genome.fa.s1871.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1871
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  379514

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 277 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
160404--160518	60	1.9	61	89	1	178	27	14	35	21	1.93
160656--160685	8	3.6	8	91	8	51	26	0	23	50	1.50
161504--161558	16	3.6	16	71	14	62	0	10	5	83	0.79
161496--161559	17	3.9	17	75	6	51	0	14	6	79	0.91
161808--161841	11	3.0	11	91	4	50	2	0	11	85	0.71
166386--166514	52	2.5	52	92	2	215	29	17	17	35	1.93
166386--166534	52	2.9	52	85	4	210	30	16	18	34	1.92
166523--166547	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
166592--166675	19	4.7	19	74	18	90	39	20	8	32	1.82
166587--166654	32	2.1	32	91	0	109	38	20	8	32	1.84
166611--166635	13	1.9	13	100	0	50	40	16	8	36	1.77
171682--171708	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
171779--171803	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
177922--177948	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
179391--179457	33	2.0	33	85	5	91	20	34	19	25	1.96
179607--180257	237	2.8	237	97	0	1243	27	9	15	47	1.77
180754--180806	20	2.7	20	91	2	81	30	16	16	35	1.92
180856--180880	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
182376--182423	19	2.5	20	86	10	64	37	18	16	27	1.92
182414--182482	13	5.8	13	77	16	78	36	15	14	33	1.89
185008--185032	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
185283--185307	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
184895--185446	275	2.0	275	98	0	1059	37	17	16	29	1.91
191726--191751	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
191708--191771	32	2.0	33	87	3	94	43	15	12	28	1.83
197205--197230	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
199772--199810	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
200336--200361	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
200318--200381	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
200819--200885	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
204066--204090	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
206009--206034	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
205991--206054	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
206492--206558	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
208753--208783	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
210587--210631	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
212849--212874	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
214450--214479	8	3.8	8	100	0	60	10	0	26	63	1.26
214683--214720	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
214832--214877	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
215151--215193	20	2.1	20	86	4	59	20	41	25	11	1.86
220036--220061	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
222426--222472	21	2.3	21	82	10	62	44	4	19	31	1.70
222593--222618	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
224697--224727	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
226531--226575	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
228790--228815	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
230726--230755	13	2.3	13	100	0	60	33	16	13	36	1.88
230709--230778	33	2.1	32	87	10	97	31	14	17	37	1.89
235553--235971	164	2.5	166	83	4	497	26	9	10	53	1.65
236571--236618	23	2.1	23	84	7	62	66	0	33	0	0.92
236635--237025	173	2.3	171	85	5	504	41	15	21	20	1.89
238135--238161	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
238226--238255	13	2.3	13	94	0	51	36	16	13	33	1.88
238211--238275	33	2.0	33	84	6	87	33	10	18	36	1.86
239431--239712	142	2.0	142	95	0	501	32	11	15	39	1.84
241332--241365	5	6.8	5	93	0	59	76	0	2	20	0.92
241576--241602	9	3.0	9	100	0	54	55	0	0	44	0.99
245275--245547	88	3.1	88	81	5	293	35	10	20	32	1.88
245247--245555	88	3.5	90	78	7	262	37	11	20	30	1.88
246045--246079	17	2.1	17	100	0	70	40	5	17	37	1.73
247560--247611	19	2.7	20	87	3	79	28	15	15	40	1.88
249279--249316	3	12.7	3	94	0	67	36	0	34	28	1.58
253588--253623	13	2.8	13	91	0	54	38	16	8	36	1.79
255507--255565	21	2.9	21	90	9	88	37	0	28	33	1.58
256115--256271	72	2.2	72	94	0	269	40	17	20	21	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
258022--258088	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
258042--258066	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
258162--258290	52	2.5	52	90	0	204	33	17	18	31	1.94
272077--272165	1	89.0	1	72	0	70	86	11	2	0	0.66
272078--272163	10	8.9	10	80	15	92	86	11	2	0	0.67
272077--272165	34	2.7	34	87	3	128	86	11	2	0	0.66
272075--272165	15	6.1	15	81	13	98	85	12	2	0	0.68
273551--273834	30	9.4	29	76	10	180	27	28	15	28	1.96
273696--273788	35	2.7	36	79	9	106	20	29	11	38	1.88
273761--273884	28	4.3	29	83	9	139	37	29	15	17	1.91
273904--274089	43	4.1	43	77	11	138	26	24	16	31	1.96
274043--274204	52	3.1	52	78	6	182	25	22	14	37	1.92
273904--274142	95	2.5	93	82	6	282	26	24	16	33	1.96
275007--275073	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
275027--275051	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
275114--275139	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
275127--275255	52	2.5	52	94	0	222	34	17	17	30	1.94
278465--278520	23	2.6	21	80	8	69	33	16	12	37	1.86
281355--281684	110	3.0	110	95	0	579	27	12	21	38	1.89
283631--283655	7	3.6	7	100	0	50	28	40	0	32	1.57
285770--285838	35	2.0	35	97	0	129	57	10	14	17	1.63
286917--286947	3	10.3	3	92	0	53	32	0	3	64	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
289248--289277	9	3.2	9	95	4	51	86	0	10	3	0.67
289601--289650	19	2.6	19	100	0	100	32	12	20	36	1.89
289680--289732	17	2.8	20	77	16	67	35	13	11	39	1.80
290738--290813	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
290759--290831	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
290738--290831	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
293258--293295	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
293284--293360	20	3.6	20	77	16	73	42	15	15	25	1.86
295375--295405	15	2.1	15	93	0	53	16	25	16	41	1.88
298680--298705	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
298744--298819	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
298765--298837	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
298744--298837	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
303915--303970	27	2.1	27	93	0	94	23	37	16	23	1.93
316004--316043	18	2.2	18	95	0	71	22	12	17	47	1.81
319395--319486	19	4.8	18	77	20	80	82	14	2	1	0.82
319393--319496	43	2.5	42	84	12	133	81	15	1	0	0.83
320790--321434	28	22.7	28	87	4	785	30	28	16	24	1.97
320789--321434	57	11.4	57	87	4	812	30	28	16	24	1.97
321388--321475	31	2.9	30	83	8	97	31	30	19	18	1.95
323241--323273	12	2.8	12	90	0	57	24	0	3	72	0.98
324441--324626	79	2.4	79	80	1	194	32	16	27	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
324578--324649	28	2.6	28	84	4	83	25	19	33	22	1.97
324637--324812	52	3.4	52	81	7	212	31	10	26	31	1.90
324731--324859	52	2.5	52	83	6	147	34	13	24	27	1.93
324901--325025	51	2.4	51	84	8	153	35	9	20	35	1.85
324527--325024	264	1.9	264	86	2	723	32	12	25	29	1.93
327372--327438	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
327393--327418	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
327458--327512	19	2.9	19	97	0	101	40	14	10	34	1.81
327575--327614	21	1.9	21	100	0	80	40	17	10	32	1.83
328371--328889	55	9.3	55	84	10	526	23	21	27	26	1.99

Tables:   1   2   3