genome.fa.s1904.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1904
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  385494

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 208 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1427--1471	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
3254--3284	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
5367--5405	13	3.0	13	100	0	78	30	15	15	38	1.88
7960--7985	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
11020--11062	4	10.5	4	80	5	50	83	16	0	0	0.64
11008--11063	21	2.7	21	91	5	87	83	14	1	0	0.72
11008--11075	29	2.4	27	81	13	84	82	13	4	0	0.82
12507--12639	28	4.7	28	79	5	160	32	28	18	21	1.96
12507--12638	57	2.3	56	84	2	183	32	28	18	21	1.96
12654--12875	27	7.2	27	72	21	120	19	31	13	35	1.90
12682--12911	35	7.0	34	75	13	160	18	32	12	36	1.88
12627--12926	68	4.7	66	75	13	250	20	32	13	34	1.90
12726--12910	94	2.0	95	84	3	248	17	33	12	35	1.88
12649--12911	130	2.0	129	86	3	368	18	32	12	36	1.88
12925--13023	29	3.4	30	77	19	95	33	27	19	20	1.96
12917--13011	29	3.3	30	75	18	103	35	29	15	18	1.93
13033--13530	49	10.5	49	72	12	333	24	25	18	31	1.98
13087--13241	39	3.7	39	78	14	166	26	27	18	27	1.98
13038--13296	87	3.0	86	88	3	367	26	26	18	28	1.98
13213--13530	101	3.2	99	84	6	399	22	26	19	32	1.97
16565--16621	20	2.8	21	86	5	73	31	12	14	42	1.82
19325--19349	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19214--19507	137	2.1	135	89	3	453	35	15	17	31	1.91
19462--19486	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
19442--19509	33	2.1	33	89	8	104	36	16	14	32	1.89
20162--20191	15	1.9	16	93	6	53	13	10	16	60	1.59
20991--21046	19	2.9	18	84	10	58	19	33	0	46	1.50
20919--21115	92	2.2	90	89	1	295	26	25	2	46	1.64
27388--27514	52	2.4	52	92	0	209	29	17	17	36	1.93
27582--27646	19	3.7	19	73	23	70	40	16	12	30	1.86
27574--27640	32	2.1	32	91	0	107	37	16	11	34	1.85
30044--30080	13	2.8	13	95	0	65	32	16	18	32	1.93
31392--38777	673	11.0	672	95	0	13352	33	19	12	35	1.89
46183--56404	474	21.7	474	80	5	11012	31	18	14	36	1.90
56590--58101	469	3.2	467	80	6	1638	35	12	18	33	1.89
57874--57901	14	2.0	14	100	0	56	42	28	7	21	1.79
57312--58938	818	2.0	813	90	3	2528	35	13	18	32	1.89
58141--66607	475	17.8	474	82	3	9427	35	13	18	32	1.90
58137--66605	951	8.9	949	83	3	9597	35	13	18	32	1.90
58399--65694	159	46.0	156	64	11	1230	35	13	18	32	1.90
66918--67033	52	2.2	52	93	0	205	33	15	16	34	1.90
67063--67131	33	2.1	33	86	5	95	30	13	20	36	1.90
67917--67942	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
67897--67961	33	2.0	33	87	6	96	27	13	16	41	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74478--74502	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
75715--75745	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
75698--75761	33	1.9	33	84	12	87	35	17	12	34	1.87
75810--75876	19	3.8	19	77	22	92	40	16	11	31	1.85
75830--75888	13	5.1	13	73	26	69	40	15	13	30	1.86
75811--75888	32	2.4	32	100	0	156	41	15	12	30	1.85
76767--94692	476	37.8	475	81	4	18712	36	14	18	31	1.91
95464--95489	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
95444--95508	33	2.0	33	90	6	105	27	15	16	40	1.89
95561--95615	20	2.8	20	88	5	76	29	16	16	38	1.90
96192--96216	12	2.1	12	100	0	50	40	8	8	44	1.63
98071--98109	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
104259--104317	20	3.0	19	87	7	82	25	11	20	42	1.86
112255--112333	20	3.7	20	75	15	77	29	15	13	41	1.85
112320--112356	13	2.8	13	95	0	65	29	16	16	37	1.90
112476--112522	21	2.3	21	79	20	55	31	23	4	40	1.74
114937--114962	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
114918--114980	33	1.9	33	87	6	92	41	15	14	28	1.87
116391--116536	52	2.8	52	87	4	213	29	17	17	35	1.93
116525--116549	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
117076--117245	52	3.2	52	80	5	162	37	13	23	25	1.92
117186--117312	67	1.9	68	85	1	175	39	11	23	25	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117373--117507	43	3.0	43	78	12	171	33	18	22	25	1.97
117316--117507	92	2.0	94	88	4	280	35	17	22	24	1.95
117325--117519	49	4.0	49	81	9	231	36	17	22	23	1.95
117528--117897	29	12.6	28	78	13	286	20	14	33	31	1.93
117528--117900	58	6.3	58	85	7	386	20	14	33	31	1.93
117528--117891	89	4.1	90	83	5	404	20	14	33	31	1.93
117539--117897	150	2.4	145	88	4	547	21	14	33	30	1.93
119333--119376	18	2.4	19	88	3	63	0	0	15	84	0.63
119332--119409	25	3.0	25	79	5	84	1	5	12	80	0.93
119333--119410	21	3.5	21	79	16	86	1	3	12	82	0.88
133254--133379	52	2.4	52	95	0	225	27	18	18	35	1.94
133257--133399	52	2.7	51	90	4	207	30	18	18	32	1.95
133409--133498	33	2.7	33	96	0	171	25	12	20	42	1.86
133586--144799	476	23.6	474	87	2	15463	35	13	17	32	1.90
133586--144799	950	11.8	951	86	2	15482	35	13	17	32	1.90
145517--157483	475	25.2	476	82	3	12935	31	18	13	36	1.90
157574--157995	49	8.9	48	81	10	478	26	23	17	32	1.96
157576--157946	92	4.0	92	88	6	513	26	23	17	32	1.96
157576--157985	141	2.9	141	87	5	571	25	23	17	32	1.96
157878--157945	21	3.2	21	65	19	59	26	25	17	30	1.97
157857--157924	22	3.1	22	62	19	52	25	23	19	32	1.97
157871--157936	22	3.0	22	62	33	52	27	22	19	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
157900--158053	52	2.9	53	80	6	177	24	23	14	37	1.93
157918--158335	232	1.8	232	86	6	614	23	24	14	37	1.92
158135--158268	54	2.5	51	75	9	135	25	23	14	36	1.93
158070--158269	110	1.9	108	80	10	230	25	25	14	35	1.93
158708--159157	49	9.7	47	83	9	545	26	24	17	32	1.97
158710--159157	92	4.9	92	91	3	667	25	24	17	32	1.97
158710--159161	141	3.3	139	85	8	611	26	23	17	32	1.97
159369--159393	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
159351--159414	32	2.0	33	96	3	121	35	12	17	34	1.87
159351--159412	19	3.5	19	73	26	73	35	12	17	33	1.88
159454--159599	52	2.8	50	86	6	202	35	19	17	28	1.94
162683--168269	476	11.8	474	82	4	6061	31	17	14	36	1.90
168048--168413	159	2.3	159	81	4	411	29	16	17	36	1.92
168144--169539	159	8.8	160	68	13	527	30	17	15	36	1.91
169364--174520	476	10.9	474	79	4	5419	31	19	13	36	1.90
169380--174520	953	5.4	951	91	1	7744	31	19	13	36	1.90
174520--176340	475	3.8	474	80	4	2003	30	19	13	36	1.90
173647--175394	872	2.0	875	91	1	2826	30	18	13	37	1.89
176347--178396	475	4.3	476	80	3	2230	31	18	14	36	1.90
176353--178396	951	2.2	951	87	1	2951	31	18	14	36	1.90
178289--179257	159	6.1	158	71	8	558	32	18	13	35	1.90
176353--178738	950	2.5	949	81	5	2277	31	18	13	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
177774--179666	635	3.0	634	87	2	2638	32	18	13	35	1.90
181150--181526	159	2.4	158	80	5	393	30	18	16	34	1.93
181205--181528	159	2.0	158	85	2	427	29	17	16	35	1.92
183280--183370	39	2.3	39	79	11	105	32	21	6	38	1.80
189045--189370	159	2.1	159	82	5	392	30	18	15	35	1.92
188104--189264	475	2.4	475	82	3	1438	31	18	14	35	1.90
189100--189447	159	2.2	158	83	2	430	31	17	14	37	1.89
188104--189423	475	2.8	471	78	7	1337	31	18	14	35	1.90
188666--189880	634	1.9	632	85	2	1666	32	18	13	35	1.89
190644--190975	159	2.1	159	85	3	449	30	18	16	35	1.92

Tables:   1   2