genome.fa.s1989.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1989
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  39149

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40--138	42	2.4	42	79	6	103	40	15	24	20	1.90
207--417	61	3.5	60	81	4	230	31	20	25	22	1.98
721--1036	61	5.2	62	78	7	315	29	20	25	23	1.99
736--978	123	2.0	123	87	2	353	31	20	25	22	1.98
1419--1519	41	2.5	39	80	14	109	47	11	23	16	1.80
1767--1953	62	3.1	58	79	13	200	33	18	25	22	1.96
1777--1990	60	3.5	59	80	11	204	31	20	25	22	1.98
2296--2607	61	5.1	61	80	3	335	29	21	25	23	1.99
2997--3099	41	2.5	40	83	13	122	45	11	26	16	1.81
3102--3339	45	5.5	43	72	11	173	42	13	24	19	1.88
3350--3576	60	3.8	60	82	4	260	30	20	26	22	1.98
3877--4190	61	5.1	61	79	3	303	30	21	25	22	1.99
3889--4152	122	2.2	122	84	2	352	31	20	25	22	1.98
3893--4190	122	2.4	122	82	4	334	31	21	25	22	1.98
4830--4941	45	2.6	42	76	14	109	44	10	28	16	1.80
4843--4941	45	2.2	45	81	10	123	44	12	28	15	1.82
4946--5166	61	3.6	61	82	1	264	29	20	25	23	1.99
5466--5779	61	5.1	62	81	3	334	29	21	25	22	1.99
5478--5741	122	2.2	122	87	0	377	31	20	26	22	1.98
6172--6274	41	2.5	40	83	13	122	45	11	26	16	1.81
6407--6531	45	2.9	42	77	12	117	41	12	25	20	1.87
6536--6756	61	3.6	62	84	2	286	29	19	25	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7269--7571	46	6.9	45	77	11	242	39	13	27	19	1.89
7542--7952	61	6.7	62	77	6	428	31	20	23	23	1.98
7542--7947	121	3.3	119	80	9	396	32	20	23	23	1.98
7650--7947	123	2.5	120	80	10	320	32	21	23	22	1.98
8326--8439	40	2.8	42	75	14	121	39	14	27	19	1.90
8442--8716	43	6.4	42	76	12	240	36	14	30	19	1.91
8442--8678	89	2.7	84	83	7	262	37	14	29	18	1.91
8442--8678	42	5.4	44	78	11	238	37	14	29	18	1.91
8486--8732	45	5.7	44	72	14	142	36	12	31	19	1.89
8737--8899	61	2.7	61	88	3	240	28	21	27	22	1.99
9312--9535	43	5.1	43	76	13	199	40	14	27	17	1.88
9312--9540	44	5.2	44	76	11	202	41	13	27	17	1.87
9516--9856	61	5.6	60	82	2	385	28	21	26	23	1.99
9516--9856	183	1.9	183	83	2	443	28	21	26	23	1.99
9517--9856	122	2.8	122	87	1	477	28	21	26	23	1.99
10235--10505	43	6.5	42	73	16	128	41	13	25	19	1.88
10352--10505	43	3.5	42	76	11	157	40	14	25	19	1.89
10243--10470	116	1.9	117	82	11	282	43	12	25	18	1.85
10352--10514	89	1.8	89	88	5	249	41	13	26	18	1.87
10485--10628	38	3.6	38	76	14	137	37	15	27	20	1.92
10650--10682	14	2.4	14	94	0	57	3	33	18	45	1.65
11199--11440	46	5.5	44	79	12	237	37	15	27	19	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11158--11440	46	6.5	43	80	12	221	38	15	26	19	1.92
11289--11404	42	2.8	38	85	12	110	39	16	25	18	1.91
11158--11440	130	2.2	132	84	8	357	38	15	26	19	1.92
11443--11785	61	5.7	61	80	2	359	29	23	24	23	1.99
11443--11780	121	2.8	120	83	1	415	29	23	24	22	1.99
12308--12538	44	5.3	43	70	15	143	42	13	26	17	1.86
12419--12537	45	2.7	43	76	13	118	38	14	28	18	1.90
12543--12763	61	3.6	62	82	2	259	29	19	25	25	1.98
13261--13501	42	5.5	44	74	12	201	41	14	25	18	1.89
13261--13501	43	5.5	42	76	12	200	41	14	25	18	1.89
11570--18744	978	7.2	973	76	10	6398	33	17	24	24	1.96
13307--13515	45	4.8	44	76	12	173	41	14	28	15	1.87
13521--13736	61	3.5	62	85	5	262	29	21	25	24	1.99
14130--14229	41	2.4	41	80	12	100	43	12	27	18	1.85
14248--14474	42	5.2	43	71	11	158	42	14	25	17	1.87
14394--14481	45	1.9	46	83	2	115	40	13	29	15	1.86
14494--14709	61	3.5	61	84	1	272	30	21	24	24	1.99
15231--15494	46	5.9	44	77	7	232	40	13	26	18	1.88
15514--15805	61	4.8	62	78	4	326	28	23	24	23	1.99
15529--15805	121	2.3	122	85	1	369	29	23	24	22	1.99
16328--16563	43	5.4	43	72	14	180	40	14	25	19	1.89
16583--16803	61	3.6	62	85	4	290	29	20	25	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17191--17290	41	2.4	41	80	12	100	43	12	27	18	1.85
17310--17465	43	3.5	42	70	18	127	46	11	25	17	1.81
17319--17453	43	2.9	47	75	12	129	42	12	25	19	1.86
17548--17770	60	3.7	59	81	7	252	30	20	26	22	1.98
15800--18744	972	3.0	973	91	1	4672	33	17	24	24	1.96
18270--18515	45	5.6	44	78	11	229	39	14	26	18	1.90
18270--18522	43	5.8	42	78	11	199	40	14	27	18	1.89
18270--18523	130	1.9	130	85	7	354	40	14	27	18	1.88
18528--18871	61	5.6	61	79	2	368	30	22	24	23	1.99
18539--18866	122	2.7	122	83	3	426	31	21	24	21	1.98
19499--19611	46	2.5	46	83	8	137	38	15	28	17	1.90
19368--19619	131	1.9	132	79	10	284	40	13	28	17	1.87
19615--19835	61	3.6	61	83	4	243	30	19	25	24	1.98
19627--19822	60	3.2	60	84	2	214	29	19	25	26	1.98
18667--20752	971	2.1	971	89	2	3137	33	17	24	24	1.96
20288--20369	35	2.4	32	73	13	76	46	10	21	20	1.81
20384--20579	42	4.4	46	75	13	178	37	15	27	20	1.92
20601--20752	61	2.5	60	84	3	180	30	21	25	22	1.98
19676--21667	914	2.2	911	89	3	2984	33	17	24	25	1.96
21254--21493	44	5.5	43	80	11	247	40	15	25	18	1.90
21269--21493	45	5.1	45	78	13	213	42	14	26	17	1.87
21254--21493	131	1.8	131	85	7	344	40	15	25	18	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21513--21681	61	2.8	61	88	1	241	27	21	25	25	1.99
21968--22051	42	2.0	41	88	4	125	44	15	22	17	1.87
21968--22092	44	3.0	42	83	10	141	41	15	24	18	1.89
22114--22308	60	3.2	60	83	3	241	29	17	25	27	1.98
22864--23110	46	5.5	44	79	8	234	37	14	29	18	1.91
23117--23467	61	5.7	61	77	8	327	30	21	25	22	1.99
23118--23426	122	2.5	122	85	5	401	30	21	25	22	1.99
23805--23920	45	2.7	44	78	14	116	38	11	31	18	1.86
24576--24675	38	2.5	39	78	10	107	46	14	22	18	1.84
24760--24843	41	2.0	42	82	8	102	44	16	23	15	1.86
24906--25105	61	3.3	59	72	15	154	30	22	23	23	1.99
26001--26240	42	5.5	43	71	16	181	40	14	26	19	1.90
26001--26256	132	1.9	131	81	9	308	40	13	27	18	1.88
26263--26475	61	3.5	61	86	4	270	30	20	25	23	1.99
27071--27191	44	2.8	43	84	8	147	35	15	29	19	1.93
27189--27344	60	2.5	62	83	4	174	31	17	24	26	1.97
27933--28196	47	5.9	43	76	12	198	40	13	27	19	1.88
27933--28101	93	1.8	91	82	12	220	39	13	27	20	1.89
28211--28552	60	5.6	60	77	11	261	30	22	23	22	1.99
28222--28514	123	2.4	122	83	5	308	32	21	23	22	1.98
29010--29230	61	3.6	60	82	1	244	29	22	24	23	1.99
29723--29962	43	5.5	43	74	14	197	39	15	26	18	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29723--29977	130	1.9	132	83	9	335	40	14	27	17	1.88
29769--29969	45	4.6	45	72	14	152	39	14	28	17	1.89
29984--30179	61	3.2	61	80	7	222	31	20	24	23	1.98
30584--30682	41	2.4	40	80	12	105	46	13	24	16	1.82
30583--30685	40	2.5	41	80	10	106	46	12	24	16	1.81
30798--30939	44	3.3	42	80	12	146	40	14	26	18	1.88
30819--30938	44	2.8	43	85	8	156	37	15	27	20	1.92
28757--31747	962	3.1	965	89	3	4577	33	17	24	24	1.96
30936--31138	61	3.4	59	78	9	189	30	18	25	25	1.98
31693--31934	46	5.5	44	76	11	219	38	15	27	19	1.91

Tables:   1   2