genome.fa.s183.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold183
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  471943

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 350 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8971--8997	14	1.9	14	100	0	54	37	22	22	18	1.95
10525--11672	28	39.9	29	84	8	1229	27	31	19	21	1.97
12233--12306	20	3.8	20	76	3	87	33	12	13	40	1.82
18166--18207	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
18736--18802	17	4.1	18	75	22	60	55	1	0	43	1.09
18757--18802	16	2.7	16	83	12	56	56	2	0	41	1.11
18720--18822	10	11.9	9	69	20	53	55	0	0	42	1.13
18777--18831	30	1.9	27	85	10	74	60	1	1	36	1.18
19835--19923	38	2.3	39	86	3	128	37	1	0	61	1.03
19858--19940	35	2.5	32	78	18	80	40	1	0	57	1.06
20175--20206	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
21818--21848	16	1.9	16	100	0	62	29	12	25	32	1.93
37140--37215	10	8.0	9	82	12	73	80	17	2	0	0.83
37140--37215	19	4.0	19	80	13	77	80	17	2	0	0.83
37153--37227	28	2.5	30	87	8	109	85	12	1	1	0.73
37152--37234	7	10.8	8	78	10	68	83	13	2	1	0.81
37152--37226	9	8.0	9	85	4	87	84	13	1	1	0.76
37162--37205	1	44.0	1	81	0	52	90	9	0	0	0.44
37152--37234	8	10.9	8	78	8	68	83	13	2	1	0.81
38394--38581	28	6.4	29	79	6	103	28	28	18	25	1.98
38394--39128	156	4.9	150	81	8	713	29	28	18	22	1.98
38394--39123	32	24.4	29	83	6	604	29	28	18	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48982--49036	20	2.7	21	85	2	76	38	12	18	30	1.88
49066--49129	33	2.0	33	87	3	94	42	15	14	28	1.86
55271--55309	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
55432--55483	21	2.5	19	73	14	50	32	21	3	42	1.71
57816--57841	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
57798--57861	33	2.0	33	90	3	103	42	17	14	26	1.87
61332--61429	19	5.8	19	70	28	96	36	17	11	34	1.85
61335--61428	32	3.0	32	96	1	172	36	18	11	34	1.87
61354--61409	13	3.9	13	74	26	51	33	16	14	35	1.88
63252--63277	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
65827--65851	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
67910--67940	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
69749--69789	22	1.9	22	85	5	57	24	24	4	46	1.72
72007--72032	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
72546--72862	155	2.0	158	82	6	385	18	25	16	39	1.91
72807--72877	22	3.3	22	76	5	65	0	18	1	80	0.79
72833--72865	14	2.4	14	94	0	57	0	21	0	78	0.75
72810--72869	29	2.1	29	81	12	70	0	20	1	78	0.84
72829--72880	18	2.9	18	82	8	61	0	21	0	78	0.74
72832--72877	14	3.3	14	80	16	51	0	19	0	80	0.71
73642--73667	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
75884--75928	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77731--77761	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
79841--79867	14	1.9	14	100	0	54	33	14	14	37	1.88
79988--80032	21	2.2	20	84	11	56	28	20	6	44	1.76
83397--83431	8	4.5	8	89	3	54	11	0	2	85	0.69
83397--83431	16	2.2	16	95	5	63	11	0	2	85	0.69
84906--84938	2	17.0	2	93	6	59	48	0	0	51	1.00
87868--87920	26	2.0	26	89	7	81	43	11	9	35	1.73
88314--88405	31	2.9	31	76	7	96	42	10	8	38	1.71
88307--88407	32	3.2	32	76	8	107	41	9	8	39	1.70
88906--88972	16	3.8	17	75	16	57	52	7	1	38	1.39
89819--89853	14	2.5	13	86	13	52	22	8	5	62	1.45
90159--90217	27	2.2	27	87	3	84	27	20	3	49	1.65
95017--95055	16	2.4	17	86	4	53	43	5	0	51	1.24
99782--99822	22	1.9	22	90	5	66	41	0	0	58	0.98
99815--99882	11	6.2	11	76	6	57	29	1	0	69	0.98
99810--99850	22	1.9	21	90	5	64	21	0	0	78	0.76
99812--99864	10	5.1	10	80	8	52	26	0	0	73	0.83
99817--99879	28	2.2	28	82	2	72	26	1	0	71	0.95
99812--99879	33	2.1	32	83	2	82	26	1	0	72	0.94
103086--103206	51	2.3	52	82	1	145	29	14	28	27	1.96
103189--103265	28	2.8	28	85	0	91	20	20	36	22	1.95
103249--103369	51	2.4	51	83	12	158	33	9	23	33	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103055--103345	159	1.8	159	82	5	374	31	13	27	28	1.94
105861--105937	21	3.7	20	84	6	91	33	15	12	37	1.86
106664--107056	198	2.0	198	87	2	574	27	6	27	38	1.82
107171--107219	20	2.4	21	89	3	73	30	16	12	40	1.85
107758--107807	24	2.1	24	85	10	68	62	0	2	36	1.07
115134--115173	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
120780--120835	25	2.1	26	80	12	60	48	3	1	46	1.30
121064--121094	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
121389--121420	5	6.4	5	92	0	55	18	3	0	78	0.89
121678--121754	13	5.5	14	72	13	61	28	2	1	67	1.12
121678--121743	21	3.2	20	77	14	62	30	1	1	66	1.10
122248--122311	31	2.0	32	88	8	96	56	0	0	43	0.99
124333--124368	18	2.1	18	90	10	58	27	0	2	69	1.02
124588--124653	27	2.5	26	83	11	80	54	4	0	40	1.21
128231--128447	68	3.2	67	82	2	274	27	7	23	41	1.81
128229--128445	102	2.1	101	84	3	283	27	7	23	41	1.81
128229--128447	34	6.5	33	83	3	249	26	7	24	41	1.81
132854--133074	34	6.5	33	83	4	262	26	7	24	42	1.80
132854--133072	102	2.2	101	88	1	321	26	7	24	42	1.80
137838--137886	12	4.1	12	79	10	55	38	0	0	61	0.96
137840--137891	20	2.5	21	81	12	63	36	0	0	63	0.95
138481--138516	18	2.0	18	88	0	54	44	0	22	33	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
139634--139679	21	2.2	21	84	0	56	34	8	8	47	1.65
147128--147158	16	1.9	16	93	0	53	32	0	12	54	1.38
148061--148098	20	1.9	20	88	0	58	52	2	0	44	1.14
148734--148772	20	2.0	20	85	10	53	76	5	2	15	1.06
149019--149056	18	2.2	18	85	4	51	15	15	13	55	1.70
152745--152784	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
153091--153129	18	2.2	18	86	9	53	35	0	0	64	0.94
153088--153147	21	2.8	22	82	10	70	40	1	0	58	1.08
158298--158328	16	1.9	16	93	0	53	54	0	9	35	1.33
162309--162367	13	5.0	13	71	23	58	32	15	18	33	1.92
162289--162388	33	3.0	33	94	2	166	34	14	19	33	1.91
162287--162354	20	3.8	20	72	25	78	35	13	20	30	1.91
163375--163420	14	3.1	15	75	18	51	60	2	0	36	1.09
163375--163448	24	2.9	24	78	13	60	59	1	2	36	1.20
163853--163893	19	2.2	19	86	8	57	46	2	0	51	1.14
164676--164716	15	2.7	15	88	3	55	36	0	0	63	0.95
165753--165808	13	4.4	13	71	13	53	57	3	5	33	1.39
165745--165808	25	2.5	26	77	10	69	56	3	6	34	1.40
167268--167337	26	2.7	27	82	8	83	35	2	0	61	1.11
167634--167682	21	2.4	20	83	12	64	48	0	0	51	1.00
168221--168263	22	2.1	22	87	12	65	30	0	0	69	0.88
168332--168373	15	2.8	16	82	10	52	57	7	0	35	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
168452--168496	16	2.8	17	83	10	58	48	4	2	44	1.35
169567--169700	71	1.9	71	96	0	250	55	7	1	35	1.37
173423--173447	8	3.1	8	100	0	50	48	28	12	12	1.76
175409--175440	16	2.0	16	93	0	55	59	0	0	40	0.97
176181--176246	29	2.2	31	86	10	93	42	6	4	46	1.48
177265--177328	27	2.3	27	81	7	76	29	7	17	45	1.76
182572--182610	12	3.2	12	81	0	51	5	28	7	58	1.47
182766--182794	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
185501--185527	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
186994--187060	2	33.5	2	90	0	107	47	2	0	49	1.16

Tables:   1   2   3