genome.fa.s203.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold203
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  651529

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 278 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
689--729	20	2.1	20	86	4	57	51	0	4	43	1.23
2828--2866	13	3.0	13	89	10	62	41	15	12	30	1.85
2956--3083	52	2.5	51	91	3	211	35	17	17	29	1.92
8222--8246	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
8255--8383	52	2.5	52	94	0	231	35	16	18	29	1.93
11287--11338	19	2.7	20	84	6	70	40	17	13	28	1.87
13537--13586	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
17493--17518	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
17644--17683	22	2.0	20	85	14	55	25	20	5	50	1.68
20053--20078	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
20035--20098	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
31911--31970	1	60.0	1	77	0	57	88	5	6	0	0.63
31911--31970	21	2.8	20	82	9	75	88	5	6	0	0.63
31909--31979	31	2.2	32	85	12	101	84	9	5	0	0.77
31909--31979	32	2.2	32	82	12	92	84	9	5	0	0.77
33429--33487	29	2.0	30	90	3	93	25	32	15	27	1.95
33463--33646	34	5.7	34	73	13	190	19	35	13	31	1.90
33459--33677	61	3.5	61	85	9	289	18	36	14	31	1.91
33459--33646	66	2.9	66	88	7	280	19	35	13	30	1.91
33463--33709	61	3.9	61	79	11	185	19	35	14	30	1.92
33674--33816	33	4.5	32	83	8	177	27	32	17	21	1.96
33688--33816	65	2.0	64	90	4	206	27	32	18	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33809--34240	49	9.1	48	80	11	426	24	24	17	33	1.97
33804--34128	43	7.1	43	79	11	317	24	25	17	32	1.97
33804--34174	92	4.0	92	89	1	544	24	25	17	32	1.97
33804--34231	135	3.0	136	79	11	402	23	25	17	33	1.97
34082--34231	52	2.9	52	93	0	255	21	24	19	34	1.96
35061--35088	13	2.2	13	100	0	56	32	14	14	39	1.86
35149--35173	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
35182--35310	52	2.5	52	98	0	249	35	17	17	28	1.93
39559--39613	20	2.8	20	86	5	67	32	18	12	36	1.88
47611--47767	30	5.2	30	77	11	133	22	30	14	32	1.93
47733--47927	34	5.8	33	78	5	194	20	30	12	37	1.89
47732--47934	68	3.0	66	80	9	216	19	31	11	37	1.88
47907--47974	30	2.3	30	94	2	120	33	33	16	16	1.91
47993--49011	48	22.0	47	77	12	879	23	25	19	31	1.98
47995--48909	91	10.0	90	82	9	865	24	25	19	30	1.98
48558--48906	97	3.8	88	85	7	414	23	24	20	30	1.99
47993--48961	227	4.2	228	85	8	1202	24	25	19	30	1.98
48636--49013	140	2.6	142	84	6	481	23	24	19	32	1.97
48636--49006	49	7.7	49	82	6	425	23	25	19	32	1.98
48636--49006	97	3.8	97	85	3	439	23	25	19	32	1.98
48721--49058	101	3.4	101	82	2	326	23	25	18	32	1.97
52389--52422	12	2.8	12	95	4	59	58	8	32	0	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59638--59762	52	2.4	52	93	0	205	28	16	17	36	1.92
59645--59782	52	2.7	52	86	4	181	31	16	17	34	1.92
59771--59795	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
59840--59906	33	2.0	33	85	0	89	38	14	11	34	1.84
61751--62158	156	2.6	156	84	7	535	30	9	8	51	1.64
64838--64867	15	2.0	15	100	0	60	40	6	20	33	1.78
66930--67301	163	2.3	163	84	4	489	29	11	8	50	1.68
67974--68039	14	4.8	13	80	12	62	78	0	18	3	0.87
67974--68028	24	2.3	24	84	9	76	80	0	18	1	0.81
67987--68044	17	3.4	17	81	15	66	81	0	17	1	0.78
67987--68039	21	2.6	20	87	3	79	81	0	16	1	0.79
67987--68032	10	4.5	11	86	13	71	82	0	17	0	0.67
67990--68044	10	5.4	9	80	20	56	81	0	16	1	0.77
71279--71335	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
71259--71359	32	3.1	32	95	1	175	34	10	17	36	1.85
71257--71354	19	5.8	18	70	28	81	33	11	17	37	1.85
71417--71597	52	3.5	52	97	0	335	35	19	18	27	1.95
85404--85506	7	14.7	7	85	9	122	85	12	0	0	0.70
85401--85497	1	97.0	1	75	0	77	86	11	1	1	0.67
86108--86152	23	2.0	23	100	0	90	48	13	20	17	1.80
86801--86847	21	2.2	21	100	0	94	19	23	21	36	1.95
87026--87316	29	10.0	29	89	2	442	28	31	16	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87026--87316	59	5.0	59	91	2	446	28	31	16	24	1.96
87028--87286	88	2.9	88	95	0	464	28	31	16	23	1.96
87027--87362	88	3.9	87	89	4	455	29	31	16	23	1.96
87027--87362	29	11.6	30	85	4	397	29	31	16	23	1.96
87384--87800	92	4.4	93	92	4	660	24	24	18	31	1.97
87379--87800	49	8.9	49	81	12	504	24	25	18	32	1.97
87659--87819	52	3.2	51	87	8	222	22	23	16	37	1.94
88477--88518	21	2.0	21	95	0	75	33	16	14	35	1.89
88576--88696	13	7.9	13	69	28	71	34	12	17	35	1.87
88556--88715	32	5.0	32	95	0	284	34	11	17	36	1.87
88725--88749	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
88758--88938	52	3.5	52	97	0	335	34	17	18	28	1.94
92950--93002	22	2.5	22	84	6	65	33	13	9	43	1.76
102908--103027	51	2.4	51	88	2	170	30	15	27	26	1.95
102962--103138	79	2.2	80	93	3	304	29	16	27	25	1.97
103091--103158	27	2.5	28	88	7	95	22	17	35	25	1.95
103171--103271	52	1.9	53	85	2	141	35	8	24	30	1.86
105644--105684	21	2.0	21	100	0	82	26	19	9	43	1.82
105701--105731	13	2.4	13	100	0	62	32	9	16	41	1.80
108197--108269	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
108215--108290	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
108197--108290	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
108329--108354	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
112415--112445	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
114524--114562	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
116337--116377	18	2.3	18	95	4	75	46	0	17	36	1.48
117020--117092	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
117038--117113	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
117020--117113	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
117152--117177	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
119725--119778	20	2.7	20	88	8	74	31	20	11	37	1.88
121677--122069	153	2.6	155	82	4	465	40	18	15	25	1.89
123988--124031	5	8.0	5	83	14	52	75	4	0	20	0.98
126102--126198	41	2.4	41	87	0	131	35	12	12	40	1.80
126078--126214	41	3.4	41	80	4	127	32	13	13	40	1.82
126144--126214	20	3.6	18	74	14	52	29	15	14	40	1.86
129083--129128	21	2.2	20	82	14	58	21	17	19	41	1.90
130372--130469	27	3.6	27	95	0	169	21	39	19	19	1.92
141900--141969	6	12.2	6	77	19	69	81	14	1	2	0.88
141902--141956	28	2.0	28	86	10	78	85	10	0	3	0.72
142223--142257	19	1.9	19	88	11	56	20	20	8	51	1.73
143391--143687	28	10.6	28	85	8	360	33	30	17	19	1.94
152023--152488	174	2.7	171	86	6	634	38	11	10	39	1.76
156119--156143	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
156099--156165	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
156206--156230	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
156239--156367	52	2.5	52	96	0	231	34	18	17	29	1.94
166524--166642	51	2.3	51	84	5	168	30	13	27	28	1.94
166657--166853	51	3.9	51	93	2	308	31	10	26	31	1.89
166345--166733	130	3.0	126	75	8	370	33	12	26	27	1.93
166806--167108	79	3.9	79	86	2	414	31	15	26	27	1.96
167048--167157	51	2.2	51	83	3	132	35	11	24	28	1.91
169533--169558	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
169890--169951	1	62.0	1	78	0	61	0	1	9	88	0.58

Tables:   1   2   3