genome.fa.s180.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold180
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  544442

Tables:   1   2   3   4   

This is table  1  of  4  ( 396 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8744--8797	19	2.7	19	82	5	63	35	16	11	37	1.84
13174--13328	77	2.0	77	100	0	310	34	18	16	30	1.93
14343--14463	52	2.3	52	94	0	215	28	17	19	34	1.94
14343--14483	52	2.7	52	86	4	196	29	17	19	33	1.95
14472--14496	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
14559--14583	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
14538--14603	32	2.0	33	88	2	98	39	13	12	34	1.82
15463--16303	49	17.7	49	87	6	1141	30	17	25	25	1.98
16303--16423	33	3.7	33	93	4	210	19	19	34	27	1.95
16296--16423	65	2.0	63	93	6	222	17	18	35	28	1.94
16409--16692	33	8.3	35	82	10	331	34	12	32	21	1.91
16404--16692	71	4.2	69	85	6	351	34	12	32	21	1.90
16399--16704	34	9.0	32	80	8	236	34	12	31	21	1.90
24936--25056	52	2.3	52	94	0	215	28	17	18	35	1.93
24936--25076	52	2.7	52	85	4	187	29	17	19	34	1.94
25065--25089	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
25131--25157	13	2.1	13	100	0	54	33	14	14	37	1.88
26888--26917	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
30837--30865	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
31387--31425	15	2.5	16	79	8	53	46	2	0	51	1.14
32515--32948	213	2.0	215	87	3	633	16	19	27	35	1.93
34691--34758	26	2.6	26	81	11	68	52	2	1	42	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34727--34758	16	2.0	16	93	0	55	50	0	3	46	1.17
34946--35018	28	2.6	28	91	2	121	34	8	24	32	1.85
35751--35792	21	2.0	22	90	4	68	52	2	4	40	1.35
35981--36049	31	2.2	31	82	10	79	66	14	2	15	1.36
38471--38543	20	3.7	19	83	3	74	36	15	17	30	1.91
38471--38561	39	2.3	40	83	9	107	36	14	18	30	1.91
40888--40962	31	2.4	31	77	6	80	48	1	18	32	1.57
44957--44991	15	2.3	15	95	0	61	28	28	0	42	1.56
46578--46641	33	1.9	33	87	6	94	31	14	15	39	1.87
47059--47176	58	2.0	58	80	3	130	50	16	6	27	1.70
47080--47209	58	2.3	58	78	6	131	51	13	8	26	1.69
47144--47335	58	3.3	57	76	10	174	52	13	12	22	1.73
50484--50803	154	2.1	154	88	4	475	38	15	4	41	1.67
53958--54068	36	3.1	35	74	10	89	28	9	26	35	1.88
54657--55043	193	2.0	193	94	0	675	39	14	13	32	1.85
57384--57449	31	2.1	31	97	0	123	34	10	15	39	1.82
57419--57590	80	2.2	81	89	5	271	31	16	26	26	1.96
57543--57617	27	2.7	27	85	6	98	24	20	32	24	1.98
57464--57693	103	2.2	107	82	5	272	29	17	27	25	1.97
57594--57741	79	1.9	76	81	4	179	31	16	25	26	1.96
57684--57843	51	3.1	51	83	7	175	32	14	25	28	1.94
57779--57952	78	2.2	79	86	5	237	30	14	28	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57934--57987	27	2.0	27	89	7	83	27	14	31	25	1.95
57963--58092	51	2.5	52	82	7	165	33	10	23	32	1.89
60455--60494	21	1.9	21	100	0	80	22	20	12	45	1.84
60519--60613	19	5.6	19	67	27	79	37	16	10	34	1.84
60511--60615	32	3.3	32	91	0	174	37	17	10	35	1.84
60654--60709	21	2.7	21	100	0	112	35	17	10	35	1.85
60837--60876	12	3.3	12	92	0	71	22	37	10	30	1.87
61418--61585	43	3.9	44	80	12	181	41	12	25	20	1.87
61437--61585	42	3.4	43	81	12	155	38	14	26	21	1.91
61418--61585	85	1.9	88	87	8	247	41	12	25	20	1.87
61526--61721	101	1.9	100	85	6	268	30	17	28	23	1.97
61615--61693	39	2.0	41	92	5	135	31	15	32	20	1.93
61572--61748	101	1.8	95	87	9	266	25	19	29	24	1.98
61670--61912	116	2.2	110	87	5	335	23	22	27	26	1.99
61670--61919	55	4.4	55	80	7	295	24	21	28	26	1.99
61572--62437	271	3.2	269	88	5	1171	26	20	28	24	1.99
61780--62067	155	1.9	155	91	0	477	25	21	29	24	1.99
61935--62183	61	4.3	56	83	10	297	23	21	28	26	1.99
61936--62183	116	2.1	116	94	0	433	23	21	29	25	1.99
62232--62658	62	7.0	62	89	2	641	26	18	29	25	1.98
62232--62655	182	2.3	182	90	2	643	26	18	28	25	1.98
63996--64024	12	2.4	12	100	0	58	0	0	6	93	0.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63994--64049	19	3.1	18	79	10	51	3	3	12	80	0.97
63984--64030	19	2.4	19	79	10	51	2	4	10	82	0.88
68926--69127	79	2.5	79	80	4	226	28	15	29	26	1.96
69085--69181	28	3.5	28	85	5	126	23	19	34	22	1.97
69170--69552	51	7.6	51	71	11	232	32	12	25	30	1.92
69166--69350	52	3.6	50	82	8	219	34	10	25	29	1.90
71873--71898	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
71885--71926	21	2.0	21	95	0	75	28	16	9	45	1.79
71951--72045	19	5.6	19	67	27	79	35	15	12	35	1.86
71945--72047	32	3.2	32	92	0	179	35	15	11	36	1.84
72087--72175	21	4.2	21	92	0	142	34	21	12	31	1.90
72087--72175	42	2.1	42	95	0	160	34	21	12	31	1.90
75547--75598	13	3.5	13	73	26	50	36	17	13	32	1.89
75555--75617	19	3.7	18	76	24	73	36	17	12	33	1.88
75547--75619	32	2.3	32	97	0	137	35	17	12	34	1.88
75586--75647	19	3.2	19	73	13	63	27	16	14	41	1.87
77545--77624	16	5.0	16	78	6	65	18	15	25	41	1.89
77585--77631	16	2.9	16	87	0	58	14	19	27	38	1.91
77606--77730	53	2.3	54	80	4	128	24	15	24	35	1.94
79276--79308	7	4.7	7	100	0	66	15	0	0	84	0.61
85089--85170	41	2.0	41	88	2	121	36	12	14	36	1.84
88328--88383	22	2.5	22	85	8	69	35	1	12	50	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89266--89398	9	14.2	9	76	10	72	74	5	1	18	1.08
89257--89402	55	2.6	55	81	13	140	73	6	1	19	1.12
89310--89387	23	3.3	23	74	13	70	73	6	2	17	1.17
89257--89404	17	8.6	17	68	22	80	73	6	1	18	1.11
89471--89530	17	3.4	17	76	13	57	48	6	23	21	1.74
89483--89574	20	4.8	19	76	14	100	43	7	27	21	1.79
89471--89574	37	2.8	37	88	2	145	44	6	25	23	1.78
94989--95044	22	2.5	22	97	0	103	60	8	12	17	1.57
95954--96025	20	3.6	20	78	0	63	41	6	13	37	1.72
96756--96790	17	2.1	16	89	5	52	48	2	0	48	1.16
100612--100692	40	2.0	40	97	0	153	35	14	9	39	1.80
102205--102253	25	2.0	25	87	0	71	24	8	8	59	1.54
103637--103674	3	12.7	3	100	0	76	34	0	0	65	0.93
103821--103854	15	2.3	15	89	0	50	14	2	2	79	0.97
104608--104686	38	2.1	39	92	2	133	63	2	8	25	1.36
105706--105743	18	2.1	19	85	9	53	50	13	2	34	1.55
106631--106706	13	5.4	14	76	19	61	11	11	0	76	1.03
106649--106712	7	9.7	7	80	14	66	12	9	0	78	0.97
106649--106712	13	4.8	13	80	16	78	12	9	0	78	0.97
111549--111588	21	1.9	21	90	10	64	75	7	0	17	1.03
111594--111622	15	2.0	15	93	6	51	55	6	3	34	1.44
112494--112527	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112936--112986	15	3.1	16	83	16	52	45	0	0	54	0.99
112973--113014	14	2.8	15	82	10	50	52	0	0	47	1.00
112983--113016	17	1.9	17	88	5	50	52	0	0	47	1.00
113546--113592	24	1.9	25	82	4	60	61	0	4	34	1.15
127186--127247	32	1.9	32	83	0	79	45	12	11	30	1.78
127186--127247	16	3.9	15	78	4	61	45	12	11	30	1.78
127243--127306	15	4.0	16	77	18	71	53	3	0	43	1.16
130907--130950	8	5.7	7	87	12	52	0	18	0	81	0.68
130907--130950	16	2.8	15	86	10	61	0	18	0	81	0.68
132268--132302	12	3.0	12	87	8	54	62	0	0	37	0.95

Tables:   1   2   3   4