genome.fa.s1928.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1928
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  404355

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 349 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
168349--168405	19	2.9	20	76	10	64	33	21	8	36	1.84
171783--171850	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
171785--171847	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
171804--171828	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
171890--171915	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
171872--171936	33	2.0	33	87	0	94	26	15	15	43	1.86
174402--174474	27	2.7	27	87	6	94	23	34	21	20	1.97
174457--174627	51	3.3	51	81	4	207	29	26	11	32	1.91
174610--174691	28	2.9	28	82	7	96	24	31	17	26	1.97
175775--175853	34	2.4	33	83	8	99	36	12	16	34	1.87
177436--177469	3	11.3	3	93	0	59	29	0	38	32	1.58
178061--178111	21	2.4	21	74	6	50	58	5	11	23	1.55
184541--184589	13	4.2	13	70	24	54	32	12	20	34	1.90
184520--184589	34	2.1	33	92	7	115	32	12	21	32	1.91
186488--186558	20	3.6	20	94	1	117	38	15	14	32	1.87
193887--193962	11	6.9	11	74	12	50	82	7	9	0	0.83
193887--193959	24	2.9	24	82	12	76	83	8	8	0	0.81
193887--193961	29	2.6	28	83	8	80	84	8	8	0	0.79
194917--195120	62	3.4	61	85	7	271	25	26	20	26	1.99
194953--195120	55	2.9	57	83	11	225	26	26	20	25	1.99
194951--195560	211	2.8	216	83	8	780	25	28	21	25	1.99
195143--195620	55	8.5	55	83	9	570	25	28	22	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
195143--195670	165	3.1	168	85	7	647	25	27	21	24	1.99
195143--195687	55	9.5	60	81	11	424	25	27	21	25	1.99
196538--196592	21	2.7	21	77	5	60	36	10	12	40	1.79
199089--199162	28	2.6	28	87	4	96	24	31	18	25	1.98
199148--199368	51	4.3	51	82	5	230	30	26	11	30	1.92
199379--199583	79	2.6	79	80	3	216	26	28	15	29	1.96
206433--206462	13	2.3	13	94	0	51	36	16	13	33	1.88
206418--206482	33	2.0	32	88	11	96	35	13	18	32	1.90
211396--211465	19	3.6	19	76	18	65	58	0	22	18	1.39
211403--211453	18	2.6	19	81	12	59	56	0	19	23	1.42
212054--212078	7	3.6	7	100	0	50	28	0	0	72	0.86
212084--212109	7	3.7	7	100	0	52	26	0	0	73	0.84
214891--215160	125	2.2	124	80	7	298	38	9	15	37	1.80
215640--215696	20	2.8	20	97	0	105	24	15	15	43	1.86
215658--215707	13	4.3	13	72	27	58	28	16	14	42	1.86
215723--215796	20	3.7	20	87	0	103	28	14	12	44	1.81
218110--218225	51	2.4	48	83	4	142	25	25	15	32	1.95
218160--218458	79	3.8	79	82	3	374	26	24	15	33	1.95
218160--218454	158	1.9	155	87	3	439	26	24	15	33	1.95
218394--218513	51	2.4	51	80	5	143	30	27	11	30	1.92
218499--218569	28	2.5	28	93	4	117	25	33	15	25	1.95
218553--218670	51	2.3	51	91	0	182	27	26	13	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
218316--218834	288	1.8	287	81	6	656	26	25	13	34	1.93
218525--218857	130	2.5	127	78	8	346	27	25	12	34	1.92
219460--219484	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
219440--219506	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
219548--219572	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
219581--219761	52	3.5	52	97	0	335	34	18	17	28	1.94
222752--223021	125	2.2	124	80	7	298	38	9	15	37	1.80
223501--223557	20	2.8	20	97	0	105	24	15	15	43	1.86
223519--223564	13	4.0	13	69	30	50	28	15	15	41	1.87
223584--223657	20	3.7	20	83	0	94	28	13	12	45	1.79
225970--226085	51	2.4	48	83	4	142	25	25	15	32	1.95
226020--226318	79	3.8	79	82	3	374	26	24	15	33	1.95
226020--226314	158	1.9	155	87	3	439	26	24	15	33	1.95
226254--226373	51	2.4	51	80	5	143	30	27	11	30	1.92
226359--226429	28	2.5	28	93	4	117	25	33	15	25	1.95
226413--226530	51	2.3	51	91	0	182	27	26	13	32	1.94
226176--226694	288	1.8	287	81	6	656	26	25	13	34	1.93
226385--226717	130	2.5	127	78	8	346	27	25	12	34	1.92
227319--227343	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
227299--227365	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
227407--227431	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
227440--227620	52	3.5	52	97	0	335	34	18	17	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
232073--232107	18	1.9	18	100	0	70	34	11	0	54	1.37
235252--235382	52	2.5	52	92	0	217	30	16	19	34	1.93
235252--235402	52	2.9	51	87	3	205	31	15	19	33	1.93
235391--235415	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
235456--235522	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
235478--235502	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
236239--236285	15	3.1	15	84	0	67	14	19	29	36	1.92
236485--236529	15	3.0	15	83	0	63	24	17	22	35	1.95
237564--237731	20	7.8	20	69	18	115	32	15	10	41	1.81
237564--237728	40	3.8	40	74	16	159	32	15	10	41	1.82
237557--237779	91	2.5	91	88	1	331	32	16	11	40	1.83
245261--245285	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
245241--245310	33	2.1	33	89	0	104	34	12	14	38	1.84
245385--245504	52	2.3	52	95	0	213	35	19	17	28	1.94
255334--255443	1	110.0	1	76	0	94	87	7	0	4	0.71
255336--255445	47	2.3	48	89	7	163	86	8	0	4	0.74
255335--255445	10	11.1	10	80	12	104	86	8	0	4	0.74
256669--257729	28	36.9	29	88	4	1426	28	30	18	23	1.97
256669--257729	57	18.5	57	88	4	1451	28	30	18	23	1.97
262609--262657	13	3.8	13	80	20	59	30	0	0	69	0.89
263172--263280	25	4.4	25	91	0	155	41	21	29	8	1.82
263442--263514	38	1.9	39	83	5	96	49	6	19	24	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
263645--263717	33	2.2	33	80	4	85	41	20	30	8	1.81
263690--263737	25	2.0	23	88	11	71	45	12	31	10	1.76
263712--263813	33	3.0	33	75	8	105	43	17	29	9	1.81
263805--264174	186	2.0	184	89	3	573	39	17	15	27	1.90
265374--266391	157	6.5	156	83	4	1090	23	17	20	38	1.93
265371--266391	470	2.2	466	83	5	1254	23	17	20	38	1.93
267596--267757	73	2.2	74	82	7	195	37	26	9	27	1.87
267866--268083	78	2.8	77	85	3	276	27	29	13	29	1.94
268191--268435	78	3.1	77	78	6	269	22	25	15	35	1.94
269778--269818	3	14.0	3	94	5	75	65	0	0	34	0.93
270030--270054	6	4.2	6	100	0	50	32	36	16	16	1.90
272571--272598	2	14.0	2	100	0	56	0	0	50	50	1.00
272621--272655	2	17.5	2	100	0	70	51	0	48	0	1.00
279632--279679	2	24.0	2	91	0	78	47	2	2	47	1.25
281382--281417	2	18.0	2	100	0	72	0	50	0	50	1.00
289383--289581	79	2.5	79	86	4	274	34	10	25	30	1.89
289515--289634	51	2.3	52	85	1	161	30	10	27	31	1.89
289479--289712	130	1.8	130	84	3	328	35	11	23	29	1.89
293720--294075	157	2.3	155	83	6	436	45	18	8	26	1.78
295172--295520	74	4.9	74	78	10	366	35	14	24	25	1.94
295559--295946	74	5.3	74	78	8	318	40	14	20	25	1.89
296578--296841	28	9.4	28	79	6	243	34	29	16	20	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
296572--296793	57	3.9	56	85	5	279	31	28	17	22	1.96
296569--296815	85	2.9	85	80	9	263	33	29	16	21	1.95
296792--296848	31	2.0	27	86	13	78	36	29	14	19	1.91
296874--297415	48	11.5	48	71	13	351	25	25	18	30	1.98
296920--297271	87	3.9	87	82	8	445	25	25	19	29	1.99
296869--297134	135	2.0	137	86	3	376	27	25	17	30	1.97
296874--297319	184	2.4	183	87	2	606	25	25	18	30	1.98
297048--297320	136	2.0	136	83	1	341	24	24	20	30	1.99
298152--298205	19	2.7	19	82	5	63	40	12	16	29	1.86
298234--298300	19	3.8	19	77	22	83	31	11	23	32	1.91

Tables:   1   2   3