genome.fa.s1987.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1987
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  242289

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4429--4479	24	2.1	24	82	10	59	23	9	5	60	1.50
6860--6925	30	2.2	31	83	2	80	48	9	7	34	1.63
7768--7796	14	2.0	15	93	6	51	48	0	0	51	1.00
8730--8765	2	18.0	2	94	0	63	47	0	0	52	1.00
9162--9200	20	2.0	20	89	0	60	46	0	12	41	1.42
9588--9650	32	2.0	31	84	9	83	44	3	3	49	1.34
9604--9665	31	2.0	32	87	3	90	43	6	1	48	1.38
9949--10014	7	9.1	7	76	12	62	48	1	1	48	1.20
9949--10013	15	4.4	15	80	1	78	47	1	1	49	1.20
13054--13103	13	3.6	13	75	15	55	58	14	8	20	1.61
14202--14254	24	2.2	24	86	3	72	54	0	0	45	0.99
14260--14303	19	2.4	19	88	7	65	43	0	0	56	0.99
14246--14303	18	3.2	19	79	16	70	41	0	0	58	0.98
14274--14369	47	2.0	47	95	0	174	45	7	1	45	1.38
17627--17681	25	2.3	25	78	15	62	54	14	9	21	1.68
18027--18933	51	18.1	51	69	13	232	25	18	21	34	1.96
18033--18852	103	8.1	101	72	10	430	25	19	21	33	1.96
18532--18823	154	1.9	154	82	2	372	22	18	23	34	1.96
19973--20034	16	3.9	16	78	2	63	37	6	25	30	1.81
20038--20194	80	2.0	79	82	3	190	36	11	28	24	1.90
20157--20221	32	2.0	32	81	0	76	40	12	27	20	1.88
20164--20223	16	3.8	16	81	0	57	43	11	26	18	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20305--20334	10	3.0	10	95	0	51	40	16	23	20	1.91
21151--21180	13	2.3	13	94	0	51	36	16	10	36	1.82
21168--21220	20	2.7	20	84	0	61	35	11	20	32	1.88
25056--25120	32	2.0	32	90	0	103	26	21	12	40	1.88
25155--25208	20	2.7	20	88	0	81	35	11	12	40	1.79
28574--28638	33	2.0	33	87	0	94	24	15	18	41	1.89
31271--31295	13	1.9	13	100	0	50	24	16	20	40	1.91
31252--31314	33	1.9	32	87	3	90	26	15	15	41	1.88
35709--35735	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
35816--35868	20	2.6	21	78	3	63	30	16	13	39	1.87
35856--35880	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
35870--35924	20	2.8	19	88	5	74	27	12	16	43	1.84
37952--38008	19	2.9	19	84	2	78	31	15	15	36	1.90
38054--38105	13	4.5	13	73	26	62	32	13	17	36	1.89
38037--38105	33	2.1	32	89	10	104	30	14	18	36	1.91
44648--45051	164	2.5	162	79	8	399	30	11	8	49	1.68
45363--45418	25	2.2	25	81	9	60	71	0	26	1	0.96
50990--51088	15	5.7	20	64	30	73	37	18	9	35	1.82
51009--51101	13	8.2	12	69	23	58	36	18	9	35	1.84
50991--51103	33	3.4	33	100	0	226	36	17	9	36	1.83
50991--51121	33	4.0	32	95	4	201	35	18	9	35	1.84
51151--51206	19	2.9	19	89	2	76	35	14	17	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51649--51798	30	4.7	30	75	14	133	34	21	6	38	1.78
51708--51798	31	2.9	30	84	9	103	37	19	5	37	1.75
52747--52820	27	2.7	27	95	0	130	22	40	20	16	1.91
55147--55173	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
55390--56185	401	2.0	402	98	0	1540	39	14	15	30	1.87
65068--65098	15	2.1	15	93	0	53	35	16	12	35	1.87
65815--65873	30	2.0	30	86	6	84	25	20	11	42	1.86
66008--66196	44	4.4	41	65	23	122	21	19	14	44	1.85
65952--66227	130	2.1	130	99	0	543	20	21	14	43	1.87
66203--66502	133	2.3	132	82	5	372	21	24	14	40	1.90
66565--66696	44	3.0	44	80	5	149	22	28	13	34	1.92
66640--66808	75	2.3	75	87	2	232	24	25	13	37	1.91
67188--67424	83	2.8	83	75	6	235	20	25	11	42	1.85
68509--69037	165	3.2	164	81	7	599	31	10	8	50	1.66
74928--74968	20	2.0	20	90	0	64	39	21	12	26	1.89
74978--75002	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
74990--75042	20	2.6	21	82	8	65	37	15	16	30	1.90
75092--75117	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
75072--75139	33	2.1	33	88	2	102	35	17	14	32	1.91
77292--77329	14	2.7	14	92	8	60	63	2	13	21	1.42
78275--78320	24	1.9	25	91	8	78	45	21	8	23	1.80
78306--78378	27	2.7	27	89	2	101	46	19	8	26	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81118--81143	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
81182--81257	21	3.7	21	82	3	109	28	18	11	40	1.86
81202--81275	20	3.7	20	81	3	103	31	20	13	35	1.91
81182--81275	41	2.3	41	100	0	188	29	19	12	38	1.89
83726--83764	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
83750--83828	20	3.7	20	78	15	77	44	15	15	25	1.85
87677--87721	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
89935--89960	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
89999--90074	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
90019--90092	20	3.7	20	78	3	94	31	18	13	36	1.90
89999--90092	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
91163--91208	6	7.5	6	87	2	65	54	10	0	34	1.36
91309--91410	26	4.0	26	97	1	188	51	7	28	11	1.66
91682--91817	43	3.2	43	89	2	193	30	38	22	7	1.82
92767--93431	51	12.7	51	67	13	271	28	25	13	33	1.93
92764--93389	263	2.4	261	90	2	979	28	25	13	33	1.93
93257--93410	50	3.0	50	85	6	184	28	22	11	37	1.89
104918--104968	10	5.0	10	78	4	57	82	5	3	7	0.94
104918--104968	20	2.5	21	87	3	68	82	5	3	7	0.94
105933--106608	189	3.6	188	93	1	1149	25	31	18	25	1.98
105933--106608	283	2.4	281	94	1	1183	25	31	18	25	1.98
105933--106608	94	7.2	94	93	1	1149	25	31	18	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106653--106756	45	2.4	42	84	7	120	20	25	17	37	1.93
106653--106788	42	3.1	43	79	8	125	17	25	14	41	1.88
107338--107364	6	4.5	6	100	0	54	55	14	0	29	1.40
107474--107549	26	3.0	25	94	5	134	52	7	27	11	1.65
107848--107949	18	5.6	18	78	6	98	32	37	21	8	1.84
109036--110113	51	20.6	51	72	9	433	29	25	12	33	1.92
109074--109230	53	3.0	51	80	8	147	31	24	10	33	1.89
109245--109316	28	2.6	28	84	4	83	22	36	19	22	1.95
108871--109495	263	2.4	262	93	1	1051	29	25	12	32	1.92
109036--110123	314	3.5	314	93	1	1806	29	25	11	32	1.92
108871--110258	577	2.4	569	85	5	1787	29	26	12	32	1.92
109664--110259	264	2.3	263	89	2	867	28	26	13	32	1.94
110162--110366	79	2.6	79	81	1	241	23	30	17	28	1.97
112378--112429	27	2.0	26	88	3	77	15	30	3	50	1.62
115286--115315	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
119800--119825	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
120187--120236	21	2.3	22	83	10	68	38	0	0	62	0.96
120708--120803	5	20.0	5	71	19	62	56	0	2	41	1.11
123375--123405	15	2.0	16	93	6	55	58	0	0	41	0.98
123823--123884	30	2.1	30	82	11	74	61	6	0	32	1.21
124391--124443	24	2.2	24	83	3	63	64	1	3	30	1.22
124512--124547	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125415--125454	19	2.0	21	85	9	57	47	0	0	52	1.00
125787--126005	34	6.5	34	84	4	264	40	26	7	25	1.81
125787--126005	68	3.2	68	85	0	296	40	26	7	25	1.81
125785--126005	102	2.2	101	88	3	336	40	26	7	25	1.81
130078--130133	19	2.9	19	89	0	76	33	16	16	33	1.91
130440--130654	34	6.4	34	82	5	197	41	23	7	27	1.81
130440--130654	68	3.2	66	79	6	227	41	23	7	27	1.81
130440--130654	102	2.1	101	84	1	279	41	23	7	27	1.81
131701--131751	23	2.2	24	89	3	77	45	0	3	50	1.20
131712--131757	14	3.7	13	80	19	62	47	0	2	50	1.13

Tables:   1   2