genome.fa.s1963.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1963
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  463875

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
164790--165020	40	5.8	40	72	8	128	18	20	13	47	1.83
164982--165299	81	3.9	81	75	5	257	17	24	14	43	1.87
165064--165186	40	3.0	40	70	11	106	18	23	14	43	1.87
164970--165281	162	1.9	161	80	3	358	17	23	14	44	1.86
165190--165361	81	2.1	81	81	4	195	20	26	13	38	1.90
165586--165727	42	3.4	41	75	11	135	19	19	10	50	1.76
165541--165858	85	3.8	84	81	3	361	18	20	12	48	1.80
165495--165858	169	2.1	170	83	3	448	19	20	13	47	1.82
166800--166842	19	2.3	19	80	8	52	20	11	4	62	1.46
166750--167241	163	3.0	164	77	9	486	31	9	8	50	1.64
167766--167803	13	3.1	12	88	11	51	81	0	15	2	0.80
167762--167809	20	2.4	21	89	6	73	77	0	20	2	0.88
167998--168031	17	2.0	17	100	0	68	17	5	11	64	1.45
168619--168659	16	2.7	16	88	7	59	80	0	0	19	0.71
168619--168657	7	5.3	7	82	11	51	82	0	0	17	0.68
168620--168657	12	3.2	12	88	7	60	81	0	0	18	0.69
168672--169080	141	2.9	141	85	4	497	33	10	11	44	1.74
169386--169909	147	3.6	149	82	4	580	23	16	19	40	1.91
172482--172511	15	1.9	16	93	6	53	26	0	3	70	1.03
175105--175171	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
175125--175149	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
175212--175239	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
175245--175361	52	2.3	51	92	4	191	33	17	17	31	1.93
180294--180318	13	1.9	13	100	0	50	36	16	8	40	1.77
180274--180335	32	1.9	33	87	9	92	29	16	12	41	1.85
182534--182566	13	2.5	13	95	0	57	30	3	36	30	1.73
183078--183166	32	2.8	32	89	0	133	28	14	23	33	1.94
183276--183484	70	3.0	67	75	15	176	40	9	20	30	1.84
183320--183518	35	5.7	35	74	10	133	40	10	20	28	1.85
184564--184610	20	2.3	20	92	3	76	44	10	14	29	1.79
186987--187043	20	2.8	20	79	10	71	31	14	14	40	1.85
191292--191337	23	2.0	23	86	0	65	8	13	8	69	1.36
195051--195097	21	2.2	21	85	7	60	46	23	23	6	1.75
200294--200322	14	2.0	15	93	6	51	82	0	10	6	0.83
200296--200340	16	2.9	15	83	9	54	88	4	4	2	0.67
200296--200343	25	1.9	25	86	0	69	87	4	6	2	0.73
211331--211408	28	2.7	28	82	4	93	78	12	6	2	1.05
211334--211385	9	5.7	9	77	4	50	84	9	3	1	0.82
212629--213335	28	23.9	29	82	7	603	30	29	18	21	1.97
214169--214245	20	3.8	20	85	0	118	31	14	12	41	1.83
217878--218200	95	3.4	95	82	0	385	28	24	11	36	1.90
222899--223272	200	1.9	200	92	1	624	34	12	18	35	1.88
224641--224876	97	2.4	96	86	4	314	39	11	22	26	1.88
227134--227188	20	2.7	19	83	8	65	41	12	18	27	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
227267--227319	20	2.7	20	88	5	72	35	15	9	39	1.79
231369--231394	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
233915--233953	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
233939--234017	20	3.7	20	75	15	68	44	15	15	25	1.85
236031--236061	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
237865--237909	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
240123--240148	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
241682--241737	28	2.0	28	92	0	94	37	16	8	37	1.80
244109--244148	18	2.2	19	86	4	55	42	10	17	30	1.82
244393--244423	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
244468--244523	19	2.8	21	83	10	80	33	17	14	33	1.90
244509--244535	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
246990--247050	13	5.2	13	70	22	62	39	13	18	29	1.88
246992--247069	33	2.4	33	100	0	156	35	12	20	30	1.90
247005--247069	20	3.6	20	73	26	81	35	12	21	30	1.90
253192--253261	32	2.2	33	85	12	92	31	15	12	40	1.85
253224--253276	20	2.7	20	100	0	106	32	15	15	37	1.88
253326--253352	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
254540--254578	20	2.1	18	85	9	51	61	0	0	38	0.96
254561--254793	127	1.8	129	87	3	355	51	6	5	36	1.50
254760--254792	15	2.3	15	89	5	50	72	0	3	24	0.98
255169--255196	3	9.3	3	100	0	56	64	0	0	35	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
257831--258118	157	1.8	156	85	2	407	27	12	17	42	1.85
258072--258255	89	2.1	89	87	2	262	29	11	15	42	1.82
269808--269879	20	3.5	20	79	7	72	33	9	11	45	1.72
274732--274769	20	2.0	20	89	5	60	34	15	13	36	1.87
274822--274860	13	3.0	13	88	0	60	33	20	15	30	1.94
274870--274920	14	3.9	14	78	19	56	47	5	19	27	1.73
274855--274926	24	3.0	24	89	0	108	47	6	19	26	1.74
277896--277952	21	2.7	21	82	15	73	22	26	1	49	1.60
280107--280163	24	2.4	24	100	0	114	42	3	24	29	1.71
280093--280156	14	4.9	14	81	14	82	42	4	23	29	1.74
280078--280156	38	2.1	38	92	0	131	43	5	22	29	1.75
280121--280163	10	3.9	10	78	21	50	41	2	25	30	1.68
283704--283728	8	3.1	8	100	0	50	88	0	12	0	0.53
284943--285605	32	20.9	31	80	7	519	30	33	17	18	1.94
284943--285605	64	10.5	64	82	7	639	30	33	17	18	1.94
284942--285605	96	7.0	94	81	7	695	30	33	17	18	1.94
284943--285606	318	2.1	317	86	3	901	30	33	17	18	1.94
285741--286219	113	4.3	110	74	12	279	22	24	16	35	1.95
285952--286109	52	3.0	51	79	9	167	22	23	16	37	1.93
285768--286219	165	2.7	166	79	6	419	22	24	16	36	1.94
286869--286941	20	3.6	21	83	9	89	43	12	13	30	1.81
286966--287024	22	2.8	20	80	9	73	40	8	10	40	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
291010--291162	77	2.0	76	93	1	261	37	13	17	30	1.89
293496--293538	20	2.2	19	83	8	50	37	2	9	51	1.47
294382--294406	13	1.9	13	100	0	50	36	8	16	40	1.77
300066--300137	28	2.6	27	82	4	81	31	19	26	22	1.97
299987--300215	108	2.1	108	86	4	320	33	15	26	24	1.95
300092--300250	80	2.0	80	82	2	194	37	13	23	25	1.92
302506--302560	21	2.7	20	78	10	58	45	12	14	27	1.81
303541--303654	51	2.3	51	87	1	158	36	7	24	30	1.84
303590--304261	79	8.4	79	78	9	592	38	12	21	28	1.89
303587--304218	158	3.9	159	80	8	718	37	11	21	29	1.89
303590--304223	328	1.9	328	85	3	864	37	12	21	29	1.89
304903--304969	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
304923--304947	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
305010--305034	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
305043--305162	52	2.3	52	94	0	204	34	20	17	28	1.95
313331--313415	30	2.8	31	83	3	109	24	25	17	31	1.97
313379--313824	33	13.4	33	82	10	402	20	32	13	33	1.91
313386--313824	34	13.1	33	82	10	411	20	33	12	33	1.90
313365--313790	229	1.9	231	86	6	625	20	33	13	32	1.91
313828--314063	33	7.2	33	86	7	320	28	35	17	19	1.94
313826--314063	67	3.6	67	87	5	351	28	35	17	18	1.94
314063--314782	49	14.7	49	85	3	945	25	26	17	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
314063--314782	98	7.4	98	91	4	1125	25	26	17	30	1.97
315695--315761	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
315715--315739	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
315802--315826	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
315835--315954	52	2.3	52	92	0	195	35	20	16	28	1.94
316818--316843	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
316904--316976	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
316882--316976	41	2.3	42	96	1	174	29	17	12	40	1.87
319415--319453	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
319439--319517	20	3.7	20	75	18	70	45	15	13	25	1.83

Tables:   1   2   3   4