genome.fa.s1928.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1928
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  404355

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 349 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2831--2868	20	1.9	20	84	10	51	34	10	23	31	1.89
3639--3948	148	2.1	148	82	3	365	23	17	19	40	1.91
8966--9075	50	2.2	50	85	3	141	48	8	14	29	1.73
10849--10879	14	2.2	14	100	0	62	32	22	6	38	1.80
13317--13882	27	20.6	28	82	4	600	24	30	13	31	1.94
13324--13882	82	6.8	82	82	4	628	24	30	13	31	1.94
13832--14254	28	14.4	28	77	10	321	28	31	17	23	1.97
13901--14295	28	13.1	32	74	9	189	29	31	16	22	1.96
13975--14253	90	3.2	90	83	6	324	27	31	17	22	1.97
13873--14182	118	2.6	114	84	5	361	30	31	17	20	1.96
13873--14254	60	6.5	56	78	10	309	29	32	17	21	1.96
14323--14435	48	2.4	47	83	7	140	20	25	19	34	1.96
15119--15212	20	4.7	20	78	2	91	30	13	14	40	1.86
15119--15215	40	2.4	40	89	0	149	29	14	14	41	1.85
21567--21647	37	2.2	37	90	0	126	29	22	8	39	1.84
22398--22688	75	3.9	75	80	7	308	28	16	10	45	1.80
22721--22876	76	2.1	76	82	0	186	26	17	11	44	1.83
23519--23666	44	3.4	43	83	5	181	21	22	16	39	1.92
23519--23726	44	4.7	43	79	11	129	20	21	17	40	1.91
23519--23705	88	2.1	87	81	8	211	20	21	17	40	1.92
23790--24218	81	5.3	80	80	3	398	19	23	13	43	1.87
23924--24213	40	7.2	40	68	6	136	19	20	14	45	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23789--24218	162	2.7	162	78	3	499	19	23	13	43	1.87
24753--24811	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
25092--25117	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
25072--25135	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
25165--25218	20	2.7	20	85	0	72	31	18	12	37	1.89
25868--25893	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
25850--25913	32	2.0	33	90	3	103	39	18	14	28	1.90
31142--31180	13	3.0	13	92	0	69	30	15	17	35	1.91
31192--31506	158	2.0	158	98	0	612	35	20	14	30	1.92
37271--37315	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
39178--39236	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
39495--39565	19	4.0	18	72	25	53	26	12	18	42	1.86
49705--49768	31	2.1	31	82	5	76	17	15	6	60	1.54
50090--50538	166	2.7	165	78	9	407	49	10	10	30	1.70
52553--52605	13	4.5	13	71	26	55	35	16	13	33	1.88
52553--52621	33	2.1	33	89	5	104	36	18	13	31	1.89
52671--52697	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
55266--55310	20	2.2	20	96	0	81	26	13	13	46	1.80
58601--58627	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
58611--58666	19	2.9	19	83	2	76	33	17	14	33	1.90
58696--58750	20	2.7	21	86	11	78	34	12	20	32	1.90
60324--60354	3	10.3	3	92	0	53	32	3	35	29	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67355--67428	20	3.8	19	84	8	87	29	16	17	36	1.92
67477--67525	13	4.2	13	70	24	54	32	12	16	38	1.86
67456--67525	33	2.1	34	86	7	99	32	12	18	35	1.89
73425--73599	78	2.2	78	84	2	226	22	24	11	41	1.86
73929--74202	62	4.4	62	80	7	247	29	29	24	17	1.97
73929--74202	31	8.8	31	73	4	185	29	29	24	17	1.97
82048--82296	131	1.9	130	85	4	349	25	18	8	47	1.77
85010--85112	44	2.3	44	89	0	152	33	21	9	35	1.86
85436--85489	19	2.8	20	82	2	65	31	14	14	38	1.87
85439--85489	20	2.6	19	81	3	57	33	15	13	37	1.87
93190--93256	33	2.0	33	88	0	98	23	26	17	31	1.97
94178--94202	13	1.9	13	100	0	50	24	20	16	40	1.91
94191--94244	19	2.8	19	85	2	72	31	20	14	33	1.93
96089--96406	92	3.5	92	81	4	354	31	24	12	32	1.92
96583--96748	35	4.7	35	80	0	170	24	22	11	42	1.86
96739--97442	44	16.0	44	72	8	434	21	24	15	39	1.91
96739--97451	132	5.4	131	80	3	680	21	23	15	39	1.91
98810--99288	165	2.9	162	80	7	439	30	12	7	49	1.68
98967--99395	167	2.6	165	82	4	524	30	11	7	49	1.67
99510--99551	19	2.2	19	86	4	57	26	2	9	61	1.39
100053--100085	10	3.4	10	87	8	50	78	0	21	0	0.75
103884--103939	19	2.9	19	83	2	76	35	14	17	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104829--104983	48	3.2	46	80	5	148	34	14	14	36	1.86
106106--106592	79	6.1	81	80	5	469	36	9	23	30	1.87
108570--108613	22	2.0	22	82	8	54	50	34	0	15	1.45
110818--110875	21	2.8	21	81	0	71	43	10	10	36	1.73
112883--112935	19	2.7	20	91	2	81	24	18	18	37	1.94
112981--113150	72	2.5	66	87	9	231	36	13	15	34	1.87
115073--115131	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
115412--115437	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
115392--115455	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
118005--118042	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
123893--123951	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
124232--124257	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
124212--124275	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
125221--125270	13	4.0	12	84	7	64	76	0	24	0	0.80
125221--125270	12	4.2	12	89	7	75	76	0	24	0	0.80
126957--127166	97	2.2	97	94	0	366	28	30	13	28	1.94
128336--128367	16	1.9	17	93	6	57	0	15	3	81	0.82
133698--134242	49	11.5	49	80	9	526	31	18	24	24	1.97
133996--134207	39	4.9	39	71	15	127	31	19	23	25	1.98
133948--134119	87	2.0	87	94	0	299	29	20	24	25	1.99
133899--134259	136	2.7	135	89	1	533	31	19	24	24	1.98
133698--134258	184	3.0	187	80	9	489	32	18	24	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
134255--134798	34	16.8	32	75	14	386	36	12	29	20	1.90
134282--134799	67	8.0	68	77	11	331	37	12	29	20	1.90
134549--134798	61	4.0	61	82	10	267	37	14	28	20	1.91
134342--134784	94	4.6	94	76	12	365	37	13	28	20	1.90
134550--134735	61	3.1	61	87	3	277	36	13	29	20	1.91
134649--134702	27	2.0	27	88	0	81	24	14	37	24	1.93
134675--135060	34	11.9	34	76	12	208	36	14	27	22	1.93
134703--135115	127	3.2	127	82	7	376	35	14	26	23	1.94
134677--135127	33	14.0	33	77	11	359	35	14	27	22	1.93
134772--135127	62	5.7	63	80	8	334	34	14	27	22	1.94
134806--135114	95	3.2	94	87	5	381	33	15	26	23	1.95
134736--135127	32	12.3	32	78	10	362	35	14	27	22	1.93
136357--136455	49	2.0	49	82	0	117	2	10	13	74	1.15
136390--136455	24	2.7	24	81	9	80	0	6	12	81	0.85
136417--136469	25	2.2	23	83	6	61	3	9	11	75	1.16
143580--143633	21	2.7	19	69	8	54	31	14	12	40	1.84
144735--144856	62	2.0	62	95	0	217	22	30	14	31	1.94
145537--145576	21	1.9	21	100	0	80	45	10	10	35	1.71
148465--148640	76	2.3	76	96	1	318	28	15	23	32	1.95
148606--148663	19	3.1	18	85	11	80	32	17	17	32	1.93
149212--149249	18	2.1	18	95	0	67	31	7	10	50	1.66
151345--151386	20	2.1	20	86	8	59	59	19	0	21	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
156505--156949	224	2.0	224	89	2	689	34	15	19	30	1.93
157485--157515	13	2.4	13	94	0	53	38	9	16	35	1.81
157560--157615	19	2.9	19	86	2	76	35	19	16	28	1.93
157600--157628	13	2.2	13	100	0	58	37	13	17	31	1.89
157581--157645	32	2.0	33	88	8	98	40	16	15	27	1.89
160120--160145	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
165094--165162	33	2.1	33	89	5	104	36	17	13	33	1.88
165317--165368	20	2.6	20	100	0	104	38	19	11	30	1.87
166150--166205	19	2.8	20	84	12	80	35	16	14	33	1.88
166175--166236	33	1.9	32	86	3	88	43	16	11	29	1.82

Tables:   1   2   3