genome.fa.s183.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold183
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  471943

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 350 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187514--187570	15	3.7	15	73	17	55	36	0	1	61	1.07
187695--187771	28	2.6	28	86	10	93	38	22	5	33	1.76
189063--189128	28	2.4	29	76	16	77	65	0	0	34	0.93
189087--189125	15	2.5	16	83	4	53	66	0	0	33	0.92
189429--189525	31	3.1	31	81	7	108	53	5	0	41	1.23
189658--189686	12	2.5	12	94	5	51	62	0	0	37	0.96
191111--191184	34	2.2	34	90	0	112	27	16	17	39	1.91
193719--193766	15	3.1	15	85	5	60	58	4	2	35	1.29
193719--193766	16	3.1	16	87	3	62	58	4	2	35	1.29
194257--194361	33	3.2	33	69	22	103	51	8	8	31	1.63
194239--194369	65	2.0	65	98	0	253	49	9	8	32	1.65
194379--194451	25	3.1	22	70	16	58	42	0	0	57	0.98
194403--194448	21	2.2	21	88	7	67	41	0	0	58	0.98
194437--194490	28	2.0	27	85	3	72	48	1	1	48	1.23
194663--194708	17	2.7	17	93	0	74	65	15	4	15	1.43
199916--199949	12	2.8	12	86	0	50	55	0	0	44	0.99
199915--199986	32	2.3	31	78	7	81	61	0	1	37	1.05
199936--199974	19	1.9	19	85	10	51	64	0	2	33	1.08
202650--202687	13	2.9	13	81	14	51	44	7	0	47	1.32
202650--202853	27	7.4	27	74	12	130	43	9	3	43	1.53
202706--202759	28	2.0	27	88	3	81	48	11	0	40	1.39
204182--204221	17	2.4	16	88	12	55	0	25	0	75	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
204186--204227	11	3.9	11	84	6	50	0	23	0	76	0.79
204175--204221	16	2.9	16	84	12	60	0	25	0	74	0.82
204738--204809	35	2.0	36	94	2	128	50	8	9	31	1.65
205355--205416	17	3.6	17	77	18	65	53	0	1	45	1.10
206678--206702	12	2.1	12	100	0	50	32	0	0	68	0.90
209324--209361	20	2.0	20	94	5	69	55	10	7	26	1.61
209267--209348	31	2.6	29	78	14	83	48	10	10	29	1.72
210027--210051	12	2.1	12	100	0	50	32	0	0	68	0.90
210073--210132	31	1.9	32	82	3	77	60	16	1	21	1.45
216262--216434	50	3.4	50	73	16	154	26	11	28	33	1.91
216224--216431	105	2.0	105	89	1	319	27	10	28	33	1.90
216224--216381	50	3.0	54	72	20	152	28	10	29	32	1.90
224225--224250	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
226467--226511	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
228313--228343	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
230422--230473	13	4.0	13	100	0	104	30	15	15	38	1.88
233029--233054	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
241088--241160	1	73.0	1	80	0	56	86	12	1	0	0.64
241087--241160	23	3.4	21	84	14	96	85	13	1	0	0.67
241088--241152	24	2.6	25	90	4	105	86	12	1	0	0.65
241088--241160	24	3.0	23	80	7	83	86	12	1	0	0.64
242355--242392	13	2.8	14	81	18	53	39	10	13	36	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
242403--242913	28	18.1	28	79	8	475	31	29	15	23	1.95
242509--242554	22	2.1	22	100	0	92	32	36	8	21	1.84
242461--242863	116	3.6	112	82	5	460	31	31	15	21	1.94
253423--253554	55	2.4	56	75	8	135	27	9	30	32	1.89
254722--254802	32	2.5	32	77	2	81	32	8	8	50	1.63
255929--255967	19	2.1	19	85	0	51	51	0	2	46	1.14
259815--259845	15	2.1	15	100	0	62	51	19	0	29	1.47
260190--260223	16	2.1	16	100	0	68	50	5	0	44	1.26
260885--260912	13	2.2	13	100	0	56	21	10	21	46	1.81
262511--262554	16	2.7	16	92	3	70	11	6	18	63	1.48
265142--265215	34	2.2	34	97	0	139	32	2	12	52	1.52
265415--265555	54	2.6	54	80	7	135	26	10	28	34	1.90
265483--265690	105	2.0	105	88	1	310	28	10	27	33	1.89
265483--265640	50	3.0	55	72	14	168	27	9	29	32	1.88
269049--269087	19	2.1	19	85	0	51	51	0	2	46	1.14
275055--275118	17	3.7	17	76	16	60	56	0	0	43	0.99
275714--275821	37	3.3	37	64	30	98	42	2	3	50	1.34
275691--275819	61	2.1	62	92	1	215	39	3	3	53	1.35
276155--276223	26	2.7	26	77	6	70	62	1	1	34	1.13
276530--276607	23	3.3	23	65	22	54	30	0	10	58	1.31
276679--276735	25	2.2	26	84	9	73	29	0	8	61	1.26
278665--278726	17	3.6	17	77	18	65	53	0	1	45	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
282213--282327	51	2.3	51	87	1	160	44	11	16	27	1.82
282975--282999	12	2.1	12	100	0	50	32	0	0	68	0.90
283148--283177	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
284843--284887	16	2.8	16	79	0	54	64	2	4	28	1.25
286449--286482	16	2.1	16	94	0	59	11	5	14	67	1.39
288010--288043	17	2.0	17	94	0	59	32	5	44	17	1.73
289005--289111	54	2.0	54	83	7	137	29	14	23	32	1.94
289112--289283	50	3.4	50	76	11	168	25	11	29	34	1.90
289074--289275	105	1.9	105	88	2	307	26	9	29	34	1.89
289082--289257	55	3.3	53	75	10	171	25	10	30	33	1.90
291501--291525	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
291587--291611	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
291620--291748	52	2.5	52	96	0	231	34	18	17	29	1.94
299407--299519	56	2.0	56	84	3	147	29	13	28	29	1.94
306237--306300	17	3.7	17	76	16	60	56	0	0	43	0.99
307216--307241	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
307196--307261	33	2.0	33	88	5	98	30	16	12	40	1.85
307280--307393	40	2.8	40	84	5	149	29	16	12	41	1.85
307280--307393	20	5.7	20	85	4	133	29	16	12	41	1.85
309617--309954	51	6.5	51	72	13	244	28	25	12	33	1.92
309783--309852	28	2.5	28	90	4	106	24	30	20	25	1.99
309681--310010	158	2.1	158	93	0	561	27	25	14	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
309936--310011	28	2.7	28	88	8	102	25	26	19	28	1.99
309890--310169	108	2.6	106	81	4	364	27	23	15	33	1.95
310046--310100	28	2.0	28	92	0	92	20	29	20	30	1.97
310048--310121	28	2.7	26	83	10	78	20	29	22	27	1.98
310105--310222	51	2.3	51	86	2	166	30	24	12	32	1.92
310155--310302	79	1.9	79	90	2	235	28	28	12	30	1.93
310236--310346	52	2.2	52	85	4	145	30	24	11	33	1.91
310074--310346	130	2.1	131	86	4	374	28	24	13	33	1.93
322759--322861	1	103.0	1	68	0	62	84	9	4	0	0.81
322769--322840	6	12.3	6	85	14	98	84	13	1	0	0.68
322759--322847	17	5.2	17	83	14	103	85	11	2	1	0.74
322781--322854	18	4.2	17	81	13	80	83	10	5	0	0.79
323894--324198	55	5.3	55	86	6	337	27	30	20	21	1.98
324241--324474	61	3.9	61	83	5	289	26	27	20	25	1.99
324005--324413	215	1.9	215	86	5	585	25	30	19	24	1.98
324245--324470	122	1.9	121	89	2	355	26	28	19	24	1.99
324457--324596	42	3.2	44	75	12	130	21	25	12	40	1.88
324487--324718	119	2.0	117	80	7	263	19	24	13	41	1.88
325527--325600	20	3.7	19	87	7	103	28	16	13	41	1.86
327094--327162	28	2.5	27	90	6	104	24	36	14	24	1.93
327146--327263	51	2.3	51	83	2	148	34	27	9	28	1.88
327353--327429	28	2.8	27	72	7	75	19	28	22	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
327198--327476	108	2.6	107	80	4	339	26	24	15	34	1.94
327412--327526	51	2.3	51	92	3	187	31	26	12	30	1.92
327463--327681	79	2.8	77	84	8	280	28	24	13	33	1.93
328708--328826	61	1.9	62	89	5	188	38	4	0	56	1.25
328721--328843	61	2.0	61	87	0	174	39	4	2	52	1.36
329448--329472	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
329460--329512	20	2.6	21	82	8	65	37	15	16	30	1.90
329554--329605	20	2.7	20	90	3	79	38	21	11	28	1.88
335511--335536	8	3.2	8	100	0	52	15	0	23	61	1.33
335739--335777	13	3.0	13	92	0	69	35	15	17	30	1.91

Tables:   1   2   3