genome.fa.s2031.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2031
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  365977

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 270 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
164048--164765	27	24.7	27	72	15	438	22	32	14	31	1.93
164551--164745	34	6.0	34	78	14	223	20	32	11	35	1.89
164651--164862	27	7.1	28	76	15	122	23	33	15	28	1.95
164424--164806	68	6.0	65	75	16	311	20	31	12	34	1.90
164779--164908	29	4.4	28	80	14	122	32	31	18	17	1.94
164779--164895	57	2.0	57	87	8	166	31	31	17	18	1.95
164920--165567	87	7.5	87	93	1	1052	27	26	18	27	1.98
165056--165225	48	3.7	48	75	13	196	26	27	18	27	1.98
165235--165658	48	9.4	47	74	13	338	26	25	18	29	1.98
165482--165656	49	3.6	48	81	0	188	26	24	16	32	1.96
165981--166014	10	3.4	10	87	0	50	32	41	0	26	1.56
169720--169756	2	18.5	2	94	0	65	45	0	2	51	1.15
183954--184566	28	21.5	28	84	8	731	28	31	17	22	1.97
183954--184566	57	10.7	57	86	4	794	28	31	17	22	1.97
183954--184566	85	7.2	85	87	4	847	28	31	17	22	1.97
185489--185653	20	7.7	20	78	14	177	30	15	13	40	1.86
185489--185603	40	2.9	40	96	0	203	32	13	13	40	1.83
185489--185602	60	1.9	60	94	0	201	32	13	14	40	1.84
186504--186546	20	2.0	21	86	8	61	20	9	9	60	1.55
187430--187463	10	3.3	10	88	8	50	44	0	8	47	1.34
188944--189257	105	3.0	105	91	1	497	34	14	12	38	1.84
192708--192768	20	3.0	20	82	4	77	39	11	11	37	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
195671--195722	24	2.2	24	100	0	104	21	11	11	55	1.66
195809--195839	14	2.1	15	94	5	55	77	0	3	19	0.90
196719--196785	26	2.9	22	75	16	71	32	0	0	67	0.91
196732--196779	15	3.5	15	75	21	59	29	0	0	70	0.87
196732--196784	26	2.0	27	92	3	90	30	0	0	69	0.88
197692--197759	27	2.5	27	80	15	86	67	0	0	32	0.91
200069--200150	33	2.5	33	84	7	112	45	1	43	9	1.44
200099--200182	42	2.0	43	88	2	125	44	2	44	9	1.49
205531--205572	8	5.5	8	83	11	61	78	2	0	19	0.86
205525--205572	16	3.1	15	82	11	62	77	2	2	18	0.97
205531--205573	7	5.9	7	83	5	50	76	2	0	20	0.89
205566--205606	18	2.3	18	87	8	57	58	2	0	39	1.11
205609--205674	24	2.7	24	81	13	80	63	3	0	33	1.10
205610--205657	13	3.6	13	75	13	53	66	2	0	31	1.03
205613--205659	14	3.4	14	77	16	53	70	2	0	27	0.99
205697--205749	19	2.9	18	81	8	63	64	0	3	32	1.12
205783--205820	15	2.6	15	87	4	51	65	0	0	34	0.93
205895--205938	2	22.0	2	100	0	88	50	0	50	0	1.00
209925--209973	18	2.5	19	80	12	55	46	0	0	53	1.00
211391--211439	22	2.2	22	96	0	89	63	4	0	32	1.13
215464--215501	19	2.0	19	94	0	67	28	10	13	47	1.76
218363--218414	20	2.5	20	87	3	68	40	13	15	30	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
218463--218514	20	2.7	20	87	3	70	40	13	13	32	1.83
220796--220824	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
223634--223754	46	2.6	46	81	12	142	38	22	14	25	1.91
230401--230467	19	3.8	19	75	22	83	37	17	10	34	1.85
230423--230447	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
230404--230466	32	2.0	32	96	0	117	36	19	11	33	1.87
231189--231448	66	3.9	66	92	1	385	38	12	25	22	1.90
231851--231876	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
231833--231896	32	2.0	33	87	9	96	39	17	14	29	1.88
234084--234128	20	2.1	21	84	8	56	55	4	20	20	1.60
235931--235961	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
238030--238068	13	3.0	13	96	0	69	33	15	12	38	1.85
240620--240645	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
240602--240665	32	2.0	33	87	9	96	39	15	14	31	1.87
241402--242067	43	14.7	43	83	9	801	30	19	24	25	1.98
241549--241617	22	3.2	21	66	25	54	30	17	26	26	1.97
241402--242067	92	7.3	92	87	6	841	30	19	24	25	1.98
241576--241643	21	3.1	23	63	26	56	26	22	26	25	2.00
241402--242067	183	3.7	176	82	11	780	30	19	24	25	1.98
241402--242067	226	2.9	226	96	0	1190	30	19	24	25	1.98
242101--242249	34	4.5	33	78	8	135	39	12	29	18	1.87
242107--242248	66	2.2	66	81	8	164	39	11	28	19	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
242224--242361	31	4.5	31	83	8	165	29	15	29	25	1.96
247458--247495	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
249351--249394	22	2.0	22	91	8	72	34	0	29	36	1.58
249950--250000	20	2.5	21	83	3	68	41	15	15	27	1.88
252991--253030	21	1.9	21	84	0	53	35	12	10	42	1.76
255605--255629	12	2.1	12	100	0	50	32	16	16	36	1.90
255584--255647	31	2.0	32	90	3	103	29	14	18	37	1.90
260262--260300	15	2.6	15	91	0	60	12	20	15	51	1.76
265478--265522	23	2.0	23	86	0	63	11	13	6	68	1.37
275150--275208	11	5.3	11	82	9	66	86	5	3	5	0.78
275150--275208	12	5.1	12	81	6	59	86	5	3	5	0.78
276423--277015	28	20.4	28	80	6	585	28	29	18	23	1.98
276423--277015	58	10.2	57	84	5	608	28	29	18	23	1.98
277095--277220	49	2.7	45	77	10	119	21	25	19	34	1.96
277925--277953	14	2.1	14	100	0	58	27	20	6	44	1.77
277885--277970	20	4.6	19	71	19	74	31	16	10	41	1.82
282635--282958	28	11.5	28	76	6	287	33	27	16	22	1.95
282635--282936	57	5.3	56	81	4	288	33	26	17	22	1.96
282632--282943	85	3.7	84	79	5	299	32	27	16	23	1.96
283064--283132	22	3.2	22	63	19	54	27	20	17	34	1.95
283006--283183	93	1.9	92	81	3	214	26	22	17	33	1.96
283115--283312	87	2.3	87	83	0	252	24	23	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
284157--284224	32	2.1	32	94	0	118	33	13	16	36	1.87
284176--284200	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
284155--284219	19	3.7	19	73	23	70	32	13	15	38	1.87
290580--290675	50	1.9	50	91	0	156	23	16	15	43	1.86
290445--290902	226	2.0	226	97	0	862	30	16	15	36	1.91
290830--290919	30	3.4	28	68	28	79	25	17	15	41	1.89
290806--290939	50	2.7	50	91	2	207	24	17	14	43	1.86
293261--293530	78	3.5	77	80	8	278	27	25	14	32	1.94
293466--293579	50	2.3	51	82	3	140	28	25	14	30	1.95
293515--293704	78	2.5	77	76	11	190	30	22	13	34	1.92
295125--295178	20	2.7	20	82	0	63	33	16	11	38	1.84
299475--299573	44	2.2	44	82	12	114	32	13	11	43	1.79
299723--299908	65	2.9	63	84	9	202	33	13	11	41	1.80
299723--299908	64	2.9	64	83	9	211	33	13	11	41	1.80
304595--304667	20	3.7	19	83	3	83	38	13	17	30	1.89
304595--304648	19	2.8	20	85	2	83	37	12	18	31	1.89
304826--304885	30	2.0	30	100	0	120	40	13	13	33	1.83
305283--305329	19	2.3	20	85	10	69	46	23	2	27	1.63
305290--305329	19	2.1	19	95	0	71	42	25	2	30	1.68
308659--308689	16	2.0	16	93	6	55	38	9	0	51	1.35
313214--313272	31	1.9	31	92	0	100	38	10	16	33	1.83
313413--313468	20	2.8	19	81	7	67	32	19	10	37	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
314459--314523	33	2.0	33	84	6	87	36	18	10	33	1.86
314969--315208	120	2.0	120	94	0	417	35	16	12	35	1.87
317238--317262	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
320608--320668	19	3.6	18	70	25	60	39	18	9	32	1.83
320625--320681	13	3.9	13	72	24	51	35	17	12	35	1.87
320593--320683	32	2.8	32	89	0	146	38	16	12	32	1.86
321332--321409	39	2.0	39	87	5	113	26	20	24	28	1.99
321329--321586	43	5.8	43	74	14	211	31	18	24	25	1.97
321457--321639	50	3.8	50	76	11	211	31	14	25	28	1.95
321375--321644	93	2.9	92	88	2	398	31	17	24	26	1.97

Tables:   1   2   3