genome.fa.s1871.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1871
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  379514

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 277 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11608--11723	56	2.1	56	95	0	205	33	0	28	37	1.58
12411--12475	33	2.0	33	87	3	96	29	15	13	41	1.86
12513--12568	20	2.8	20	80	0	58	37	16	12	33	1.86
13354--13385	15	2.1	16	94	5	57	40	0	0	59	0.97
15227--15269	20	2.2	20	91	0	68	46	9	13	30	1.75
18985--19040	24	2.4	24	82	8	62	53	1	0	44	1.11
19820--19857	13	2.9	13	88	0	58	36	15	13	34	1.87
19906--19956	20	2.6	20	81	3	59	43	13	15	27	1.85
20680--20710	16	1.9	16	93	0	53	6	45	0	48	1.28
22560--22595	13	2.8	13	100	0	72	36	13	16	33	1.89
22640--22679	20	2.0	21	95	5	73	32	15	12	40	1.84
22819--22870	21	2.7	19	73	23	54	59	15	1	23	1.46
24948--25262	61	5.4	59	82	7	360	24	19	28	27	1.99
25063--25232	55	3.1	55	90	2	272	24	20	28	27	1.99
32134--32174	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
32214--32284	20	3.6	19	77	7	70	40	16	12	29	1.86
32254--32390	53	2.6	53	92	1	220	37	18	16	27	1.92
39874--39972	51	1.9	51	91	0	162	33	10	25	31	1.89
39876--39993	51	2.3	51	85	2	157	32	13	25	28	1.94
39978--40046	28	2.5	28	88	4	104	30	17	28	23	1.97
40036--40149	51	2.3	50	81	6	124	34	11	23	30	1.90
40085--40364	79	3.6	79	88	4	399	31	12	27	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40319--40433	51	2.3	50	77	4	115	32	13	24	29	1.94
42803--42828	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
47385--47441	30	1.9	28	82	10	69	54	5	14	26	1.61
48070--48122	19	2.7	19	88	2	79	32	18	11	37	1.87
49415--49490	38	2.0	38	92	2	127	42	10	5	42	1.62
52936--53312	79	4.8	78	79	5	366	32	12	24	29	1.93
53248--53365	51	2.3	50	82	4	155	33	10	24	32	1.89
53351--53422	27	2.6	28	84	4	92	27	20	30	20	1.98
53331--53578	107	2.3	106	78	5	275	33	14	25	27	1.94
53455--53526	28	2.5	30	84	13	107	23	15	34	26	1.94
53515--53658	51	2.8	51	80	0	171	35	11	22	29	1.90
60488--60684	97	2.0	97	85	5	265	41	13	17	27	1.87
62831--62856	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
62905--62957	19	2.7	20	88	8	74	32	13	20	33	1.91
65276--65341	33	2.0	32	82	8	80	37	3	19	39	1.67
67126--67168	20	2.2	20	100	0	86	51	13	18	16	1.77
71754--71806	19	2.7	20	85	2	81	33	15	18	32	1.92
71793--71850	13	5.0	12	70	21	52	36	15	15	32	1.89
71775--71874	33	3.1	33	91	1	148	38	14	15	33	1.87
74122--74193	20	3.7	19	85	9	83	33	16	15	34	1.90
80556--80581	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
82062--82128	33	2.0	33	85	5	91	31	29	10	28	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82483--82527	22	2.2	21	84	11	58	35	4	22	37	1.74
99498--99575	20	3.6	21	74	15	70	26	14	15	43	1.85
99564--99601	13	2.9	13	88	0	58	34	15	15	34	1.90
104784--104837	20	2.7	20	83	11	65	44	0	18	37	1.50
107273--107649	158	2.4	157	79	7	376	33	14	24	28	1.94
107273--107647	79	4.8	76	80	7	335	33	14	24	28	1.94
107585--107696	51	2.2	51	82	3	136	31	9	25	33	1.89
107507--107777	130	2.1	130	82	5	334	30	11	26	30	1.92
113160--113288	52	2.5	52	96	2	233	30	17	17	34	1.93
113160--113308	52	2.9	51	91	6	221	31	17	17	33	1.93
113297--113322	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
113276--113375	33	3.0	33	89	2	130	37	17	14	32	1.89
113309--113375	20	3.7	20	74	25	85	35	17	11	34	1.87
113330--113354	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
114162--114399	49	4.7	49	78	7	228	36	16	26	20	1.94
114292--114520	116	2.0	111	80	10	246	36	14	26	22	1.93
114803--114859	20	2.8	20	86	0	78	40	15	14	29	1.87
114909--114961	19	2.7	20	85	8	72	43	15	13	28	1.84
121550--121590	20	2.0	20	85	0	55	21	41	26	9	1.84
122887--122956	34	2.1	34	94	0	122	37	2	20	40	1.67
124483--124791	49	6.8	44	80	12	363	30	18	25	25	1.98
124483--124790	92	3.3	92	96	0	562	30	18	25	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124782--124859	24	3.1	25	71	21	74	16	19	34	29	1.94
124832--125167	32	10.5	32	85	6	423	19	17	33	28	1.95
124832--125167	64	5.2	64	87	3	480	19	17	33	28	1.95
125363--125735	34	11.7	34	71	15	271	32	12	33	20	1.91
125305--125740	61	6.9	62	86	6	524	31	12	33	21	1.91
125353--125447	28	3.2	28	69	16	91	27	10	36	25	1.89
125592--125711	27	4.2	27	70	20	91	33	14	31	20	1.92
126723--126780	17	3.6	17	79	11	70	0	8	6	84	0.78
127019--127048	10	2.9	10	95	5	51	0	3	6	90	0.56
127019--127051	11	3.1	11	86	8	50	0	3	9	87	0.63
127019--127062	23	1.9	23	85	0	61	2	4	11	81	0.92
133912--134040	52	2.5	52	93	2	224	30	18	17	34	1.94
133912--134060	52	2.9	51	88	6	219	31	18	17	32	1.94
134028--134100	27	2.5	28	80	15	85	38	12	17	31	1.87
134049--134135	13	7.0	12	69	21	56	34	12	17	35	1.87
134161--134185	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
134142--134205	32	2.0	33	96	3	121	34	18	12	34	1.89
134942--135232	49	5.8	49	74	10	198	36	15	25	22	1.94
135251--135496	49	4.9	52	78	11	194	34	16	23	25	1.96
135362--135535	43	3.9	43	83	11	233	29	19	24	26	1.98
135305--135535	92	2.5	93	91	5	360	32	18	23	25	1.97
138497--138521	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
146698--146816	42	2.8	42	85	2	159	9	45	3	42	1.52
148449--148473	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
148431--148493	33	1.9	33	90	3	101	36	15	12	34	1.86
149259--150018	49	16.1	49	79	12	799	30	17	26	25	1.97
149259--150018	92	8.1	93	84	9	738	30	17	26	25	1.97
149697--149764	21	3.2	21	62	25	52	27	17	27	26	1.98
150024--150216	32	6.0	33	85	4	268	20	18	32	29	1.96
150024--150216	65	3.0	65	86	3	273	20	18	32	29	1.96
150024--150212	97	1.9	98	92	1	317	19	19	31	29	1.96
150211--151162	34	29.1	33	79	9	534	33	13	31	21	1.92
150525--150834	93	3.3	91	78	10	299	32	15	27	24	1.95
150552--150831	63	4.5	62	86	6	331	32	15	27	25	1.96
152105--152157	25	2.1	25	83	13	65	1	11	7	79	1.01
152138--152171	17	2.0	17	88	0	50	0	8	8	82	0.85
152420--152482	26	2.5	25	89	2	90	3	0	7	88	0.60
152420--152482	19	3.5	17	82	12	74	3	0	7	88	0.60
152420--152482	1	63.0	1	80	0	63	3	0	7	88	0.60
158050--158097	21	2.3	20	82	6	60	41	14	18	25	1.88
158949--159073	52	2.4	52	91	0	196	28	17	17	36	1.93
158949--159093	52	2.8	51	85	4	184	29	17	17	35	1.93
159082--159106	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
159168--159192	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
159147--159212	32	2.0	33	88	2	98	37	15	10	36	1.82
159464--159610	49	3.1	49	78	11	189	30	18	25	25	1.98
159603--159969	65	5.7	63	84	6	452	20	17	31	29	1.96
159603--159972	33	11.5	32	84	6	448	21	17	31	29	1.96
159615--160003	98	4.0	97	82	7	337	22	17	30	29	1.97
160170--160514	34	10.7	34	77	12	343	32	12	35	19	1.89
159975--160459	68	7.4	68	80	10	494	32	12	35	19	1.89
159980--160459	194	2.5	196	84	5	625	32	12	35	19	1.90
160204--160515	160	2.0	155	87	4	446	32	12	35	19	1.89
160432--160491	27	2.2	26	82	8	75	31	15	33	20	1.93

Tables:   1   2   3