genome.fa.s2031.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2031
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  365977

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 270 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
904--943	20	2.0	21	85	9	57	30	7	15	47	1.72
5768--5798	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
9157--9215	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
9496--9521	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
9476--9539	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
11929--11953	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
12007--12060	20	2.7	20	88	2	72	27	16	12	42	1.85
14477--14515	13	3.0	13	92	0	69	33	15	20	30	1.94
16959--17078	59	2.0	59	100	0	240	36	15	13	35	1.86
18822--18859	20	1.9	19	85	15	51	31	10	21	36	1.87
20397--20421	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
22530--22564	13	2.7	13	100	0	70	31	14	17	37	1.89
24428--24471	23	1.9	23	90	0	70	43	0	18	38	1.50
26357--26409	25	2.2	25	83	6	65	1	7	7	83	0.89
28023--28049	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
28088--28140	20	2.6	21	87	3	72	30	16	13	39	1.87
28775--28847	36	2.0	36	100	0	146	35	24	2	36	1.70
30637--30662	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
32741--32771	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
34572--34618	21	2.2	22	88	3	69	23	14	4	57	1.55
36750--36788	20	2.0	20	85	5	53	38	10	10	41	1.73
36839--36864	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36819--36882	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
40122--40149	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
41699--41757	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
42039--42064	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
42019--42082	32	2.0	33	93	3	112	28	12	15	43	1.83
42019--42082	19	3.6	19	72	25	68	28	12	15	43	1.83
42134--42189	20	2.8	20	83	5	69	28	16	17	37	1.91
43282--43310	15	1.9	15	100	0	58	37	27	20	13	1.91
44562--44587	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
46652--46682	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
48455--48499	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
50709--50772	32	2.0	33	90	3	103	29	12	14	43	1.81
50824--50879	20	2.8	20	89	5	78	28	17	16	37	1.91
51392--51421	11	2.6	12	94	5	53	86	0	13	0	0.57
52315--53082	143	5.4	141	81	4	783	34	9	9	45	1.69
52402--53120	142	5.0	141	81	7	715	34	10	9	45	1.70
52315--53113	285	2.8	282	81	5	856	35	9	9	45	1.70
56684--56857	29	6.0	29	83	5	199	17	9	12	60	1.57
56686--56848	87	1.9	87	88	0	245	17	8	12	61	1.55
57561--57608	25	1.9	25	83	8	62	29	16	14	39	1.88
59359--59416	13	4.0	13	76	23	62	29	15	15	39	1.88
59372--59434	19	3.6	19	76	24	84	28	15	15	39	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59338--59434	32	3.0	32	93	6	160	28	15	16	39	1.89
61493--61536	20	2.1	22	87	8	65	4	27	47	20	1.69
67294--67319	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
67379--67433	20	2.7	21	77	8	60	29	16	14	40	1.88
69941--69969	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
73452--73482	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
74513--74557	20	2.4	19	82	13	58	17	2	13	66	1.34
76210--76396	77	2.4	77	81	1	223	34	17	14	33	1.90
76493--76682	58	3.3	57	72	12	145	49	12	10	27	1.73
77526--77568	17	2.5	17	100	0	86	60	0	18	20	1.36
77623--77671	18	2.6	19	84	12	66	0	12	0	87	0.54
77621--77670	12	4.5	11	87	9	66	0	12	0	88	0.53
79284--79314	2	16.0	2	93	6	55	51	0	0	48	1.00
82591--82634	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
83313--83339	14	1.9	14	100	0	54	81	0	18	0	0.69
87666--87712	13	3.7	13	77	5	51	40	2	0	57	1.11
89423--89462	2	20.5	2	94	5	73	50	0	0	50	1.00
91158--91182	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
91138--91202	33	2.0	33	88	11	98	32	16	15	35	1.91
91306--91358	20	2.7	20	93	0	88	22	11	26	39	1.88
93823--93885	13	4.8	13	94	0	108	39	12	14	33	1.84
93823--93882	26	2.3	26	100	0	120	38	11	15	35	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100472--100514	2	21.5	2	95	0	77	46	0	0	53	1.00
102911--102992	36	2.3	36	83	6	105	50	15	9	24	1.75
102875--103041	71	2.4	71	78	6	169	46	18	9	25	1.79
104669--104710	22	1.9	22	90	0	66	30	23	26	19	1.98
105404--105913	155	3.3	151	78	9	510	37	18	17	25	1.93
107327--107359	12	2.9	12	86	13	52	6	24	0	69	1.10
107890--108268	166	2.3	166	79	6	369	51	7	9	31	1.63
108470--108501	11	2.9	11	90	0	55	62	0	3	34	1.11
111839--111894	20	2.7	20	86	10	69	37	14	19	28	1.91
116494--116547	20	2.6	21	91	2	83	31	16	11	40	1.84
117238--117307	20	3.5	20	90	7	115	30	15	11	42	1.82
117750--117856	38	2.7	39	69	10	103	53	21	5	19	1.65
119630--119823	51	3.9	50	83	5	209	28	26	11	33	1.92
123212--123249	18	2.1	18	95	0	67	63	13	18	5	1.48
123962--124047	42	2.0	43	88	2	129	50	18	12	18	1.78
126469--126594	56	2.3	54	82	9	148	23	17	17	41	1.90
126661--126783	56	2.2	56	84	5	151	31	23	11	33	1.90
126703--126833	56	2.3	56	82	10	144	31	22	12	32	1.92
129078--129113	13	2.8	13	95	0	63	36	22	11	30	1.89
129260--129396	53	2.6	53	95	1	247	27	17	18	37	1.93
129366--129436	20	3.5	20	77	11	74	29	14	16	39	1.88
129476--129516	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131693--131744	21	2.5	21	81	9	61	55	1	1	40	1.22
136008--136059	19	2.8	18	85	2	77	48	11	21	19	1.80
136051--136094	8	5.4	8	81	5	52	40	11	27	20	1.86
136223--136259	15	2.6	14	87	8	56	8	0	10	81	0.89
136223--136297	23	3.2	23	80	10	73	16	1	6	76	1.07
136228--136306	18	4.8	17	71	18	51	15	1	7	75	1.08
136228--136274	9	5.4	9	85	12	55	10	0	10	78	0.96
136228--136306	32	2.4	33	80	4	88	15	1	7	75	1.08
136256--136346	39	2.3	37	75	15	85	20	2	6	70	1.21
139340--139382	20	2.2	20	86	0	59	58	16	9	16	1.63
139586--139620	15	2.2	16	90	5	54	57	2	0	40	1.14
140803--140875	28	2.6	28	77	0	74	30	16	9	43	1.80
141841--141880	20	2.0	20	85	9	55	82	5	2	10	0.91
145988--146312	79	4.1	78	80	4	339	31	14	27	27	1.95
146000--146312	158	2.0	158	87	3	461	30	14	27	27	1.95
148008--148059	27	2.0	26	82	10	63	5	19	9	65	1.42
148807--148848	3	14.3	3	87	5	59	30	0	0	69	0.89
148796--148848	26	2.0	28	88	7	83	32	0	0	67	0.91
148847--148883	9	4.0	9	86	6	56	13	2	10	72	1.21
148847--148883	19	2.0	18	89	5	56	13	2	10	72	1.21
152375--152443	22	3.2	21	82	11	70	79	7	8	4	1.04
153736--154250	27	18.8	27	82	6	484	24	31	15	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
153750--154200	55	8.2	53	79	5	211	23	31	15	29	1.95
154235--154849	28	21.1	28	82	4	604	33	28	16	21	1.95
154364--155065	64	11.6	64	80	6	380	32	28	17	22	1.96
154752--155010	96	2.7	96	86	4	328	30	30	18	20	1.96
154752--155061	96	3.2	94	82	5	300	30	29	18	21	1.97
162528--162576	14	3.3	14	86	11	62	85	12	2	0	0.68
162537--162573	19	1.9	19	88	0	56	86	13	0	0	0.57
163856--164075	31	6.9	32	84	6	261	24	28	13	34	1.92
163856--164054	95	2.1	94	84	2	265	25	27	13	34	1.93
164052--164153	28	3.6	29	81	1	109	24	34	16	24	1.95

Tables:   1   2   3