genome.fa.s200.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold200
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  649609

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
139807--139867	32	1.9	32	96	0	113	36	13	14	36	1.85
139910--139935	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
139890--139956	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
142303--142690	51	7.4	52	71	14	190	29	25	12	32	1.92
142411--142485	27	2.7	29	87	6	102	26	34	17	21	1.95
142301--142691	52	7.5	52	70	15	195	29	25	12	32	1.92
142679--142750	28	2.6	28	88	0	99	22	30	19	27	1.98
144422--144480	21	2.8	20	80	10	64	22	23	1	52	1.56
148826--148876	19	2.6	20	87	3	77	33	19	11	35	1.88
148905--149004	33	3.0	33	91	2	139	38	14	15	33	1.87
148938--149003	20	3.7	20	71	26	74	40	12	13	33	1.82
148921--148983	13	5.3	13	73	21	66	36	15	14	33	1.88
151626--151791	20	7.8	20	70	14	107	30	15	10	43	1.80
151615--151839	91	2.5	91	90	1	346	30	16	10	42	1.81
156650--156956	163	1.9	163	96	0	569	38	9	15	36	1.80
161398--161430	15	2.2	15	94	0	57	45	15	12	27	1.81
161853--161903	20	2.6	20	90	3	86	31	19	13	35	1.91
163190--163232	21	2.1	20	83	12	52	41	9	0	48	1.35
163775--163809	16	2.2	16	90	10	54	42	0	0	57	0.99
163920--163975	23	2.4	23	82	11	62	42	3	0	53	1.18
164745--164801	22	2.6	22	81	10	64	28	7	1	63	1.30
169723--169761	19	2.1	19	85	0	51	43	33	0	23	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
171067--171239	52	3.3	52	83	4	206	32	13	26	27	1.93
171225--171297	27	2.7	26	87	10	94	23	19	34	23	1.97
173145--173199	20	2.8	20	82	0	74	45	16	14	23	1.84
173219--173286	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
173241--173265	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
173222--173284	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
173322--173398	21	3.7	21	89	3	111	35	16	12	35	1.88
174182--174264	27	3.0	27	60	16	62	21	19	30	28	1.98
174077--174612	55	9.3	59	89	4	662	24	20	28	26	1.99
175598--175642	14	3.2	14	81	6	56	0	4	8	86	0.69
183841--183871	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
185673--185717	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
187947--187972	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
192539--192571	15	2.2	15	94	0	57	45	15	12	27	1.81
192989--193039	20	2.6	20	90	3	86	31	19	13	35	1.91
195541--195580	12	3.3	12	82	0	53	42	2	0	55	1.13
195851--195907	22	2.6	22	81	10	64	28	7	1	63	1.30
200809--200912	34	3.0	34	76	8	118	39	31	2	25	1.71
202013--202270	80	3.2	79	76	3	196	30	15	29	24	1.96
202200--202372	52	3.3	51	85	3	213	32	13	26	27	1.94
202356--202458	27	3.8	27	92	6	156	22	19	33	24	1.97
202121--202521	184	2.2	183	82	7	452	29	14	27	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
202442--202567	51	2.4	50	81	7	153	29	12	24	33	1.92
204326--204351	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
204305--204371	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
204391--204458	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
204413--204437	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
204394--204456	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
204494--204570	21	3.7	21	89	3	111	35	16	12	35	1.88
205355--205437	27	3.0	27	60	16	62	21	19	30	28	1.98
205250--205847	55	10.3	59	89	4	648	25	20	27	26	1.99
206832--206877	16	2.8	16	81	15	58	0	6	8	84	0.77
210474--210499	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
213043--213081	13	3.0	13	100	0	78	38	15	15	30	1.88
216973--217017	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
217609--217644	9	4.0	9	88	0	54	22	33	0	44	1.53
219236--219261	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
229403--229575	52	3.3	52	80	4	179	31	11	26	30	1.91
232106--232131	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
232085--232151	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
232193--232217	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
232171--232238	19	3.9	19	76	21	76	36	14	11	36	1.83
236879--236916	19	2.0	19	100	0	76	31	31	5	31	1.80
243710--243769	21	3.0	20	82	9	77	40	13	13	33	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
245338--245362	3	8.3	3	100	0	50	32	0	32	36	1.58
251871--251896	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
253587--253638	20	2.6	21	84	9	72	40	11	13	34	1.81
259294--259329	12	3.0	12	92	8	56	66	8	22	2	1.31
260638--261067	156	2.8	154	81	3	479	38	22	15	23	1.92
262445--262486	22	2.0	21	81	13	50	69	4	14	11	1.34
262694--262729	17	2.0	17	89	10	54	0	30	0	69	0.89
263349--263727	166	2.3	166	88	2	559	51	10	10	28	1.68
264737--266845	43	49.4	43	73	8	852	39	16	26	18	1.91
264775--266845	86	24.3	86	72	12	981	39	16	26	18	1.91
264998--265117	35	3.2	35	73	16	105	35	18	27	18	1.94
264955--265117	78	2.1	79	86	4	224	36	17	27	18	1.93
264913--265128	120	1.8	120	85	4	310	38	17	26	17	1.91
264872--265862	163	6.0	161	70	12	375	38	16	26	18	1.92
265869--265990	62	2.0	63	86	4	176	46	11	24	17	1.81
266956--267166	63	3.5	60	78	12	171	43	12	23	20	1.86
266855--267247	60	6.5	61	76	6	316	40	13	24	21	1.89
267247--267360	58	2.0	57	87	5	167	42	16	23	17	1.89
267355--267428	35	2.1	35	89	0	112	39	8	27	25	1.84
267975--268903	28	32.4	28	84	3	915	28	29	18	23	1.98
268961--269174	48	4.5	48	82	1	200	20	24	19	35	1.96
268997--269174	96	1.9	96	82	0	230	19	25	19	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
269498--269527	12	2.5	12	94	0	51	93	3	0	3	0.42
269910--269984	20	3.8	20	83	0	105	33	14	12	40	1.83
270894--270934	21	1.9	22	90	5	66	21	9	9	58	1.59
272493--272636	71	2.0	71	100	0	288	27	15	8	48	1.73
280355--280388	12	2.8	12	86	0	50	14	0	8	76	1.01
293106--293172	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
293126--293150	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
293213--293237	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
293246--293373	52	2.5	52	94	3	224	33	17	17	30	1.94
298253--298388	51	2.6	51	85	1	182	31	15	25	27	1.96
298358--298543	43	3.9	49	78	12	195	33	18	23	24	1.96
298353--298560	95	2.2	92	83	2	254	34	17	23	25	1.96
298626--298688	30	2.1	30	87	3	90	20	20	31	26	1.98
298662--299153	28	17.4	28	82	5	519	24	15	29	30	1.96
299155--299697	27	19.9	27	89	1	699	27	13	32	26	1.94
302361--302411	21	2.4	21	96	0	93	9	15	29	45	1.79
308199--308250	20	2.6	20	96	0	95	42	15	13	28	1.85
310271--310917	79	8.2	79	88	1	469	32	14	25	27	1.95
310397--310917	158	3.3	158	92	0	862	30	15	27	26	1.96
310397--310917	237	2.2	237	91	0	871	30	15	27	26	1.96
310870--310944	27	2.7	27	89	6	107	22	17	33	26	1.96
310928--311310	51	7.5	51	91	2	569	34	10	23	30	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
313671--313709	13	3.0	13	100	0	78	38	15	15	30	1.88
313651--313729	33	2.4	33	85	4	97	40	13	16	29	1.87
313761--313823	19	3.7	18	72	24	64	36	15	12	34	1.86
313748--313825	32	2.4	32	93	0	129	34	15	14	35	1.87
314151--314195	15	3.0	15	76	0	54	42	42	0	15	1.47
319272--319314	20	2.2	20	95	0	77	30	13	23	32	1.93
324230--324279	10	5.6	9	77	13	50	68	0	20	12	1.21
325939--326070	55	2.4	56	87	1	176	43	17	17	21	1.87
326551--326579	7	4.3	7	91	8	51	86	13	0	0	0.58
326531--326596	30	2.2	29	84	5	87	81	12	4	1	0.90

Tables:   1   2   3   4   5