genome.fa.s1927.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1927
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  302399

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 254 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131315--131364	19	2.7	19	75	9	50	50	0	2	48	1.12
132055--132105	5	10.4	5	91	6	70	39	0	0	60	0.97
132044--132092	5	8.7	6	90	6	52	40	0	0	59	0.98
132134--132173	6	6.5	6	85	5	53	32	0	0	67	0.91
132126--132165	19	2.2	19	86	8	57	37	0	0	62	0.95
132134--132173	19	2.2	18	90	4	62	32	0	0	67	0.91
132134--132172	13	3.1	13	85	3	53	30	0	0	69	0.89
133737--133923	92	2.0	92	93	0	320	40	17	17	25	1.90
134068--134097	9	3.3	9	100	0	60	40	0	0	60	0.97
136491--136545	19	2.8	19	88	2	83	30	16	12	40	1.86
136578--136627	20	2.5	20	90	6	75	36	14	20	30	1.91
137463--137545	14	5.9	14	71	10	53	46	1	4	46	1.31
138659--138710	5	9.8	5	79	8	50	1	17	5	75	1.10
139305--139337	11	2.8	12	90	4	50	39	0	3	57	1.14
139332--139367	19	1.9	18	88	5	54	38	0	0	61	0.96
139641--139737	32	3.4	28	78	15	83	56	0	1	42	1.06
139650--139751	32	3.3	31	73	17	81	52	0	0	45	1.13
140077--140126	18	2.8	18	75	3	57	68	0	0	32	0.90
140078--140149	31	2.4	30	81	9	83	59	0	1	38	1.06
147338--147404	33	2.0	33	91	0	107	37	23	11	26	1.90
149000--149180	92	2.0	89	95	3	326	41	16	9	31	1.81
151025--151127	48	2.2	47	82	6	136	59	3	2	33	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
151037--151134	48	2.0	48	92	0	160	58	3	2	36	1.25
151109--151187	32	2.3	35	75	16	85	56	3	3	35	1.35
151253--151503	52	4.9	52	74	10	221	34	13	19	32	1.91
152258--152472	58	3.7	58	78	11	208	25	9	16	48	1.76
156393--156729	88	3.8	88	75	5	306	34	16	9	39	1.82
156398--156743	44	7.9	43	74	8	252	33	17	9	39	1.82
159496--159791	148	2.0	148	87	2	425	42	7	9	40	1.67
163706--163740	18	1.9	18	94	0	61	22	8	22	45	1.79
163707--163758	18	2.9	18	80	5	52	26	11	13	48	1.77
166335--166406	28	2.6	28	90	0	108	30	9	34	25	1.88
167625--167692	33	2.1	32	89	8	102	33	16	14	35	1.89
167761--167785	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
167744--167806	33	1.9	32	87	3	90	30	15	20	33	1.94
168368--168503	43	3.3	43	72	14	151	25	29	5	40	1.77
168412--168530	36	3.1	36	69	19	114	28	26	4	40	1.75
168369--168530	79	2.1	79	98	0	315	27	27	4	40	1.77
170322--170359	13	2.9	13	84	7	51	36	13	15	34	1.87
173800--174301	79	6.3	79	87	1	691	32	14	25	27	1.94
175710--175761	21	2.5	21	96	0	95	19	28	5	46	1.73
175731--175964	35	6.7	35	94	0	414	19	30	5	44	1.75
176427--176530	42	2.5	41	83	10	131	45	11	26	16	1.81
176423--176638	119	1.8	117	80	11	262	41	14	23	20	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
176423--176646	120	1.9	117	80	11	260	42	13	23	19	1.87
176664--176806	61	2.3	60	86	4	198	27	20	25	26	1.99
176811--177082	55	4.6	60	79	12	314	26	18	29	25	1.98
190461--191523	79	13.4	79	88	1	1468	32	14	25	27	1.94
192924--192956	14	2.4	14	100	0	66	21	42	9	27	1.83
192947--193047	21	5.5	21	63	29	77	19	32	5	41	1.76
192933--193108	35	5.0	35	95	0	316	19	32	6	40	1.78
196934--196959	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
196912--196979	33	2.1	32	89	8	102	33	16	14	35	1.89
199561--199586	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
199543--199606	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
211689--211764	38	2.0	37	89	2	116	63	1	0	35	1.03
211712--211764	17	2.8	19	77	13	65	62	0	0	37	0.96
211682--211765	19	4.4	18	72	17	64	64	1	0	34	1.02
211676--211775	11	7.9	12	69	23	55	63	1	0	36	1.02
211706--211775	28	2.5	28	82	11	81	62	0	0	37	0.95
212262--212290	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
212538--212601	20	3.0	21	81	6	76	59	0	0	40	0.97
218330--218354	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
218312--218375	33	2.0	33	90	3	103	37	15	15	31	1.89
221241--221294	23	2.3	23	81	12	58	53	25	1	18	1.54
225103--225223	52	2.3	52	94	2	208	28	19	19	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
225103--225243	52	2.7	53	85	6	182	29	18	19	32	1.96
225232--225256	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
225320--225344	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
225302--225364	33	1.9	33	86	0	90	41	14	11	33	1.81
229256--229764	49	10.2	49	85	1	554	24	25	17	32	1.97
229274--229814	98	5.4	98	85	2	618	24	25	17	32	1.96
229274--229770	195	2.5	196	84	2	647	24	24	17	33	1.96
230639--230679	13	3.1	13	82	3	55	34	14	17	34	1.90
230727--230754	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
230707--230772	33	2.0	33	88	5	98	30	13	13	42	1.83
234534--234577	19	2.2	20	81	14	56	20	11	0	68	1.20
235284--236174	28	30.6	28	74	8	422	23	17	28	30	1.97
235265--236174	57	15.6	56	73	10	459	23	17	28	30	1.97
235284--236174	85	10.2	85	76	8	609	23	17	28	30	1.97
235284--236182	120	7.7	118	73	13	478	23	17	28	30	1.97
236380--236442	28	2.3	27	77	2	72	26	19	25	28	1.98
236472--236544	13	5.5	13	74	8	58	32	17	15	34	1.91
236508--236550	14	3.1	14	83	3	52	34	16	11	37	1.85
236770--236827	28	2.1	28	87	6	82	27	24	13	34	1.93
237745--237795	26	1.9	26	88	4	75	5	1	11	80	0.97
250171--250659	155	3.2	154	76	8	474	40	19	13	26	1.88
250120--250671	155	3.6	153	74	9	415	41	18	13	26	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
253854--253923	35	2.0	35	91	0	113	24	10	22	42	1.84
253996--254067	35	2.1	35	89	5	110	29	18	15	37	1.91
254463--254600	46	3.3	41	76	12	127	37	6	6	49	1.55
254504--254600	40	2.4	41	82	3	106	38	5	7	49	1.53
255251--255507	78	3.3	78	83	5	274	26	10	21	40	1.86
255398--255625	119	1.9	119	85	1	314	28	8	20	42	1.81
255975--256180	109	1.9	109	96	0	385	31	14	16	37	1.89
256979--257004	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
257094--257149	21	2.6	22	94	5	105	37	10	25	26	1.88
257137--257167	10	3.1	10	90	0	53	41	6	29	22	1.78
257191--257327	53	2.6	53	92	1	229	27	17	17	37	1.92
257407--257447	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
260558--260591	14	2.4	14	90	0	59	38	17	23	20	1.93
263836--264082	97	2.5	96	86	3	316	27	28	13	30	1.94
264814--264838	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
264905--264929	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
264938--265062	52	2.4	52	95	0	223	36	18	17	28	1.94
278503--278577	37	2.0	36	80	14	82	72	9	12	6	1.29
278489--278589	45	2.2	46	83	13	122	70	10	10	7	1.34
279854--280126	27	10.0	27	88	3	377	22	31	15	30	1.94
279854--280125	109	2.5	109	89	1	402	22	31	15	30	1.95
279854--280192	55	6.2	55	82	6	375	23	31	14	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
279835--280743	28	31.9	28	80	8	631	27	29	16	26	1.97
279854--280167	82	3.8	82	83	5	375	23	32	14	28	1.95
279858--280192	27	12.2	28	78	8	170	23	31	14	29	1.94
279849--280741	115	7.9	112	79	9	555	27	29	16	26	1.97
280088--280746	143	4.6	142	81	6	702	28	28	16	25	1.97
283398--283637	97	2.5	97	86	2	329	29	27	12	30	1.93
283595--283645	27	1.9	26	92	4	84	25	35	13	25	1.93
289045--289092	15	3.2	15	75	0	60	16	0	41	41	1.48
293752--293833	28	2.9	28	82	7	96	28	17	30	24	1.97
293816--293986	51	3.3	50	75	7	171	33	11	25	29	1.91

Tables:   1   2   3