genome.fa.s1963.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1963
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  463875

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
865--916	19	2.6	21	81	6	63	42	13	11	32	1.80
977--1011	13	2.7	13	100	0	70	31	17	14	37	1.89
3367--3605	104	2.3	103	85	5	322	30	26	10	32	1.91
3589--3660	27	2.6	29	80	10	96	25	31	19	23	1.98
3367--3713	52	6.6	51	75	11	292	29	26	12	31	1.92
3613--3788	79	2.2	80	88	3	266	28	26	13	30	1.94
3726--3839	51	2.2	51	84	3	149	33	26	8	31	1.87
3823--3877	28	2.0	28	92	0	92	23	29	16	30	1.96
3828--3899	28	2.6	27	84	8	83	20	30	20	27	1.98
3488--3978	237	2.1	239	88	2	731	27	27	13	31	1.94
3790--3983	107	1.8	107	86	4	284	25	26	14	32	1.94
16279--16365	1	87.0	1	75	0	75	87	10	2	0	0.63
16279--16358	12	6.8	12	80	10	85	87	11	1	0	0.60
16279--16358	19	4.5	17	79	14	83	87	11	1	0	0.60
16280--16365	29	2.9	29	86	11	122	87	10	2	0	0.64
16280--16365	30	2.9	28	83	13	102	87	10	2	0	0.64
17337--17757	55	7.4	55	86	7	517	27	25	20	26	1.99
18620--18711	19	5.5	18	71	28	87	34	13	16	35	1.87
18636--18692	13	3.9	13	76	24	60	35	14	15	35	1.88
18615--18719	32	3.3	32	97	0	192	34	13	17	35	1.88
18736--18777	21	2.0	21	95	0	75	40	9	21	28	1.84
21155--21393	51	4.6	51	83	3	309	30	26	10	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21326--21548	80	2.8	80	86	3	308	29	25	13	32	1.93
21486--21599	51	2.2	51	85	0	156	33	27	9	29	1.89
21583--21637	28	2.0	28	92	0	92	23	29	16	30	1.96
21588--21659	28	2.6	27	84	8	83	20	30	20	27	1.98
21550--21743	107	1.8	107	87	4	293	25	27	14	32	1.95
23646--23685	19	2.2	19	90	4	64	35	0	5	60	1.19
27813--27863	20	2.5	20	87	6	68	39	11	17	31	1.86
28564--29161	87	6.3	97	81	10	510	30	18	26	24	1.98
28564--29168	49	12.7	50	75	14	469	30	18	26	24	1.98
28906--29170	48	5.7	48	81	8	332	29	19	26	25	1.98
28946--29023	39	2.0	39	89	0	120	24	20	25	29	1.99
28987--29168	97	1.9	97	96	0	337	30	19	25	24	1.98
29190--29316	30	4.3	29	85	6	159	17	15	32	34	1.91
29296--30091	34	25.7	30	81	11	411	32	14	31	21	1.93
29330--29831	27	16.7	27	76	16	349	31	13	33	21	1.92
29290--29776	61	8.1	58	73	20	317	32	13	33	20	1.92
29438--29615	86	2.1	86	89	2	268	33	14	31	20	1.92
29576--30101	61	8.2	66	81	11	334	34	13	30	20	1.92
43627--43741	20	5.8	20	86	6	162	28	16	13	41	1.86
43627--43741	40	2.9	40	96	2	205	28	16	13	41	1.86
43628--43741	60	1.9	60	90	3	185	28	16	13	41	1.86
46042--46163	51	2.4	52	82	5	142	27	26	13	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46094--46319	79	2.9	79	85	5	305	27	25	13	33	1.94
46253--46420	51	3.3	50	86	7	232	30	25	11	32	1.91
46173--46502	181	1.8	181	87	3	495	29	25	12	33	1.92
46354--46583	79	2.9	78	86	2	307	26	26	13	32	1.94
46042--46573	260	2.0	260	90	0	832	28	24	12	34	1.92
48929--48959	14	2.2	14	94	0	53	67	9	0	22	1.19
50376--50412	18	2.1	18	100	0	74	29	5	10	54	1.57
50739--50932	79	2.5	79	81	5	230	35	14	23	26	1.94
50872--50982	51	2.2	51	82	6	136	33	13	23	29	1.93
50915--51309	79	5.0	77	80	6	375	32	14	25	28	1.94
50915--51306	158	2.5	156	84	3	471	32	14	25	28	1.95
54289--54313	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
60531--60626	30	3.3	29	67	17	72	29	10	13	46	1.76
60516--60664	58	2.6	59	82	6	162	28	12	12	46	1.78
60748--61051	78	3.9	77	79	3	290	34	15	16	34	1.90
61012--61094	39	2.1	39	86	4	114	28	16	22	31	1.96
62054--62098	23	2.0	23	86	0	63	62	2	8	26	1.37
67107--67180	30	2.5	30	88	4	105	33	21	9	35	1.86
76443--76501	28	2.1	28	100	0	118	30	3	37	28	1.74
79702--79733	16	2.0	16	100	0	64	37	6	18	37	1.76
90089--90203	41	2.9	39	88	3	124	32	10	8	48	1.68
90105--90203	41	2.4	41	93	0	171	31	10	8	50	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91374--91409	11	3.3	11	88	0	54	75	0	22	2	0.94
96248--96278	16	1.9	16	93	0	53	25	29	6	38	1.81
96793--96839	25	2.0	24	84	12	62	21	19	23	36	1.95
101911--101956	15	2.9	15	81	12	56	36	21	10	30	1.88
102248--102302	27	2.0	27	92	0	92	30	20	0	49	1.49
106249--106298	16	3.2	16	80	5	66	18	16	18	48	1.82
106892--106935	19	2.4	18	85	7	54	31	6	2	59	1.36
109033--109090	10	6.1	10	78	11	59	81	0	17	1	0.78
109048--109086	8	4.9	8	84	9	53	87	0	10	2	0.65
109036--109086	24	2.2	24	86	6	70	84	0	13	1	0.71
109034--109083	20	2.5	20	87	9	66	82	0	16	2	0.77
112294--112743	152	2.9	149	79	10	422	50	7	10	31	1.65
112443--112743	165	1.8	165	83	5	399	49	8	10	31	1.67
112477--112796	165	1.9	167	80	7	366	51	8	9	30	1.64
114533--114758	112	2.0	112	100	0	452	38	11	18	30	1.87
117372--117396	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
121430--121548	26	4.4	26	70	18	100	46	0	2	50	1.20
121773--121828	13	4.0	14	77	13	62	67	1	0	30	1.01
121772--121833	28	2.1	30	80	19	78	64	1	0	33	1.03
128954--129053	20	5.7	20	65	29	84	34	16	18	32	1.92
128974--129036	13	5.3	13	69	21	57	34	12	17	34	1.88
128953--129050	33	3.0	33	100	0	196	33	15	18	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
129083--129134	19	2.7	20	84	3	70	38	17	15	28	1.90
129123--129147	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
129701--129745	23	2.0	23	87	8	67	42	17	4	35	1.70
129719--129829	31	3.9	30	71	22	103	36	21	8	33	1.83
129750--129798	22	2.2	22	85	3	62	38	22	4	34	1.73
129721--129831	53	2.1	53	94	3	197	37	21	8	32	1.83
135965--135995	3	10.3	3	92	0	53	29	35	0	35	1.58
137367--137396	13	2.3	13	94	0	51	36	10	16	36	1.82
137451--137499	19	2.5	20	80	9	66	36	16	14	32	1.89
137483--137507	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
137464--137528	33	2.0	32	88	8	96	36	16	15	30	1.90
138826--139140	79	4.0	79	84	5	404	27	24	13	33	1.93
138826--139129	157	1.9	158	90	3	488	28	23	13	34	1.93
138993--139268	130	2.1	130	96	0	516	28	25	13	31	1.94
139072--139191	51	2.4	51	91	2	188	30	26	13	30	1.94
139123--139486	79	4.6	79	85	4	457	29	23	12	35	1.91
138915--139347	209	2.1	208	87	3	620	28	24	13	33	1.93
143523--143553	16	1.9	16	93	0	53	35	9	0	54	1.33
148385--148474	13	7.0	13	73	26	77	40	15	14	30	1.87
148378--148474	32	3.0	32	95	3	169	40	15	14	29	1.87
148400--148463	19	3.7	18	76	23	75	40	15	14	29	1.86
150663--150745	19	4.6	18	67	18	64	25	3	7	63	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
150654--150762	54	2.0	54	100	0	218	25	5	5	63	1.38
154682--154739	23	2.5	23	81	10	73	53	5	3	37	1.40
155665--156168	164	3.1	162	80	6	532	31	8	9	49	1.67
156699--156741	10	4.3	10	80	11	52	79	0	20	0	0.74
157563--157601	7	5.3	7	88	11	60	84	0	0	15	0.62
157563--157603	16	2.7	16	92	7	68	82	0	0	17	0.66
157617--157989	140	2.7	140	82	4	457	36	10	9	42	1.74
158269--158827	155	3.7	148	79	7	554	24	16	18	40	1.91
162578--162615	13	2.9	14	80	11	53	84	0	13	2	0.73
162578--162636	25	2.3	26	80	16	70	77	1	15	5	1.01

Tables:   1   2   3   4