218	39	16	24	20	1.92
68804--68969	42	3.9	42	80	3	145	37	20	24	16	1.93
68674--68881	114	1.8	114	83	2	274	37	16	24	21	1.94
69171--69841	60	11.2	57	77	7	457	39	11	24	24	1.88
69169--69835	119	5.6	117	80	6	574	39	11	24	24	1.88
69373--69539	30	5.7	29	71	10	124	39	9	24	26	1.86
69551--69835	30	9.5	30	64	15	106	39	12	25	22	1.89
69829--69920	35	2.6	35	80	0	94	43	14	19	22	1.87
77871--77896	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
78354--78420	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
83160--83185	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
83643--83709	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
86703--86854	30	4.8	31	80	9	157	23	28	15	32	1.95
86794--87471	34	20.3	34	86	7	808	18	32	14	34	1.91
86697--86911	30	7.2	29	77	13	143	22	29	14	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86821--86910	27	3.2	28	87	4	128	22	34	13	30	1.92
86878--87471	34	17.5	34	89	4	810	18	32	13	35	1.90
86878--87450	69	8.4	69	90	2	838	17	32	14	35	1.90
87462--87531	30	2.4	30	83	4	90	37	28	15	18	1.92
87577--88395	49	16.8	49	78	8	793	23	25	18	32	1.97
87577--88334	101	7.9	91	83	8	552	23	25	18	32	1.97
87579--88342	202	4.0	180	83	8	614	23	25	18	32	1.97
87848--88395	101	5.4	101	93	0	889	23	25	18	33	1.97
87759--88395	202	3.2	201	88	2	903	23	25	18	32	1.97
89111--89167	13	3.9	13	74	24	51	35	15	17	31	1.92
89124--89186	19	3.7	18	72	24	64	33	14	17	34	1.90
89110--89194	32	2.7	32	94	0	152	32	14	17	35	1.90
92779--92872	31	3.0	31	81	9	93	41	14	12	30	1.84
94693--94731	17	2.4	17	91	4	62	20	2	0	76	0.90
95002--95041	21	1.9	21	94	0	71	30	2	0	67	1.04
96118--96156	20	1.9	21	84	5	53	10	20	0	69	1.17
96189--96272	33	2.5	33	82	5	98	13	21	11	53	1.71
96625--96661	13	2.8	14	84	12	51	27	0	2	70	1.01
97478--97512	18	1.9	18	94	0	61	62	14	20	2	1.43
97683--97720	7	5.7	7	81	12	53	84	0	15	0	0.63
97684--97720	13	2.8	13	91	0	56	86	0	13	0	0.57
97939--98055	58	2.0	58	100	0	234	22	13	28	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99424--99499	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
99423--99508	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
99414--99532	42	2.8	42	93	0	202	42	2	46	9	1.49
104012--104128	58	2.0	58	100	0	234	22	13	28	35	1.92
105795--105838	17	2.5	17	85	3	61	75	0	2	22	0.92
108452--109385	156	5.9	153	76	6	635	39	20	16	24	1.92
108539--109239	158	4.5	157	77	5	539	39	20	16	23	1.92
108538--109402	158	5.5	157	77	5	462	38	20	16	24	1.92
109947--110238	127	2.3	129	89	1	435	41	13	10	34	1.79
114333--114533	52	3.9	52	92	0	321	29	17	18	33	1.94
114522--114546	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
114585--114642	20	3.0	20	84	2	73	46	13	10	29	1.77
115700--116336	155	4.1	155	76	9	561	36	20	17	25	1.95
114938--116336	311	4.6	306	74	9	1044	36	21	18	24	1.95
117601--117627	13	2.1	13	100	0	54	48	0	22	29	1.51
119485--119542	20	2.9	20	84	0	71	39	12	10	37	1.77
121486--121539	20	2.7	20	100	0	108	46	18	11	24	1.81
121529--121601	20	3.6	20	81	3	101	35	13	17	32	1.89
121546--121622	21	3.8	20	79	5	91	42	11	15	29	1.82
121529--121622	41	2.3	41	96	0	170	39	12	17	30	1.87
121661--121686	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
125747--125777	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127857--127894	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
130336--130408	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
130354--130429	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
130336--130429	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
130468--130493	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
134207--134257	14	3.4	15	78	15	52	76	0	21	1	0.88
134204--134259	17	3.3	17	74	0	58	78	0	19	1	0.84
138063--138113	25	2.1	25	85	3	68	7	17	3	70	1.27
138078--138116	20	1.9	21	84	5	53	10	17	2	69	1.28
138146--138180	18	1.9	18	94	0	61	2	14	14	68	1.32

Tables:   1   2