genome.fa.s200.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold200
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  649609

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2277--2588	87	3.6	84	77	8	295	28	23	13	35	1.92
4321--4360	20	2.0	20	85	0	53	45	0	25	30	1.54
11630--11656	13	2.1	13	100	0	54	62	0	7	29	1.22
12159--12192	14	2.4	14	90	9	52	73	2	2	20	1.09
15654--15702	22	2.2	23	81	3	55	14	12	12	61	1.58
16243--16344	38	2.8	35	78	17	100	57	0	3	38	1.17
16347--16371	13	1.9	13	100	0	50	68	0	0	32	0.90
16787--16839	20	2.6	20	82	11	63	41	9	18	30	1.82
18549--18616	20	3.4	20	75	15	61	36	14	17	30	1.90
22418--22522	52	2.0	52	94	0	183	28	16	18	37	1.92
23120--23821	49	14.8	49	82	9	818	30	17	25	26	1.97
23168--23826	92	7.1	92	92	3	1077	30	17	25	26	1.97
23168--23826	281	2.4	277	91	4	1079	30	17	25	26	1.97
23821--24045	32	6.9	33	90	5	361	18	17	35	28	1.94
24057--24639	34	17.2	34	78	7	515	36	12	31	19	1.89
24160--24639	134	3.5	135	89	3	712	36	12	31	19	1.88
24254--24633	100	3.8	99	81	7	325	37	11	32	19	1.87
25883--25921	13	3.1	13	85	3	53	38	12	12	35	1.82
41433--41470	11	3.5	11	100	0	76	71	10	7	10	1.32
43877--44017	52	2.7	52	91	2	230	31	17	17	33	1.94
44006--44030	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
44096--44120	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44074--44140	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
44178--44219	21	2.0	21	90	0	66	35	14	14	35	1.86
45007--46151	49	23.5	49	84	6	1519	32	17	26	24	1.97
44940--46151	383	3.1	383	93	3	1983	32	17	26	24	1.97
44940--46151	101	12.4	98	93	3	1788	32	17	26	24	1.97
46163--46255	33	2.8	33	93	6	163	15	19	36	29	1.92
46263--46982	34	20.7	34	73	16	414	33	12	32	20	1.91
46262--46989	71	10.4	70	74	13	449	33	12	32	20	1.91
46374--46543	87	1.9	88	92	1	288	32	14	33	19	1.91
46526--46989	62	7.0	62	77	16	282	33	13	31	21	1.92
46805--46897	28	3.1	28	71	16	96	34	12	30	22	1.92
46901--47018	31	3.8	30	84	7	157	29	17	27	25	1.98
46224--46955	369	2.0	369	85	7	1013	33	12	32	21	1.91
46674--46987	96	3.2	95	75	15	209	33	14	30	22	1.93
46869--47018	62	2.4	60	88	5	210	31	16	27	24	1.97
47016--47044	1	29.0	1	100	0	58	0	0	0	100	0.00
47984--48014	16	1.9	16	93	0	53	0	6	6	87	0.68
52761--52787	11	2.5	11	100	0	54	70	11	7	11	1.34
55194--55334	52	2.7	52	91	2	230	31	17	17	33	1.94
55323--55347	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
55413--55437	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
55391--55457	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55495--55536	21	2.0	21	90	0	66	35	14	14	35	1.86
56115--56148	9	3.7	9	84	7	50	85	5	8	0	0.75
56114--56149	10	3.7	10	92	7	65	86	5	8	0	0.72
56107--56151	19	2.4	19	92	0	81	88	4	6	0	0.61
57603--57663	28	2.1	29	84	6	79	26	36	13	24	1.92
57614--57669	28	2.0	28	82	0	67	26	30	14	28	1.95
57636--58060	34	13.1	33	76	13	382	18	34	12	34	1.88
57647--58060	68	6.4	68	81	9	442	18	34	12	34	1.88
57671--58070	157	2.5	157	87	6	545	19	35	12	33	1.89
58036--58148	33	3.5	32	83	8	138	27	36	18	17	1.94
58057--58163	32	3.4	31	86	11	148	28	36	17	16	1.92
58036--58163	65	2.0	63	84	6	168	27	37	17	17	1.92
57671--58135	157	2.9	151	80	11	348	20	35	13	31	1.91
58061--58163	33	3.3	31	90	8	163	30	35	18	15	1.92
58156--58671	49	10.7	49	84	6	646	25	25	18	30	1.98
58156--58671	147	3.6	142	88	4	743	25	25	18	30	1.98
58581--58734	55	2.9	54	81	2	186	24	22	15	37	1.93
58684--58810	67	1.9	68	85	1	175	23	24	12	39	1.89
70825--70888	33	2.0	32	87	3	92	28	14	15	42	1.86
71467--71592	33	3.8	32	83	8	130	34	10	22	33	1.88
74310--74373	23	2.5	26	78	16	64	42	3	32	21	1.69
75243--75280	20	1.9	20	88	0	58	36	5	13	44	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75720--75879	31	5.0	31	73	10	117	35	10	21	31	1.88
77582--77754	76	2.3	78	80	10	214	34	12	24	27	1.92
77690--77807	51	2.3	51	80	0	137	31	12	26	29	1.93
77822--77937	51	2.3	51	83	0	133	32	16	25	25	1.96
77615--77977	130	2.8	127	78	5	383	33	14	25	27	1.94
77741--78173	208	2.1	208	85	2	593	32	13	26	27	1.94
77873--78076	78	2.6	78	85	2	266	33	12	26	27	1.93
77873--78091	79	2.8	78	80	8	255	32	12	26	27	1.93
78030--78147	51	2.3	52	82	7	143	31	11	27	29	1.92
78131--78201	28	2.6	28	84	2	90	30	19	26	22	1.98
78087--78280	106	1.8	107	84	3	266	33	15	25	25	1.95
78156--78329	79	2.2	79	82	8	212	32	15	25	25	1.95
78264--78363	51	2.0	51	84	7	132	33	10	26	31	1.89
81003--81186	50	3.7	51	83	4	205	41	13	15	29	1.85
81003--81186	100	1.8	100	81	2	226	41	13	15	29	1.85
82476--82514	13	3.0	13	92	0	69	35	17	15	30	1.91
82549--82579	10	3.1	10	90	0	53	41	6	29	22	1.78
82674--82728	21	2.7	20	80	5	65	30	14	16	38	1.89
84448--84472	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
85041--85087	24	2.0	24	84	12	62	61	12	4	21	1.48
86533--86574	21	2.0	21	85	0	57	23	28	4	42	1.74
88253--88283	10	3.1	10	90	0	53	41	6	29	22	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88307--88443	53	2.6	53	92	1	229	26	16	18	37	1.92
88431--88485	21	2.7	20	80	5	65	30	14	16	38	1.89
88522--88564	21	2.0	21	86	8	61	39	6	13	39	1.72
95630--95683	12	4.8	11	82	8	56	79	5	1	12	0.98
95641--95697	20	3.1	19	82	7	64	84	5	0	10	0.77
95632--95697	17	4.1	15	77	12	60	83	6	1	9	0.87
97259--97502	97	2.5	97	97	0	461	29	14	29	26	1.95
99550--99674	20	5.7	20	69	18	88	41	13	16	28	1.86
99554--99726	51	3.6	49	75	16	175	41	12	17	28	1.87
99550--99717	91	1.8	91	91	2	275	41	11	18	28	1.86
100631--100790	28	5.4	30	88	8	215	22	17	31	28	1.97
102061--102085	13	1.9	13	100	0	50	0	8	12	80	0.92
113363--113596	97	2.4	97	92	0	387	29	15	27	27	1.96
114718--114951	97	2.4	97	94	0	405	29	15	27	26	1.96
117078--117271	51	3.8	51	91	2	309	39	11	22	26	1.88
121949--122017	28	2.5	27	79	6	75	42	18	21	17	1.90
122629--122691	33	1.9	33	93	0	108	23	30	20	25	1.99
122679--122747	31	2.2	31	84	2	84	23	34	13	28	1.92
123009--123142	52	2.6	52	79	0	151	26	25	17	30	1.98
123107--123318	52	3.9	52	78	10	228	26	25	12	35	1.92
123111--123329	111	2.0	111	86	1	305	26	25	12	36	1.91
124080--124135	20	2.8	20	86	2	76	51	10	10	26	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124925--124950	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
124905--124968	32	2.0	33	93	3	112	28	12	15	43	1.83
124905--124968	19	3.6	19	72	25	68	28	12	15	43	1.83
129632--129662	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
133728--133753	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
133708--133771	32	2.0	33	93	3	112	28	12	15	43	1.83
133708--133771	19	3.6	19	72	25	68	28	12	15	43	1.83
139694--139766	20	3.9	18	76	18	62	35	12	15	36	1.84
139807--139870	19	3.7	18	76	23	75	37	12	14	35	1.83
139824--139848	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90

Tables:   1   2   3   4   5