genome.fa.s1904.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1904
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  385494

Tables:   1   2   

This is table  2  of  2  ( 208 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
191404--191436	16	2.1	16	100	0	66	24	6	24	45	1.75
192243--192575	159	2.1	156	83	5	420	31	17	15	35	1.91
192424--193203	408	1.9	408	83	4	1009	30	18	14	37	1.90
192846--193932	474	2.3	470	80	4	1209	32	17	14	35	1.91
194322--195420	474	2.3	470	81	6	1266	32	17	14	35	1.90
195232--195555	159	2.0	160	80	8	367	31	17	15	35	1.91
195272--195587	159	2.0	158	85	4	422	30	17	16	35	1.92
195422--196203	407	1.9	408	84	3	1056	30	18	14	36	1.91
196726--197062	159	2.1	159	77	4	342	31	17	15	35	1.91
195821--196933	475	2.3	472	80	4	1245	32	17	13	36	1.89
196980--201245	475	9.0	472	80	6	4098	31	17	14	36	1.90
198401--201246	474	6.0	476	83	3	3306	30	18	14	36	1.91
200600--202536	648	3.0	641	83	4	2396	30	17	15	36	1.91
201897--203011	475	2.4	472	83	4	1398	30	18	15	36	1.91
202839--203186	174	2.0	174	85	2	466	31	20	13	34	1.92
204517--204570	20	2.7	20	88	5	74	33	18	14	33	1.92
204638--204665	13	2.2	13	100	0	56	42	14	14	28	1.84
205232--205290	31	1.9	31	100	0	118	37	16	10	35	1.83
205289--205330	22	1.9	22	95	0	75	21	30	4	42	1.73
213306--213368	33	1.9	33	83	6	83	31	17	14	36	1.90
213423--213449	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
213924--214264	174	2.0	174	85	0	466	29	19	15	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
217558--217686	52	2.5	52	94	0	222	29	17	17	35	1.93
217674--217699	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
217742--217839	19	5.8	18	71	28	90	36	17	12	33	1.87
217737--217837	32	3.1	32	97	1	184	35	17	11	34	1.87
217761--217817	13	3.9	13	76	24	60	33	17	14	35	1.90
218050--218504	229	2.0	229	86	1	635	30	18	13	36	1.90
218279--219447	469	2.5	473	84	4	1529	30	17	14	37	1.90
219222--219676	229	2.0	229	86	1	635	30	18	13	36	1.90
218753--220060	703	1.9	698	86	3	1878	30	17	13	37	1.89
219451--220611	469	2.5	473	84	4	1490	30	18	14	37	1.90
220394--220840	229	2.0	229	84	2	594	30	19	13	36	1.91
219925--221315	704	2.0	698	85	3	1877	30	18	14	37	1.90
220623--224217	475	7.5	475	80	7	3634	29	18	14	36	1.91
222123--222192	34	2.1	34	100	0	140	17	17	8	57	1.64
222123--222180	19	3.3	19	67	18	61	18	17	10	53	1.71
222123--222203	34	2.4	34	93	4	128	22	17	8	51	1.72
224188--227965	475	8.0	474	79	4	3812	30	18	14	36	1.91
223503--225158	792	2.1	789	79	5	1677	30	18	13	36	1.90
224187--228157	947	4.2	945	81	5	4331	30	18	14	36	1.91
228151--237497	475	19.7	474	82	4	10006	30	18	14	36	1.90
234165--234200	14	2.6	14	95	0	63	11	25	5	58	1.54
231391--237497	474	12.8	475	83	3	7028	30	18	14	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
235606--235640	13	2.6	14	90	4	54	11	22	5	60	1.52
237502--237549	20	2.4	20	96	0	87	20	22	27	29	1.99
236869--239145	818	2.8	820	80	5	2401	30	17	14	36	1.90
237714--239250	832	1.9	829	85	3	2153	30	18	14	37	1.90
238462--240062	473	3.4	474	82	5	1836	29	17	14	37	1.90
238462--240061	468	3.4	468	81	6	1802	29	17	15	37	1.90
239806--240317	264	1.9	264	85	6	707	30	17	15	36	1.91
240061--241269	475	2.5	475	84	3	1574	30	17	15	36	1.91
240828--249069	476	17.7	442	71	14	3471	30	18	14	36	1.90
241728--246301	476	9.6	475	83	3	5148	30	18	14	36	1.90
245900--246732	427	2.0	425	82	5	1045	31	17	14	36	1.89
246326--249069	474	5.8	474	81	3	3027	30	17	14	37	1.90
249801--249865	32	2.0	33	90	3	105	30	18	16	33	1.94
249898--249952	19	2.8	20	83	5	76	36	16	14	32	1.89
250487--250542	22	2.5	22	88	0	76	23	35	3	37	1.72
256345--256387	21	2.0	21	81	0	50	30	11	4	53	1.57
258325--258350	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
260184--268883	476	18.5	476	81	4	9390	30	18	14	36	1.90
269257--269308	19	2.7	20	87	6	79	42	15	13	28	1.85
275036--275067	13	2.5	13	100	0	64	34	15	15	34	1.90
275192--275234	20	2.2	19	84	16	52	30	20	4	44	1.72
276688--276713	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
276670--276733	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
277467--278567	476	2.3	473	82	4	1345	30	18	14	36	1.90
278564--284163	475	11.8	476	83	3	6410	30	18	14	36	1.91
278564--284163	947	5.9	948	83	3	6484	30	18	14	36	1.91
285672--285700	10	2.7	11	94	5	51	51	0	13	34	1.42
288348--289009	28	23.5	28	83	5	726	21	17	31	29	1.96
290232--290305	15	4.7	15	71	21	53	2	1	16	79	0.91
290231--290338	8	13.0	8	72	18	62	1	3	15	78	0.97
290273--290329	21	2.6	23	86	5	73	0	5	15	78	0.91
302752--302825	20	3.7	19	75	8	67	40	9	16	33	1.80
303428--305195	476	3.7	473	83	3	2145	31	18	14	34	1.91
305929--306319	198	2.0	196	83	3	498	29	16	15	38	1.89
306658--307699	159	6.6	159	67	13	420	30	16	15	36	1.90
306124--311626	476	11.5	473	81	6	5627	31	17	14	36	1.90
317100--317218	42	2.8	42	90	0	184	9	45	2	42	1.49
317133--317208	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
317124--317209	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
317116--317185	18	3.6	18	68	20	50	10	42	2	44	1.52
318933--385494	476	139.9	476	91	1	101558	28	18	15	37	1.92
318933--333370	159	91.1	157	63	15	1146	29	18	15	37	1.91
335618--344855	159	58.2	159	64	14	1898	29	18	15	36	1.92
348500--385311	159	232.1	156	64	18	4776	28	18	15	37	1.92

Tables:   1   2

The End!