genome.fa.s1927.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1927
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  302399

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 254 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
541--612	28	2.6	28	88	0	99	23	19	34	22	1.96
640--929	52	5.6	51	74	8	203	34	11	23	30	1.90
600--932	104	3.2	103	76	4	348	33	11	24	31	1.90
634--929	155	1.9	153	82	8	366	34	11	23	31	1.90
2733--2766	17	2.0	17	88	0	50	0	2	14	82	0.79
3298--3323	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
3277--3343	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
3385--3409	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
3366--3428	32	2.0	32	90	0	99	36	12	12	38	1.82
3466--3542	21	3.7	21	89	3	111	35	16	12	35	1.88
5196--5305	52	2.1	52	94	0	193	30	17	17	34	1.93
5206--5325	52	2.3	52	88	2	179	31	17	18	32	1.94
5314--5338	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
5377--5445	20	3.8	19	73	26	78	47	11	11	28	1.75
5379--5478	33	3.0	33	94	0	164	42	13	12	33	1.80
5401--5458	13	3.9	13	73	26	53	39	13	13	32	1.85
6348--6780	49	8.8	52	81	8	287	33	17	23	25	1.96
6416--6780	49	7.6	49	83	8	466	32	18	23	25	1.97
6415--6785	92	3.9	92	87	5	526	32	17	24	25	1.97
6773--6880	33	3.4	33	93	3	186	19	17	35	27	1.94
6844--7068	63	3.5	65	81	8	196	28	13	35	22	1.93
6879--7070	34	5.8	33	85	10	225	29	13	35	21	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6867--7106	63	3.7	65	81	9	226	28	13	35	22	1.92
6985--7130	31	4.7	31	88	5	188	26	17	31	25	1.97
8073--8120	12	4.2	11	80	17	53	0	10	4	85	0.73
8073--8109	19	1.9	19	89	10	58	0	10	2	86	0.67
8080--8121	16	2.5	17	88	3	59	0	9	7	83	0.81
15270--15400	52	2.5	52	92	0	217	30	15	19	35	1.92
15270--15420	52	2.9	51	87	3	205	31	15	19	33	1.93
15409--15433	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
15474--15540	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
15496--15520	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
16478--16983	49	10.6	49	82	8	589	31	18	24	25	1.97
16477--16983	92	5.3	92	86	4	672	31	18	24	25	1.97
16976--17083	33	3.4	33	93	3	186	19	17	35	27	1.94
16983--17177	66	3.0	66	80	14	183	23	14	35	25	1.93
17082--17239	32	4.8	33	82	9	146	29	13	33	23	1.93
17082--17299	31	6.8	32	84	4	158	28	14	32	24	1.95
18249--18289	16	2.6	16	88	7	57	0	9	7	82	0.83
18476--18735	133	1.9	135	81	6	314	31	11	12	44	1.78
18862--19206	157	2.2	157	83	3	437	25	16	19	38	1.92
20468--20982	44	11.7	44	74	8	363	19	22	17	40	1.91
20468--20982	88	5.9	87	78	6	409	19	22	17	40	1.91
20468--20879	219	1.9	219	81	7	496	19	22	17	41	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27682--27707	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
27861--27902	15	2.6	17	77	11	52	73	2	0	23	0.94
27862--27914	21	2.5	20	79	8	61	71	1	1	24	1.06
28590--28657	16	4.2	16	86	0	91	14	8	22	54	1.67
28672--28702	16	1.9	16	93	0	53	6	9	32	51	1.60
29583--29612	16	1.9	15	93	6	51	30	16	0	53	1.44
30713--30738	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
30693--30756	32	2.0	33	90	3	103	28	14	18	39	1.90
30693--30763	19	4.0	18	72	25	62	26	12	21	39	1.89
33289--33314	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
37226--37270	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
37353--37502	74	2.0	74	100	0	300	28	14	12	45	1.80
39564--39589	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
39544--39607	32	2.0	33	90	3	103	28	14	18	39	1.90
39544--39614	19	4.0	18	72	25	62	26	12	21	39	1.89
40389--41688	651	2.0	650	98	0	2519	34	15	15	35	1.89
42841--43285	166	2.7	164	80	6	461	30	12	7	48	1.69
43178--43399	111	2.0	110	98	0	426	28	13	6	50	1.67
45113--45159	5	9.4	5	97	0	85	2	0	36	61	1.08
47793--47885	29	3.2	29	79	8	91	39	2	3	54	1.28
47859--47896	19	2.0	20	89	5	60	34	5	0	60	1.19
48935--48967	16	2.2	16	89	10	52	30	0	0	69	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48942--48981	19	2.0	20	90	9	64	27	0	0	72	0.85
52826--53625	32	25.0	32	76	6	521	22	25	22	30	1.99
52958--53358	214	1.9	216	85	2	565	22	25	21	29	1.99
53033--53249	118	1.8	118	81	4	265	23	28	21	27	1.99
53680--53770	35	2.6	35	82	1	112	32	25	13	28	1.93
57182--57240	19	3.1	19	80	11	75	35	16	15	32	1.90
57794--57956	78	2.1	76	86	4	220	29	20	11	38	1.87
77826--77866	18	2.3	18	86	0	55	87	4	2	4	0.72
79466--79563	32	3.0	32	82	8	119	31	32	15	20	1.93
79466--79563	33	3.0	33	85	5	130	31	32	15	20	1.93
79631--80069	52	8.8	52	79	7	399	25	25	15	33	1.95
79728--79818	43	2.1	43	83	0	110	26	21	16	35	1.95
79629--80179	104	5.5	102	78	6	370	25	24	15	34	1.95
80834--80967	50	2.7	50	86	1	178	29	11	13	44	1.79
82287--82376	44	2.0	44	95	0	162	16	24	21	37	1.93
82666--82705	21	1.9	21	85	10	55	27	17	0	55	1.43
86679--86732	24	2.2	24	83	0	63	18	27	11	42	1.84
86688--86735	24	2.0	24	95	0	87	14	25	10	50	1.74
89661--89725	32	2.0	32	84	3	85	40	13	16	29	1.88
90496--90539	20	2.1	21	87	8	63	40	22	9	27	1.84
93392--93779	52	7.4	52	71	13	242	32	12	25	30	1.92
93598--93672	27	2.7	28	89	2	107	21	20	34	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93656--93778	51	2.4	51	86	6	158	33	11	21	34	1.89
96142--96167	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
96121--96187	33	2.0	33	85	0	89	44	16	13	25	1.84
96207--96274	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
96229--96253	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
96210--96272	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
97101--98058	55	17.0	55	82	11	1049	22	19	30	27	1.98
97227--97364	26	5.1	26	65	14	82	18	18	29	34	1.94
97150--97352	28	7.3	29	63	22	96	21	18	29	30	1.97
97369--97452	26	3.0	29	70	16	95	19	19	32	29	1.96
97099--98053	115	8.5	115	89	5	1284	21	20	30	27	1.98
99019--99083	1	65.0	1	78	0	67	0	6	4	89	0.60
99019--99083	24	2.8	23	84	11	87	0	6	4	89	0.60
99025--99080	20	2.9	19	86	5	85	0	5	5	89	0.60
107037--107090	27	2.0	27	100	0	108	29	14	14	40	1.86
107147--107213	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
107167--107191	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
107254--107278	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
107267--107414	52	2.9	53	84	5	178	33	16	16	33	1.92
107287--107414	52	2.5	52	91	3	197	34	16	17	32	1.92
115305--115381	28	2.8	28	84	7	86	23	18	33	24	1.96
115364--115539	52	3.4	52	82	7	221	31	11	26	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115458--115586	52	2.5	52	86	6	156	33	13	25	27	1.93
115570--115644	27	2.7	28	89	2	107	21	20	34	24	1.96
118123--118148	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
118102--118168	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
118188--118255	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
118210--118234	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
118191--118253	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
124017--124085	32	2.1	33	94	2	122	36	17	11	34	1.86
124041--124065	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
124825--124871	23	2.0	23	100	0	94	42	0	0	57	0.98

Tables:   1   2   3